Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Histon deasetilase (HDAC) memiliki fungsi kritis dalam meregulasi ekspresi gen. Penelitian terkini mengungkapkan bahwa HDAC juga memiliki peranan penting dalam karsinogenesis. Oleh karenanya, penghambatan HDAC telah berkembang menjadi area riset antikanker yang menarik yang menargetkan proses-proses biologis seperti siklus sel, apoptosis, dan diferensiasi sel. Dalam penelitian ini suatu inhibitor HDAC yang telah tersedia secara komersial, Suberoyl Anilide Hydroxamic Acid (SAHA), dimodifikasi untuk meningkatkan efikasi dan mengurangi efek samping senyawa tersebut. Bagian hydrophobic cap dan zincbinding group dari senyawa ini disubstitusi dengan senyawa berbasis boron, sedangkan daerah linker disubstitusi dengan p-aminobenzoic acid. Simulasi molecular docking terhadap SAHA dan senyawa turunannya dilakukan untuk mendapatkan ligan potensial yang memiliki nilai ΔGbinding terendah. Analisis docking menghasilkan 8 ligan dengan ΔGbinding yang jauh lebih negatif dibandingkan standar, SAHA dan TSA, yaitu Nova2(9058064-6), Nova2(95752-88-8), Nova2(88765-82-6), Nova2(unique10), Nova2(16876-27-0), Nova2(513246-99-6), Nova2(unique80), dan Nova2(279262-23-6). Kedelapan ligan tersebut dianalisis berdasarkan sifat QSAR (quantitative structure-activity relationship), farmakologis, dan ADME-Tox (absorption, distribution, metabolism, excretion and toxicity) yang dimiliki untuk mendapatkan inhibitor potensial HDAC kelas II Homo sapiens. Proses penapisan bertahap ini menghasilkan 1 ligan terbaik, yaitu Nova2(513246-99-6), yang kemudian dipelajari lebih lanjut melalui simulasi molecular dynamics.

---

Histone deacetylase (HDAC) plays critical functions in the regulation of gene expression. Recent studies revelead that HDAC also has important role in carcinogenesis. The inhibition of HDAC has emerged as a new interesting area of anticancer research that targets the biological processes including cell cycle, apoptosis and differentiation. In this research, a commercially available inhibitor of HDAC known as Suberoyl Anilide Hydroxamic Acid (SAHA) were modified in order to improve its efficacy and reduce its side effects. The hydrophobic cap and zinc-binding group of this compound were substituted by boron-based compounds, while its linker region was modified by p-aminobenzoic acid. Molecular docking simulation was conducted on SAHA and its derivatives to obtain potential ligands with the lowest ΔGbinding. Docking analysis revealed 8 potential ligands with far more negative ΔGbinding than standards, SAHA and TSA, they are Nova2(9058064-6), Nova2(95752-88-8), Nova2(88765-82-6), Nova2(unique10), Nova2(16876-27-0), Nova2(513246-99-6), Nova2(unique80), and Nova2(279262-23-6). All of these ligands were analyzed according to their QSAR (quantitative structure-activity relationship), pharmacological analysis and ADME-Tox (absorption, distribution, metabolism, excretion and toxicity) to obtain potential inhibitor of HDAC class II Homo sapiens. This multistep screening process generated one best ligand, Nova2(513246-99-6), whis was further studied by means of molecular dynamics simulation.

Abstrak :
Kanker leher rahim atau kanker serviks telah menjadi salah satu penyebab kematian dengan angka yang cukup tinggi tiap tahunnya di Indonesia. Oleh karena itu, penemuan akan obat anti kanker serviks yang lebih baik sangat dibutuhkan saat ini, dimana senyawa bahan alam yang berasal dari biota Indonesia diharapkan dapat menjadi salah satunya. Hal ini bertujuan untuk meningkatkan pemanfaatan sumber daya alam yang terdapat di Indonesia. Salah satu cara pengobatan kanker serviks adalah dengan menganalisis cara kerja Human Papilloma Virus (HPV), virus penyebab kanker serviks, terhadap manusia. Ternyata protein yang berasal dari HPV dapat menginduksi proses deasetilasi oleh Histone Deacetylase (HDAC) kelas II Homo sapiens, dimana deasetilasi dapat mengganggu transkripsi gen, sehingga dibutuhkan inhibitor HDAC untuk menghambat proses ini. Interaksi antara HDAC dengan inhibitor HDAC dianalisis dengan metode komputasi, lalu dilakukan penapisan berdasarkan beberapa parameter, sehingga didapatkan senyawa bahan alam dari Manado sebagai kandidat obat terbaik untuk terapi kanker leher rahim.

---

Cervical cancer has high rate of mortality in Indonesia every year. Because of that, it is important to find a better drug of anticancer for cervical cancer this time, and natural product from Indonesian biota be expected become one of a kind. It has purpose to increase the utilization of Indonesian natural resources. Cervical cancer curing can be done by analyzing the mechanism of Human Papilloma Virus (HPV), cervical cancer virus, towards human body. Evidently, HPV can induce deacetylation process by Histone Deacetylase (HDAC), deacetylation can disrupt gene transcription, and so inhibit this process by HDAC inhibitor becomes a solution. Interaction between HDAC and HDAC inhibitor can be analyzed by computation method, afterward it was screened by the parameters, with the result that Manado's natural product becomes the best drug lead for cervical cancer therapy.

Abstrak :
Senyawa yang berperan sebagai inhibitor HDAC kelas IIa telah banyak dikembangkan sebagai obat antikanker, antiinflamasi, penyakit Huntington, human papiloma virus dan antidiabetes. Senyawa inhibitor HDAC antara lain golongan hydroxamic acid, peptida siklik, asam alifatik dan benzamide. Metode yang digunakan untuk mencari senyawa inhibitor HDAC kelas IIa salah satunya adalah melalui pendekatan farmakofor 3D berbasis ligan. Senyawa aktif HDAC4 dan HDAC7 dibuat ke dalam dataset training dan test untuk pembuatan dan validasi model farmakofor 3D berbasis ligan menggunakan LigandScout 4.09.1. Model farmakofor terbaik digunakan untuk penapisan virtual terhadap database herbaldb. Senyawa hit yang diperoleh selanjutnya dilakukan penambatan molekul menggunakan AutoDock4Zn, simulasi dinamika molekuler dan perhitungan nilai MMGB/PBSA menggunakan AMBER12. Berdasarkan hasil validasi model farmakofor 3D berbasis ligan, dipilih model farmakofor terbaik yaitu model 6 dan 10 HDAC4 dan model 1 HDAC7. Berdasarkan hasil penapisan virtual diperoleh 6 senyawa hit yaitu artocarpesin, avicularin, dimboa glucoside, eriodictin, luteolin dan mirabijalone c. Proses simulasi dinamika molekul selama 10ns menunjukan bahwa senyawa yang memiliki aktivitas terbaik yaitu senyawa artocarpesin HDAC4 , mirabijalone c dan eriodictin HDAC7. Asam amino esensial HDAC4 meliputi Asp196, Asp290 dan His198 untuk interaksi ZBG. Asam amino esensial HDAC7 meliputi Asp707, Asp801 dan His709 untuk interaksi ZBG. ......Currently, compounds as the inhibitor of HDAC class IIa are developed as anticancer, antiinflammation, Huntington disease, human papilloma virus and antidiabetes. Inhibitor compounds of HDAC are mainly divided into hydroxamic acid, cyclic peptide, aliphatic acid and benzamide. 3D pharmacophore ligand based approached was used to found inhibitor compounds of HDAC class IIa. Active compounds of HDAC4 and HDAC7 were divided into training and test dataset for build and validation of 3D pharmacophore ligand based models using LigandScout 4.09.1. The best pharmacophore model, was used for virtual screening against herbaldb database. After this steps, hit compounds would be docking using AutoDock4Zn, molecular dynamic simulation, and MMGB PBSA calculation score using AMBER12. Based on the results of 3D model validation pharmacophore based ligand, selected models are models of best pharmacophore 6 and 10 HDAC4 and model 1 HDAC7. Based on the results of virtual screening, 6 hit compounds were obtained such as artocarpesin, avicularin, dimboa glucoside, eriodictin, luteolin and mirabijalone c. Molecular dynamics simulation process for 10ns indicate that the compound has the best activity are artocarpesin for HDAC4, mirabijalone c and eriodictin for HDAC7. Essential amino acids for HDAC4 include Asp196, Asp290 and His198 for ZBG interactions. Essential amino acids for HDAC7 include Asp707, Asp801 and His709 for ZBG interaction.