"DNA Mitokondria (mtDNA) terdiri dari 16.569 pasang basa (pb), hanya
6x10 ®% dari seluruh genom manusia, tetapi kontribusi mtDNA dalam
pengetahuan terhadap evolusi, sejarah^jopulasLmanusia^daayariasi genetik.
antar Individu maupun variasi genetik dalam suatu populasi jauh lebih besar
dibanding jumlahnya dalam genom manusia. Hal ini disebabkan karena
mtDNA mempunyal beberapa karakteristik khas, seperti kuantitas yang
banyak, bersifat haploid (tidak mengalami rekombinasi), dan tingginya laju
mutasi dibandingkan DNA inti. Studi terhadap populasi, §erta variasi genetik
individu dalam populasi biasanya difokuskan pada daerah kontrol mtDNA
(D-Loop Region), daerah yang tidak menyandi gen, karena tingginya laju
mutasi pada daerah tersebut dibanding daerah lain pada mtDNA, yaitu 5-10
kali lebih tinggi dari daerah lain di mtDNA. Telah berhasil di sekuensing
daerah sepanjang 519 pb pada Hipervariabel 1 D-Loop Mitokondria
(nt 16101-16569 dan nt 1-50 berdasarkan penomoran sekuens referens
Cambridge) pada populasi Kodi dan Sumba Timur dengan 30 individu untuk
tiap populasi. Analisis terhadap 60 sampel yang dibandingkan dengan
sekuens referens Cambridge menunjukan bahwa terdapat 55 haplotipe
dengan 66 single nucleotide polymorphisms (SNPs). Ditemukan 56 SNPs
yang sudah dipublikasikan dan 10 SNPs baru dan belum pernah
dipublikasikan. Analisis lanjut terhadap polimorfisme sekuens HVR-1 D-Loop
mtDNA dan pohon filogenetik menunjukan haplotipe yang diperoleh dapat
diidentifikasi ke dalam haplogrup utama di Asia; BM (16% Kodi dan 23% Sumba Timur), M (30% Kodi dan 53,3% Sumba Timur), F (26% Kodi dan
10% Sumba Timur), dan motif Pollnesia (16,7% Kodi dan 6.7% Sumba
Timur) dan 5 haplotipe yang tidak dapat diidentifikasi. Berdasarkan pola
percabangan pohon filogenetik dengan metode Neighbor-Joining; sekaens
dapat diktasifikasi menjadi tujuh kelompok. Keunikan dari tiap kelompok
menerangkan parbadaan garis silsilah nanak moyangnya. SNP yang taramati
dimiliki olah kadua populasi dan tidak ada kacandarungan mangalompok dari
salah satu populasi. Dari pangaiompokan ini tarlihat bahwa kadua populasi
yang dianalisa tarnyata barcampur dalam tiap kalompok dalam pohon
f '
filogenetik, ha! ini menunjukan bahwa populasi Kodi dan Sumba Timur
mempunyai katarkaitan sacara ganatik yang ralatif dakat."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2004
