Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Paparan zat karsinogen seperti benzena yang berasal dari lingkungan secara terus menerus diduga dapat memberikan kontribusi radikal yang dapat berinteraksi dengan DNA, sehingga menghasilkan 8-hidroksi-2?-deoksiguanosin (8-OHdG) yang menjadi biomarker kerusakan oksidatif DNA. Penelitian ini dilakukan dengan mereaksikan basa DNA 2?-deoksiguanosin 5?-monofosfat dengan benzena. Pembentukan 8-OHdG dilakukan pada suhu 37 ºC dan 60 ºC, pH 7,4 dan 8,4, dengan waktu reaksi 5 jam serta dengan variasi Fe(II) dan H2O2 sebagai reagen Fenton. Hasil adduct dianalisis dengan HPLC reversed phase dengan detektor UV pada panjang gelombang 254 nm. Eluen yang digunakan adalah campuran buffer fosfat pH 6,7 10 mmol/L dan metanol (85:15). Pada penelitian ini diperoleh bahwa waktu retensi dGMP standar adalah 7,3 menit dan waktu retensi 8-OHdG standar adalah 9,0 menit. Pembentukan 8-OHdG dari dGMP dengan benzena dan penambahan Fe(II) pada pH 8,4 dan suhu 60 ºC menunjukkan hasil lebih banyak daripada pH 7,4 dan suhu 37 ºC. Hasil yang dilakukan dengan penambahan hidrogen peroksida juga menunjukkan pembentukan 8-OHdG yang lebih banyak pada pH 8,4 dan suhu 60 ºC daripada pH 7,4 dan suhu 37 ºC.

---

Carcinogenic substance exposure such as benzene from circles continue has predicted given radical that can interacted with DNA, which triggered product 8-hidroksi-2?-deoksiguanosin (8-OHdG) as biomarker oxidative DNA damage. Formation of 8-OHdG was performed by reacting the nucleotide 2?-deoxyguanosine -5?-monophosphate (dGMP) with benzene and added variation of Fe(II) with hydrogen peroxide as Fenton reagent, at 37 dan 60, pH 7,4 and 8,4, for 5 hour reaction time. The adduct obtained from these reaction were analyzed using reversed phase HPLC with UV detector at a wavelength of 254 nm. Eluent was used in this research was a mixture of phosphate buffer pH 6,7 10 mmol/L and methanol (85:15). The retention time of dGMP and 8-OHdG standart obtained at 7,3 minute and 9,0 minute respectively. Reaction between dGMP and benzene, Fe(II), and hydrogen peroxide showed that 8-OHdG formed as consequence of oxydative stress. 8-OHdG that formed from dGMP with benzena and added of Fe(II) in pH 8,4 and 60ºC in greater quantities than in pH 7,4 and 37ºC. Also 8-OHdG formed which by added of hydrogen peroxide has in greater quantities in pH 8,4 and 60ºC in greater quantities than in pH 7,4 and 37ºC.

Abstrak :
Penyejajaran antar barisan DNA digunakan untuk melihat tingkat kemiripan dari barisan DNA tersebut. Sebagian besar metode dalam penyejajaran barisan menggunakan pendekatan program dinamik. Salah satu metode yang sering digunakan adalah metode Needleman-Wunsch. Pada metode Needleman-Wunsch semua karakter pada barisan-barisan tersebut disejajarkan sehingga dapat terlihat kemiripan dari barisan-barisan DNA tersebut. Metode yang digunakan dalam tugas akhir ini tidak menyejajarakan seluruh karakter dari barisan-barisan DNA. Metode ini hanya menyejajarkan pasangan segmen dari dua barisan DNA. Hasil dari metode ini adalah pasangan segmen dari dua barisan DNA yang memiliki kemirian paling besar.

Abstrak :
Penilaian morfokinetik embrio dipakai untuk seleksi embrio. Penelitian cohort ini bertujuan untuk evaluasi hubungan antara jumlah salinan mtDNA di cumulus granulosa cells (CGCs) dengan parameter morfokinetik embrio dan status kromosom. Perhitungan jumlah salinan mtDNA menggunakan real-time PCR pada 129 sample CGCs dari 30 pasien yang mengikuti program IVF-IMSI di Morula IVF Jakarta antara Juli-Oktober 2020. Hubungan antara jumlah salinan mtDNA di CGCs dengan semua parameter menggunakan analisa bivariate dan multiple. Terdapat hubungan signifikan antara jumlah salinan mtDNA di CGCs dengan pencapaian blastokista setelah dikontrol variabel usia maternal dan morfologi sperma (coefficient 0.832, p-value = 0.032, RR value 2.299). Hubungan signifikan pada jumlah salinan mtDNA di CGCs dengan fase awal perkembangan embrio M1 (t2-t8), dengan persamaan M1 adalah 5.702-0.271 jumlah salinan mtDNA di CGCs + 0.017 usia maternal + 0.013 motilitas sperma – 0.115 morfologi sperma (p-value = 0.032). Ditemukan hubungan tidak signifikan antara jumlah salinan mtDNA di CGCs dengan parameter morfokinetik lainnya (M2: tC-tEB, M3: t2-tEB, DC, RC, MN dengan P> 0.05), serta dengan status kromosom embrio (euploid: 139.44 ± 133.12, aneuploid: 142.40 ± 111.30, p= 0.806). Penelitian ini menunjukkan bahwa jumlah salinan mtDNA di CGCs merupakan biomarker untuk memprediksi pencapaian blastokista dan fase awal perkembangan embrio, tetapi tidak status kromosom. ......This cohort study evaluates the association between the mtDNA copy number in cumulus granulosa cells (CGCs) with embryo morphokinetic parameters and chromosomal status. mtDNA copy number of 129 CGCs from 30 patients undergoing the IVF-IMSI program at Morula IVF Jakarta between July-October 2020 were analyzed using real-time PCR. Bivariate and multiple analyses were conducted to see its relationship with all parameters. There was a significant correlation between the mtDNA copy number and the blastocyst after adjusting the maternal age and sperm morphology (coefficient 0.832, p-value = 0.032, RR value 2.299). A significant link was observed between mtDNA copy number in CGCs and early embryo developmental phase M1 (t2-t8), with the equation of M1 is 5.702 - 0.271 mtDNA copy number of CGCs + 0.017 maternal age + 0.013 sperm motility -0.115 sperm morphology (p-value = 0.032). No correlation was found between the mtDNA copy number in CGCs with the other morphokinetic parameters (M2: tC-tEB, M3: t2-tEB, DC, RC, MN with p> 0.05), and the chromosomal status (euploid: 139.44 ± 133.12, aneuploid: 142.40 ± 111.30, p= 0.806). mtDNA copy number in CGCs can serve as a useful biomarker for blastocyst status and early embryo developmental phase but not for chromosomal status.

Abstrak :
Pendahuluan: Barier alamiah berupa membrane sel, kompartemen endosom, dan membrane inti sel yang menghalangi DNA ekstraseluler untuk mencapai target kerja dalam inti sel dalam mengawali proses pembentukan protein transgen. Sistem penghantar DNA, dalam hal ini protein penghantar DNA (PPD) dikembangkan untuk menghindari penghalang seluler tersebut. Karena sel tubuh berada dalam keadaan tidak membelah, maka diharapkan PPD tersebut dapat berfungsi pada sel tidak membelah. Metodologi: Metodologi yang dipakai adalah telaah literature, pengkloningan, dan uji in vitro. Dilakukan telaah literature untuk mencari peptida yang memiliki 1) kemampuan untuk masuk ke dalam sel/ berfusi dengan membran sel hospes, 2) kemampuan mengikat DNA, 3) kemampuan menghantarkan DNA melalui nuclear localization signal (NLS). Sekuen protein diubah menjadi DNA dengan menggunakan perangkat lunak. Setelah menjadi fragmen DNA, maka langkah selanjutnya DNA di klon ke dalam plasmid pQE80L untuk menghasilkan plasmid rekombian pengekspresi PPD. PPD diperoleh dengan cara mengekspresikannya ke dalam sistem prokariota. Setelah PPD dimurnikan, dilakukan uji fungsi kemampuan PPD menghantarkan DNA pada sel kultur membelah dan tidak membelah. Hasil: Berdasarkan telaah literature dihasilkan 5 rancangan PPD ALMR, SIMR, VPMR, THB2 dan THB4. Studi bioinformatika menunjukkan THB4 tidak dapat mengikat DNA dan bergerak ke inti sel. Proses pengkloningan menghasilkan 4 klon dan salah satu dari 4 kandidat PPD, THB2, tidak dapat diekspresikan dalam prokariota. ALMR, SIMR dan VPMR memiliki kemampuan untuk mengikat DNA dan melindungi DNA dari efek nuclease. Uji in vitro menunjukkan hanya ALMR yang dapat menghantarkan pcDNA3.1eGFP ke inti yang ditandai oleh ekspresi transgen oleh CHOK1. Jika dibandingkan dengan Lipofectamine, efektivitas penghantaran DNA oleh ALMR pada sel membelah kurang efektif,namun penghantaran DNA oleh ALMR pada sel tidak membelah lebih efektif dibandingkan Lipofectamine. Penambahan ALMR ke dalam komplek Lipofectamine:DNA dapat meningkatkan efisiensi penghantaran DNA dan viabilitas sel. Kesimpulan: PPD yang dapat mengikat, melindungi, dan menghantarkan DNA ke dalam sel membelah dan tidak membelah telah berhasil diperoleh. Penggabungan PPD dengan lipofectamine dapat meningkatkan efisiensi dan efektivitas penghantaran DNA kedalam sel tidak membelah serta meningkatkan viabilitas sel tidak membelah pasca transfeksi.

---

Background: The journey of extracellular DNA to reach its active site, nucleus, is dependent on its capability to overcome cellular barriers such as cell membrane, endosomal compartment and nuclear membran. To overcome such natural barriers, we developed peptide-mediated DNA delivery system that could deliver DNA especially into non-dividing cells as the majority of human cells are found in nondividing state. Methodology: Based on literature studies we found peptides that have capability 1) to translocate/fuse with cellular membrane, 2) to bind DNA and protect DNA from nuclease 3) as nuclear localization signal (NLS). We convert peptides into DNA sequences by using software. DNA coding peptide-mediated DNA delivery systems were synthesized by commercially and manually using conventional PCR. The DNA fragments were cloned into prokaryote-expression systems. After expression and purification, peptide-mediated DNA delivery systems were tested their capability to increase the efficiency and effectiveness of the transformation of extracellular DNA in dividing and non-dividing cells. Result: We constructs 5 candidates of peptide-mediated delivery system. One of them has no capability to bind DNA and located using nucleus. One of the rest peptidemediated delivery system could not be expressed in prokaryote system. Furthermore, three candidates have capability to binds DNA and protect DNA from nuclease degradation. Based on in vitro study, only one candidate has the capability to deliver DNA pcDNA3.1 eGFP into CHOK1 nucleus that marked by the expression of transgen. Compared to the Lipofectamine, a commercial delivery system, the capability of ALMR to deliver DNA into dividing cell is less efficient, but the capability of ALMR to deliver DNA into non-dividing cells is more efficient compare to Lipofectamine. The addition of ALMR into lipofectamine-DNA complex could increasing both the percentage of transgeneexpressing cells and viability of cell. Conclusions: We have gained one peptide-mediated delivery system that could bind, protect and deliver DNA from extracellular into intracellular environment of dividing and non dividing cells. The addition of peptide-mediated delivery into Lipofectamine could increase the efectivity of DNA transformation and increase the cell viability.

Abstrak :
DNA Mitokondria (mtDNA) terdiri dari 16.569 pasang basa (pb), hanya 6x10 ®% dari seluruh genom manusia, tetapi kontribusi mtDNA dalam pengetahuan terhadap evolusi, sejarah^jopulasLmanusia^daayariasi genetik. antar Individu maupun variasi genetik dalam suatu populasi jauh lebih besar dibanding jumlahnya dalam genom manusia. Hal ini disebabkan karena mtDNA mempunyal beberapa karakteristik khas, seperti kuantitas yang banyak, bersifat haploid (tidak mengalami rekombinasi), dan tingginya laju mutasi dibandingkan DNA inti. Studi terhadap populasi, §erta variasi genetik individu dalam populasi biasanya difokuskan pada daerah kontrol mtDNA (D-Loop Region), daerah yang tidak menyandi gen, karena tingginya laju mutasi pada daerah tersebut dibanding daerah lain pada mtDNA, yaitu 5-10 kali lebih tinggi dari daerah lain di mtDNA. Telah berhasil di sekuensing daerah sepanjang 519 pb pada Hipervariabel 1 D-Loop Mitokondria (nt 16101-16569 dan nt 1-50 berdasarkan penomoran sekuens referens Cambridge) pada populasi Kodi dan Sumba Timur dengan 30 individu untuk tiap populasi. Analisis terhadap 60 sampel yang dibandingkan dengan sekuens referens Cambridge menunjukan bahwa terdapat 55 haplotipe dengan 66 single nucleotide polymorphisms (SNPs). Ditemukan 56 SNPs yang sudah dipublikasikan dan 10 SNPs baru dan belum pernah dipublikasikan. Analisis lanjut terhadap polimorfisme sekuens HVR-1 D-Loop mtDNA dan pohon filogenetik menunjukan haplotipe yang diperoleh dapat diidentifikasi ke dalam haplogrup utama di Asia; BM (16% Kodi dan 23% Sumba Timur), M (30% Kodi dan 53,3% Sumba Timur), F (26% Kodi dan 10% Sumba Timur), dan motif Pollnesia (16,7% Kodi dan 6.7% Sumba Timur) dan 5 haplotipe yang tidak dapat diidentifikasi. Berdasarkan pola percabangan pohon filogenetik dengan metode Neighbor-Joining; sekaens dapat diktasifikasi menjadi tujuh kelompok. Keunikan dari tiap kelompok menerangkan parbadaan garis silsilah nanak moyangnya. SNP yang taramati dimiliki olah kadua populasi dan tidak ada kacandarungan mangalompok dari salah satu populasi. Dari pangaiompokan ini tarlihat bahwa kadua populasi yang dianalisa tarnyata barcampur dalam tiap kalompok dalam pohon f ' filogenetik, ha! ini menunjukan bahwa populasi Kodi dan Sumba Timur mempunyai katarkaitan sacara ganatik yang ralatif dakat.

Abstrak :
DNA polimerase merupakan enzim yang mampu menyintesis DNA komplemen dari sebuah untaian DNA induk. Enzim ini diproduksi oleh seluruh mahluk hidup, namun jenis yang tahan panas lebih lazim digunakan karena cenderung tidak mengalami denaturasi dalam proses polymerase chain reaction (PCR). Enzim ini dapat diperoleh dengan mengisolasi langsung dari bakteri asal maupun membuat gen rekombinan dan mentransformasikannya ke dalam inang yang lebih mudah dikultur. Tujuan utama dari penelitian ini adalah memperoleh enzim ini dengan metode rekombinan dengan memanfaatkan bakteri inang Escherichia coli. Produksi DNA polimerase rekombinan didasarkan pada bakteri termofilik Geobacillus thermoleovorans dari permandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten yang telah sebelumnya diisolasi dan melalui proses whole genome sequence. DNA polimerase yang dibuat gen rekombinan adalah DNA pol I yang diketahui memiliki fidelitas rendah. Gen DNA polimerase dari Geobacillus thermoleovorans dikloning ke dalam plasmid pET23d baik gen utuh (2637 bp) maupun parsial (1737 bp). Gen DNA pol I menjadi target untuk proses polymerase chain reaction (PCR) untuk diperbanyak sebelum di potong dengan menggunakan enzim restriksi NcoI dan BamHI. Gen yang telah dipotong lalu di masukkan ke dalam plasmid pET23d yang telah dipotong dengan enzim restriksi yang sama. Plasmid yang telah didapatkan di transformasikan ke dalam Escherichia coli BL21 untuk pengujian ekspresi proteinnya. Hasil analisis dengan menggunakan PCR menunjukkan bahwa gen DNA pol I baik utuh maupun parsial berhasil dikloning ke dalam plasmid pET23d. Keberhasilan dari proses kloning yang dilakukan juga dibuktikan dari hasil uji ekspresi secara intraseluler protein rekombinan DNA pol I pada E. coli. Hal ini mengindikasikan bahwa gen DNA pol I dari Geobacillus thermoleovorans pemandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten berhasil di kloning dan diekspresikan di E. coli.

---

DNA polymerase is an enzyme that synthesizes complement DNA according to single strand template DNA. This enzyme is produced in all living organism, but the thermostabile ones are more favoured because less prone to denaturation in polymerase chain reaction (PCR). The enzyme can be acquired by isolating the enzyme from the native bacteria or manufacturing recombinant gene then insert it into a host that is easier to be cultivated. The main purpose of this study is to acquire the enzyme by manufacturing recombinant gene and utilizing Escherichia coli as the host. The recombinant DNA polymerase manufacturing is based on thermophilic bacteria Geobacillus thermoleovorans from Batu Kuwung Hotspring, Serang, Banten which has been previously isolated and went through whole genome sequence process. DNA polymerase that will be produced is DNA pol I that is known has low fidelity. There are two genes that are cloned into pET23d vector, such as full gene (2637 bp) and partial gene (1737 bp). DNA pol I gene is the subject to polymerase chain reaction (PCR) to amplify before being cut with restriction enzymes of NcoI and BamHI. The cut genes then are inserted into pET23d that is also cut with the same enzymes. The acquired plasmids then is transformed into Escherichia coli BL21 for protein expression assay. PCR analysis shows that the DNA pol I both full and partial are successfully cloned into pET23d. The successes are also supported from intercellular DNA pol I protein test expression assay in E. coli. This foundings indicate that the DNA pol I from Geobacillus thermoleovorans isolated from Batu Kuwung hot spring, Serang, Banten, is successfully cloned and expressed by E. coli.

Abstrak :
Badak sumatera (Dicerorhinus sumatrensis) adalah spesies endemik Indonesia yang terancam kritis (critically endangered) yang tersebar di Taman Nasional Way Kambas, Taman Nasional Bukit Barisan Selatan, dan Taman Nasional Gunung Leuser. Perilaku badak sumatera yang soliter dan elusif menyebabkan pemantauan populasi sulit dilakukan. Environmental DNA (eDNA) dapat digunakan untuk melakukan monitoring spesies langka dan elusif dikarenakan kemampuannya untuk mendeteksi keberadaan spesies tanpa melihat spesies tersebut secara langsung. Penelitian dilakukan dengan menganalisis eDNA badak sumatera dari sampel air pada kubangan aktif dan nonaktif di Kawasan Taman Nasional Way Kambas menggunakan primer yang didesain spesifik spesies dan qPCR serta melihat pengaruh faktor lingkungan dan waktu terhadap eDNA sampel air. Hasil menunjukkan primer yang didesain dapat mendeteksi DNA badak sumatera secara spesies spesifik. Analisis qPCR menunjukkan DNA badak sumatera dapat dideteksi di 83,78% sampel air, yaitu pada 11 titik kubangan aktif dan 20 titik kubangan nonaktif. Faktor lingkungan dan waktu juga teramati tidak berpengaruh kepada konsentrasi DNA. Akan tetapi, sampel air kubangan dapat digunakan untuk mendeteksi keberadaan eDNA badak sumatera dengan primer spesies spesifik yang didesain dan analisis qPCR. ......The Sumatran rhino (Dicerorhinus sumatrensis) is a critically endangered species endemic to Indonesia. The sumatran rhinoceros can only be found on the island of Sumatra spread across Way Kambas National Park, Bukit Barisan Selatan National Park, and Gunung Leuser National Park. The solitary and elusive nature of the sumatran rhino makes monitoring this species difficult. Environmental DNA (eDNA) is considered a tool that can be used to monitor rare and elusive species because of its ability to detect the presence of species without the need to encounter the species directly. This study analyzes sumatran rhino eDNA from water samples in active and inactive wallows in the Way Kambas National Park using qPCR with species specific primer and to see the effect of environmental factors and time on the eDNA of water samples. The results obtained showed that the designed primers are species-specific to sumatran rhinoceros DNA. qPCR analysis showed that sumatran rhino DNA could be detected in 83.78% of the water samples, namely at 11 active wallow points and 20 inactive wallow points. Environmental factors and time were aso observed to have no effect on DNA concentration. Nevertheless, water from wallow can be use to detect sumatran rhino’s eDNA with species specific primer and using qPCR.

Abstrak :
How science uncovered the true identity of the Yeti, Bigfoot, Almasty and other mysterious creatures.