Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Dengue sebagai salah satu penyakit mematikan dan terlah berevolusi sejak 50 tahun yang lalu. Virus yang menyebabkan penyakit ini, termasuk kedalam kategori B Arthropod Borne Virus (Arboviroses) pada genus Flavivirus, famili Flaviviridae, dan memiliki 5 jenis serotipe, yaitu; Dengue Virus (DENV)-1, Dengue Virus DENV-2, Dengue Virus DENV-3, Dengue Virus DENV-4 dan, Dengue Virus DENV-5. Penyakit ini sering disalah artikan sebagai penyakit flu karena kemiripan gejalanya mampu merenggut nyawa apabila sudah masuk ke tahap yang cukup berat dengan gejala-gejala yang cukup serius. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan senyawa peptida siklis komersil yang berpotensi sebagai kandidat obat untuk memerangi virus dengue. Penelitian ini dilaksanakan melalui metode in silico dengan menggunakan metode virtual screening, molecular docking dan dengan target protein viral dari virus DENV NS5 RNA-Polimerase. Penambatan ligan peptida siklis didapatkan berdasarkan struktur 3D dari virus DENV NS5 RNA-Polimerase yang diperoleh dari Protein Data Bank serta menggunakan perbandingan ligan standar yang merupakan senyawa yang telah diketahui memberi efek inhibisi terhadap DENV NS5 RNA polimerase. Kemudian, dilakukan pemodelan menggunakan perangkat lunak MOE 2014.09. Kemudian hasil yang diperoleh selanjutnya dilakukan proses uji ADMET untuk mengetahui tingkat keamanan dari senyawa tersebut pada makhluk hidup. Dari penelitian ini didapatkan beberapa senyawa inhibitor yang baik untuk menghambat pertumbuhan dan replikasi dari virus dengue. Senyawa seperti N-acyl-Taurine Geodiataurine, Atazanafir, dan Nostoperin dinilai cukup baik dari segi stabilitas, energi ikatan, dan sifat admet.

---

Fever is one of the deadliest disease that spreads through mosquitoes. This disease has claimed many victims since the beginning of its development 30 years ago. It belongs to category B Arthropod Borne Virus (Arboviroses) which belongs to the genus Flavivirus, family Flaviviridae, and has 5 types of serotypes, namely; (Dengue Virus) DENV-1, DENV-2, DENV-3, DENV-4 and, DENV-5. The disease, which is often mistaken for flu because of the similarity in symptoms, can take lives, is quite severe with serious conversations, such as severe stomach problems, persistent, constantly rapid, bleeding gums, due to anxiety. In this study, an updated discovery will be sought which is requested as a drug to release the dengue virus. This research was carried out through a method in silico using pharmacophore, virtual screening, molecular docking and fragment growth with virus target proteins from the DENV NS5 RNA-Polymerase virus. Tethering of commercial cyclic peptide ligand molecules is obtained based on the 3D structure of the DENV NS5 RNA-Polymerase virus obtained from the Protein Data Bank with code (PDB ID: 2J7U) with standard ligands obtained from company data for sale of related peptides and then modeled using the device software MOE 2014.10. Then the results are carried out growing fragments in order to get an updated composition. "

"Pandemi COVID-19 telah melanda lebih dari 200 negara di dunia hingga tahun 2021 dan telah memakan jutaan korban. Hal tersebut dikarenakan penyebaran virus SARS-CoV-2 melalui droplets dan aerosol, sehingga penyakit tersebut memiliki tingkat penularan yang cukup tinggi. Namun hingga saat ini, ketersediaan agen terapi, seperti antiviral untuk COVID-19 yang spesifik masih minim dan penanganan pasien COVID-19 pada fasilitas kesehatan masih bersifat simptomatik. Dengan jumlah kasus positif yang kerap bertambah setiap harinya, perlu dilakukan pencarian obat yang mampu menghambat penyebaran virus. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk menemukan kandidat obat antiviral COVID-19 melalui inhibisi enzim RNA-dependent RNA Polymerase (RdRp) pada virus. Penelitian ini dilakukan dengan penapisan virtual serta simulasi penambatan molekul terhadap senyawa turunan adenin. Sebanyak 2.669 senyawa turunan adenin yang didapatkan dari database PubChem dan chEMBL diseleksi menurut Aturan Lipinski agar didapatkan senyawa yang memiliki tingkat druglikeness yang tinggi. Ligan yang telah diseleksi dan dipreparasi kemudian dilakukan simulasi penambatan molekul terhadap protein RdRp dengan PDB ID: 6M71 dengan perangkat lunak Molecular Operating System (MOE) 2014.09. Simulasi penambatan molekul menggunakan metode rigid docking dan flexible docking menghasilkan 65 senyawa turunan adenin yang dapat berinteraksi dengan binding pocket RdRp 6M71 yang selanjutnya diseleksi berdasarkan nilai ΔGbinding, Root-Mean Square Deviation (RMSD), sifat farmakologi, dan toksisitas. Didapatkan dua ligan terbaik yang memiliki sifat farmakologi yang baik dan toksisitas yang rendah, yaitu 4059994 dan 1254509 yang dapat digunakan sebagai kandidat inhibitor SARS-CoV-2.

---

COVID-19 pandemic has surged more than 200 countries worldwide until 2021 with a lot of casualties. It is caused by SARS-CoV-2 high transmutability through human droplets and aerosol. However, there is low availability for therapeutic agents, such as specific COVID-19 antivirals. In fact, hospital treatments for patients are still using symptomatic treatments to date. With more positive cases adding up every day, it is necessary to discover drugs that able to prevent the virus spreading. Therefore, this research aims to discover new COVID-19 antiviral candidates by inhibiting its RNA-dependent RNA polymerase (RdRp). This research used virtual screening and molecular docking for adenine derivatives as its method. 2.669 adenine derivatives, downloaded from PubChem and chEMBL database and selected according to Lipinski’s Rule of Five to obtain compounds with good druglikeness. Ligands were docked with RdRp (PDB ID: 6M71) in Molecular Operating System (MOE) 2014.09 software. The protocols used for molecular docking are rigid docking and flexible docking, resulted with 65 compounds that interact with RdRp’s binding pocket. Furthermore, ligands are selected according to ΔGbinding score, Root-Mean Square Deviation (RMSD), pharmacological properties, and toxicity. Two best ligands with good pharmacological properties and low toxicity are selected, 4059994 and 1254509 that may be used as COVID-19 antiviral candidate."