Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Kondisi iklim tropis Indonesia menyebabkan Indonesia menjadi salah satu kontributor kasus infeksi DENV terbanyak. Saat ini diperlukan pengembangan vaksin yang harus didasari oleh studi filognetik virus, khususnya DENV serotipe 2 (DENV-2) yang merupakan DENV serotipe paling dominan di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisa perbandingan sekuens dan filogenetik nukleotida Envelope lengkap dengan Domain III. Sejumlah 42 data diambil dari GenBank dan Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia berupa sekuens whole genome DENV-2. Sekuens tersebut diolah dengan software Genetyx 5.1. Hasil penelitian menunjukan strain Indonesia merupakan genotipe Cosmopolitan. Sedangkan analisis filogenetik Envelope lengkap dan Domain III menunjukkan perbedaan. Genotipe Asia II menjadi bagian genotipe American pada analisis filogenetik Domain III. Dari hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa filogenetik Domain III saja tidak dapat digunakan untuk penentuan genotipe.

---

Indonesia's tropical climate conditions caused Indonesia become one of the largest contributors of DENV infection. Currently, we required the development of a vaccine that must be based on studies phylogenetic virus, in particular 2 DENV serotypes (DENV-2) which is the most predominant serotype DENV in Indonesia. This study aims to analyze the nucleotide sequence comparisons and phylogenetic complete Envelope with Domain III. A total of 42 data retrieved from GenBank and the Laboratory of Microbiology, Faculty of Medicine, University of Indonesia in the form of whole genome sequences of DENV-2. The sequence processed with GENETYX 5.1 software. The results showed Indonesia strain is part of Cosmopolitan genotype. Whereas the Envelope epitope analysis and the Domain III epitope analysis show significant differences. Genotype Asian II became part of the American genotype on phylogenetic analysis of Domain III. From the results of this study concluded that the phylogenetic domain III alone cannot be used for the determination genotpe."

"Infeksi virus Dengue (DENV) masih menjadi masalah kesehatan dunia termasuk Indonesia, mengamcam lebih dari 150 ribu jiwa setiap tahunnya. Meski berbagai usaha preventif konvensional telah dilakukan, angka keparahan tetap tidak jauh berkurang. Karena itu, vaksin dikembangkan sebagai usaha preventif yang efektif sekaligus efisien. Sayangnya, jumlah studi filogenetik yang mendukung pengembangan vaksin saat ini masih terbatas. Untuk itu, penelitian ini dilakukan dengan menganalisis sekuens nukleotida dan asam amino protein Non Struktural-1 (NS-1) pada bagian epitope. Analisis dilakukan dari data yang dikumpulkan melalui GenBank dan Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 29 sekuens diolah menggunakan program Genetyx 5.1. Hasil analisis menunjukkan persebaran filogenetik berdasarkan nukleotida NS-1 strain Indonesia yang berada pada Genotipe I dan IV dan tidak berbeda dengan filogenetik berdasarkan gen envelope. Sedangkan, hasil homologi asam amino menunjukkan substitusi terjadi pada beberapa situs epitope NS-1 yang sebelumnya dianggap lestari. Hasil ini menunjukkan bahwa, analisis NS-1 dapat digunakan sebagai dasar pengembangan vaksin dengue.

---

Until to date, dengue virus (DENV) infection is still a major global health problem including Indonesia, putting over 150 thousands people at risk every year. Despite various conventional preventive efforts conducted, number of people with severe dengue is not reduce significantly. Vaccine is than developed in a hope to make a more effective and efficient way of dengue prevention. But, only a limited number of phylogenetic studies have been conducted to support the vaccine development. This phylogenetic studies of dengue virus (DENV) is conducted in order to support the basis for development of protective dengue vaccine. This study analyze nucleotides and amino acids sequence of Non Structural-1 (NS-1) protein and emphasizing at epitope sites. By using Genetyx 5.1, 29 samples that have been collected from Laboratory of Microbiology Faculty of Medicine Universitas Indonesia and GenBank were analized. Phylogenetic tree analysis using NS-1 nucleotides showing that isolates from Indonesia is potitioned within genotipe I and IV, insignifically different with phylogenetic tree analysis using envelope nucleotides. While, amino acid homology analysis showing subtitution between NS1 epitope sites that considered being conserved at the previous studies. This results shows that, NS-1 analysis can be used as a basis of vaccine development."