Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Abstract:Describes the fundamentals, practices, and applications of protein crystallography. This textbook also describes mathematical and physical concepts. It distills key concepts for understanding the practice and analysis of protein crystal structures and contains examples of biologically-relevant molecules, complexes, and drug target structures"

"Protein envelope merupakan salah satu protein struktural virus dengue (DENV) yang berperan dalam proses fusi virus ke dalam sel host. Proses fusi berperan penting dalam mentransfer materi genetik ke dalam sel host untuk pembentukan virus baru. Proses fusi dimediasi oleh perubahan konformasi struktur protein dimer menjadi trimer. Penelitian terdahulu menunjukkan adanya cavity pada struktur dimer protein envelope. Adanya suatu ligan yang dapat menempati cavity pada protein envelope dapat menstabilkan struktur dimer atau menghambat transisi dimer protein envelope menjadi bentuk trimer sehingga proses fusi dapat dicegah. Penelitian ini bertujuan untuk merancang peptida siklis dengan ikatan prolin-prolin yang digunakan sebagai inhibitor fusi protein envelope DENV melalui molecular docking dan simulasi molecular dynamics. Screening 3883 peptida siklis dengan ikatan prolin-prolin melalui molecular docking didapatkan lima ligan terbaik. Sifat farmakologi dan toksisitas dari ligan terbaik diprediksi secara in silico. Hasil prediksi menyatakan bahwa PYRRP merupakan ligan terbaik. Ligan PAWRP juga dipilih sebagai ligan terbaik karena memiliki afinitas yang baik dengan cavity protein. Stabilitas kompleks protein-ligan dianalisa dengan simulasi molecular dynamics. Hasil simulasi molecular dynamics menunjukkan bahwa ligan PYRRP dapat membuat struktur dimer protein envelope DENV stabil pada 310 K dan 312 K. Sedangkan ligan PAWRP lebih aktif membentuk kompleks dengan protein envelope DENV pada 310 K dibandingkan pada 312 K. Oleh karena itu, ligan PYRRP memiliki potensi sebagai inhibitor fusi DENV.

---

Envelope protein is one of the structural proteins of DENV engaged in virus fusion process into the host cell. Fusion process plays an important role in transfering genetic material into the host cells to form a new virion. The fusion process is mediated by the conformation change of protein structure from dimer to trimer state. The previous research shows the existing cavity on the dimer structure of the envelope protein. The existing ligand that is able to get into cavity on the envelope protein can stabilize the dimer structure or hamper the transition of dimer protein into trimer, so that the fusion process can be prevented.

This aims of research to design the cyclic peptide by prolin-prolin bond as fusion inhibitor of DENV envelope protein through molecular docking and molecular dynamics simulation. Screening 3883 of cyclic peptide by prolin-prolin bond through molecular docking got the best five ligans as inhibitors. Pharmacological and toxicity properties of the best ligans were predicted by in silico. The result expressed that PYRRP is the best ligand. PAWRP is also chosen as the best ligan because it has a good affinity with cavity protein. Complex stability of ligan protein was analyzed by molecular dynamics simulation.

The result shows that PYRRP ligand can make the dimer structure of DENV envelope protein stable in 310 K and 312 K. While PAWRP ligand actively forms the complexity with the DENV envelope protein in 310 K compared to 312 K. Thus the PYRRP ligand has a potential as DENV fusion inhibitor."

"Otodus megalodon merupakan spesies hiu yang sudah punah yang berasal dari ordo Laminformes dan famili Otodontidae. Spesies hiu purba tersebut merupakan predator puncak terbesar yang pernah ada dengan ukuran bisa mencapai 20 meter dan bobot 30 ton. Sebagian peneliti mengaitkan hiu purba tersebut berkerabat dengan hiu putih (Carcharodon carcharias), dan sebagian lainnya hanya menganggap bahwa hiu putih merupakan yang memiliki ekologi yang hampir mirip dengan O. megalodon saja. Sebagai spesies yang sudah punah, O. megalodon biasanya hanya menyisakan fosil gigi dan ruas tulang belakang saja. Fosil-fosil tersebut dapat ditemukan di Indonesia tepatnya di Desa Gunung Sungging, Kecamatan Surade, Kabupaten Sukabumi, Jawa Barat. Penemuan fosil tersebut sempat mengejutkan masyarakat luas pada awal tahun 2020, kemudian menjadikan satu-satunya temuan fosil yang tercatat di Indonesia dengan jumlah catatan terbanyak. Fosil-fosil tersebut ditemukan di beberapa lahan terbuka dan berasal dari lapisan batu pasir sebagai penanda asal batuan tersebut, yakni dasar laut. Berdasarkan temuan tersebut, beberapa fosil yang masih dalam kondisi sempurna yaitu sebanyak 34 fosil dari total 524 koleksi dapat dijadikan sampel untuk mengestimasi ukuran dan bobot tubuhnya melalui rumus Perez dan Shimada. Berbagai masing-masing ukuran yang diduga mewakili satu individu O. megalodon bervariasi antara 10,36 sampai 21,56 meter. Bobot rata-rata yang diestimasikan sebesar 46,73 ton. Ukuran yang cukup besar mengingat semua fosil-fosil gigi yang dihitung menunjukkan individu dewasa.

---

Otodus megalodon is an extinct shark that came from the order Lamniformes and the family of Otodontidae. This prehistoric shark is the biggest apex predator ever at 20 meters in length and 30 tons of weight. Some researchers associate these ancient sharks with the white shark (Carcharodon carcharias), and others only think that the white shark has an ecology that is almost similar to O. megalodon. As an extinct species, O. megalodon just left its teeth and vertebra centrum fossils behind. They can be found in Indonesia, precisely in Gunung Sungging Village, Surade District, Sukabumi Regency, West Java. Those discoveries surprised the locals in early 2020, making it the only one in Indonesia with the greater number of fossils recorded. These fossils were found in several open areas and came from layers of sandstone as a marker of the origin of these rocks, namely the seabed. Thus, every single fossil which remains in perfect condition can be measured for the total length and weight of O. megalodon individual through Perez and Shimada equation. The various sizes that are thought to represent a single O. megalodon individual vary between 10.36 to 21.56 meters. The estimated average weight is 46.73 tons, which is quite big considering that all the tooth fossils counted show an adult individual.

"

"This book will focus on recent developments in isotope labeling methods for structural studies of small molecules, peptides, proteins and nucleic acids. The aim of the book is to serve as a compendium of isotope labeling for the biomolecular NMR community providing comprehensive coverage of the existing methods and latest developments along with protocols and practical hints on the various experimental aspects. The book will cover a wide range of topics in isotope labeling under one title including emerging areas of metabolonomics and solid state NMR."

"

Indonesia sebagai salah satu negara berkembang di dunia memiliki permasalahan terkait sampah yaitu timbulan sampah yang terus meningkat dan kepedulian masyarakat yang masih rendah terkait pengelolaan sampah. Penerapan Waste to Energy dapat mengatasi permasalahan dari sampah dikarenakan dapat mengurangi timbulan sampah yang dibuang ke TPA. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk menganalisis sampah ITC Cempaka Mas dengan metode Selective Dissolution Method untuk mengetahui apakah penggunaan bahan bakar alternatif yang terbuat dari sampah dapat mengurangi emisi CO₂ pada proses produksinya. ITC Cempaka Mas sebagai salah satu mall terbesar di Jakarta menghasilkan sampah sebanyak 27 ton perharinya yang terdiri dari 51.71% sampah organik dan 48.29% sampah inorganik. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi komposisi dari sampel bahan bakar alternatif yang terbuat dari sampah ITC Cempaka Mas mana yang paling efektif dalam mengurangi emisi CO₂ jika digunakan dalam proses produksi pembuatan semen. Variabel bebas yang digunakan adalah melakukan variasi komposisi sampel bahan bakar alternatif. Sampel 1 memliki komposisi sama dengan komposisi sampah ITC Cempaka Mas; sampel 2 terdiri dari 80% kertas dan 20% plastik; sampel 3 20% kertas dan 80% plastik; sampel 4 terdiri dari 20% kertas, 60% plastik, dan 20% organik; dan sampel 5 terdiri dari 60% kertas, 20% plastik, dan 20% organik. Hasil yang didapat pada penelitian ini adalah bahwa sampel 4 memiliki faktor emisi paling besar jika digunakan sebagai bahan bakar alternatif yaitu 3705.9 Kg CO₂/Ton RDF dan sampel 5 memiliki faktor emisi paling rendah yaitu 1523.59 Kg CO₂/Ton RDF. Sampel 1 merupakan sampel yang paling efektif digunakan sebagai bahan bakar alternatif dikarenakan memiliki rasio emisi CO₂ yang paling kecil diantara sampel lainnya sehingga dapat mengurangi emisi CO₂ sebesar 1267 x 10⁷ jika dibandingkan dengan B-C Oil, 6715.1 x 10⁷ jika dibandingkan dengan Bituminous Coal dan 3305.6 x 10⁹ jika dibandingkan dengan Anthracite Coal.

 

---

Indonesia as one of the developing countries in the world has a problem related to waste, namely increasing waste generation and low public awareness regarding waste management. The application of Waste to Energy can overcome the problem of waste that can be reduced by the generation of waste disposed to the landfill. The purpose of this study was to analyze the waste of ITC Cempaka Mas with the Selective Dissolution Method method to find out whether using alternative fuels made from garbage can be used to transfer emissions in the production process. ITC Cempaka Mas as one of the biggest malls in Jakarta produces 27 tons of garbage per day which consists of 51.71% organic waste and 48.29% inorganic waste. This study aims to determine the variation in composition of alternative fuel samples made from ITC Cempaka Mas waste which is the most effective in reducing CO2 emissions if used in the production process of making cement. The independent variable used is to vary the composition of alternative fuel samples. The sample 1 has the same composition as the composition of ITC Cempaka Mas waste; sample 2 consists of 80% paper and 20% plastic; sample 3 20% paper and 80% plastic; sample 4 consists of 20% paper, 60% plastic, and 20% organic; and sample 5 consisted of 60% paper, 20% plastic, and 20% organic. The results obtained in this study are that sample 4 has the largest emission factor if it is used as an alternative fuel, namely 3705.9 Kg CO2 / Ton RDF and sample 5 has the lowest emission factor which is 1523.59 Kg CO2 / Ton RDF. Sample 1 is the most effective sample used as an alternative fuel because it has the smallest CO2 emission ratio among other samples so that it can reduce CO2 emissions by 1267 x 107 when compared to BC Oil, 6715.1 x 107 when compared to Bituminous Coal and 3305.6 x 109 when compared to Anthracite Coal.

 

"