Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Latar Belakang: Mukopolisakaridosis tipe IV A (MPS IV A, Morquio A syndrome) merupakan kelainan autosomal resesif yang disebabkan adanya mutasi pada gen N-acetylgalactosamine-sulfate sulfatase (GALNS atau galactosamine (N-acetyl)-6-sulfate sulfatase; MIM #612222). Diagnosis MPS IV A dapat dicurigai melalui pemeriksaan penapisan GAGs (glukosaminogikans) urin dan ditegakkan dengan pemeriksaan dan aktifitas enzim GALNS pada leukosit atau kultur fibroblast. Pemeriksaan molekuler diperlukan karena bervariasinya gejala klinis yang berhubungan dengan variasi mutasi pada gen GALNS. Namun, lokasi mutasi hot spot berbeda-beda antar daerah dan etnis, Heterogenitas ini dapat menjadi tantangan bagi interpretasi pemeriksaan molekular pasien dengan MPS IV sehingga perlu strategi diagnostik yang efektif biaya untuk menemukan mutasi penyebab kelainan MPS tipe IVA di Indonesia. Tujuan: Mengetahui profil fenotipe-genotipe pasien MPS tipe IV A di Indonesia. Metode: Penelitian ini adalah studi potong lintang yang dilakukan di Departemen Ilmu Kesehatan Anak RSCM-FKUI dan Human Genetic Cluster (HGRC) IMERI FKUI sejak tanggal 1 Januari-13 Desember 2019. 3. Data terkait fenotipe, yaitu anamnesis, pemeriksaan fisis (PF), dan pemeriksaan penunjang, diambil dari data rekam medis. Selanjutnya dilakukan pengambilan darah dalam tabung EDTA sebanyak 5 mL. Tahapan pemeriksaan molekular meliputi isolasi DNA, desain primer, PCR, sequencing, dan analisis varian. Kategori varian baru (novel) yang ditemukan akan dibuat berdasarkan panduan dari American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Hasil: Total subjek penelitian adalah 7 pasien MPS tipe IV A di Indonesia yang berasal dari 5 kota berbeda. Subjek terdiri dari 2 pasien lelaki dan 5 pasien perempuan. Rentang usia saat pemeriksaan antara 2-17 tahun. Terdapat riwayat keluhan serupa pada kakak subjek 1 dan 6. Pada kelima pasien lain, awitan gejala mukopolisakaridosis disadari pada usia antara 2-3 tahun. Tidak ada riwayat konsanguinitas pada orangtua subjek penelitian. Seluruh subjek pada penelitian ini diklasifikasikan sebagai tipe berat. Manifestasi klinis yang ditemukan pada seluruh subjek penelitian adalah leher pendek, genu valgum, pectus carinatum, sendi yang longgar, serta gangguan pada cara berjalan. Tiga dari 7 subjek saat ini masih dapat berjalan tanpa alat bantu. Data aktivitas enzim dan glikosaminoglikans pada subjek tidak seragam karena tempat pemeriksaan berbeda dan menggunakan metode yang berbeda pula. Sebanyak 24 varian ditemukan pada 7 subjek. Sebagian besar varian ditemukan pada ekson 7 (29,2%), diikuti ekson 5, 10, dan 12 (masing-masing 16,7%), ekson 13 (sebesar 12,5%). Sisanya varian ditemukan pada ekson 1, 11 dan ekson 14 (masing-masing 4,2%). Sebagian besar varian yang ditemukan merupakan varian missense (54,2%), diikuti varian silent (45,8%), dan hanya 1 (4,2%) varian yang ditemukan berupa varian nonsense. Varian tersering yang ditemukan adalah varian c.708C>T yang ditemukan pada 5 subjek, diikuti oleh varian c.510T>C dan c.1354 T>C yang ditemukan pada 3 subjek. Berdasarkan hasil temuan varian terdapat 12 varian benign, 4 VUS, dan 8 varian patogenik. Terdapat 3 varian novel pada subjek penelitian, satu di antaranya adalah varian likely pathogenic, yaitu varian c.1348 G>A. Simpulan: Dari tujuh subjek dalam penelitian ini, ditemukan 8 varian patogenik, di antaranya terdapat 1 varian likely pathogenic baru. Sebanyak 9 dari 14 alel (64,3%) dapat ditemukan varian patogenik, sedangkan 5 varian patogenik lainnya belum ditemukan. Fenotipe paling berat dialami oleh subjek 4 yang memiliki tinggi badan T.

---

Background: Mucopolysaccharidosis type IVA (MPS IVA, Morquio A syndrome) is an autosomal recessive disease which is caused by defect in the N-acetylgalactosamine-6-sulfate sulfatase gene (GALNS, galactosamine (N-acetyl)-6-sulfate sulfatase; MIM #612222). After urine glycosaminoglycan is performed as a screening tool, diagnosis is confitmed through measuring GALNS enzyme activity in leucocyte or fibroblast. Molecular testing is needed because clinical symptoms are variable. Mutation in GALNS gene are many and can be different in each ethnicity and country. This heterogeneity poses a challenge to the diagnosis of MPS IVA especially in Indonesia. Therefore, data on clinical spectrum and genetic mutation of MPS IVA in Indonesian population is needed. Aim: To determine the phenotype-genotype correlation of MPS IVA in Indonesia Method: Subjects were recruited from Department of Pediatrics, Cipto Mangunkusumo Hospital, while molecular testing was performed in the Human Genetic Cluster (HGRC) IMERI Faculty of Medicine Universitas Indonesia between Januari 1st until December 13th, 2019. Data on phenotype was evaluated from medical records. A 5 ml EDTA whole blood was then collected from the subjects. Molecular testing consists of DNA isolation, primer design, PCR, sequencing, and variant analysis. Novel variants are then classified according to guidelines from the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Results: A total of 7 subjects from 5 different cities was included in this study, consisting of 2 boys and 5 girls. Age at recruitments was between 2 to 17 years-old. Two subjects had history of MPS IVA in older sibling. Age of onset were between 2-3 years-old. No history of consanguinity in the subjects parents. All subjects were classified as severe type. Clinical manifestations found in all patients were short neck, genu valgum, pectus carinatum, loose joint, and difficulty walking. Three out of 7 subjects were still able to walk. Data on enzyme activity and glycosaminoglycans could not be compared because they were performed with different methods. Twenty four variants were found in 7 subjects. Mostly located on exon 7 (29.2%), followed by exon 5, 10, dan 12 (each 16.7%), exon 13 (12.5%), and the rest were found in exon 1, 11, and 14. Missense variants are the most commonly found (54.2%), followed by silent variants (45.8%), and 1 nonsense variant (4,2%). The most common variants found was c.708C>T in 5 subjects, followed by c.510T>C and c.1354 T>C, each on 3 subjects. These variants are classified as benign variants (50%), VUS (1.7%), and pathogenic variants (33.3%). Three novel variants were found in this study, including one likely pathogenic variants, c.1348 G>A. Conclusion: Eight pathogenic variant were found including one novel likely pathogenic variant. Nine out of 14 alleles (64.3%) were found. The most sever phenotype was found in subject 4 who had nonsense homozygous pathogenic variant c.751 C>T."

"ABSTRAKToxoplasma gondii merupakan protozoa obligat intraseluler yang memiliki persebaran di alam cukup luas dan dapat menginfeksi berbagai jenis unggas dan mamalia. Informasi genetik mengenai tipe T. gondii yang menyebabkan toksoplasmosis pada manusia masih sangat terbatas. Analisis genetik dari lokus SAG2 digunakan untuk menentukan prevalensi ketiga genotip T. gondii tipe I, II, dan III yang terkait dengan infeksi toksoplasmosis serebral dan okular di Indonesia. Penentuan genotip ini dilakukan secara langsung pada sampel klinis, tanpa terlebih dahulu melalui proses isolasi pada mencit atau kultur sel. Sebanyak 28 sampel cairan serebrospinal dan 8 sampel cairan mata yang telah dinyatakan positif terinfeksi T. gondii melalui PCR gen B1 digunakan pada penelitian ini. Metode restriction fragment length polymorphism RFLP digunakan untuk mengelompokkan setiap isolat ke dalam satu dari tiga genotip T. gondii. Tipe I merupakan strain yang paling banyak didapatkan pada sampel cairan serebrospinal dan cairan mata. Data tersebut menunjukkan bahwa toksoplasmosis serebral dan okular yang terjadi di Indonesia di dominasi oleh tipe I yang merupakan jenis tipe yang virulen.Kata Kunci: cairan mata, cairan serebrospinal, genotip, PCR-RFLP, Toxoplasma gondi.

---

ABSTRACTToxoplasma gondii is an obligate intracellular protozoan that has a wide distribution in nature and can infect many kinds of birds and mammals. Genetic information about the type of Toxoplasma gondii that causes toxoplasmosis in humans is still limited. Genetic analysis of the SAG2 locus was performed to determine the prevalence of the three genotypes of T. gondii associated with cerebral and ocular toxoplasmosis infection in Indonesia. This genotyping is performed directly on clinical samples, without passing the isolation process in mice or cell cultures. A total of 28 samples of cerebrospinal fluid and 8 samples of vitreous fluid which had been confirmed positive for T. gondii infection through B1 gene PCR, used in this study. Restriction fragment length polymorphism RFLP was used to determine each isolate into one of the three genotypes of T. gondii. Type I was the predominant strain found in cerebrospinal and ocular fluid. This data showed that cerebral and ocular toxoplasmosis in Indonesia is dominated by a virulant type I strain.Keywords cerebrospinal fluid, genotype, ocular fluid, PCR RFLP, Toxoplasma gondii."

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian :Respon wanita usia reproduktif yang mengikuti program reproduksi berbantuan sangat benrariasi mulai dari tidak ada respon, respon Iemah sampai menyebabkan sindrom hiperstimuiasi. Hiperstimulasi dapat menyebabkan kompiikasi serius seperti terjadinya pembesaran ovarium, ekstravasasi cairan pada rongga perut sehingga teriadi ascites, hypovolemia dan hemoconcentration. Saat ini diketahui ada dua polimorfisme pada gen FSHR posisi 307 (Alanin atau Threonin) dan posisi 680 (Serin atau Asparagin). Studi pada wanita Jerman yang mengikuti program fertilisasi in vitro memperlihatkan bahwa polimorfisme gen FSHR membentuk 2 alel yaitu Threonin-Asparagin (TN) dan Alanin Serin (AS) sehingga membentuk 3 variasi alel FSHR. Studi tersebut juga memperlihatkan bahwa genotip FSHR merupakan salah satu faktor yang dapat menentukan respon ovarium wanita Jerman terhadap stimulasi FSH. Tuiuan peneiitian ini adalah untuk mengetahui : a). distribusi variasi alel FSHR pada wanita indonesia dan wanita dan populasi Arab, Suriname, Beianda, dan Asia Tenggara kecuali Indonesia b). perbedaan distribusi genotip FSHR pada wanita normal dengan wanita anovulasi normogonadotropik (WHO tipe-2), c). distribusi genotip dan frekuensi alel FSHR pada wanita Indonesia yang mengikuti program ICSI, d). hubungan antara genotip FSHR dengan kadar basal FSH dan dosis FSH eksogen yang dibutuhkan untuk memicu superovulasi pada wanita Indonesia dan e). perbedaan aktivitas cAMP secara in vitro pada sel granulosa dengan genotip FSHR (posisi 680) yang berbeda setelah distimulasi FSH eksogen. Penelitian dilakukan di Institute of Reproductive of Muenster University, Germany. di Departemen Biologi Kedokteran FKUI dan di NAMRU-2 Jakarta. Analisis gen FSHR dilakukan dengan teknik PCR-RFLP dan PCR-SSCP.Hasil : Penelitian memperlihatkan bahwa pada wanita Indonesia dan wanita dari populasi lain (Arab, suriname, Belanda dan Asia Tenggara kecuali Indonesia), gen FSHR membentuk 4 alel FSHR yaitu TN, AS, TS dan AN sehingga terbentuk 9 kombinasi alel gen FSHR. Terdapat perbedaan kadar basal FSH dengan polimorlisme gen FSHR pada wanita anovulasi (posisi 680) namun tidak ditemukan perbedaan dosis FSH eksogen yang diperlukan untuk induksi ovulasi pada wanita anovulasi tersebut. Pada populasi wanita Indonesia yang mengikuti program ICSI tidak ditemukan adanya perbedaan kadar FSH basal dan dosis FSH eksogen yang diperlukan untuk memicu superovulasi bila wanita tersebut dikelompokkan berdasarkan genotip FSHR pada posisi 307 (p> 0,05 Kruskal Wallis test). Terdapat perbedaan kadar FSH basal dan dosis FSH eksogen yang diperlukan untuk memicu superovulasi bila wanita tersebut dikelompokkan berdasarkan genotip FSHR pada posisi 680 (p< 0,05, Kruskal Wallis test). Dengan demikian genotip FSHR pada posisi 680 dapat dijadikan sebagai faktor prediksi yang dapat dipertimbangkan dalam menentukan dosis FSH eksogen untuk superovulasi selain faktor umur dan kadar FSH basal. Terdapat perbedaan aktivitas CAMP pada sei granulosa dengan genotip'FSHR (posisi 680) yang berbeda setelah distimulasi dengan FSH eksogen. Hal ini diperlihatkan dengan adanya nilai absorban cAMP yang lebih rendah pada genotip SS dibandingkan pada genotip SN dan NN.Kesimpulan :a). Polimorlisme gen FSHR pada populasi wanita Indonesia dan populasi Arab, Suriname, Belanda dan Asia Tenggara kecuali Indonesia membentuk 9 kombinasi alel gen FSHR. b).terdapat perbedaan distribusi genotip FSHR pada wanita normal (kontrol) dan wanita anovulasi normogonadotropik. c). terdapat hubungan antara genotip FSHR (680) dengan kadar FSH basal dan dosis FSH eksogen yang diperlukan untuk induksi superovulasi pada wanita Indonesia yang mengikuti program lCSl. d) terdapat perbedaan aktivitas cAMP secara in vitro pada sel granulosa dengan genotip FSHR (posisi 680) yang berbeda setelah distimulasi dengan FSH eksogen.

---

Back Ground and Method :

It has been known that the response to FSH stimulation varies broadly among women undergoing assisted reproduction. The variations of response range from no response! extremely low response to one leading to hyperstimulation syndrome. Hyperstimulation may lead to serious complication manifested in ovarian enlargment and extravasation of fluid to the abdominal cavity resulting in ascites, hypovolemia and hemoconcentration. Recently, two polymorphism of the FSH receptor gene have been identified in position 307 (Alanin or Threonin) and position 680 (Serin or Asparagin). The polymorphisms of FSHR have been known so far where the sensitivity of FSHR is determined by the allelic combination involved. Previous study indicated that the FSHR genotype is one of the critical factors for ovarian response to FSH stimulation. ln this study, we analysed a). frequency distribution of the two FSHR polymorphism in women of different ethnic origin (Arabian, Suriname and Netherland and South of Asia except Indonesian), b). frequency distribution of the two FSH receptor polymorphism in normoovulatory controls and normogonadotropik anovulatory women, c). correlation between the observe FSHR genotype and the response to exogenous FSH for superovulasi inducbon in women undergoing assisted reproduction, d) differences mediated cAMP in granulose cells that stimulated exogenous FSH. Analysed of FSHR gene polymorphism by PCR-RFLP and PCR-SSCP in institute of Reproductive of Muenster University, German, Department of Medical Bioiogy, University of indonesia and Naval Medical Research Unit.

Results :

Polymorphism the FSHR gene in Indonesian women and different population origin (Arabian, Suriname, Netherland and South of Asia except Indonesian) given 9 variation of FSH receptor alel. There were statistically significant differences among patients with different subtypes of FSHR variants for the polymorphism at position 307 and 680 in the FSH basal levels and there were no statistically significant differences among patients with different subtypes of FSHR variants for the polymorphism at position 307 and 680 in the temt of FSH doses to stimulate ovulation. There were no statistically significant differences among patients with different subtypes of FSHR variants for the polymorphism at position 307 in the FSH basal levels and FSH doses to stimulate superovulation in Indonesian women that undergoing assisted reproduction (p> 0,05, Kruskal-Wallis test). There were statistically significant differences among patients with different subtypes of FSHR variants for the polymorphism at position 680 in the FSH basal levels and FSH doses to stimulated superovulation in Indonesian women that undergoing assisted reproduction (p< 0,05, Kruskal-Wallis test). This study indicated that the polymorphism of FSHR gene in position 680 can determinated FSH doses to stimulate superovulation beside age and FSH basal levels. There were differences activity of the cAMP in different FSH genotype in granulosa cells after stimulation of FSH exogenous. The SS genotype has cAMP less than SN and NN genotypes.

Conclutions :

a) FSHR gene polymorphism in Indonesian, Caucasian, Arabian, Suriname and South of Asian women except Indonesian giving rise nine FSHR alel. b) The distribution of both polymorphisms differed significantly between anovulatory patients and nomio-ovulatory controls. c). The distribution of FSHR polymorphisms in position 30? and 680 differed significantly in Indonesian women undergoing ICSI programme in Bunda Hospital, Jakarta. d). The FSH receptor polymorphisms combination SS was associated with higher basal FSH levels and the amount of exogenous FSH needed to induce super ovulation compared SN and NN variants. e). There were differences activity of the CAMP in different FSH genotype in granulose cells after stimulation of FSH exogenous. The SS genotype has cAMP less than SN and NN genotypes."

"ABSTRAKMethicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) merupakan bakteri yang resistenterhadap antibiotik methicillin dan antibiotik golongan β-laktam lainnya. MRSA adalahpatogen umum di rumah sakit dan masyarakat. Isolasi MRSA tidak mudah dilakukankarena seringkali bercampur atau terkontaminasi dengan flora normal seperti coagulasenegative Staphylococci (CoNS) yaitu Staphylococcus epidermidis dan Staphylococcushaemolyticus. Studi ini menggunakan metode fenotipik berupa pengamatan morfologi,pengecatan Gram, Uji biokimia, serta kepekaan antibiotik sedangkan uji genotipik(metode molekular) berupa PCR gen nuc dan mec, SCCmec typing, MLST dansekuensing. Subyek penelitian sebanyak 48 isolat tersimpan di LaboratoriumBakteriologi Molekular, Lembaga Eijkman Jakarta. Diperoleh sebanyak 33 sampel(68.75) memiliki tipe 5 ccr, 9 sampel (18.75) tipe 2 ccr dan 6 sampel (12.5 )nontypeable. Sequence type (ST) yang dominan pada penelitian ini adalah ST239 (2-3-1-1-4-4-3) dan merupakan strain yang multidrug resistant dominan. Pada penelitian inisemua isolat MRSA yang berjumlah 48 isolat telah dikonfirmasi memiliki ciri-cirifenotipik yang sesuai, yaitu Gram positif coccus menyerupai buah anggur, hemolisis,oksidase negatif, katalase positif dan koagulase positif. Sifat bakteri MRSA secaragenotipik mempunyai gen nuc dan gen mecA positif. Hubungan antara sifat genotipedan sifat fenotipe MRSA yang terlihat dalam penelitian ini adalah semua isolat MRSAyang multidrug resistant (uji secara fenotipik) juga merupakan sequence type yangdominan di rumah sakit (uji genotipik).

---

ABSTRACTMethicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a bacterium that is resistant tothe methicillin antibiotics and other β-lactam group antibiotics. MRSA is a commonpathogen in hospitals and communities. Isolation of MRSA is not easy to do because itis often mixed or contaminated with normal flora such as coagulase negativeStaphylococci (CoNS), namely Staphylococcus epidermidis and Staphylococcushaemolyticus. This study used phenotypic methods in the form of morphologicalobservations, Gram staining, biochemical tests, and antibiotic sensitivity whilegenotypic tests (molecular methods) in the form of nuc and mec PCR, SCCmec typing,MLST and sequencing. The research subjects were 48 isolates stored in the MolecularBacteriology Laboratory, Eijkman Institute Jakarta. Thirty three samples (68.75) hadtype 5 ccr, 9 samples (18.75) type 2 ccr and 6 samples (12.5) nontypeable. Thedominant sequence type (ST) in this study is ST239 (2-3-1-1-4-4-3) and is a multidrugresistant dominant strain. In this study, all isolates of MRSA, total of 48 isolates, wereconfirmed to have appropriate phenotypic features, which are Gram positive cocciresembling grapes,-hemolysis, negative oxidase, positive catalase and positivecoagulase. Genotypically all isolates have positive nuc gene and mecA gene. Therelationship between genotype features and MRSA phenotype seen in this study is thatMRSA isolates that are multidrug resistant (phenotypic test) are also the dominantsequence types in the hospital (genotypic test)."