Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 2286 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Yaseen Fajrie Yudha Ghozali
"Pada topologi, homeomorfisme adalah pemetaan antara ruang topologi yang bersifat bijektif, kontinu, dan memiliki invers kontinu. Keberadaan homeomorfisme antara dua ruang topologi mengakibatkan ruang-ruang tersebut dianggap sama secara topologi. Dalam topologi, salah satu masalah utama yang dihadapi adalah masalah penentuan keberadaan homeomorfisme antara dua ruang topologi. Invarian topologi adalah sifat dari ruang topologi yang tidak berubah terhadap homeomorfisme, sehingga invarian topologi sering digunakan pada penetuan keberadaan homeomorfisme antara ruang-ruang topologi. Salah satu invarian topologi pada topologi aljabar adalah grup fundamental, yang merupakan grup dari kelas-kelas ekuivalensi gelung (loop) pada ruang topologi. Teorema van Kampen adalah sebuah teorema mengenai homomorfisme antara grup fundamental dari ruang topologi, yang dapat digunakan untuk menentukan grup fundamental dari ruang topologi yang dapat didekomposisi menjadi ruang topologi yang lebih sederhana. Pada tugas akhir ini, dibuktikan kembali teorema van Kampen secara rinci.

In topology, homeomorphism is a bijective continuous mapping between topological spaces with continuous inverse. The existence of homeomorphism between two topological spaces results in those spaces being considered topologically equivalent. A main problem faced in topology is the problem of determining the existence of homeomorphism between two topological spaces. Topological invariant is a property of topological space that does not change under homeomorphism, so so topological invariants are often used in determining the existence of homeomorphisms between topological spaces. One of the topological invariants used in algebraic topology is fundamental space, which is the group of equivalence classes of loops in topological spacae. Van Kampen theorem is a theorem about homomorphism between fundamental group of topological spaces, which can be used to determine fundamental group of topological space that can be decomposed into simpler topological space. This thesis will provide a detailed proof of van Kampen theorem."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2024
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Vera Febriani
"Menurut badan kesehatan dunia World Health Organization (WHO) pada tahun 2015, sebanyak 70% penyebab kematian pada penyakit jantung disebabkan oleh penyakit jantung koroner (PJK). Tercatat 17,5 juta kematian atau setara dengan 30,0 % dari total kematian di dunia disebabkan oleh penyakit jantung koroner (WHO, 2017). Penyakit jantung koroner merupakan gangguan fungsi jantung yang disebabkan adanya plaque yang menumpuk di dalam pembuluh darah arteri sehingga mengganggu supply oksigen ke jantung. Hal ini menyebabkan aliran darah ke otot jantung menjadi berkurang dan terjadi defisiensi oksigen. Pada keadaan yang lebih serius dapat mengakibatkan serangan jantung. Faktor risiko penyakit jantung koroner diantaranya adalah Usia, Jenis Kelamin, Hipertensi, Kolesterol, Riwayat Keluarga dan sebagainya. Jika kemungkinan seseorang untuk menderita penyakit jantung koroner dapat diprediksi sejak awal berdasarkan faktor risiko yang ada, maka tingkat kematian akibat penyakit jantung koroner dapat ditekan menjadi lebih rendah.
Tesis ini mengusulkan Model Regresi Logistik Fuzzy untuk memprediksi kemungkinan seseorang untuk menderita penyakit jantung koroner. Tahap pertama dari penelitian ini adalah membangun model prediksi, kemudian mengestimasi nilai parameter dengan menggunakan metode least square. Selanjutnya pada tahap ketiga mengaplikasikan model yang didapatkan untuk memprediksi penyakit jantung koroner. Setelah itu melakukan uji kelayakan atau kesesuaian model dengan metode Mean Degree of Membership dan yang terakhir menghitung akurasi prediksi dengan menggunakan Confusion Matrix.

According to the World Health Organization (WHO) in 2015, as many as 70% of the causes of death in heart disease were caused by coronary heart disease (CHD). It was recorded that 17.5 million deaths or the equivalent of 30.0% of the world's total deaths were caused by coronary heart disease (WHO, 2017). Coronary heart disease is a disorder of heart function caused by plaque that builds up in the arteries so it interferes with oxygen supply to the heart. This causes blood flow to be reduced and oxygen deficiency occurs. In more serious situations it can prevent heart attacks. Risk factors for coronary heart disease are Age, Gender, Hypertension, Cholesterol, Family History and so on. If there is someone who is a victim of coronary heart disease can be predicted from the beginning, then there is likely to arise more.
This thesis proposes a Fuzzy Logistic Regression Model to predict the possibility of a person suffering from coronary heart disease. The first stage of this research is to build a predictive model, then estimate the parameter values using the least square method. Furthermore, in the third stage, apply a model to predict coronary heart disease. After that, test the feasibility or suitability of the model with the Mean Degree of Membership method and finally calculate the prediction accuracy using the Confusion Matrix.
"
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2021
T-Pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Oentoeng Soeradi
"ABSTRAK
Tikus jantan yang digunakan dalam penelitian ini berjumlah 360 ekor (LMR Strain, Wistar derivad), berumur 3 bulan dengan berat badan berkisar antara 135 - 140 gram. Tikus tersebut dibagi menjadi 4 kelompok, masing-masing terdiri atas 90 ekor. Tiap kelompok dibagi secara acak menjadi 10 subkelompok, masingmasing terdiri atas 9 ekor. Testis dari 7 ekor tikus dipapar dengan medan elektrostatik dari tegangan listrik searah 1 kV, 2 kV, 3 kV, 4 kV, 5 kV, 6 kV, dan 7 kV. Sedangkan 2 ekor sisanya digunakan sebagai kontrol dengan perlakuan dan kontrol tanpa perlakuan.
Tikus dimasukkan ke dalam tabung pralon, kemudian kedua testisnya dipapar dengan medan elektrostatik satu jam per hari selama 30 hari. Tikus kontrol dengan perlakuan diberi perlakuan sama dengan tikus percobaan, tetapi tanpa medan elektrostatik. Sedangkan tikus kontrol tanpa perlakuan tidak diberi perlakuan apapun. Semua tikus dikawinkan dengan tikus betina normal berumur 4 bulan dengan berat badan antara 135 - 140 gram, pada akhir pasca perlakuan 3, 30, 60, dan 90 hari selama 24 jam. Pemeriksaan sel-sel germinal secara kuantitatif dilakukan di stadium II, V, VII, X, dan XIII pada akhir keempat pasca perlakuan tersebut, yaitu setelah dicampur dengan tikus betina selama 24 jam.
Hasil penelitian yang diperoleh menunjukkan, bahwa pengaruh medan elektrostatik dari tegangan listrik searah 1 kV sampai 7 kV terhadap testis tikus adalah menimbulkan perubahan sebaran stadia epitel seminiferus yang sangat nyata.
Penelitian secara kuantitatif menunjukkan penyusutan yang sangat nyata pada spermatogonia A dan B, spermatosit primer (R, L, Z, P, dan Di) pada semua stadium yang diperiksa, yaitu pada stadium II, V, VII, X, dan XIII. Sampai pada akhir pasca perlakuan 90 hari, belum terlihat adanya pemulihan yang nyata dari sel-sel germinal. Sebaliknya tidak terlihat pengaruh yang nyata dari medan elektrostatik pada tegangan listrik searah 1 kV sampai 7 kV, terhadap spermatogonia In.
Tikus betina yang dikawinkan dengan tikus jantan dari kelompok percobaan 1 kV sampai 7 kV pada akhir pasca perlakuan 30, 60, dan 90 hari, semuanya hamil. Tetapi, jumlah anak yang dihasilkan memperlihatkan penurunan yang sangat nyata, dibandingkan dengan jumlah anak pada kelompok kontrol. Keadaan rasio seks dari keturunan yang dihasilkan pada kelompok tikus percobaan, tidak menunjukkan perbedaan yang nyata dengan rasio seks pada keturunan dari kelompok kontrol.
Anomali kongenital terdapat pada anak tikus jantan dan betina, yang dihasilkan dari perkawinan dengan tikus jantan percobaan dari tegangan listrik searah 6 kV dan 7 kV. Sedangkan perlakuan dengan medan elektrostatik dari tengangan listrik di bawah 6 kV tidak diperoleh anomali kongenital pada semua keturunannya, seperti halnya pada keturunan dari kelompok kontrol. Tipe anomali yang terlihat yaitu mikroftalmia bilateral, muka bulat agak sembab disertai pertumbuhan rambut yang tidak teratur, ujung kulit penis memanjang seperti praeputium, dan penyempitan gelang panggul pada beberapa ekor anak tikus betina. Rasio seks pada keturunan yang mengalami anomali tidak berbeda nyata dengan rasio seks pada keturunan dari kedua k

ABSTRACT
A total of 360 adult male rats (LMR Strain, Wistar de-rived), 3 months of old, 135 - 140 gr body weight were used in this investigation. Ninety rats each from the total were divided randomly into 10 groups of 9 rats each treated as follows. The first 7 rats of each groups were exposed to electrostatic field of 1 kV, 2 kV, 3 kV, 4 kV, 5 kV, 6 kV, and 7 kV potential respectyvely. The remaining 2 rats served as treated and untreated controls. The rats were put into plastic tubes, then each testis of the experimental rats was exposed to an electrostatic field between the electrodes for one hour. The treated control rats were put into plastic tubes, but were not exposed to the electrostatic field. Untreated control received no treatment. The treatment was given every day for 30 days. After 3, 30, 60, and 90 days of the series of treatment, all rats were mated to an adult female rat.
The purpose of the present study was, (1) to evaluate quantitatively the development of germ cells of seminiferous epithelium after exposure to electostatic field; (2) to evaluate whether treatment with an electrostatic field to the testis of adult rats can induced congenital anomalies.
The result presented show that the effect of electrostatic field of 1 kV to 7 kV cause significantly alteration in the distribution of stages of the cycle of seminiferous epithelium.
A quantitative investigation of the seminiferous epithelium at stages II, V, VII, X, and XIII of the spermatogenic cycle showed that A and B spermatogonia, all primary spermatocytes, and spermatids were significantly decreased. No recovery of these germinal cells were found up to 90 days after exposure to electrostatic field. However, In spermatogonia were not seriously affected by electrostatic field of 1 kV to 7 kV.
All female rats became prequant after being mated to treated male rats. However, the mean number of offspring of treated rats mated 3, 30, 60, and 90 days after exposure to electrostatic field of 1 kV to 7 kV for 30 days were significantly reduced in number of offspring as compared to control groups. The sex ratios of offspring in the experimental groups were unaffected by the different treatments. No significant difference was found in the sex ratios between the experimental groups and control groups.
Congenital anomalies were noted in both sexes of the offspring sired by rats exposed to an electrostatic field of 6 kV to 7 kV. No congenital anomalies were noted in offspring from rats treated with doses below 6 kV or in the control groups.
Several anomalies were evident such as microthalmy and "round face" with omnidirectional hair growth. The external genitalia of some adult male offspring were affected in some instances with elongation of the foreskin of the penis (praeputium like), and a narrow pelvic girdle was found in some adult female offspring. The sex ratio of offspring with congenital anomalies from 3, 30, 60, and 90 days after exposure to 6 kV or 7 kV were not significantly different from that found in the control groups.
"
Depok: Universitas Indonesia, 1987
D331
UI - Disertasi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Harum Ananda Setyawan
"Karet merupakan salah satu komoditas penyumbang Produk Domestik Bruto (PDB) terbesar Indonesia. Indonesia merupakan negara dengan lahan karet terluas di dunia. Namun hasil karet yang diproduksi oleh Indonesia masih kalah dibanding Thailand. Hal tersebut disebabkan oleh pemberian pupuk, pestisida, dan perlindungan tanaman yang masih belum maksimal. Untuk perlindungan tanaman karet, di Indonesia biasanya dilakukan melalui penelitian daun karet. Akan tetapi, hal tersebut sangatlah tidak efisien dibanding dengan luas lahan yang ada. Sehingga diperlukan suatu metode yang lebih efisien untuk mendeteksi penyakit pada tanaman karet. Pada penelitian ini, penulis merancang suatu metode pendeteksian dini pengendalian penyakit tanaman karet menggunakan metode k-means clustering dan spectral clustering menggunakan citra digital yang diambil menggunakan drone. Melalui penelitian ini, diharapkan produksi tanaman karet dapat ditingkatkan dikarenakan proses pengendalian penyakit yang lebih efisien. Dengan penelitian ini, lahan karet sehat dan bergejala penyakit dapat dikelompokkan ke masing-masing klaster. Untuk selanjutnya, untuk lahan karet bergejala penyakit dapat dilakukan penelitian lebih lanjut untuk mengetahui jenis penyakit dan level penyakit yang dialami. Pendeteksian penyakit tanaman karet pada penelitian ini memiliki hasil 0,702 untuk k-means clustering dan 0,566 untuk spectral clustering dengan metode evaluasi silhouette score. Hal tersebut dikarenakan data citra yang masih sangat terbatas baik dalam jumlah maupun teknik pengambilan gambar. Namun untuk evaluasi menggunakan mean dan standard deviation, Spectral Clustering dengan perspective transform memiliki hasil yang lebih baik. Metode Spectral Clustering dengan data yang telah dilakukan perspective transform mampu mengklaster lahan karet yang hijau dan agak menguning.

Rubber is one of the largest contributors to Indonesia's Gross Domestic Product (GDP). Indonesia is a country with the largest rubber plantation in the world. However, the rubber produced by Indonesia is still inferior to Thailand. This is caused by the provision of fertilizers, pesticides, and plant protection that is still not optimal. For the protection of rubber plants, in Indonesia it is usually done through rubber leaf research. However, this is very inefficient compared to the existing land area. So we need a more efficient method to detect diseases in rubber plants. In this study, the authors designed a method for early detection of rubber plant disease control using the k-means clustering method and spectral clustering using digital images taken using drones. Through this research, it is hoped that the production of rubber plants can be increased due to a more efficient disease control process. With this research, healthy rubber fields and disease symptoms can be grouped into each cluster. Henceforth, for rubber fields with disease symptoms, further research can be carried out to determine the type of disease and the level of disease experienced. The detection of rubber plant diseases in this study had satisfactory results, namely  for k-means clustering and  for spectral clustering. This is because the image data is still very limited both in number and technique of taking pictures. However, for evaluation using the mean and standard deviation, Spectral Clustering with perspective transform has better results. The Spectral Clustering method with data that has been carried out with perspective transform is better able to cluster green and slightly yellow rubber land."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2022
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Muhammad Remzy Syah Ramazhan
"Coronavirus disease 19 (COVID-19) adalah penyakit pernapasan menular yang pertama kali terdeteksi di Kota Wuhan, Provinsi Hubei, China. Penyakit ini memiliki gejala umum yang mirip dengan gejala penyakit pernapasan lain seperti alergi, flu, dan pilek. Tetapi setiap penyakit membutuhkan obat dan perawatan yang berbeda-beda. Sehingga, penting bagi penderita untuk mendapatkan diagnosis yang tepat atas penyakit yang diderita. Diagnosis biasanya dilakukan dengan pertemuan langsung antara dokter dan pasien. Akan tetapi, cara ini memiliki banyak hambatan, seperti: membutuhkan banyak waktu dan biaya. Selain itu, cara ini juga berpotensi menularkan penyakit kepada orang lain. Oleh karena itu, diajukan implementasi chatbot untuk mengatasi hambatan dalam melakukan diagnosis COVID-19. Chatbot menerima input data berupa gejala yang dialami pasien. Data tersebut terlebih dahulu diubah menjadi data tabular untuk kemudian dilakukan klasifikasi jenis penyakit dengan bantuan algoritma machine learning. Pada Penelitian ini, akan dilakXGBoost pada data gejala yang dipublikasikan oleh Walter Conway di situs Kaggle. Hasil penelitian menunjukkan bahwa model Random Forest memiliki kinerja terbaik pada data testing dengan skor rata-rata accuracy sebesar 93.38%, precision sebesar 96.58%, recall sebesar 93.38%,F1-Score sebesar 94.32%, specificity sebesar 99.73%, Geometric Mean sebesar 95.94%, dan waktu training selama 0.33 detik.

Coronavirus disease 19 (COVID-19) is an infectious respiratory disease that was first detected in Wuhan City, Hubei Province, China. This disease has general symptoms that are similar to the symptoms of other respiratory diseases such as allergies, flu, and colds. But each disease requires different medications and treatments. Thus, it is important for patients to get a proper diagnosis of the disease they are suffering from. Diagnosis is usually made by direct meeting between doctor and patient. However, this method has many obstacles, such as: it takes a lot of time and money. In addition, this method also has the potential to transmit the disease to others. Therefore, it is proposed to implement a chatbot to overcome obstacles in diagnosing COVID-19. The chatbot receives input data in the form of symptoms experienced by the patient. The data is first converted into tabular data and then the classification of the type of disease is carried out with the help of machine learning algorithms. In this study, a diagnosis of COVID-19 will be carried out using the Random Forest and XGBoost models on symptom data published by Walter Conway on the Kaggle website. The results showed that the Random Forest model had the best performance on data testing with an average score of 93.38% accuracy, 96.58% precision, 93.38% recall, 94.32% F1-Score, 99.73% specificity, and 95.94% Geometric Mean, and the training time is 0.33 seconds."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Penngetahuan Alam Universitas Indonesia, 2022
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Qonita Wafa Salsabila
"Misalkan graf G terdiri dari himpunan tak kosong V yang dinamakan sebagai himpunan simpul dan himpunan E yang disebut sebagai busur. Jarak adalah panjang lintasan terpendek antara dua pasang simpul, dan diameter merupakan maksimum jarak antar pasang simpul dalam graf tersebut. Geodesik pelangi pada pewarnaan busur di graf G merupakan lintasan terpendek antara dua pasang simpul yang tidak mengandung pengulangan warna. Pewarnaan pelangi kuat lokal-d pada graf G merupakan pewarnaan dimana terdapat geodesik pelangi untuk setiap antar pasangan simpul dengan jarak maksimum d. Jumlah warna minimum yang dibutuhkan agar graf G memiliki pewarnaan pelangi kuat lokal-d adalah bilangan keterhubungan pelangi kuat lokal-d (d-local strong rainbow connection number) yang dinotasikan sebagai lsrc_d. Misalkan graf G dan H merupakan graf berderajat m, n berturut-turut. Graf hasil operasi korona dari graf G dan H, G ⊙ H merupakan graf yang diperoleh dengan mengambil satu salinan dari graf G dan m salinan dari graf H, lalu tiap simpul dari salinan ke-i graf H dihubungkan dengan simpul ke-i dari graf G. Pada penelitian ini, akan diberikan konstruksi pewarnaan pelangi kuat lokal pada graf hasil operasi korona antara graf berdiameter maksimum dua beserta bilangan keterhubungan pelangi kuat lokalnya.

Let graph G=(V,E) consists of a non-empty set of vertices V and set E that is said to be edge. Distance in graph G is the number of edges of a shortest path between two vertices and the shortest path between two vertices is called geodesic. A rainbow geodesic in an edge-colored graph G is a shortest path between a pair of vertices in which doesn’t contain color repetition. A local strong rainbow coloring of G is a coloring where there is a rainbow geodesic between each pair of vertices with a maximum d-distance. The minimum number of colors required for a graph to have local strong rainbow coloring is called local strong rainbow connection number-d, written as lsrc_d. Suppose that graphs G and H are graphs of degree m and n, respectively. The corona product of G and H, G ⊙ H is a graph obtained by taking a copy of graph G and m copies of graph H, then each vertex of the i-th copy of H is connected to the i-th vertex of G. In this research, we construct the d-local strong rainbow coloring of corona product of graph with maximum diameter of 2 and its local strong rainbow connection numbers."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2022
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Siska Wulandari
"Dalam tulisan ini akan dibahas koefisien korelasi polychoric yang dapat digunakan untuk menaksir kekuatan hubungan linier antara dua variabel random kontinu dimana data yang teramati adalah data ordinal yang dibentuk oleh kedua variabel kontinu tersebut. Metode untuk menaksir besarnya koefisien korelasi polychoric, yang akan dijelaskan dalam tulisan ini adalah metode taksiran dua tahap. Metode taksiran dua tahap membutuhkan asumsi kenormalan bivariat standar untuk kedua variabel random kontinu awal. Walaupun demikian, akan ditunjukkan (melalui simulasi) bahwa taksiran koefisien korelasi polychoric yang didapat robust terhadap asumsi tersebut. Selain itu, dalam tulisan ini juga akan diberikan simulasi perbandingan antara koefisien korelasi kendall`s tau dengan koefisien korelasi polychoric relatif terhadap koefisien korelasi yang sesungguhnya dan hasilnya menunjukkan bahwa koefisien korelasi polychoric memiliki nilai yang lebih dekat dengan koefisien korelasi yang sesungguhnya."
Depok: Universitas Indonesia, 2008
S27750
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Erizkia Melati
"Penyejajaran antar barisan DNA dilakukan untuk melihat tingkat kemiripan antara barisan tersebut. Sebagian besar metode dalam penyejajaran barisan menggunakan pendekatan program dinamik. Salah satu metode yang sering digunakan adalah Metode Needleman-Wunsch. Pada metode tersebut semua lintasan yang ada ditelusuri. Metode yang digunakan dalam tugas akhir ini, tidak menelusuri semua lintasan yang ada. Lintasan yang ditelusuri adalah lintasan yang skornya dibatasi oleh suatu nilai tetap tertentu. Pada percobaan yang telah dilakukan, nilai batas tersebut menentukan diperoleh atau tidaknya lintasan yang dicari dalam penyejajaran barisan."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2008
S27823
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Saepul Manap
"Phylogenetic tree merupakan suatu diagram berbentuk tree yang merepresentasikan hubungan evolusi atau kekerabatan antar spesies yang hidup di bumi. Phylogenetic tree dibentuk berdasarkan struktur genetik spesies yang dinyatakan dalam sekuens DNA atau protein. Penulisan tugas akhir ini bertujuan untuk membangun sebuah aplikasi berbasis web yang digunakan untuk membangun phylogenetic tree dari sebuah matriks jarak (distance matrix) berdasarkan sekuens DNA. Metode pembentukan tree yang dipakai dalam aplikasi ini adalah metode berdasarkan jarak (distance methods) dan algoritma yang dipakai adalah neighbor-joining (NJ). Algoritma ini memerlukan input berupa matriks jarak dan menghasilkan output berupa tree. Tree yang dihasilkan dapat dipakai untuk melihat hubungan kekerabatan antar spesies yang terlibat atau spesies yang dibandingkan. Aplikasi ini dibuat dengan menggunakan bahasa pemrograman php yang bersifat open source, sehingga dapat diakses secara online.
Kata kunci : phylogenetic tree, matriks jarak, neighbor-joining, sekuens DNA.
viii + 70 hlm.; lamp.
Bibliografi: 12 (2002-2008)"
Depok: Universitas Indonesia, 2008
S27761
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Pudiahwai Anton Wibowo
"Salah satu dari masalah-masalah dominan pada komputasi biologi molekuler adalah penyejajaran barisan berganda (Multiple Sequence Alignment - MSA) dari DNA. Banyak metode yang telah diajukan untuk menyelesaikan masalah MSA seperti pemrograman dinamik dan heuristik. Satu metode telah diajukan oleh Althaus et al. untuk menyelesaikan masalah MSA yang didasarkan pada pemrograman linear bilangan bulat (Integer Linear Programming - ILP). Formulasi ILP umum dari masalah MSA diturunkan dari representasi graf dari masalah MSA. Walaupun formulasi ILP umum dari masalah MSA diketahui, membentuk model ILP dari suatu masalah MSA yang dapat diselesaikan langsung menggunakan suatu solver ILP tidaklah mudah. Sebuah program yang dapat membangun dan menyelesaikan model ILP dari sebuah masalah MSA menggunakan MATLAB telah dibuat. Metode yang digunakan untuk menyelesaikan model ILP tersebut adalah branch-and-bound. Program yang telah dibuat dapat menghasilkan model ILP dari sembarang masalah MSA yang diberikan tetapi hanya dapat menyelesaikan masalah MSA dari sejumlah kecil barisanbarisan DNA yang pendek. Hasil dari program tersebut adalah penejajaran barisan-barisan DNA dari masalah MSA yang diberikan.

One of the dominant problems in computational molecular biology is multiple sequence alignment (MSA) of DNA. Many methods have been proposed to solve MSA problem such as dynamic programming and heuristic. A method has been proposed by Althaus et al. to solve MSA problem which is based on integer linear programming (ILP). The general ILP formulation of the MSA is derived from the graph representation of the MSA problem. Although we have the general ILP formulation of the MSA problem, constructing the ILP model of an MSA that can be solved directly using an ILP solver is not straightforward. We develop a MATLAB program that can generate and solve the ILP model of an MSA problem. The method that is used to solve the ILP model is branch-and-bound. The constructed program can generate the ILP model of any given MSA problem but can only solve an MSA problem of a small number of short DNA sequences. The result of the program is the aligned sequences of the MSA problem."
Depok: Universitas Indonesia, 2008
S27763
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>