Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Latar belakang: Penyakit hati imbas obat akibat penggunaan obat anti tuberkulosis OAT merupakan salah satu faktor risiko yang telah dilaporkan Faktor kerentanan individu dalam memetabolisme dan detoksifikasi setiap obat yang dipengaruhi oleh faktor faktor genetik juga mempengaruhi kejadian penyakit hati imbas obat. Penelitian ini bertujuan untuk meneliti status asetilator enzim N Acetylator Transferase 2 NAT2 dan polimorfisme sitokrom P450 CYP 2E1 terhadap kejadian penyakit hati imbas obat. Metode: Studi kasus kontrol pada 50 pasien tuberkulosis di Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo dan klinik paru PPTI yang dikelompokkan menjadi grup kasus n 25 dan grup kontrol n 25. Hasil: Dari 50 subyek penelitian didapatkan bahwa karakteristik subyek penelitian terbanyak berjenis kelamin perempuan 62 berusia 45 tahun 56 normoweight 66. Pada analisis bivariat terhadap faktor risiko kejadian penyakit hati imbas obat yang diinduksi oleh OAT hanya ditemukan faktor risiko status asetilator lambat enzim NAT2 yang signifikan dengan crude OR 1 563 95 KI 1 165 2 097 dengan p 0 002 sedangkan pada faktor risiko polimorfisme CYP 2E1 tidak ditemukan hasil yang bermakna secara statistik. Kesimpulan: Faktor risiko status asetilator lambat enzim NAT2 merupakan faktor risiko kejadian penyakit hati imbas obat yang diinduksi oleh OAT.

---

Background: Antituberculous agents is one of a drug induced liver injury's risk factors Individual susceptibility in drug metabolism and detoxification due to genetic factors was also reported lately. Among the individual susceptibility factors we would like to identify the genotype of N acetylator 2 enzyme status and polymorphism of cytochrome P450 2E1 as a risks factors of antituberculous agent induced liver injury.

Methods: This is a case control study in 50 tuberculous rsquo patient at Cipto Mangunkusumo hospital and PPTI clinics which were divided in control group n 25 and case group n 25.

Results: From 50 subjects the baseline charactersitic were mostly female 62 age 45 years old 56 normoweight 66 Bivariate analysis were performed to identify the risk factors and only slow acetylator status of NAT2 enzymes was found significant with crude OR 1 563 95 CI 1 165 ndash 2 097 p 0 002 but not in a CYP 2E1 polymorphism status.

Conclusions: Slow acetylator status of NAT2 enzymes was a risk factor for antituberculous agents ndash induced liver injury."

"Mikroba endofit merupakan mikroba yang hidup bersimbiosis dengan tanaman inangnya dan dapat menghasilkan metabolit sekunder yang berpotensi seperti enzim, zat pengatur tumbuh, zat anti mikroba, anti fungi dan zat anti kanker. Metabolit ini bersifat bioaktif dan bermanfaat bagi tanaman inangnya dan juga bermanfaat bagi manusia. Di negara berkembang, kanker merupakan penyebab kematian utama disamping penyakit jantung dan serebrovaskular. Di Indonesia sebagai salah satu negara berkembang, kematian yang disebabkan penyakit kanker innempati urutan ke 6 dan jumlah penderita kanker akan meningkat setiap tahunnya. Keadaan ini mendorong pencarian dan pengembangan obat yang poten dan selektif terhadap sel kanker. Salah satunya dengan menggunakan bahan alam dari tanaman obat. Brucea javanica (L.) Merr dikenal oleh masyarakat dengan nama tanaman buah Makassar. Tanaman ini banyak digunakan oleh masyarakat untuk mengobati kanker leukemia, kanker servik, kanker kulit, kanker paru, disamping penggunaan sebagai obat malaria, dan disentri. Penelitian tentang bahan alam dari tanaman telah banyak dilakukan tetapi penelitian mengenai mikroba yang dapat menghasilkan suatu substansi zat anti kanker masih belum banyak dilakukan, oleh karena itu dilakukan penelitian mikroba endolit dari tanaman Bruceajavanica (L_) Merr. Sampel diambil dari 3 lokasi (Bogor, Cianjur dan Tawangmangu) Bagian tanaman yang digunakan adalah ranting, buah dan daun. Tujuan dari penelitian ini untuk mencari mikroba endoiit dari tanaman Brucea javanica (L) Men yang dapat menghasilkan metabolit sekunder yang berpotensi sebagai zat anti kanker. Metode yang digunakan untuk isolasi mikroba endofit adalah dengan sterilisasi. permukaan dan metode tanam langsung. Untuk mendapatkan metabolit sekunder diiakukan fermentasi cair menggunakan medium Potato Dextrose Yeast extract (PDY) dengan melode goyang selama 14 hari. Untuk uji sitotoksik digunakan sel Leukemia L1210, sel Raji, NS-l, sel HeLa serta sel Vero. Sebagai kontrol positif digunakan Doxoruhisin. Pengamatan dilakukan selama 24 jam dan 48 jam dengan menghitung sel hidup menggunakan metode tripan biru. Penghitungan IC5g dilakukan secara aritmatikal dengan rumus Reed and Muench. Untuk melihat mekanisme kerja pada proses sitotoksik dilakukan teknik pengecatan DNA menggunakan etidium bromida dan acridine orange. Dari penelitian ini diperoleh 46 bakteri endolil dan 45 kapang endofit. Dapat diidentifikasi 13 spesies bakteri endofit. Isolat kapang endolit 1.2.1.1 adalah kapang Fusarium chlamydosporum dan isolat kapang 1.2.2 adalah Glomereila sp. Hasil uji sitotoksik dari 18 kapang endotit terhadap sel Leukemia L1210,mempunyai IC 50 berkisar antara 3,29 - 15,90 ug/ml. Hasil uji sitotoksik isolat 1.2.1.1 diperoleh nilai IC50 tcrhadap sel Raji 58,35ug/ml, 88,39 ug/ml; IC50 sel NS-1 162,09 pg/ml, 66,24 pg/ml; IC;-3 sel HeLa 361,21 pg/ml, 219,97 ug/ml. IC50 Doxorubisin terhadap sel HeLa 79,14 dan 14,23. Nilai 1C50 terhadap sel Vero 1075,18 ug/ml, dan 656,82 pg,/ml. [C50 Doxorubisin terhadap sel Vero 290,77 dan 89,43 ug/ml. Data tersebut masing masing untuk pengamatan 24 jam dan 48 jam. Hasil uji Sitotoksik Fraksi akhir (F4) terhadap sel Leukemia diperoleh nilai IC5g 4,29 ug/ml. Hasil LC-MS puncak 3 dan 5 diperoleh senyawa senyawa yang mempunyai M (Berat molekul] 487 dan M 252 dalton yang mungkin merupakan derivat (turunan) Bruceosin dan turunan Canthin-6-onc. Bruceosin dan Canthin-6-one adalah metabolit sekunder dari tanaman Brucea javanica (L.) Merr. Diduga puncak 3 dan S kemungkinan merupakan senyawa derivat dari Bruceosin dan Canthine-6-one yang mempunyai efek sitotoksik. Dari hasil penelitian ini dapat disimpulkan kapang dan bakteri endotit dapat diisolasi dari tanaman Brucea javantca (L) Merr Bogor, Cianjur dan Tawangmangu. Isolat kode 1. 2.11 memiliki efek sitotoksik yang selektif terhadap sel kanker. Ada kecenderungan isolat 1.2.11 mempunyai efek sitotoksik terhadap sel NS-1 melalui mekanisme apoptosis."

"Penyakit Demam Berdarah banyak ditemukan di daerah dengan iklim tropis dan subtropis dimana penyakit ini disebabkan oleh virus dengue (DENV) yang ditransmisikan kepada manusia melalui nyamuk. DENV terdiri dari 3 (tiga) protein struktural (capsid (C), premembrane (prM) dan envelope (E)) dan 7 (tujuh) protein non-struktural (NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B dan NS5). Protein NS3 Protease-Helikase pada DENV berperan penting dalam pengolahan poliprotein dan replikasi virus sehingga berpotensi sebagai target dalam proses inhibisi. Dalam penelitian ini, digunakan metode Fragment-Based Drug Discovery (FBDD) untuk penemuan inhibitor DENV NS3 Protease-Helikase yang merupakan senyawa Biogenic yang diperoleh dari database ZINC15. Metode fragment growing untuk modifikasi dilakukan dengan menggunakan Osiris DataWarrior. Simulasi Penambatan Molekul dilakukan dengan menggunakan Molecular Operating Simulator (MOE) pada struktur 3D protein yang diperoleh dari Protein Data Bank (PDB). Melalui simulasi yang dilakukan, diperoleh lima ligan terbaik yang dipilih berdasarkan nilai RMSD, , pKi serta kestabilan interaksi yang terbentuk dengan protein. Uji karakterisitik ADME (Adsorpsi, Distribusi, Metabolisme, Ekskresi), toksisitas dan medicinial chemistry dilakukan pada kandidat obat menggunakan SwissADME, admetSAR, pKCSM, Osiris DataWarrior serta Toxtree. Hasil uji berdasarkan beberapa parameter menunjukkan compound 175 dan compound 72 hasil fragment growing memiliki karakteristik farmakologi yang baik dan sesuai standar pengembangan kandidat obat.

---

Dengue fever commonly found in areas with tropical and subtropical climates where it cause by the dengue virus (DENV) which transmitted to humans through mosquitoes. DENV consists of 3 (three) structural proteins (capsid (C), premembrane (prM) and envelope (E)) and 7 (seven) non-structural proteins (NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B and NS5). Since NS3 Protease-Helicase protein of DENV plays an important role in polyproteins development and viral replication, it is considered as the target of inhibition process. In this study, Fragment-Based Drug Discovery (FBDD) method was used for the discovery of DENV NS3 Protease-Helicase inhibitor where Biogenic compound obtained from ZINC15 database. Fragment growing method for modification was perfomed by using Osiris DataWarrior. Molecular docking process use Molecular Operating Simulator (MOE) on a 3D protein structure which obtained from Protein Data Bank (PDB). Through the simulations, five best ligand were screened based on RMSD, , pKi value and protein-ligan interaction stability. ADME characteristic tests (Adsorption, Distribution, Metabolism, Excretion), toxicity and medicinal chemistry were carried out on drug candidates using SwissADME, admetSAR, pKCSM, Osiris DataWarrior and Toxtree. The test results based on several parameters showed that compound 175 and compound 72 have good pharmacological characteristics in accordance with drugs development standards."

"By focusing on general molecular mechanisms of antiviral drugs rather than therapies for individual viruses, this ready reference provides the critical knowledge needed to develop entirely novel therapeutics and to target new viruses.It begins with a general discussion of antiviral strategies, followed by a broad survey of known viral targets, such as reverse transcriptases, proteases, neuraminidases, RNA polymerases, helicases and primases, as well as their known inhibitors. The final section contains several cases studies of recent successful antiviral drug development.Edited by Erik de Clercq, the world authority on small molecule antiviral drugs, who has developed more new antivirals than anyone else."

"The number-one reference on the topic now contains a wealth of new data. The entire relevant literature over the past six years has been painstakingly surveyed, resulting in hundreds of new descriptors being added to the list, and some 3,000 new references in the bibliography section. Volume 1 contains an alphabetical listing of more than 3300 descriptors and related terms for chemoinformatic analysis of chemical compound properties, while the second volume lists over 6,000 references selected from 450 journals. To make the data even more accessible, the introductory section has been completely re-written and now contains several "walk-through" reading lists of selected keywords for novice users."

"ABSTRACTVirtual screening (VS) is a computational technique used in drug discovery. Virtual Screening process usually works by identifying structures that are most likely to bind the target of drug. Virtual screening is usually based on compound similarity or database docking. Thus, the identification for drugcompounds based on structure classification still remain as a challenging task. The purpose of this research is to find a new approach for ligand-based virtual screening using machine learning technique. In this paper, theclassification has been done by using Deep Belief Networks (DBN) method. The data from Nicotinamide Adenine Dinucleotide (NAD) protein target family were used for training and testing the model. This research used four protein target classes from literature and two protein target classes from DUD-E docking website. Feature were obtained from molecular fingerprint descriptor. The experiments result show that DBN method outperform the existing pharmacophore approach."

"COVID-19 yang telah menyebabkan 6,9 juta korban jiwa di dunia, telah dapat dikendalikan melalui upaya vaksinasi dan pengembangan obat antivirus. Namun, infeksi ini masih memiliki resiko tinggi terutama untuk sebagian orang yang rentan secara klinis. Tiga obat antivirus telah disetujui secara klinis dengan mekanisme sebagai inhibitor 3-Chymotrypsin-like protease (3CLpro) dan inhibitor RNA-dependent RNA polymerase (RdRp). Protease terbukti menjadi reseptor target potensial untuk COVID-19. Selain 3CLpro, protease lainnya yaitu Papain-Like-Protease (PLpro) pada SARS-CoV-2, berperan dalam pemotongan dan maturasi protein dalam proses replikasi virus, dan juga memiliki aktivitas menekan sistem imun. Penelitian sebelumnya menunjukkan ekspresi PLpro pada Escherichia coli yang tidak aktif karena dalam bentuk badan inklusi. Chaperonin dan fusi dengan Maltose binding protein (MBP) diketahui dapat meningkatkan kelarutan protein rekombinan. Tujuan penelitian ini adalah mengoptimasi ekspresi gen PLpro dalam bentuk soluble dengan merekonstruksikan dengan suatu Chaperonin dan memfusikan MBP, serta dengan cara mengoptimasi kodon preferensi. Strategi ini menggunakan tahap konstruksi in silico dan sintetik. Purifikasi rekombinan PLpro dilakukan menggunakan kromatografi afinitas Ni-NTA, dilanjutkan dengan pemekatan dan eliminasi garam dengan ultrafiltrasi. Hasil diperoleh berupa rekombinan PLpro soluble murni dengan aktivitas enzimatik yang tinggi, dan memiliki potensi untuk dapat diaplikasikan sebagai protein target dalam pencarian obat antivirus.

---

COVID-19, which has claimed the lives of 6.9 million people, has been effectively managed through vaccination and the development of antiviral therapeutics. Nonetheless, the infection remains considerably poses a significant risk, particularly for individuals with clinical vulnerabilities. To combat the virus, three antiviral drugs have been granted clinical approval, acting as inhibitors of 3-Chymotrypsin-like protease (3CLpro) and RNA-dependent RNA polymerase (RdRp). The significance of proteases as potential targets for COVID-19 has been recognized, wherein Papain-Like-Protease (PLpro) in SARS-CoV-2 plays crucial role in protein cleavage and maturation during viral replication and immune system suppression. Prior studies have highlighted the expression of PLpro in Escherichia coli, albeit in inclusion bodies. To enhance its solubility, this study aimed to optimize the expression of PLpro in a soluble form by employing chaperonin-assisted reconstruction and fusion with Maltose binding protein (MBP). Codon preference optimization was carried out as part of this in-silico and synthetic construction approach. PLpro recombinant purification was carried out using Ni-NTA affinity chromatography, followed by concentration and salt elimination steps by ultrafiltration. The result is a pure soluble PLpro with high enzymatic activity that has the potential to be applied as a target protein in the search for antiviral drugs."

""Computational biology drives discovery through its use of high-throughput informatics approaches. This book provides a road map of the current drug development process and how computational biology approaches play a critical role across the entire drug discovery pipeline. Through the use of previously unpublished, real-life case studies the impact of a range of computational approaches are discussed at various phases of the pipeline. Additionally, a focus section provides innovative visualisation approaches, from both the drug discovery process as well as from other fields that utilise large datasets, recognising the increasing use of such technology. Serving the needs of early career and more experienced scientists, this up-to-date reference provides an essential introduction to the process and background of drug discovery, highlighting how computational researchers can contribute to that pipeline"--Provided by publisher."