Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Leptospirosis adalah penyakit infeksi akut yang dapat menyerang rnanusia maupun hewan yang disebabkan bakteri Leprospfra spp dan digolongkan sebagai zoonosis. Gejala klinis leptospirosis yang tidak spesiiik dan sulitnya uji laboratorium untuk konfirmasi diagnosis mengakibatkan penyakit ini seringkali tidak terdiagnosis. Oleh karena itu dalam ponelirian ini dilakukan optimasi uji diagnostik molekuler menggimakan real-time PCR sebagai deteksi cepat, sensitif dan spesiflk untuk Leptospira patogen pada manusia DNA bakten di dalam spesimen darah diekstraksi menggunak:an QIAamp DNA Blood Mini Kit, Qiagen dan spesimen urin diekstraksi menggunakan QIAamp DNA Stool Mini Kit,Qiagen dengan prosodur sesuai dengan petunjuk manualnya. Primer dan probe yang digunakan berdasarkan publikasi penelitian oleh Smythe dkk, 2002. Dari hasil uji optimasi kondisi optimal real-time PCR didapat suhu annealing 60°c, konsentrasi primer 0,9 uM dan konsentrmi probe 0,2 uM. Spesifisitas primer diuji menggunakan DNA balcteri patogen lain Hasii uji sensitiiitas real-time PCR untuk mendeteksi konsentrasi DNA terendah bakteri Leprospim spp adalah 0,75 fypl, hasil uji spesitisitas real-time PCR menunjukkan bahwa primer yang digunakan untuk deteksi balderi Leprospira spp tidak beraksi silang dengan genom bakteri-bakteri uji, konsentrasi minimal DNA bakteri yang masih terdeteksi dalam darah mencapai 150 fg/pl, sedangkan dalam urin mencapai 1470 fg/pl yang masih dapat dideteksi dengan pemeriksaan real-time PCR. Metode real-time PCR ini dapat digunakan sebagai alternatif pemeriksaan mikrobiologi yang cepat dan tepat untuk mendiagnosis leptospirosis. ......Leptospirosis is an emerging infectious disease in human and animals caused by Leptospira spp. and considered endemic in Indonesia due to its tropical climate. The International Leptospirosis Society (2001) declared Indonesia has high incidence of leptospirosis and ranked the third in the world for mortality (16.7%) The clinical features are not specific and may result in a missed or delayed diagnosis. The microbiology diagnostic method e.g. culture and microscopic agglutination test (MAT) are sensitive and specific but time-consuming and high cost. The other method to detect the antibody result false positive reactions and need confirmation by the MAT. Therefore in this study we optimized the real-time PCR assay, which has been used to detect a large number of microbes. It has high sensitivity and specificity, thus making it ideal as a rapid and accurate method to detect pathogen Leptospira spp. in human specimens. The amplification of the DNA control was performed optimally with the following conditions: annealing temperature is 60°C, primer volume is 0.5p1 (final concentration: 0.9 phd); probe volume is 0.2 ul (final concentration 0.2 pM). This method may detect the DNA in the Mastermix Mix with the concentration of 0.75 fg/ul, however in blood specimen the limit of detection of the DNA 150 fg/pl and in urine is 1470 fg/pl. The primer used in this assay is not complementary with the DNA of other pathogenic Leptospira spp. The real-time PCR assay is a rapid and accurate method to detect pathogenic Leptospira in human specimens. Further studies are needed to know the sensitivity and specificity of the real-time PCR assay compared to other diagnostic methods in clinical settings."

"Latar Belakang. Leptospirosis merupakan penyakit infeksi di daerah tropis yang terabaikan (neglected infectious diseases) akibat vektor hewan dan kondisi lingkungan. Prevalensi di negara beriklim tropis, khususnya Indonesia cukup tinggi namun tidak terdiagnosis dengan baik. Diagnostik pasti sulit didapat karena uji baku emas leptospirosis, MAT (microscopic agglutination test), di Indonesia masih terbatas aksesnya dan uji alternatif belum banyak diteliti efektifitasnya.Metode. Penelitian ini menguji kinerja dua jenis alat diagnostik terbaru yaitu tes cepat berbasis IgM (Leptodipstick), dan PCR (polymerase chain reaction) terhadap gen lipl32 dan secY Leptospira dibandingkan uji baku emas MAT pada populasi Indonesia. Subjek penelitian adalah pasien dewasa rawat inap di RSCM pada tahun 2016-2018 yang memenuhi kriteria klinis leptospirosis WHO dan diujikan dengan MAT, tes cepat Leptospira, dan PCR Leptospira. Penelitian ini bersifat potong lintang, dengan variable yang diteliti meliputi data demografi, manifestasi klinis, paparan pekerjaan, paparan vektor ataupun lingkungan, serta hasil pemeriksaan MAT, tes cepat, dan PCR terhadap Leptospira. Hasil: Terdapat total 30 subjek yang ikut dalam penelitian dengan 11 (36,7%) meninggal dunia. Berdasarkan uji baku emas MAT, 14 (46,67%) dinyatakan reaktif terhadap antibodi Leptospira. Tes cepat Leptospira mendapat nilai sensitivitas 85,71% (95%IK: 57,19-98,22%), serta spesifisitas 62,50% (95%IK: 35,43%-84,80%), dan area di bawah kurva ROC 0,741 (95%IK: 0,549-0,883). Pemeriksaan PCR terhadap gen lipl32, sensitivitas 85,71% (95%IK: 57,19-98,22%), spesifisitas 18,75% (95%IK: 4,05-45,65%), dan area di bawah kurva ROC 0,522 (95%IK: 0,333 – 0,707). Pemeriksaan PCR gen secY, sensitivitas 71,43% (95%IK: 41,90-91,61%), spesifisitas 12,50% (95%IK: 1,55-38,35%), dan area di bawah kurva ROC 0,580 (95%IK: 0,371-0,789). Secara umum, semua uji memiliki sensitivitas yang memuaskan, namun spesifisitas yang buruk dibandingkan dengan MAT. Spesifisitas yang rendah dapat dikaitkan dengan onset penyakit yang sebagian besar berada pada fase akut sehingga belum dapat terdeteksi dengan alat uji yang berbasis antibodi.Kesimpulan. Spesifisitas tes cepat Leptospira dengan IgM maupun PCR terhadap gen lipl32 dan secY Leptospira sebagai alat penapisan cukup baik. Perlu dilakukan penelitian kinerja diagnostik lanjutan berdasarkan onset penyakit.......Background. Leptospirosis is a neglected infectious disease transmitted by animal vectors and environment. The prevalency in  tropical Asia-Pacific country, including Indonesia was high. The gold standard test for leptospirosis was microscopic agglutination test (MAT), very limited distribution in Indonesia.Methods. This study compares the diagnostic profiles of two new diagnostic tools, an IgM-based rapid test (Leptodipstick) and polymerase chain reaction (PCR) of the genes lipl32 and secY of the Leptospira genome, to MAT as the gold standard, in the Indonesian population. Adult inpatients of RSCM in the years 2016-2018 with conformity to the WHO clinical criteria for leptospirosis and undergo MAT test, Leptospira rapid test, and Leptospira PCR were enrolled in the study. The study was cross-sectional with the examined variable were demographic data, clinical manifestation, occupational exposure, exposure towards animal vectors or environmental conditions, and results of the MAT, Leptospira rapid test, and Leptospira PCR.Results. The study enrolled 30 participants, with 11 (36,7%) deceased in the study period. Based on MAT, 14 participants (46,67%) were considered reactive for Leptospira antibodies. The Leptospira rapid test has a sensitivity of 85.71% (95%CI: 57.19-98.22%), and specificity of 62.50% (95%CI: 35.43%-84.80%), and the area under the ROC curve of 0.741 (95%CI: 0.549-0.883). PCR for the gene lipl32 showed a sensitivity of 85.71% (95%CI: 57.19-98.22%), specificity of 18.75% (95%CI: 4.05-45.65%), and area under the ROC curve of 0.522 (95%CI: 0.333-0.707). PCR for the gene secY showed a sensitivity of 71.43% (95%CI: 41.90-91.61%), specificity of 12.50% (95%CI: 1.55-38.35%), and area under the ROC curve of 0.580 (95%CI: 0.371-0.789). Generally, all tests showed a satisfactory sensitivity, yet very low specificity compared to MAT. Area under the curve showed a low (PCR) to moderate (rapid test) diagnostic value for each test. Low specificity may be tied to the onset of the disease of the study sample that most of them are on acute phase which cannot detected by the alternative test with antibody basis.Conclusion. The diagnostic parameters of the Leptospira IgM rapid test, and Leptospira PCR with the genes lipl32 and secY are still satisfactory to be used as early diagnostic tools in cases of leptospirosis."

"Leptospirosis is a zoonotic disease cause by a microorganism? leptospira, with animals especially rats acting as the reservoir host. Humans are infected by direct contact with urine or tissues of the infected animals and indirectly by contaminated water, soil, and vegetation leptospira. Infection can result in acute renal failure, or liver damage and pancreas.In this case patient with the problem is leptospirosis, acute pancreatitis and acute renal failure. Serologic test resulted in positive leptospira with titer 400 for serovar Hardjo and titer 100 for serovar Bataviae."

"Leptospirosis merupakan penyakit akibat infeksi bakteri Leptospira spp. patogen yang umumnya terjadi di negara tropis dan subtropis serta memiliki karakteristik berupa gejala klinis yang kurang spesifik. Vektor dari penyakit tersebut adalah tikus maupun hewan peliharaan, seperti anjing dan sapi. Microscopic agglutination test (MAT) merupakan uji baku emas leptospirosis yang telah ditetapkan WHO. Akan tetapi, uji tersebut kurang sensitif di fase awal terjadinya infeksi dan memiliki prosedur yang rumit. Konfirmasi melalui metode real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) dengan gen secY menggunakan darah utuh dan serum dapat dilakukan untuk pengembangan diagnosis leptospirosis. Tujuan dari penelitian ini adalah mendeteksi gen secY pada sampel darah utuh dan serum pada pasien terduga leptospirosis yang meliputi pasien suspek dan probable di Klaten, Jawa Tengah dengan metode RT-PCR. Selain itu, penelitian ini juga bertujuan untuk membandingkan positivity rate hasil RT-PCR sampel darah utuh dan serum dari 111 pasien terduga leptospirosis di Klaten, Jawa Tengah. Metode penelitian ini meliputi isolasi DNA, kuantifikasi DNA, amplifikasi DNA dengan RT-PCR menggunakan probe dan pewarna ROX, serta analisis hasil RT-PCR. Hasil RT-PCR menunjukkan terdeteksinya gen secY pada sampel darah utuh dan serum, dengan positivity rate darah utuh sebesar 5,41% (6/111) dan serum sebesar 18,92% (21/111), sedangkan positivity rate pada pasien suspek adalah sebesar 19,51% (16/82) dan pada pasien probable sebesar 27,59% (8/29). Dengan demikian, darah utuh dan serum dapat digunakan untuk mendeteksi leptospirosis dengan RT-PCR menggunakan gen secY dengan serum sebagai sampel yang lebih sensitif dibandingkan darah utuh. Akan tetapi, perlu dilakukan upaya untuk meningkatkan kualitas metode deteksi, berupa proses ekstraksi, optimasi primer, maupun penggunaan gen pendamping. Selain itu, hasil RT-PCR tersebut juga dapat dikonfirmasi melalui analisis sekuens sebagai analisis lanjutan. ......Leptospirosis is a disease caused by infection with pathogenic Leptospira spp. bacteria that commonly occurs in tropical and subtropical countries and has characteristics in the form of less specific clinical symptoms. The vectors of the disease are rats and domestic animals, such as dogs and cattle. Microscopic agglutination test (MAT) is the WHO gold standard test for leptospirosis. However, the test is less sensitive in the early phase of infection and has a complicated procedure. Confirmation through real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) method with secY gene using whole blood and serum can be done for the development of leptospirosis diagnosis. The aim of this study is to detect secY gene in whole blood and serum samples of presumed leptospirosis patients including suspected and probable patients in Klaten, Central Java using RT-PCR method. In addition, this study also aimed to compare the positivity rate of RT-PCR results of whole blood and serum samples from 111 presumed leptospirosis patients in Klaten, Central Java. The method of this research includes DNA isolation, DNA quantification, DNA amplification by RT-PCR using ROX probes and dyes, and analysis of RT-PCR results. RT-PCR results showed the detection of secY gene in whole blood and serum samples, with a positivity rate in whole blood is 5.41% (6/111) and in serum is 18.92 (21/111), meanwhile the positivity rate in suspected patients is 19.51% (16/82) and in probable patients is 27.59% (8/29). Thus, whole blood and serum can be used to detect leptospirosis by RT-PCR using the secY gene with serum as the more sensitive sample than whole blood. However, efforts need to be made to improve the quality of the detection method, in the form of the extraction process, primer optimization, and the use of companion genes. In addition, the RT-PCR results can also be confirmed through sequence analysis as a follow-up analysis."