Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 41 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Awatif Al Makiyah
Abstrak :
Ekspresi gen sintentik gag HIV-1 subtipe CRF01_AE dalam E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP telah dilakukan. Gen gag merupakan salah satu gen pada HIV-1 yang tidak mengalami mutasi secara signifikan sehingga gen tersebut dapat digunakan untuk pengembangan vaksin yang dapat dimanfaatkan dalam jangka waktu yang panjang. Pengembangan vaksin HIV membutuhkan protein Gag untuk digunakan sebagai antigen yang mampu merespon pembentukan antibodi pada hewan uji coba. Protein Gag didapatkan dengan cara melakukan ekspresi gen gag yang telah diklon ke dalam vektor ekspresi pQE-81L, dan ditransformasi ke dalam bakteri E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP. Ekspresi dilakukan dengan tiga faktor optimasi yaitu, suhu, konsentrasi isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) dan waktu ekspresi setelah induksi dilakukan. Analisis hasil ekspresi dilakukan dengan SDS-PAGE dan menunjukkan tidak ada protein Gag yang dihasilkan pada semua keadaan optimasi yang dilakukan. Kegagalan ekspresi gen gag pada E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP disebabkan oleh peristiwa kodon bias, dan pemilihan sel inang ekspresi yang kurang tepat.
Expression of gag gene on HIV-1 subtype CRF01_AE in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP had been conducted. Gag gene on HIV-1 is one of the genes that can?t be significantly mutated, so it can be utilized for long term vaccines development. HIV vaccine development requires Gag protein as antigen in order to response antibody formation in animal experiment. Gag protein was obtained by gag gene expression that had been cloned into expression vector pQE-81L and transformed into E. coli BL21 and E. coli BL21-CP. Expression of the gag gene as optimized by temperature, isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) concentration, and expression time after IPTG induction. The expression was analyzed by SDS-PAGE and it showed no protein produced in all optimization conditions. The failure of gag gene expression in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP caused by codon ray and inappropriate host cell.
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2013
S44903
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Kinanty Tasya Octaviane
Abstrak :
Teknologi DNA microarray menghasilkan data ekspresi gen yang dapat digunakan untuk membantu berbagai pemecahan masalah dalam dunia kesehatan. Data ekspresi gen merupakan matriks berukuran besar berisi gen dan kondisi eksperimental yang tak jarang mengandung missing values dan outlier. Data yang mengandung missing values dapat mengganggu dan membatasi analisis. Untuk mengatasinya, metode komputasi dinilai layak untuk imputasi missing values pada data ekspresi gen sebelum dilakukan analisis lanjutan, terlebih untuk data yang memiliki outlier. Oleh karena itu, pada penelitian ini digunakan metode imputasi missing values NCBI-LPCM untuk mengatasi permasalahan missing values pada data ekspresi gen yang memiliki outlier. Metode NCBI-LPCM menggunakan ukuran korelasi LPCM yang dapat menangani keberadaan outlier untuk pembentukan bicluster dan imputasi least square yang merupakan metode imputasi dengan pendekatan lokal. LPCM mengidentifikasi gen-gen yang memiliki pola korelasi similar sehingga menjadi informasi lokal untuk dasar imputasi. Metode ini diterapkan pada data ekspresi gen pasien Leukemia Limfoblastik Akut pada missing rate 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, dan 35%. Berdasarkan RMSE dan korelasi Pearson, metode NCBI-LPCM lebih baik jika dibandingkan dengan NCBI-SSSim yang juga dapat menangani keberadaan outlier. ......DNA microarray technology produces gene expression data that can be used to help solve various problems in healthcare. Gene expression data is a large matrix of genes and experimental conditions that often contains missing values and outliers. Data containing missing values can interfere with and limit analyses. To overcome this, computational methods are considered feasible for imputing missing values in gene expression data before further analysis is carried out, especially for data that has outliers. Therefore, in this study, the NCBI-LPCM missing values imputation method was used to overcome the problem of missing values in gene expression data with outliers. The NCBI-LPCM method uses the LPCM correlation measure which can handle the presence of outliers for bicluster formation and least square imputation which is an imputation method with a local approach. LPCM identifies genes that have similar correlation patterns so that they become local information for the basis of imputation. This method was applied to gene expression data of Acute Lymphoblastic Leukaemia patients at missing rates of 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, and 35%. Based on RMSE and Pearson correlation, the NCBI- LPCM method is better than NCBI-SSSim which can also handle the presence of outliers.
Depok: Fakultas Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2022
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Sophia Rebecca Adventa
Abstrak :
Latar Belakang: Status kebersihan rongga mulut yang buruk ditandai dengan biofilm dalam jumlah banyak. Biofilm terbentuk dari perlekatan bakteri ke permukaan padat dan dengan bakteri lain. Bakteri later colonizers patogen periodontitis di biofilm seperti Treponema denticola bergantung pada early colonizers seperti Veillonella parvula. Protein VtaA dan Msp berperan dalam fungsi perlekatan Veillonella parvula dan Treponema denticola. Akumulasi biofilm dapat menyebabkan periodontitis. Akan tetapi periodontitis tidak umum dibahas pada anak. Tujuan: Penelitian ini bertujuan menganalisis hubungan jumlah Veillonella parvula dan Treponema denticola, serta ekspresi gen VtaA dan Msp spesifik tiap bakteri dari saliva anak terhadap status rongga mulut. Metode: Penelitian ini menggunakan 40 sampel saliva anak yang dikelompokkan berdasarkan kategori OHI-S. Ekstraksi RNA untuk analisis ekspresi gen dan DNA untuk jumlah bakteri target dari sampel menggunakan GeneZol Kit. Konversi RNA menjadi cDNA menggunakan SensiFast cDNA Kit. Ekstrak DNA dan cDNA diuji dengan Real-time PCR. Analisis jumlah bakteri menggunakan kuantifikasi absolut dan tingkat ekspresi gen menggunakan kuantifikasi relatif. Hasil: Tidak ada perbedaan bermakna antara jumlah kedua bakteri maupun tingkat kedua ekspresi gen di antara kategori OHI-S. Jumlah Veillonella parvula cenderung menurun dan Treponema denticola cenderung meningkat seiring memburuknya skor OHI-S. Kesimpulan: Deteksi peningkatan jumlah Veillonella parvula tidak dapat menjadi bioindikator inisiasi penyakit periodontal. Ekspresi gen VtaA dan Msp tidak dapat digunakan sebagai bioindikator pembentukan biofilm dalam jumlah tinggi. ......Backgrounds: Poor oral hygiene status is marked by large amount of biofilms. Biofilms are made from bacterial adhesion to solid surfaces and to other bacteria. Later colonizers periodontitis pathogenic bacteria in biofilms like Treponema denticola, depend on early colonizers such as Veillonella parvula. VtaA and Msp are proteins that function in adhesion of Veillonella parvula and Treponema denticola. Biofilms accumulation can cause periodontitis. However, periodontitis is not a common discussion on children. Objectives: This research aims to analyze the correlation between the quantity of Veillonella parvula and Treponema denticola, also VtaA and Msp gene expression with oral status from children’s saliva. Methods: This study uses 40 samples of children’s saliva which has been grouped according to OHI-S category. RNA extraction to analyze gene expression and DNA extraction to quantify target bacteria from samples using GeneZol Kit. RNA conversion to cDNA uses SensiFast cDNA Kit. DNA extract and cDNA are tested using Real-time PCR Analysis of bacteria quantity with absolute quantification dan gene expression levels with relative quantification. Results: There is no significant difference between target bacteria quantity also gene expression levels between the OHI-S categories. Veillonella parvula’s quantity tends to decrease and Treponema denticola tends to increase as OHI-S scores worsens. Conclusions: Detection of increasing quantity of Veillonella parvula cannot be used as a bioindicator of periodontal disease initiation. VtaA and Msp gene expression cannot be used as a bioindicator of high rates of biofilm’s formation.
Jakarta: Fakultas Kedokteran Gigi Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Rachellina Noor Al Maghfira
Abstrak :
Sindrom ovarium polikistik (SOPK) merupakan gangguan reproduksi yang disebabkan oleh berbagai faktor endokrin dan metabolisme. Penderita SOPK merupakan wanita usia reproduktif (8—10%) disertai dengan kondisi obesitas (50—80%; IMT≥25). Meski etiologi SOPK belum sepenuhnya diketahui, namun kelainan endokrin seperti abnormalitas rasio kadar LH (luteinizing hormone) dan FSH (follicle stimulating hormone) merupakan penyebab utama terjadinya SOPK. Gen KISS1, TAC3, dan PDYN, diketahui dapat memengaruhi pulsatilitas GnRH (gonadotropin releasing hormone) yang meregulasi sekresi LH dan FSH. Gangguan ekspresi pada ketiga gen ini akan menyebabkan gangguan pada sistem endokrin yang mengarah pada SOPK. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ekspresi mRNA gen KISS1, TAC3, dan PDYN pada wanita SOPK dan non-SOPK dengan obesitas dan non-obesitas. Penelitian dilakukan pada masing-masing 10 sampel darah perifer yang dibagi ke dalam empat kelompok, yaitu non-SOPK non-obesitas, SOPK non-obesitas, non-SOPK obesitas, dan SOPK obesitas. Ekspresi mRNA dianalisis menggunakan teknik quantitative real time PCR (qPCR) dan dikuantifikasi secara relatif menggunakan metode Livak. Hasil penelitian menunjukkan ekspresi mRNA gen KISS1 dan TAC3 ditemukan lebih tinggi pada wanita SOPK dibandingkan wanita non-SOPK dengan obesitas maupun non-obesitas, sedangkan ekspresi mRNA gen PDYN lebih rendah pada wanita SOPK dibandingkan wanita non-SOPK dengan obesitas maupun non-obesitas. Namun, berdasarkan hasil uji statistik, tidak seluruh pasangan kelompok memiliki perbedaan ekspresi yang signifikan. Meski begitu, hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa ekspresi mRNA gen KISS1, TAC3, dan PDYN pada darah perifer terkait dengan SOPK dan obesitas. ......Polycystic ovary syndrome (PCOS) is a reproductive disorder caused by complex endocrine and metabolic factors. This syndrome occurs in reproductive age women (8—10%) with obesity (50—80%; BMI≥25). Although its etiology is not fully understood, endocrine disorders such as ratio abnormality of LH (luteinizing hormone) and FSH (follicle stimulating hormone) is the main causes of PCOS. KISS1, TAC3, and PDYN gene expression are known to affect the pulsatility of GnRH (gonadotropin releasing hormone) which regulates LH and FSH secretion. Abnormality of these gene expressions will cause endocrine disruption that leads to PCOS. This study aimed to determine KISS1, TAC3, and PDYN mRNA gene expression levels in PCOS and non-PCOS with obese and non-obese women. The study was conducted on each of 10 peripheral blood samples divided into four group, non-PCOS non-obese, non-PCOS obese, PCOS non-obese, and PCOS obese. The mRNA expression was analyzed using quantitative real time PCR (qPCR) with Livak relative quantification method. This study found that both KISS1 and TAC3 mRNA gene expressions were higher in PCOS than non-PCOS in both obese and non-obese women, while PDYN mRNA gene expression was lower in PCOS than non-PCOS in both obese and non-obese women. However, not all pair of groups had statistically significant differences. Nevertheless, the result of this study suggests that KISS1, TAC3, and PDYN mRNA gene expressions in peripheral blood are related with PCOS and obesity.
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2021
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Jullend Gatc
Abstrak :
Human Immunodeficiency Virus (HIV) merupakan salah satu virus paling mematikan yang merusak sistem imun manusia melalui interaksi antar protein (PPI). Oleh karena itu, diperlukan suatu metode prediksi yang dapat melihat secara luas interaksi antar protein. Integrasi dari berbagai jenis data yang berbeda merupakan salah satu pendekatan untuk melihat interaksi protein secara luas. Dalam penelitian ini dibangun metode untuk prediksi PPI dengan mengintegrasikan gene expression dan ontology menggunakan Bayesian Network. Langkah pertama pada proses integrasi ini yaitu mencari nilai likelihood ratio berdasarkan evidence berupa nilai probabilistik PPI pada masing-masing dataset. Dimana likelihood ratio diperoleh dari kombinasi evidence menggunakan Bayesian Network. Kemudian hasil prediksi yang diperoleh diverifikasi menggunakan database NIAID sebagai Gold-Standard. Dari hasil keseluruhan eksperimen, model yang dibangun ini dievaluasi menggunakan Positive Predictive Value (PPV) dan memperoleh presisi mencapai 85.07%. .......Human Immunodeficiency Virus (HIV) is one of the most deadly virus that could damage the human immune system through protein interaction (PPI). Therefore, the extremely prediction method that determine interactions between proteins extensively is required. The integration of different data is one of the approaches to look at the proteins interactions. In this research, a prediction model of PPI by integrating gene expression and gene ontology using Bayesian Networks will be developed. The first step in the integration process is to find the value of likelihood ratio based on evidence from each dataset. Furthermore the likelihood ratio is obtained from a combination of evidence using Bayesian Networks. Finally, the prediction results will be verified using a database of NIAID as Gold-Standard. Overall, we use PPV as an evaluation method which achieve precision around 85.07%.
Depok: Fakultas Ilmu Komputer Universitas Indonesia, 2013
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Yudisthira Oktaviandie
Abstrak :
Penelitian mengenai tingkat ekspresi gen identitas bunga (SEPALLATA) dilakukan pada tiga bagian Hibiscus rosa-sinensis l., yaitu daun, epicalyx, dan kelopak bunga. Penelitian bertujuan untuk mengetahui ekpresi gen SEPALLATA pada epicalyx. Analisis tingkat ekspresi dilakukan secara kualitatif dengan metode two-steps RT-PCR dan divisualisasikan menggunakan elektroforesis agarosa. Metode modified-CTAB digunakan untuk isolasi RNA H. rosa-sinensis dan dilanjutkan dengan pemberian perlakuan DNase untuk menghilangkan gDNA yang masih tersisa. Selanjutnya, RNA diubah menjadi cDNA dengan metode Reverse Transcription dan diamplifikasi dengan metode PCR menggunakan primer spesifik. Hasil penelitian menunjukkan adanya hasil amplifikasi SEPALLATA pada epicalyx menggunakan primer GH7SEP1, namun tidak pada epicalyx menggunakan primer GH1SEP1. Konfirmasi menggunakan primer GH7SEP1 forward dan GH1SEP1 reverse tidak menunjukkan adanya hasil amplifikasi. Hasil sekuensing menunjukkan bahwa hasil amplifikasi yang didapatkan menggunakan baik primer GH1SEP1 maupun GH7SEP1 diduga kuat teramplifikasi dari gen SEPALLATA. ......Research on floral-identity gene (SEPALLATA) expression level has been done in three parts of Hibiscus rosa-sinensis; they are leaves, epicalyx and calyx. This research was conducted to observe expression of the SEPALLATA gene in epicalyx. The expression level analysis was done qualitatively by the two-steps RT-PCR and visualized using agarose electrophoresis. Hibiscus rosa-sinensis RNA was isolated using the modified-CTAB method and continued by DNase-treatment to eliminate gDNA in mixture. Furthermore, RNA was used to make cDNA using the Reverse Transcription method and amplified using the PCR method by specific primers. The result showed the presence of SEPALLATA amplification in epicalyx using GH7SEP1 primer, yet not on epicalyx using GHSEP1 primer. Confirmation using GH7SEP1 forward primer and GH1SEP1 reverse primer did not show any amplification. Sequencing and alignment results suggested that amplifications using GH1SEP1 or GH7SEP1 were allegedly, of which amplified from SEPALLATA gene.
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2019
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Stefany Nurhatika
Abstrak :

Analisis triclustering merupakan pengembangan dari analisis clustering dan biclustering. Analisis triclustering bertujuan mengelompokkan data tiga dimensi secara simultan yang menghasilkan submatriks dinamakan tricluster. Pendekatan yang digunakan dalam analisis triclustering di antaranya adalah pendekatan berdasarkan greedy dan pattern. Salah satu contoh pendekatan analisis triclustering berdasarkan greedy adalah metode  Î´ – Trimax. Sedangkan salah satu contoh analisis triclustering berdasarkan pattern adalah metode Timesvector. Metode δ – Trimax bertujuan menghasilkan tricluster yang memiliki mean square residual kecil dari threshold  dengan volume data tricluster yang maksimal. Metode Timesvector bertujuan mengelompokkan matriks data yang menunjukkan pola yang sama atau berbeda pada data tiga dimensi. Implementasi metode  Î´ – Trimax dan metode Timesvector pada penelitian ini dilakukan pada data ekspresi gen pasien penderita penyakit periodontitis. Ekspresi gen diukur pada 14 titik kondisi dan 4 titik waktu. Berdasarkan beberapa skenario yang telah diterapkan, metode Î´ – Trimax memberikan hasil terbaik pada saat menerapkan skenario dengan nilai threshold =0,0028564 dan =1,25 dengan jumlah tricluster yang dihasilkan adalah 260 tricluster. Dari 260 tricluster tersebut, dipilih tricluster ke-216 yang dianalisis dengan menggunakan metode Timesvector. Hasil tricluster yang diperoleh dapat menambah wawasan bagi ahli medis dalam memberikan periodontal treatment kepada pasien penderita periodontitis berikutnya. ......Triclustering analysis is the development of clustering and biclustering. Triclustering analysis aims to group three-dimensional data simultaneously, forming the initial subspace known as a tricluster. It utilizes two main approaches that are greedy-based and pattern-based approaches, exemplified by the δ – Trimax and Timesvector methods, respectively. The δ – Trimax method aims for triclusters with smaller mean square residuals than the threshold δ, while Timesvector groups data matrices with similar or different patterns. In a study on periodontitis patients gene expression data, comprising 14 condition points and 4 time points, both methods were implemented. The δ – Trimax method yielded optimal results under specific conditions (δ = 0.0028564, λ = 1.25), producing 260 triclusters. Among these, the 216th tricluster was selected for further analysis using the Timesvector method. The insights gained from these triclusters can enhance periodontal treatment strategies for patients with subsequent periodontitis, providing valuable guidance to medical experts.

 

Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Abstrak :
Gen DefH9-iaaM merupakan gen pengkode senyawa prekursor pembentukan auksin. Kandungan auksin yang tinggi menginduksi pembentukan buah partenokarpi, tanpa melalui polinasi dan fertilisasi. Tiga galur tanaman tomat transgenik yang membawa insersi dan mengekspresikan gen DefH9-iaaM, yaitu OvR1#14-4, OvM2#10-1, dan OvM2#6-2, telah dihasilkan melalui transformasi genetik dengan Agrobacterium oleh kelompok peneliti di BB-BIOGEN. Penelitian bertujuan menguji stabilitas insersi dan mengetahui ekspresi gen DefH9-iaaM pada tanaman T3 dari ketiga galur tersebut. Uji stabilitas gen dilakukan dengan metode PCR menggunakan primer spesifik IAAM 5 dan IAAM 3. Kedua primer tersebut menghasilkan fragmen gen iaaM sebesar ± 148 pb. Fragmen DNA produk PCR divisualisasikan menggunakan gel elektroforesis. Hasil uji molekuler dianalisis menggunakan uji chi-square dengan level of significant 0,05. Galur OvR1#14-4 memiliki insersi gen yang telah stabil dengan perbandingan filial transgenik dan non transgenik yang memenuhi perbandingan penyilangan monohibrid Mendel yaitu 3:1. Tanaman dengan hasil uji molekuler positif kemudian ditanam di lapang untuk uji ekspresi fenotipik dan evaluasi daya hasil. Hasil uji fenotipik dianalisis dengan uji ANOVA level of significant 0,05. Ekspresi gen partenokarpi DefH9-iaaM pada tanaman tomat transgenik meningkatkan jumlah tandan sebesar 191--227%, jumlah bunga sebesar 191--310%, dan jumlah buah sebesar 331--426% dibandingkan dengan kontrol Opal, serta menyebabkan terbentuknya buah tomat berbiji sedikit dan tanpa biji. Galur OvR1#14-4 menghasilkan jumlah tandan, jumlah bunga, dan jumlah buah paling tinggi dibandingkan dua galur lain.
Universitas Indonesia, 2008
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Afiyya Sarah Azzahrah
Abstrak :
Latar Belakang: Partikel mirip logam telah terdeteksi pada apusan mukosa peri-implan dari sampel klinis yang menderita peri-implantitis maupun sample yang tidzak menderita peri-implantitis dengan menggunakan sitologi eksfoliatif sel epitel dan makrofag. Ion metal titanium yang sudah terlepas dari ikatannya akan menginduksi kejadian dan reaksi biologis yang menyebabkan hilangnya stabilitas biologis dan meningkatnya osteolisis lokal di sekitar implan gigi. Penelitian in vitro menunjukkan bahwa peningkatan ekspresi sitokin inflamasi dan aktivasi osteoklas terjadi ketika ion titanium hadir. Berdasarkan penelitian yang dilakukan sebelumnya, diketahui terdapat perbedaan signifikan dari hasil polimorfisme gen CXCR2 antara pasien dengan peri-implantitis dan pasien control. Namun, kemampuan ekspresi gen CXCR2 pasien sehat pengguna Implan Gigi masih belum ditentukan. Tujuan: Menganalisis ekspresi gen pada pasien pengguna implan gigi dibandingkan dengan individu sehat yang tidak menggunakan implant gigi. Metode:Sampel RNA pasien pengguna implan (n=9), dan sample pasien control non-pengguna (n=9) diperoleh dan disimpan di Laboratorium Oral Biologi  Fakultas Kedokteran Gigi Universitas Indonesia. Kemudian, dilakukan esktraksi RNA, sintesis cDNA dan pengecekan konsentrasi sampel hasil sintesis cDNA. Selanjutnya, ekspresi gen CXCR2 dan gen referensi GAPDH diuji dengan quantitative reverse-transcription PCR (RT-qPCR). Hasil: Tidak   terdapat perbedaan bermakna ekspresi gen CXCR2, antara pasien pengguna implant gigi dan pasien yang tidak menggunakan implant gigi (p≥0,05). Kesimpulan: Tidak terdapat perbedaan bermakna secara statistik antara perbedaan ekspresi gen CXCR2 pada ......Background: Exfoliative cytology of epithelial cells and macrophages has been used to identify metal-like particles in peri-implant mucosal smears from clinical samples with and without peri-implantitis. Free titanium ions cause biological processes and reactions that result in localized osteolysis surrounding dental implants and a loss of biological stability. In vitro studies have shown that inflammatory cytokine expression and osteoclast activation increase when titanium ions are present. Based on previous studies, it is known that there are significant differences in the results of CXCR2 gene polymorphisms between patients with peri-implantitis and control patients. However, the expression ability of the CXCR2 gene in healthy patients using dental implant has not been determined. Objective: To analyze gene expression in patients with dental implants compared to healthy individuals who do not use dental implants. Methods: RNA samples from implant users (n=9), and non-user control patient samples (n=9) were obtained and stored at the Oral Biology Laboratory, Faculty of Dentistry, University of Indonesia. Then, RNA extraction, cDNA synthesis was carried out and checking the concentration of the cDNA synthesized samples. Next, the expression of the CXCR2 gene and the GAPDH reference gene were tested by quantitative reverse-transcription PCR (RT-qPCR). Results: There was no significant difference in CXCR2 gene expression between patients with implants. Conclusion: There is no statistically significant difference between differences in gene expression in dental implant users and non-users.
Depok: Fakultas Kedokteran Gigi Universitas Indonesia, 2022
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Angela Jennifer Tantry
Abstrak :
Osteoartritis merupakan salah satu penyakit utama penyebab disabilitas. Degradasi tulang rawan pada osteoartritis sulit diatasi karena kemampuan regenerasi tulang rawan yang terbatas. Extracellular vesicles (EVs) dari mesenchymal stem cells (MSCs) memiliki potensi sebagai terapi regeneratif untuk osteoartritis. Regenerasi tulang rawan dapat dianalisis secara histologi menggunakan sistem skor. Analisis molekuler juga dapat dilakukan, misalnya pada salah satu jalur persinyalan yang berperan dalam terjadinya osteoartritis, yaitu jalur persinyalan Wnt. Jalur persinyalan Wnt terdiri dari jalur persinyalan kanonikal dengan aktivator utama WNT3A dan jalur persinyalan nonkanonikal dengan aktivator WNT5A. Belum terdapat penelitian terkait efek pemberian EVs adipose-derived MSCs (AD-MSCs) pada domba model osteoartritis hingga saat ini. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui tingkat regenerasi tulang rawan domba model osteoartritis yang telah diinjeksikan EVs AD-MSCs sebanyak tiga kali setelah induksi osteoartritis berdasarkan sistem skor Modified O’Driscoll dan mengetahui dampak pemberian EVs AD-MSCs pada domba model osteoartritis terhadap ekspresi gen WNT3A dan WNT5A. Tulang rawan model osteoartritis domba diberi injeksi EVs AD-MSCs tiga kali sebagai perlakuan dan injeksi NaCl sebagai kontrol. Hasil pemberian EVs AD-MSCs dianalisis secara histologi menggunakan sistem skor Modified O’Driscoll. Ekspresi gen relatif WNT3A dan WNT5A dianalisis menggunakan qRT-PCR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa injeksi EVs AD-MSCs berhasil menyebabkan perbaikan pada tulang rawan model osteoartritis domba. Ekspresi WNT3A memiliki kecenderungan meningkat, sedangkan ekspresi WNT5A memiliki kecenderungan menurun setelah injeksi EVs AD-MSCs. Uji statistik untuk skor Modified O’Driscoll, serta ekspresi gen relatif WNT3A dan WNT5A tidak menunjukkan perbedaan nyata yang disebabkan keterbatasan penelitian ini, yaitu jumlah sampel yang kecil. Berdasarkan hasil penelitian ini, EVs AD-MSCs memiliki potensi untuk regenerasi tulang rawan. ......Osteoarthritis is one of the main causes for disability. Cartilage degradation in osteoarthritis is difficult to overcome due to limited regeneration ability of cartilage. Mesenchymal stem cells (MSCs) extracellular vesicles (EVs) has potential as regenerative therapy for osteoarthritis. Cartilage regeneration can be assessed histologically using scoring systems. Molecular analysis can also be done, such as in one of signaling pathways involved in osteoarthritis, Wnt signaling pathway. This signaling pathway consists of canonical signaling pathway with its main activator, WNT3A, and noncanonical signaling pathway with its activator, WNT5A. Currently, there is no study regarding adipose-derived MSCs (AD-MSCs) EVs effects on osteoarthritic sheep cartilage model. This study aims to know cartilage regeneration degree on osteoarthritic sheep cartilage model after three injections of AD-MSCs EVs after osteoarthritis induction based on Modified O’Driscoll scoring system and to know AD-MSCs EVs effect on WNT3A and WNT5A gene expression in osteoarthritic sheep. Osteoarthritic sheep cartilage model were given three injections of AD-MSCs EVs as treatment and NaCl as control. The result of AD-MSCs EVs injections was assessed histologically using Modified O’Driscoll scoring system. Relative gene expression of WNT3A and WNT5A were assessed using qRT-PCR. This study shows that AD-MSCs EVs injections resulted in repair of osteoarthritic sheep cartilage model. Expression of WNT3A showed tendency to increase, whereas expression of WNT5A showed tendency to decrease after AD-MSCs EVs injections. Statistical analysis for Modified O’Driscoll score as well as WNT3A and WNT5A relative gene expression showed no significant difference due to limitation of this study which is small sample size. Based on these results, AD-MSCs EVs shows potential to regenerate cartilage.
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5   >>