Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Streptococcus pneumoniae merupakan salah satu bakteri Gram-Positif penyebab penyakit pneumonia. S. pneumoniae hidup di dalam rongga nasofaring manusia. Pada individu yang sehat, S. pneumoniae tidak akan menyebabkan suatu gejala. Namun, pada individu yang rentan seperti orang tua, penderita imunodefisiensi, dan anak-anak, bakteri tersebut dapat menjadi patogen serta dapat menyebar ke lokasi lain dan menyebabkan gejala seperti penyakit Pneumonia.Vaksin sangat dibutuhkan untuk mengatasi masalah tersebut sehingga dapat mencegah infeksi bakteri S. pneumoniae penyebab penyakit pneumonia pada individu. Pada penelitian ini digunakan antigen potensial terhadap vaksin pneumonia berupa pneumolysin. Tujuan dari penelitan ini adalah untuk mengembangkan model vaksin terbaru pada bakteri S. pneumoniae penyebab pneumonia menggunakan pneumolysin dan pendekatan bioinformatika sehingga pencegahan terhadap pneumonia dapat diatasi secara tepat dan efisien. Pada penelitian ini digunakan beberapa metode seperti uji physicochemical, prediksi epitop, seleksi epitop, serta molecular docking. Dari hasil percobaan didapatkan bahwa epitop Pep 6 dari sekuens pneumolysin yang berikatan dengan reseptor 5IFH dengan nilai global energy -48.68 kcal/mol merupakan kandidat terbaik untuk vaksin pneumonia karena memiliki nilai global energy yang paling rendah diantara kandidat B Cell epitope lainnya.

---

Streptococcus pneumoniae is one of the Gram-positive bacteria that causes pneumonia. S. pneumoniae lives in the human nasopharyngeal cavity. In healthy individuals, S. pneumoniae will not cause any symptoms. However, in susceptible individuals such as the elderly, immunodeficient patients, and children, these bacteria can become pathogenic and can spread to other locations and cause symptoms such as pneumonia. Vaccines are urgently needed to overcome these problems so that they can prevent S. pneumoniae infection which causes pneumonia in individuals. In this study, a potential antigen against pneumonia vaccine in the form of pneumolysin was used. The purpose of this research is to develop a new vaccine model for the bacterium S. pneumoniae that causes pneumonia using pneumolysin and a bioinformatics approach so that pneumonia prevention can be handled appropriately and efficiently. In this study, several methods were used, such as physicochemical test, epitope prediction, epitope selection, and molecular docking. From the experimental results, it was found that the Pep 6 epitope from the pneumolysin sequence that binds to the 5IFH receptor with a global energy value of -48.68 kcal/mol is the best candidate for pneumonia vaccine because it has the lowest global energy value among other B cell epitope candidates."

"Kanker Kolorektal atau Colorectal Cancer (CRC) merupakan keganasan kanker dengan kejadian tertinggi ketiga serta menempati urutan kedua untuk angka kematian pada kanker di dunia. CRC memiliki kaitan yang erat dengan faktor lingkungan serta genetik. Penangan pada CRC dapat dilakukan dengan pemberian obat anti-kanker, radioterapi, serta pengangkatan jaringan. Pemberian obat anti-kanker merupakan langkah terapi yang umum digunakan pada kasus CRC dimana bersifat minimally invasive serta dapat menekan proliferasi sel kanker. Adapun pemberian obat anti-kanker seperti Oxaliplatin dan 5-Fluorouracil seringkali dapat menimbulkan resistensi pada sebagian pasien CRC. Pemberian bahan alam pada pengobatan anti-kanker seperti Jahe Merah (Zingiber officinale roscoe) diketahui dapat mengatasi masalah resistensi tersebut karena kandungan senyawa yang ada didalamnya seperti 6-shogaol dan 6-gingerol. Pada studi ini, dilakukan analisis secara in silico dan in vitro untuk melihat pengaruh senyawa pada Jahe Merah terhadap CRC. Menggunakan lini sel Caco-2, beberapa metode dilakukan dalam studi ini diantaranya analisis Differentialy Expressed Genes (DEGs), Protein Protein Interaction (PPI), Analisis Pengayaan, Molecular Docking, Molecular Dynamics Simulation, kultur lini sel, MTT Assay, serta validasi qRT-PCR untuk menentukan adanya pengaruh senyawa Jahe Merah pada Kanker Kolorektal. Dari hasil eksplorasi secara in silico dan in vitro diketahui bahwa terdapat gen-gen yang diekspresikan bersama pada 6-Shogaol dengan Oxaliplatin dan 5-Fluorouracil masing-masing 9 dan 81 gen yang beririsan, dimana pada analisis selanjutnya diketahui bahwa gen BAX serta TP53I3 merupakan gen yang teregulasi pada treatment Ekstrak Jahe dan obat Anti-kanker. Hasil analisis validasi qRT-PCR menunjukkan gen BAX dapat menjadi gen target karena ekspresinya ter up regulasi terhadap pemberian treatment ekstrak jahe pada sel Caco-2.

---

Colorectal cancer (CRC) is the third most frequent malignancy and the second leading cause of cancer death worldwide. CRC is tightly associated with environmental and genetic factors. CRC treatment options include anti-cancer medicines, radiation, and tissue excision. The administration of anti-cancer medications is a typical therapeutic procedure utilized in CRC cases since it is minimally invasive and can reduce cancer cell proliferation. Anti-cancer medications such as oxaliplatin and 5-fluorouracil can frequently produce resistance in some CRC patients. The usage of natural components in anti-cancer therapy, such as Red Ginger (Zingiber officinale roscoe), has been shown to overcome resistance due to the compounds found in it, such as 6-shogaol and 6-gingerol. In this work, both in silico and in vitro analyses were performed to determine the effect of Red Ginger components on CRC. This study used the Caco-2 cell line and a variety of methods to determine the effect of Red Ginger compounds on Colorectal Cancer, including Differentially Expressed Genes (DEGs) analysis, Protein Protein Interaction (PPI), Enrichment Analysis, Molecular Docking, Molecular Dynamics Simulation, cell line culture, MTT Assay, and qRT-PCR validation. According to the results of in silico and in vitro exploration, there are genes that are co-expressed in 6-Shogaol with Oxaliplatin and 5-Fluorouracil, 9 and 81 overlapping genes, respectively, and further analysis reveals that the BAX and TP53I3 genes are regulated in Ginger Extract and anti-cancer drug treatment. The qRT-PCR validation results demonstrate that the BAX gene can be used as a target gene since ginger extract therapy increases its expression in Caco-2 cells."