Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Fifteen rhizopus oligosporus isolated were isolated from a number of tempeh samples obtained from Mataramm Jember an d Bogor Indonesia;....

Abstrak :
The relationships among allium L. species remain complex. Certain species belonging to the genus allium are medically and economically important and as such merit phylogenetic analysis....

Abstrak :
Karakteristik Jaringan Jalan ( Perilaku Jaringan Jalan ) adalah penjabaran dari pola pergerakan perjalanan pada sebuah jaringan jalan. Pola pergerakan perjalanan terefleksi dari pembebanan Matrik Asal Tujuan (MAT) pada jaringan jalan. Sebelum jaringan jalan tersebut dibebani, maka terjadi proses pemilihan rute terpendek yang akan dilakukan pelaku-pelaku perjalanan dengan persepsi-persepsi yang berbeda satu sama lain. Menentukan rute terpendek dengan cara manual tidaklah mudah, apalagi untuk jaringan yang besar dan komplek. Oleh karena itu dicoba dikembangkan aplikasi program komputer untuk mendapatkan solusi optimal terhadap permasalahan tersebut diatas. Dasar yang digunakan aplikasi program komputer tersebut adalah Model User Equilibrium (UE) yang merupakan pengembangan dari Model dan Algoritma Moore (1957) dan Model User Equilibrium (UE) yang merupakan pengembangan Model dan Algoritme GTE Sudarbo D. H., Sutanto Soehodo, Alvinsyah (1999). Penggunaaan kedua Algoritnia tersebut dalam pemilihan rute dan pembebanan di jaringan jalan di Kotamadaya Bogor didapat waktu komputasi algoritma GTE lebih lambat dari algoritma Moore walaupun dari jumlah iterasi yang terjadi, algoritma GTE lebih sedikit dari algoritma Moore. Untuk pola arus lalu lintas di jaringan, kedua algoritma menghasilkan pola arus yang relatif sama tercermin dari beban arus di masing-masing link relatif sama. Waktu perjalanan (travel time) untuk pembebanan bi-moda pada masing path / rute dihasilkan kedua algoritma Moore dan GTE relatif sama. Algoritma Genetik Taksonomi (GTE) dapat digunakan sebagai alternatif lain, sebagai algoritma pemilihan rute terpendek (shortest path) dengan pendekatan secara multi path (banyak rute) dalam pembebanan deterministik.

Abstrak :
ABSTRAK Ruang lingkup dan cara penelitian : Ekspresi suatu gen di dalam bakteri dapat diubah melalui proses mutasi dengan cara menyisipkan gen lain ke dalam gen tersebut. Mutasi yang terjadi dapat diketahui dengan adanya gen penanda Salah satu diantaranya adalah gen pembentuk inti es yaitu gen iceC. Gen ini memiiiki sensitivitas yang cukup tinggi, mudah diamati pada lembaran aluminium, dapat diukur secara kuantitatif dengan uji tetes beku, tidak membutuhkan pemrosesan lain kecuali pengenceran dan hasilnya akan diperoleh hanya dalam beberapa menit. Sebagai bahan mutagen dan sekaligus sebagai pembawa gen iceC digunakan transposon 916 karena transposon ini menyisip secara tunggal, tidak membuat duplikasi, penyisipan terjadi secara acak, relatif stabil dan tidak mudah terjadi transposisi. Tujuan penelitian ini adalah merancang alat genetik yang dapat digunakan untuk menginduksi mutagenesis gen di dalam bakteri dengan melihat pembentukan inti es. Metode yang digunakan dalam penelitian ini ialah menggabungkan gen iceC dengan (pAM120::Tn916)-.HindIII menggunakan enzim ligase kemudian ditransformasi ke dalam E coli S17-1. Selanjutnya dilakukan studi pendahuluan di dalam bakteri golongan mikoplasmayaitu Urealiasma urealytcum. Hasil dan kesimpulan : Penggabungan gen iceC (9kb) dengan (pAM120::Tn916)-HindIII(23,3 kb) dengan menggunakan enzim ligase membentuk fragmen DNA berukuran 32,3 kb yang dinamakan pUL Hasil uji aktivitas pembentukan inti espada E coli DH5α(pJL1703::iceC), E. coli S17-1 (pUI::iceC) dsn Ureaplasma urealyticum relatif sama. Pembentukan inti es mulai aktif pada suhu -7°C. Terbentuknya inti es pada E. cali S17-1 dan Ureaplasma urealyticum karena adanya transformasi transposon916 yang membawa gen iceC.

Abstrak :
Ruang lingkup dan cara penelitian : Toxoplasma gondii adalah suatu protozoa yang hidup intraselular. Infeksi primer pada wanita hamil dapat menyebabkan abortus, kematian intrauterin dan kelainan kongenital pada. bayi, sedangkan pada penderita imunokompromais infeksi dapat berakibat fatal. Diagnosis toksoplasmosis biasanya dilakukan dengan pemeriksaan serologi, namun pemeriksaan ini tidak memuaskan, sedangkan pengobatan dini perlu dilakukan. Reaksi rantai polimerase (PCR) dengan target gen B1 dan gen P30 dengan cara ekstraksi DNA yang sederhana merupakan salah satu teknik yang dapat mengatasi masalah tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan konsentrasi minimal DNA T.gondii yang masih terdeteksi dengan gen B1 dan gen P30. PCR dengan target gen B1 dilakukan pada berbagai konsentrasi DNA murni T.gondii yaitu : 5; 2,5; 1; 0,1; 0,01; 0,001; 0,0001 dan 0,00001 ng / 50 µl larutan PCR. Konsentrasi DNA murni T.gondii dalam DNA darah manusia sehat adalah 25; 10; 5; 2,5; 1; 0,1; 0,01; 0,001 dan 0,0001 ng / 50 µl larutan PCR. Berbagai jumlah takizoit dalam 100 µl darah manusia sehat adalah 1000; 100; 50; 40; 30; 20; 10; 5 dan 1 takizoit Untuk PCR dengan target gen P30 dipakai konsentrasi DNA murni T.gondii sebagai berikut : 1; 0,5; 0,25; 0,1; 0,01; 0,001 dan 0,0001 ng / 50 µl larutan PCR. Konsentrasi DNA murni T.gondii dalam DNA manusia sehat adalah : 10; 5; I; 0,25; 0,05; 0,01; 0,025 ng / 50 pl larutan PCR; serta jumlah takizoit dalam 100 µl darah manusia sehat adalah 1000; 100; 50; 40; 30; 20 dan 10. Hasil dan kesimpulan : Dengan cara ekstraksi DNA sederhana konsentrasi minimal DNA T.gondii yang masih terdeteksi dengan target gen B1 adalah 0,0001 ng , untuk campuran DNA murni dengan DNA manusia sehat 0,001 ng dan untuk campuran darah manusia sehat dengan suspensi takizoit DNA dari 1 takizoit dengan target gen P30 terdeteksi DNA murni 0,001 ng, untuk campuran DNA murni dengan DNA manusia sehat 0,025 ng dan untuk campuran darah manusia sehat dengan suspensi takizoit DNA dari 20 takizoit. Kesimpulan :
1. Dengan cara ekstraksi sederhana uji dengan target gen B1 lebih sensitif dari gen P30.
2. Jumlah siklus yang diperlukan pada penelitian ini adalah 50 siklus.

Abstrak :
Tujuan: Mengetahui hubungan polimorfisme genetik MnSOD Ala-9Val dengan retinoblastoma pada pasien-pasien di Indonesia, serta menilai hubungan polimorfisme gen MnSOD ini dengan aktivitas enzim SOD. Disain: Penelitian kasus-kontrol Metode: Polimorfisme gen MnSOD Ala-9Va1 dideteksi pada 35 pasien retinoblastoma yang berasal dari Divisi Pediatri Departemen Mata RS Cipto Mangunkusumo Jakarta dan 81 kontrol anak sehat dengan menggunakan metode polymerase chain reaction (PCR) dan restriction fragment length polymorphism (RFLP) menggunakan enzim restriksi NgoMIV. Aktivitas SOD dinilai dengan menggunakan prinsip perubahan dl-epinefrin menjadi adenokrom yang dapat dibaca dengan spektrofotometer. Hasil: Pada penelitian ini hanya ditemukan genotip Val/Val dan Ala/Val. Frekuensi polimorfisme gen MnSOD genotip Ala/Val meningkat pada kelompok kasus dibandingkan kontrol meskipun tidak bermakna (OR 2,643 95% CI=0,850-8,217). Frekuensi ale! juga meningkat pada kelompok pasien dibandingkan kontrol (OR=2,46, 95% CI=0,829-7,302). Aktivitas SOD lebih tinggi pada kelompok kasus daripada kontrol (p=0,433). Namun tidak ditemukan perbedaan aktivitas SOD antara kelompok genotip Val/Val dan Ala/Val. Kesimpulan: Sejauh ini frekuensi polimorfisme gen MnSOD Ala-9 Val genotip Ala/Val meningkat pada pasien retinoblastoma, namun genotip ini belum dapat dikatakan sebagai faktor resiko retinoblastoma. Selain itu tidak ditemukan hubungan bermakna antara polimorfisme gen MnSOD Ala-9 Val dengan retinoblastoma dan aktivitas SOD.

---

Objectives: In the present study, we investigated the genetic association between a functional polymorphism Ala-9Va1 in the human manganese SOD (MnSOD) gene and retinoblastoma; and the association between this polymorphism and SOD activity. Methods: This case-control study was examined in 35 retinoblastoma cases and 81 controls. The Ala-9Val polymorphism was detected by PCR and RFLP using NgoMV restriction enzyme. SOD activities was evaluated by the changes of dlepinefrin to adenochrom which measured by spectrofotometry. Results: No significant differences in the allelic or genotipic distribution between retinoblastoma and controls were observed. Retinoblastoma risk was slightly elevated in Ala/Val genotype (OR: 2,643, 95%CI: 0,85-8,217) as compared with Va JVal genotype. We did not find AlalAla genotype in both groups. There was significant difference in SOD activity between cases and controls (p=0,033). The SOD activity was higher in retinoblastoma than controls. Conclusions: The MnSOD gene polymorphism Ala-9Val was not found to be associated with retinoblastoma in this case-control study. It seemed that the Ala-9Val polymorphism was not a risk factor for retinoblastoma. There was also no association between MnSOD gene Ala-9VaI polymorphism and SOD activities. Studies with a larger sample size are needed to confirm the findings.

Abstrak :
Sistem boiler pada pembahasan tesis ini merupakan sistem mutivariabel, yang mempunyai empat variabel keadaan, dua variabel masukan dan dua variabel keluaran. Dengan variabel pengendali adalah tekanan drum (drum pressure) (y1) dan selisih tingkat air/level air didalam drum (drum water level) (y3 ), sedangkan variabel yang dimanipulasi adalah laju aliran bahan bakar (fuel flow rate) ( u1 ) dan laju aliran air pengisi drum (feedwater flow rate) (u3). Tujuan dari sistem pengendalian boiler adalah untuk mengatur tekanan uap (drum pressure) (y1) disekitar 320 psi dan level air di dalam drum (drum water level) (y3) disekitar 0 inch terhadap perubahan beban uap. Salah satu pengendalian sistem boiler adalah pengendali PI. Pengendali PI ini akan mengendalikan boiler agar boiler mampu memiliki kinerja yang baik karena pengendali PI dapat mempercepat respon sistem menuju setpoint dan dapat menghilangkan offset atau error steady state. Pada pembahasan tesis ini pengendalian sistem boiler akan melakukan penalaan parameter pengendali PI berbasis algoritma genetika untuk mendapatkan nilai parameter yang optimal. Hasil yang diperoleh dari penalaan PI berbasis algoritma genetika pada pembahasan tesis ini sudah dapat mencapai kriteria yang diinginkan seperti overshoot, rise time dan settling time. Dan respon keluaran dari pengendali PI yang ditala dengan algoritma genetika ternyata menunjukkan hasil yang lebih baik jika dibandingkan dengan respon keluaran dari pengendali PI yang ditala dengan cara trial error seperti pada acuan [2] dan [3].

---

Boiler system described in this thesis is multivariable system, which have four state variable, two input and two output variable. Where variable control is drum pressure (y1) and delta drum water level (y3), whereas the manipulated variable is fuel flow rate (u1 ) and feedwater flow rate (u3 ). The purpose in this boiler control is to make the drum pressure (y1) around 320 psi and drum water level (y3) around 0 inch towards the changes of steam load. One of boiler system control is PI controller. PI controller will control the boiler to make the boiler have a good performance, because PI controller can enforce system response more quicker into the set point and can eliminate offset or error steady state. In this thesis a boiler system controller will do a tunning parameter on PI controller based on Genetic Algoritms to produce optimal parameter value. The result from PI tunning based on Genetic Algorithm in this thesis already fulfill the criteria like overshoot, rise time, and settling time. And output respons from PI controller that have been tunning with genetic algoritms shows the better result when compares with output response from PI controller which tunning with trial error method [2] , [3].

Abstrak :
Jaringan saraf tiruan telah banyak dikembangkan untuk aplikasi pengenalan pola objek 3 dimensi. Salah satu metode pengenalan objek 3 dimensi melalui citra 2 dimensi dari berbagai sudut pandang telah dikembangkan dengan cara memodifikasi arsitektur lapis tersembunyi pada jaringan multi-layer perceptron menjadi bentuk silindris dan menggunakan metode pelatihan propagasi balik yang dikenal dengan Cylindrical Hidden Multi-Layer Perceptron Back Propagation (CHMLP-BP). Metode ini melibatkan pasangan berarah antara vektor sudut pandang terhadap objek dengan vektor posisi neuron pada lapis tersembunyi yang diabstraksikan ke dalam konstanta yang akan berperan dalam proses pelatihan maupun pengenalan[1]. Kinerja JST CHMLP-BP tersebut masih kurang baik dan diperbaiki dengan menambah neuron pada lapis tersembunyi secara acak sehingga membentuk arsitektur lapis tersembunyi konsentris[2]. Walaupun kinerja meningkat, pertambahan neuron pada lapis tengah secara acak belum membuktikan bahwa struktur jaringan dan kinerja jaringan telah optimal. Algoritma Genetika adalah sebuah teknik untuk pencarian solusi optimal untuk berbagai macam permasalahan. Penulis menggunakan Algoritma Genetika untuk mencari struktur jaringan dan kinerja jaringan yang telah optimal. Penggunaan Algoritma Genetika untuk optimasi terhadap JST CHMLP-BP dilakukan terhadap dua hal. Satu, optimasi pada jumlah bobot-bobot koneksi jaringan, dengan membuang koneksi-koneksi yang tidak diperlukan. Dua, optimasi pada jumlah neuron-neuron tersembunyi, dengan membuang neuron-neuron tersembunyi yang tidak diperlukan. Hasil eksperimen menunjukkan bahwa dengan parameter-parameter yang tepat, Algoritma Genetika dapat mereduksi ukuran jaringan dan meningkatkan kemampuan pengenalan pola. Analisa terhadap parameter-parameter tersebut menunjukkan penggunaan parameter-parameter yang berbeda untuk tiap persoalan optimasi JST.

Abstrak :
Latar Belakang : Sistem in vitro pendeteksi interaksi protein Vif HIV-1 dengan Apobec3G akan mempermudah identifikasi obat anti HIV-1 yang dapat meghambat replikasi HIV-1 melalui fungsi protein intrinsik Apobec3G. Protein Apobec3G rekombinan yang diperoleh melalui ekspresi pada sistem prokariota dapat digunakan bersama-sama dengan protein vif rekombinan untuk pengembangan sistem identifikasi substansi penghambat interaksi Apobec3G dan Vif HIV-1 dalam rangka eksplorasi protein bahan alam sebagai penghambat infeksi HIV. Metode : Gen Apobec3G diklona ke dalam vektor plasmid pGEX6P-1 dalam E.coli TOP10, kemudian dilanjutkan dengan ekspresi pada sel E.coli BL21 untuk memperoleh protein rekombinan. Proses induksi dilakukan pada suhu 37°C dengan konsentrasi IPTG 0,5 mM, waktu induksi 2 dan 4 jam. Hasil : Gen apobec3G telah berhasil diklona ke dalam vektor ekspresi prokariot, tetapi protein belum berhasil diekspresikan. ...... Background: A system for detection of in vitro interaction of HIV-1 Vif protein with apobec3G protein will facilitate the identification of novel anti HIV-1 drug that inhibit the virus replication through functional intrinsic Apobec3G protein. Recombinant Apobec3G protein that is obtained through expression in prokaryotic expression system can be utilized in combination with recombinant HIV-1 Vif protein for the development of a sistem for identification of an inhibitory substance for interaction of Apobec3G and HIV-1 Vif, in order to explore the potential of natural substances as inhibitors of HIV infection. Methods: The gene encoding the Apobec3G protein was cloned into the plasmid vector pGEX6P-1 in Top10 E. coli, followed by expression in BL21 E. coli to obtain the recombinant protein. Induction of expression was performed at 37oC with IPTG concentration of 0.5 mM for 2 and 4 hours. Results: The gene encoding the Apobec3G has been successfully cloned in the prokariotic expression vector, however the expression of the corresponding recombinant protein has not been successful.