Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"SARS-CoV-2 merupakan virus RNA dengan panjang genom sekitar 29.891 nukleotida. Pembacaan materi genetik SARS–CoV–2 menggunakan metode Whole Genome Sequencing (WGS) dapat digunakan untuk mengetahui adanya mutasi pada virus. Mutasi pada protein spike SARS-CoV-2 dapat berdampak pada transmisi virus. Interaksi molekuler dari varian yang di Indonesia dievaluasi untuk mempelajari pengaruh mutasi terhadap transmisinya. Sampel yang disekuens di Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (FKUI) dianalisis secara filogenetik untuk menentukan varian dan dibandingkan dengan sebaran varian SARS-CoV-2 di Indonesia. Protein spike dari varian dominan kemudian dimodelkan untuk melihat pengaruh mutasi terhadap struktur 3D protein. Interaksi protein spike dengan ACE2, TMPRSS2, dan Cathepsin L dianalisis menggunakan simulasi molekuler. Berdasarkan sampel dari FKUI, varian yang dominan adalah varian B.1.470, AY.23, AY.24, dan BA.1.1. Analisis simulasi molekuler dari kompleks protein spike varian AY.23, AY.24, dan BA.1.1 dengan ACE2 menunjukkan adanya peningkatan afinitas dan stabilitas dibandingkan dengan strain Wuhan. Analisis simulasi molekuler kompleks protein spike varian BA.1.1 dengan TMPRSS2 dan Cathepsin L mengindikasikan adanya perubahan jalur masuk. Sehingga mutasi yang terjadi pada protein spike varian B.1.470, AY.23, AY.24, dan BA.1.1 menyebabkan perubahan interaksi molekuler yang diprediksi dapat mempengaruhi transmisinya.......SARS-CoV-2 is an RNA virus with genome size around 29,891 nucleotides. Reading the genome of SARS-CoV-2 using Whole Genome Sequencing (WGS) method can reveal mutations in the genome. The mutations on SARS-CoV-2 spike protein may have effects on viral transmission. Molecular interaction of the predominant variants in Indonesia were analysed to find the effects of spike mutations to viral transmissibility. The variant of samples from Faculty of Medicine Universitas Indonesia (FMUI) were determined phylogenetically and compared to all variants found in Indonesia. The spike proteins from predominant variants were modelled. Their interactions with human host cell proteins (ACE2, TMPRSS2, and Cathepsin L) were determined by molecular simulations. Based on samples from FMUI, the predominant variants in Indonesia were B.1.470, AY.23, AY.24, and BA.1.1 variants. Based on molecular simulation of spike protein of AY.23, AY.24, and BA.1.1 variants with ACE2, shows increase in affinity and stability of the predominant variants compared to the Wuhan strain. Molecular simulation analysis of spike protein of BA.1.1 variant with TMPRSS2 and Cathepsin L indicates alternative entry pathway. In conclusion, mutations found in the dominant variants modulate their molecular interaction and their transmissibility."

"Penyakit koronavirus 2019 atau COVID-19 merupakan suatu penyakit baru yang disebabkan oleh SARS-CoV-2. Pada awal tahun 2020, penyakit ini telah menjadi bencana nonalam berupa pandemi di lebih dari 200 negara di dunia. Negara-negara tersebut memiliki pengelolaan bencana yang berbeda-beda tergantung dari kerentanan, dampak bahaya yang ditimbulkan, karakteristik sosial, serta kondisi geografis di negaranya. Di Indonesia tersendiri, hingga tanggal 28 Juli 2020, pemerintah masih berusaha mengendalikan pandemi COVID-19 agar penyebarannya tidak semakin meluas. Sementara itu, sudah ada beberapa negara yang saat ini telah berhasil mengendalikan pandemi COVID-19 dengan sangat baik, beberapa diantaranya adalah Tiongkok dan Vietnam. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif yang bersifat deskriptif analitik serta menggunakan metode tinjauan kepustakaan (literature review) dan bertujuan untuk memberikan gambaran pengelolaan bencana nonalam yang dilakukan oleh pemerintah Indonesia serta negara yang telah berhasil mengendalikan pandemi COVID-19. Data dan informasi yang digunakan dalam penelitian ini bersumber dari buku elektronik, situs web pemerintah, basis data, dan mesin pencarian terpercaya dengan memasukkan kata kunci yang sesuai. Implementasi pengelolaan bencana dilihat berdasarkan pedoman pengelolaan pandemi COVID-19 yang diterbitkan oleh WHO serta teori siklus manajemen bencana mulai dari mitigasi, kesiapsiagaan, respons, hingga pemulihan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pemerintah Indonesia telah memenuhi 28 dari 30 aspek pengelolaan bencana. Sementara itu, Vietnam telah memenuhi 29 dari 30 aspek dan Tiongkok telah memenuhi seluruh aspek. Meskipun demikian, kedua negara tersebut berhasil melandaikan kurva laju peningkatan kasus, sedangkan Indonesia belum berhasil. Hal ini dapat terjadi karena beberapa faktor mulai dari masyarakat yang tidak patuh, kebijakan yang lemah, pelaksanaan testing yang minim, data yang tidak akurat, hingga pemerintah yang kurang tegas. Pemerintah Indonesia dapat menjadikan negara Tiongkok dan Vietnam yang telah berhasil mengelola dan mengendalikan pandemi COVID-19 sebagai acuan dalam pembuatan kebijakan selanjutnya.......Coronavirus Disease 2019 also known as COVID-19 is a new emerging disease transmitted by SARS-CoV-2. In the beginning of 2020, COVID-19 has been a non- natural disaster in the form of pandemic in over 200 countries around the world. Every country has their own ways and capabilities to manage a disaster. It depends on the vulnerabilities, hazards, social characteristics, and geographical conditions. As of July 28th 2020, the government of Indonesia is still striving to slow the widespread of COVID- 19 in the country. On the other side, China and Vietnam have managed to control the spread of the disease very well. This research is using qualitative approach and descriptive analytic with literature review method. This research aims to see the overview of non- natural disaster management that have been implemented by Indonesia and the success story of China and Vietnam in managing the pandemic. Data and information being used in this research are taken from electronic books, governmental database, websites, and qualified search engines by typing corresponding keywords. The result of this research shows that Indonesia has checked 28 out of 30 aspects of COVID-19 disaster management. Meanwhile, Vietnam has checked 29 out of 30 aspects and China has completed all checklists. Nevertheless, both countries have successfully flattened the curve of COVID-19 case number, but not with Indonesia. It could happen because there are several factors, such as disobedient society, weak policies, low testing ratio, inaccurate data, and careless government. As a suggestion, Indonesia should learn applicable lessons from China and Vietnam to take significant steps to slow the spread of the virus."

"COVID-19 merupakan penyakit yang sangat cepat menular, disebabkan oleh virus Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Pada awal tahun 2020 dunia dikejutkan dengan keberadaan virus baru yang berasal dari Tiongkok ini. Virus ini diduga pertama kali menular melalui kelelawar yang dijual di pasar tradisional di Wuhan, Provinsi Hubei, Tiongkok. Namun sampai saat ini belum diketahui perantara yang bertanggung jawab atas penularan dari hewan ke manusia. Walaupun belum diketahui perantara penularan dari hewan ke manusia, kini virus tersebut menular dengan cepat dari manusia ke manusia dan membuat lumpuh sebagian besar negara di dunia. Seperti namanya, virus ini menyerang saluran pernafasan terutama paru-paru. Tidak hanya paru-paru, virus ini juga dapat menargetkan organ lain yang memiliki ACE2, seperti ginjal. Di ginjal, banyak ditemukan ACE2 terutama pada bagian tubulus. Tujuan penulisan ini adalah untuk mengulas sejumlah pustaka mengenai virus SARS-CoV-2 dan kaitannya dengan penurunan fungsi ginjal. Sumber pustaka dicari dengan kata kunci COVID-19 SARS-CoV-2, COVID-19 and kidney, COVID-19 and ACE2, ACE2 and kidney, serta SARS-CoV-2 and kidney. Sumber pustaka yang digunakan adalah yang sumber dengan Bahasa Indonesia dan Bahasa Inggris. Beberapa data dari rumah sakit menunjukkan penurunnan fungsi ginjal pada beberapa pasien COVID-19 dan dapat berpengaruh pada kematian pasien. Salah satu hasil penelitian tersebut melampirkan hasil analisis imunohistokimia, menunjukkan bahwa SARS-CoV-2 dapat menyebabkan nekrosis pada tubulus. "

"Penyakit COVID-19 merupakan penyakit infeksi yang diakibatkan oleh SARS-CoV-2 yang menyerang saluran pernapasan. Hingga saat ini belum ditemukan obat penyembuh COVID-19 dan upaya yang dilakukan ialah pemberian vaksin sehingga perlu adanya peningkatan imunitas manusia. Mpro SARS-CoV-2 merupakan enzim yang berfungsi untuk replikasi virus di sel inang, sehingga dapat menjadi target inhibisi. Pada penelitian ini dilakukan simulasi in silico terhadap senyawa flavonoid pada tumbuhan meniran hijau, yaitu Astragalin, Isoquercitrin, Quercitrin, dan Rutin dengan Quercetin sebagai ligan kontrol. Analisis prediksi ADMET menunjukkan bahwa semua ligan menunjukkan potensi yang aman untuk digunakan sebagai obat pada manusia, kecuali Rutin. Keempat ligan menunjukkan skor yang baik pada hasil penambatan molekuler dimana memiliki skor penambatan dan MM-GBSA yang lebih rendah dibanding Quercetin. Studi dinamika molekuler selama 20 ns menunjukkan bahwa semua ligan memiliki kestabilan interaksi yang baik dengan Quercetin dan Isoquercitrin cenderung memiliki kestabilan yang paling baik. Secara keseluruhan dihasilkan bahwa Isoquercetrin menunjukkan potensi yang lebih baik sebagai inhibitor Mpro SARS-CoV-2 dengan skor penambatan -11,973 kcal/mol, rata-rata RMSD 1,652Å, niali RMSF tertinggi 2,12Å, berinteraksi dengan 25 residu protein, dan memiliki 12 torsi dengan strain energy 0,748 kcal/mol.......COVID-19 is an infectious disease caused by SARS-CoV-2 which attacks the respiratory tract as the main target. Until now, no cure for COVID-19 has been found and the efforts made are vaccines distribution, so it is necessary to increase daily human immunity. Mpro SARS-CoV-2 is an enzyme for viral replication in host cells, so it can be a target of inhibition. In this study, an in-silico simulation of flavonoid compounds in green meniran plants was carried out, namely Astragalin, Isoquercitrin, Quercitrin, and Rutin with Quercetin as a control ligand. Predictive analysis of ADMET properties showed that all ligands showed good safety for use as drugs in humans, except Rutin. The four ligands showed good scores on molecular docking results which had lower binding scores and MM-GBSA than Quercetin. Molecular dynamics simulation for 20 ns showed that all ligands had good interaction stability and Quercetin and Isoquercitrin tended to have the most stable interaction. Overall, it was found that Isoquercetrin showed better potential as an Mpro SARS-CoV-2 inhibitor with a binding score of -11.973 kcal/mol, an average RMSD of 1.652Å, the highest RMSF value of 2.12Å, interacted with 25 protein residues, and had 12 torque with a strain energy of 0.748 kcal/mol."

"Pandemi COVID-19 adalah penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus corona atau yang lebih dikenal sebagai SARS-CoV-2. Menurut data Kemenkes RI pada 17 Januari 2022, jumlah kasus meninggal di Indonesia hingga 144.174 dan jumlah yang diketahui sudah terinfeksi 8.775 per hari. Fenomena ini dikarenakan mutasi SARS-CoV-2 secara terus menerus hingga menyulitkan pembuatan vaksin yang efektif. Proses pembuatan dan penelitian untuk menemukan vaksin yang efektif masih terus dilakukan hingga saat ini. Karena hal tersebut penelitian dan penemuan vaksin yang efektif untuk menanggapi adanya potensi mutasi dari virus SARS-CoV-2 yang lebih berbahaya di masa depan. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan kandidat vaksin virus SARS-CoV-2 berdasarkan urutan epitop dengan menganalisis spike protein virus SARS-CoV-2 dan Major Histocompatibility Complex I dan II (MHC I dan II ) sebagai alel-alel yang terkait ke satu set peptida yang untuk menjadi target respon imun tubuh melalui pendekatan imunoinformatika. Analisis pada studi ini dilakukan di berbagai perangkat lunak. Sequence S-protein SARS-CoV-2 diunduh melalui GISAID lalu diprediksi antigenisitasnya melalui VaxiJen v2.0 kemudian setelah itu dilakukan molecular docking. Hasil penelitan ini didapatkan 14 urutan epitop yang dapat digunakan sebagai kandidat vaksin SARS-CoV-2 yaitu ATAATTTTA, TTAACTTTA, TTAAGTTGA, TTAAGTTTA; TTAATTTTA, TTATGTTCA, TGGTTATGCACAC, TCTTTAAGTTTAGAA, TCGATAATTTTAAGT, TAGTTAACTTTAATC, CTTTTAAGTTGACAT, ACTTTAATTTTAGCC. Dengan nilai afinitas ikatan vaksin eptip yang telah didesain sebesar -7,8 dan -6,3......The COVID-19 pandemic is a disease caused by infection with the corona virus or better known as SARS-CoV-2. According to data from the Ministry of Health of the Republic of Indonesia on January 17, 2022, the number of cases died in Indonesia was up to 144,174 and the number known to have been infected was 8,775 per day. This phenomenon is due to the continuous mutation of SARS-CoV-2 which makes it difficult to make an effective vaccine. The process of making and research to find an effective vaccine is still being carried out until now. Because of this research and the discovery of an effective vaccine to respond to the potential mutation of the SARS-CoV-2 virus that is more dangerous in the future. This study aims to obtain a SARS-CoV-2 virus vaccine candidate based on epitope sequence by analyzing the SARS-CoV-2 viral spike protein and Major Histocompatibility Complex I and II (MHC I and II) as alleles associated with a set of peptides. to become the target of the body's immune response through an immunoinformatics approach. The analysis in this study was carried out in various software. The SARS-CoV-2 S-protein sequence was downloaded via GISAID and then its antigenicity was predicted through VaxiJen v2.0 and then molecular docking was performed. The results of this study obtained 14 epitope sequences that can be used as candidates for the SARS-CoV-2 vaccine, namely ATAATTTTA, TTAACTTTA, TTAAGTTGA, TTAAGTTTA; TTAATTTTA, TTATGTTCA, TGGTTATGCACAC, TCTTTAAGTTTAGAA, TCGATAATTTTAAGT, TAGTTAACTTTAATC, CTTTTAAGTTGACAT, ACTTTAATTTTAGCC. With the value of binding affinity for the designed epitope vaccine of -7.8 and -6.3."

"Latar belakang: COVID-19 yang disebabkan oleh infeksi SARS-CoV-2 telah menginfeksi ribuan orang di Indonesia dan memberikan manifestasi klinis yang luas mulai dari gejala ringan hingga berat yang dapat menyebabkan kematian. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik dasar, laboratoris, terapi, komplikasi, dan luaran pada pasien kritis dalam pemantauan (PDP) ataupun terkonfirmasi COVID-19. Metode: Studi ini merupakan studi deskriptif potong lintang yang dilakukan di ICU RS Cipto Mangunkusumo (RSCM) dan RS Universitas Indonesia (RSUI) selama Maret 2020 hingga September 2020. Sebanyak 259 subjek yang sesuai kriteria inklusi diambil dari data rekam medis. Dilakukan pengambilan data berupa data demografik, karakteristik dasar, parameter respirasi, data laboratoris, terapi, komplikasi, dan luaran pasien. Data yang terkumpul dijabarkan dalam bentuk tabel frekuensi dan persentase, serta histogram. Data yang terdistribusi normal disajikan dalam rerata dan data yang terdistribusi tidak normal disajikan dalam median. Hasil: Karakteristik dasar pasien adalah jenis kelamin laki-laki, usia 52 tahun, penyakit penyerta paling banyak hipertensi dan diabetes mellitus. Gejala yang paling sering dikeluhkan oleh pasien adalah sesak napas, batuk, dan demam. Suhu tertinggi selama perawatan adalah 37.20C. Awitan muncul gejala hingga pasien masuk rumah sakit adalah tiga hari, dan awitan muncul gejala hingga pasien masuk rawat ICU adalah enam hari. Metode diagnosis yang paling sering adalah adanya infiltrat bilateral pada pemeriksaan foto polos toraks, dan pemeriksaan PCR swab. Support pernapasan pada saat pasien masuk ICU paling banyak menggunakan ventilator invasif dan masker oksigen. PEEP tertinggi pasien pada 8 cmH2O, PEEP terendah 5 cmH2O. Rasio PF tertinggi adalah 299,75, dan terendah 136,1. PCO2 tertinggi pasien 47,9 mmHg, dan terendah 27,45 mmHg. Tekanan darah sistolik pasien tertinggi 151,88 mmHg, dosis norepinefrin tertinggi 1 mcg/kgBB/menit, dan dosis dobutamin tertinggi 10 mcg/kgBB/menit. Parameter laboratoris menunjukkan nilai leukosit 11.150 103/μL, neutrofil 84%, Limfosit 8,4%, monosit 5,84%, NLCR 10,11, Hb 11,61 g/dL, trombosit 284000 103/μL, D-dimer tertinggi 6730 μg/L, D-dimer terendah 1590 μg/L, ferritin tertinggi 1815,59 ng/mL, ferritin terendah 859,03 ng/mL, albumin 3,01 g/dL, ureum 45 mg/dL, kreatinin 0,94 mg/dL, SGOT 41 U/L, SGPT 34 U/L, bilirubin total 0,7 mg/dL, kadar laktat tertinggi 5,1 mmol/L, laktat terendah 1,7 mmol/L, natrium tertinggi 143 mEq/L, natrium terendah 132 mEq/L, kalium tertinggi 4,9 mEq/L, kalium terendah 3,4 mEq/L, klorida tertinggi 108 mEq/L, klorida terendah mEq/L, troponin I 49,35 pg/mL, CRP tertinggi 178,7 mg/L, CRP terendah 41,2 mg/L, PCT 1,53 ng/mL. Bakteri yang paling banyak ditemukan pada biakan sputum adalah Acinetobacter sp, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, dan infeksi jamur.Terapi diberikan pada pasien mencakup pemberian antibiotik, antiviral, steroid, vitamin C, dan terapi pengganti ginjal (hemodialisa dan CRRT). Komplikasi yang paling sering terjadi adalah ARDS, Syok sepsis, dan AKI. Luaran pasien yang pindah dari ICU dalam keadaan hidup sebesar 146 pasien (56,4%), dan meninggal sebesar 41,7% pasien. Simpulan: Karakteristik dasar pasien kritis terinfeksi SARS-CoV-2 adalah lakilaki, usia lebih tua dengan komorbid, parameter laboratorium yang menonjol adalah limfopenia, peningkatan D-dimer, ferritin, CRP, dan PCT. Komplikasi yang paling banyak terjadi adalah ARDS dan syok sepsis. Mortalitas pada pasien kritis terinfeksi SARS-CoV-2 sebesar 41,7%.......Background: COVID-19 caused by SARS-CoV-2 infection has a very broad clinical spectrum ranges from mild to critically ill cases. We aimed to describe the clinical course, laboratory findings, therapy, complication, and outcomes of critically ill patients with SARS-CoV-2 infection. Method: In this multi-centered, retrospective, observational study we enrolled 259 critically ill adult patients with SARS-CoV-2 infection who were admitted to the ICU of RSCM and RSUI between March 2020, and September 2020. Demographic data, sympthom, comorbidities, diagnostic method, respiratory parameters, laboratory values, treatments, complications, and clinical outcomes were all collected. The data is described in the form of a frequency and percentage table, as well as a histogram. We express descriptive data as mean (SD) or median (minmax) for continuous variables and number (%) for categorical variables. Results: Characterictic of the patients were male, age 52 years, most common comotbidities were hypertension and diabetes mellitus. Symptoms most often complained are shortness of breath, cough, and fever. The highest temperature during treatment was 37,20C. The onset of symptoms until the patients was admitted to ICU was 6 days. The most common diagnostic method were the presence of bilateral infiltrates on plain chest radiographs and PCR swabs. Respiratory support when patients admitted to ICU mostly using invasive ventilators and oxygen masks. The patient’s hightest PEEP was 8 cmH2O, the lowest was 5 cmH2O. The highest PF ratio was 299,75 and the lowest was 136,1. The highest PCO2 was 47,9 mmHg, and the lowest was 27,45 mmHg. The patient’s highest systolic blood pressure was 151.88 mmHg. The highest dose of norepinephrine was 1 mcg/kg/minute, and the higest dose of dobutamine was 10 mcg/kg/minute. Laboratory parameters showed the value of leucocytes 11.150 103/μL, neutrophils 84%, lymphocytes 8,4%, monocytes 5,84%, NLCR 10,11, Hb 11,61 g/dL, platelets 284000 103/μL, highest D-dimer 6730 μg/L, lowest D-dimer 1590 μg/L, highest ferritin 1815,59 ng/mL, lowest ferritin 859,03 ng/mL, albumin 3,01 g/dL, urea 45 mg/dL, creatinine 0,94 mg/dL, AST 41 U/L, ALT 34 U/L, total bilirubin 0,7 mg/dL, highest lactate level 5,1 mmol/L, lowest laktate level 1,7 mmol/L, highest sodium 143 mEq/L, lowest sodium 132 mEq/L, highest potassium 4,9 mEq/L, lowest potassium 3,4 mEq/L, highest chloride 108 mEq/L, lowest chloride mEq/L, troponin I 49,35 pg/mL, highest CRP 178,7 mg/L, lowest CRP 41,2 mg/L, PCT 1,53 ng/mL. The most common bacteria found in sputum are Acinetobacter sp, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, and fungal infection. Therapy given to patients are antibiotics, antivirals, steroids, vitamin C, and renal replacement therapy. The most common complications are ARDS, septic shock and AKI. ICU. Conclusion. The baseline characteristics of the critically infected SARS-CoV-2 patients were male, older age with comorbid hypertension and diabetes mellitus. Laboratory parameters showed lymphopenia, elevated D-dimer, ferritin, lactate, CRP, and PCT. The most common complications are ARDS and septic shock. Mortality in critically patients with SARS-CoV-2 was 41,7%."

"Latar Belakang. SARS-CoV-2 sebagai penyebab COVID-19 pertama kali terdeteksi pada sampel klaster pasien di Provinsi Hubei, China pada Desember 2019. Pada mulanya klaster pasien tersebut memiliki gejala seperti demam, batuk, sesak nafas, dan gejala lainnya yang tidak spesifik. Alat uji Rapid Antigen Test (RAT) dapat dijadikan alternatif untuk diagnosis klinis COVID-19. Tujuan. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan rekomendasi mengenai alternatif spesimen dan metode deteksi SARS-CoV-2. Metode. Desain penelitian ini merupakan uji diagnostik studi potong lintang dengan pengumpulan spesimen secara consecutive sampling. Subjek penelitian yaitu pasien yang memiliki kontak dengan kasus infeksi SARS-CoV-2 yang terkonfirmasi dengan atau tanpa gejala klinis COVID-19 di Fasilitas Pelayanan Kesehatan (Fasyankes) dan Laboratorium Mikrobiologi Klinik (LMK) FKUI dengan jumlah sampel 221. Analisis data dengan tabulasi silang dan perhitungan sensitivitas, spesifisitas, PPV, dan NPV. Hasil. Deteksi antigen menggunakan spesimen nasal memiliki nilai sensitivitas 32,35%, spesifisitas 99,35%, PPV 95,65%, NPV 76,77%, akurasi 78,73%. Tingkat positifitas pada spesimen nasofaring 34,84%, spesimen orofaring 30,32%, dan nasal 30,77%. Kesimpulan. Hasil uji rRT-PCR pada beberapa jenis spesimen menunjukkan bahwa spesimen nasal dan orofaring dapat dijadikan pilihan selain spesimen nasofaring. Penggunaan kit deteksi antigen dapat dilakukan untuk pelacakan kontak COVID-19 atau untuk diagnosis, terutama untuk daerah yang memiliki keterbatasan akses diagnosis menggunakan rRT-PCR.......Introduction. The SARS-CoV-2 as the cause of COVID-19 was first detected in a cluster sample of patients in Hubei Province, China in December 2019. The first patient had symptoms such as fever, cough, shortness of breath, and other non-specific symptoms. Rapid Antigen Test can be used as an alternative for diagnosis of COVID-19. Aim. This study aims to obtain recommendations alternative specimens and detection methods for SARS-CoV-2. Method. The design of this study is a cross-sectional diagnostic test with consecutive sampling. The research subjects were patients who had contact with confirmed cases of SARS-CoV-2 infection with or without clinical symptoms of COVID-19 at Health Service Facilities (Fasyankes) and Laboratorium Mikrobiologi Klinik (LMK) FKUI with a total sample of 221. Data analysis using cross tabulation to calculate the sensitivity, specificity, PPV, and NPV. Results. The positivity rate for nasopharyngeal specimens was 34.84%, oropharyngeal specimens 30.32%, and nasal specimens 30.77%. Antigen detection using nasal specimens has sensitivity 32.35%, specificity 99.35%, PPV 95.65%, NPV 76.77%, accuracy 78.73%. Conclusion. The results of the rRT-PCR test on several types of specimens indicate that nasal and oropharynx specimens can be used as an alternative to nasopharyngeal specimens. The use of antigen detection kits can be carried out for COVID-19 contact tracing or for diagnosis, especially for areas that have limited access to diagnosis using rRT-PCR."

"COVID-19 merupakan suatu rangkaian penyakit pernapasan akut yang ditularkan oleh virus SARS-CoV-2. Virus ini menyerang saluran pernapasan, sistem kardiovaskular dan juga sistem kekebalan tubuh. Virus ini pertama kali diidentifikasi pada Desember 2019 di Wuhan, Provinsi Hubei, Cina. Sejak saat itu, penyakit ini telah menyebar dan menyebabkan wabah epidemi di seluruh dunia. Dalam skripsi ini, dianalisa model penyebaran penyakit COVID-19 menggunakan model SI sederhana dengan laju infeksi non-linier. Pendekatan model menggunakan sistem persamaan diferensial dimana populasi manusia dikategorikan ke dalam dua kompartemen berdasarkan status kesehatannya yaitu populasi individu rentan dan populasi individu terinfeksi. Kajian analitik dan numerik terhadap model dilakukan untuk menentukan eksistensi serta kriteria kestabilan titik keseimbangan dan basic reproduction number. Dari hasil kajian dapat disimpulkan bahwa untuk mengurangi penyebaran COVID-19, tidak cukup dengan hanya memperhatikan laju transmisi virus dan laju kesembuhan, namun juga harus memperhatikan koefisien non-linier terkait perilaku masyarakat yang dapat memicu adanya penyakit dalam suatu populasi.......COVID-19 is a series of infectious acute respiratory diseases caused by SARS-CoV-2 virus. This virus attacks the respiratory system, cardiovascular system and also immune system. This virus was first identified in December 2019 in Wuhan, Hubei Province, China. Since then, this disease has spread and caused an epidemic throughout the world. In this study, a mathematical model of the spread of COVID-19 disease is analyzed using a simple SI model with a non-linear infection rate. The model is approached using a system of differential equations in which the human population is categorized into two compartments based on their health status, namely susceptible population and infected population. Analytical and numerical studies of the model were conducted to determine the existence and the stability criteria of equilibrium points and basic reproduction number. From the results of the study, it can be concluded that to reduce the spread of COVID-19, it is not enough to only pay attention to the rate of virus transmission and recovery rate, but also to pay attention to non-linear coefficient associated with people’s behavior that can trigger the spread of the disease in a population."