Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"DNA polimerase memiliki peran yang penting untuk memperbanyak DNA target dalam proses Polymerase Chain Reaction (PCR). Proses PCR dilakukan dalam suhu tinggi, sehingga DNA polimerase termostabil yang tidak terdenaturasi dalam suhu tinggi lebih disukai. Pada penelitian sebelumnya telah dilakukan isolasi dan kloning sekuens DNA polimerase termostabil dari Geobacillus thermoleovorans strain SGAir0734 dari pemandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten. Sekuens utuh DNA polimerase tersebut (2637 bp) digunakan sebagai dasar pembuatan sekuens parsialnya (1737 bp) dengan menghilangkan bagian eksonuklease. DNA polimerase sekuens parsial memiliki keunggulan dapat memproses PCR dengan lebih cepat. Pada penelitian ini, akan dilakukan optimisasi produksi sekuens parsial dari DNA polimerase termostabil rekombinan dari Geobacillus thermoleovoran strain SGAir0734 (GBK Pol Sekuens parsial). Gen GBK Pol Sekuens parsial dimasukkan ke dalam plasmid pET-15b. Plasmid tersebut ditransformasikan ke dalam Escherichia coli BL21. Escherichia coli dikultur dan protein diekspresikan dengan IPTG sebagai zat penginduksi. GBK Pol sekuens parsial ini kemudian dipanaskan dan lanjut ke purifikasi dengan metode Immobilized Metal Affinity Chromatography (IMAC) menggunakan kolom His-Trap. GBK Pol sekuens parsial yang sudah berhasil dipurifikasi diuji dengan uji SDS-PAGE dan uji Lowry. Uji SDS PAGE menunjukkan bahwa ukuran protein yang didapatkan berkisar pada 58,1 kDa. Pada penelitian ini didapatkan konsentrasi GBK Pol sekuens parsial paling banyak dipurifikasi dari sampel hasil pemanasan dengan variasi inoculum 20 mL dan suhu pemanasan 60℃, yaitu sekitar 343,931 µg/ml.

---

DNA polymerase has an important role to amplify target DNA in the Polymerase Chain Reaction (PCR) process. PCR is carried out at a high temperature, so thermostable DNA polymerase which is undenatured at high temperatures is preferred. In previous study, thermostable DNA polymerase from Geobacillus thermoleovorans strain SGAir0734 from Batu Kuwung hot springs, Serang, Banten has been isolated and cloned. The full sequence of DNA polymerase (2637 bp) was used as the basis for making the partial sequence (1737 bp) by removing the exonuclease region. The advantage of partial sequence DNA polymerase is that it can process PCR more quickly. In this study, optimization of the production and purification of partial sequences of thermostable recombinant DNA polymerase from Geobacillus thermoleovorans strain SGAir0734 (GBK Pol Partial sequence) will be carried out. GBK Pol Partial sequence gene was inserted into plasmid pET-15b. The plasmid was transformed into Escherichia coli BL-12. Escherichia coli are cultured, and proteins are expressed by adding IPTG as an inducing agent. The GBK Pol partial sequence will be heated and then proceed to purification by Immobilized Metal Affinity Chromatography (IMAC) method using His-Trap column. GBK Pol Partial sequence that has been successfully purified is tested using SDS-PAGE and Lowry test. In this study, the SDS PAGE test showed that the protein size was in the range of 58,1 kDa. The concentration of GBK Pol partial sequence was found to be the most purified from the heating sample with variation of 20 mL inoculum and heating temperature of 60℃, which was around 343,931 µg/ml."

"Indonesia memiliki ketergantungan terhadap impor kit untuk Polymerase Chain Reaction (PCR). Salah satu komponen krusial dalam PCR adalah DNA polimerase termostabil. Hal ini tidak sebanding dengan Indonesia yang terletak pada Ring of Fire, dimana Indonesia memiliki potensi ekosistem geothermal yang besar sebagai habitat bakteri termofilik penghasil DNA polimerase termostabil. Gen DNA pol I lokal dari Geobacillus thermoleovorans Batu Kuwung, Banten, telah berhasil dikloning pada plasmid pET-15b dan ditransformasikan pada Escherichia coli BL21. Meskipun GBK pol memiliki peran yang sangat penting dalam amplifikasi isothermal yang menjadikannya dapat diaplikasikan dalam PCR, untuk dapat memproduksi GBK pol secara komersil masih dinilai kurang layak secara ekonomi. Penelitian yang telah dilakukan untuk GBK pol masih memiliki keterbatasan dalam optimalisasi dan produksi scale-up. Oleh karena itu, pada penelitian ini dilakukan optimasi kondisi ekspresi seperti: kecepatan agitasi, waktu inkubasi setelah induksi, volume kerja dan peningkatan skala produksi pada 7,5 L bioreaktor untuk meningkatkan efisiensi, produksi dan ekspresi. Pada penelitian ini didapatkan kondisi optimum pada kecepatan agitasi 200 rpm, waktu inkubasi setelah induksi 4 jam dan 20% volume kerja. Selain itu, pada penelitian ini berhasil dilakukan produksi GBK pol pada 7,5 L bioreaktor dan menghasilkan konsentrasi protein tertinggi sebesar 0,042 µg/µL dengan waktu optimum untuk inkubasi setelah induksi selama 3 jam.

---

Indonesia relies on imported kits for Polymerase Chain Reaction (PCR). In fact, one of the crucial components in PCR is thermostable DNA polymerase. This is not comparable to Indonesia’s potential which is located on the Ring of Fire. Consequently, Indonesia holds the potential for a large geothermal ecosystem which serves as a habitat for thermophilic bacteria capable of producing thermostable DNA polymerase. The local DNA pol I gene from Geobacillus thermoleovorans Batu Kuwung, Banten, has been successfully cloned into the plasmid pET-15b and transformed into Escherichia coli K pol in isothermal amplification, making it applicable for PCR, the commercial production of GBK pol is still considered economically unfeasible. The research conducted for GBK pol still has limitations in optimization and scale-up production. Therefore, in this study optimization of expression conditions was carried out, including the speed of agitation, post-induction incubation time, working volume and scale-up production at 7,5 L bioreactor to increase efficiency, production, and expression. In this study, the optimum conditions were obtained at an agitation speed of 200 rpm, a post-induction incubation time of 4 hours and 20% working volume. Furthermore, the production of GBK pol was successfully carried out in a 7.5 L bioreactor, resulting in the highest protein concentration of 0.042 µg/µL with the optimum post-induction incubation time for 3 hours."