Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Interferon (IFN) merupakan sitokin yang diproduksi oleh berbagai tipe sel sebagai respon rangsangan terhadap stimulasi virus, bakteri, parasit, sel tumor, atau antigen lain. Interferon α termasuk kelompok IFN tipe I yang mempunyai berbagai efek biologis yang meliputi antiviral, antitumor dan juga sebagai immunoterapetik. Penelitian ini bertujuan untuk mensintesis protein rekombinan human IFN α2a melalui sistem ekspresi pada bakteria E. coli BL21(DE3). Pada gen human ifn α2a dilakukan penambahan situs pemotongan enzim restriksi Nco I dan Xho I menggunakan metode PCR, kemudian dilanjutkan dengan proses ligasi ke vektor pET-32b(+) dan selanjutnya ditransformasikan pada E. coli DH5α.Hasil sekuensing menunjukkan bahwa vektor rekombinan (pET-32b(+)-IFN α2a) memiliki urutan nukleotida yang benar. Vektor rekombinan ini selanjutnya ditransformasikan ke dalam E.coli BL21(DE3). Klon transforman yang diperoleh dikultur dan diinduksi dengan penambahan IPTG 1 mM sehingga mengekspresikan protein rekombinan human IFN α2a. Dari hasil isolasi, diperoleh protein rekombinan human IFN α2a dalam bentuk protein terfusi sehingga mempermudah proses deteksi dan purifikasi. Protein dikarakterisasi melalui metode SDS PAGE dilanjutkan dengan Western blot dan pewarnaan CBB. Pita protein rekombinan human IFNα2a yang diperoleh berukuran 36 kDa. Hasil maksimal ditunjukkan ekspresi pada suhu 37⁰C dengan waktu inkubasi 5 jam setelah induksi.

---

Interferon (IFN) is a cytokine produced by various cell types as a response of stimulation to viruses, bacteria, parasites, tumor cells, or other antigens. Interferon α type I IFN groups have various biological effects, including antiviral, antitumor and immunotherapeutic. The aim of this research is to synthesize recombinant human IFN α2a proteins through bacterial expression systems in E. coli BL21 (DE3). Addition genes of human IFN α2a, which are restriction enzyme cutting sites for Nco I and Xho I, are added through PCR method. This step is followed by ligation process to the pET-32b(+) vector and then transformed into E. coli DH5α.The recombinant vector (pET-32b(+)-IFN α2a) has a nucleotide right sequence after it was being sequenced, after was transformed into E. coli BL21 (DE3). Obtained transformant clones were cultured and induced by addition of IPTG 1 mM to produce the expression of recombinant human IFN α2a proteins. As result of isolation process, recombinant protein of human IFN α2a are collected in fused protein thus can simplify the detection and purification method. The proteins are characterized by the SDS PAGE method followed by Western blot and CBB staining. The results show that the recombinant human IFN α2a protein bands are exactly 36 kDa. The maximum expression results were obtained at 37⁰C with 5 hours incubation after induction process."

"Penelitian yang bertujuan menghasilkan klona gen NS1 virus dengue pada vektor ekspresi pGEX-6P1 dalam Escherichia coli BL21 Star?(DE3) telah dilakukan di Laboratorium Biologi Molekular, LAPTIAB, BPPT, Serpong selama Januari--November 2008. Gen NS1 dengue diamplifikasi dengan primer spesifik d3-2336sbam (forward) dan d3-NS1-1056c (reverse). Produk PCR gen NS1 (1.160 pb) yang telah dipurifikasi, didigesti dengan enzim BamHI-XhoI (double digestion) kemudian diligasikan pada vektor ekspresi pGEX-6P1. Reaksi ligasi ditransformasikan ke dalam sel kompeten E. coli BL21 Star?(DE3). Sebanyak 19 koloni diisolasi secara acak dari 162 koloni yang tumbuh pada medium seleksi ampisilin. Hasil verifikasi dengan digesti dan PCR menunjukkan koloni 1b3 sebagai koloni positif rekombinan. Hasil sequencing terhadap 356 basa pertama gen NS1 menggunakan primer spesifik d3-2716c, menunjukkan bahwa plasmid rekombinan 1b3 mengandung gen NS1. Analisis BLASTN terhadap database DNA pada GenBank menunjukkan homologi 96% dengan sekuen DEN-3 strain KJ71 (accession number AY858044.2). Kloning gen NS1 dengue pada vektor pGEX-6P1 dalam E. coli BL21 Star?(DE3) berhasil dilakukan."

"Penisilin dari kelompok antibiotik β-laktam dianggap mampu menjadi produk antibiotik superior di pasaran global. Akibat fenomena resistensi antibiotik turunan pertama, enzim penisilin G Asilase (PGA) berperan penting pada industri antibiotik semisintetik β-laktam seperti amoksisilin. Enzim PGA dari Achromobacter xylosoxidans yang diekspresikan menggunakan teknologi DNA rekombinan pada sel inang ekspresi E. coli BL21 (DE3) dan E. coli Arctic Express (DE3) menghasilkan badan inklusi yang bersifat insoluble. Optimasi ekspresi enzim PGA dilakukan dengan parameter konsentrasi penginduksi isopropil-β-D-galaktopiranosida (IPTG) dan suplementasi media dengan CaCl2. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui parameter optimal berupa variasi konsentrasi IPTG dan penambahan CaCl2 pada ekspresi gen penyandi Penisilin G Asilase (PGA) yang berasal dari A. xylosoxidans pada sel kompeten E. coli Arctic Express (DE3) dan E. coli BL21 (DE3) serta mengamati ekspresi gen penyandi enzim PGA secara intraseluler dan ekstraseluler. Ekspresi gen dilakukan secara lambat dengan perlakuan suhu rendah, yaitu 20°C untuk E. coli BL21 (DE3) dan 10°C untuk E. coli Arctic Express (DE3), selama 16 jam menggunakan media Luria Bertani (LB). Produk enzim AxPGA dianalisis secara kualitatif menggunakan elektroforesis SDS-PAGE dan secara kuantitatif menggunakan uji Bradford dan uji aktivitas hidrolisis. Sel inang ekspresi E. coli Arctic Express (DE3) dan E. coli BL21 (DE3) mengekspresikan enzim AxPGA periplasmik dengan aktivitas 6,3 ± 0,76 U/mL dan 4,7 ± 0,05 U/mL berturut-turut, sedangkan sitoplasmik dengan aktivitas 7,3 ± 0,2 U/mL dan 4,5 ± 0,11 U/mL berturut-turut. Hasil analisis menunjukkan bahwa enzim AxPGA berhasil diekspresikan pada E. coli Arctic Express (DE3) dan E. coli BL21 (DE3) dengan induksi IPTG 0,5 mM dan penambahan CaCl2 10 mM secara optimal.......Penicillin from the β-lactam antibiotic group is capable to become a superior antibiotic product in the global market. As a result of the first-generation antibiotic resistance phenomenon, the penicillin G Acylase (PGA) enzyme plays an important role in the β-lactam semisynthetic antibiotic industry such as amoxicillin. The PGA enzymes from Achromobacter xylosoxidans which is expressed using recombinant DNA technology using E. coli Arctic Express (DE3) and E. coli BL21 (DE3) host cell expressions produce insoluble inclusion bodies Optimization of PGA enzyme expression was carried out with isopropyl-β-D-galactopyranoside (IPTG) induction and CaCl2 media supplementation parameter. This study aims to determine the optimal parameters of IPTG concentrations and CaCl2 supplementation on the expression of the penicillin G acylase (PGA) encoding gene from A. xylosoxidans in E. coli Arctic Express (DE3) and E. coli BL21 (DE3) and to observe intracellular and extracellular expressions. Gene expression carried out slowly with low temperature, 20°C for E. coli BL21 (DE3) and 10°C for E. coli Arctic Express (DE3), for 16 hours using Luria Bertani (LB) media. The AxPGA enzyme product analyze qualitatively using SDS-PAGE electrophoresis and quantitatively using the Bradford test and hydrolysis activity. E. coli Arctic Express (DE3) dan E. coli BL21 (DE3) host cells expressed the periplasmic AxPGA enzymes with activity of 6,3 ± 0,76 U/mL dan 4,7 ± 0,05 U/mL, respectively, while the cytoplasmic AxPGA enzymes with activity of 7,3 ± 0,2 U/mL and 4,5 ± 0,11 U/mL respectively. The results showed that the AxPGA enzyme was optimally expressed in E. coli Arctic Express (DE3) and E. coli BL21 (DE3) with 0,5 mM IPTG induction and 10 mM CaCl2 media supplementation."

"Dengue virus (DENV) merupakan virus dalam kelas Flaviviridae yang menyebabkan demam berdarah dengue. Tingkat infeksi DENV global diperkirakan mencapai 390 juta jiwa per tahun, menjadikannya salah satu dari 10 ancaman kesehatan dunia. Dengue ditularkan oleh nyamuk Aedes di pusat kota tropis dan subtropis, termasuk Indonesia. Nanobodi yang mengenali antigen NS1 DENV menjadi potensi alat uji diagnostik dengue karena sifatnya yang lebih stabil dan lebih mudah dimanipulasi serta diproduksi daripada antibodi konvensional. Pada penelitian ini, nanobodi anti-NS1 varian DD7 diekspresikan pada E. coli BL21(DE3). Untuk menentukan kondisi induksi yang optimal, metode permukaan respon berdasarkan desain eksperimen Box-Behnken digunakan. Sebanyak 15 eksperimen dilakukan untuk menyelidiki pengaruh suhu induksi, konsentrasi IPTG, dan durasi induksi terhadap berat kering biomassa dan konsentrasi nanobodi. Kondisi optimal ekspresi nanobodi anti-NS1 dicapai pada suhu induksi 32,156 °C, konsentrasi IPTG 0,535 mM, dan durasi induksi 3,556 jam dengan prediksi berat kering biomassa sebesar 233,253 mg dan konsentrasi nanobodi sebesar 0,437 mg/mL. Hasil optimasi pada penelitian ini dapat menjadi pertimbangan dalam penentuan parameter operasi pada produksi nanobodi anti-NS1 DD7 skala besar.......Dengue virus (DENV) is a virus in the class Flaviviridae that causes dengue fever. The global DENV infection rate is estimated at 390 million people per year, making it one of the top 10 global health threats. Dengue is transmitted by the Aedes mosquito in tropical and subtropical urban centers, including Indonesia. Nanobodies that recognize the NS1 DENV antigen become a potential dengue diagnostic tool because they are more stable and easier to manipulate and produce than conventional antibodies. In this study, anti-NS1 nanobody variant DD7 was expressed on E. coli BL21(DE3). To determine the optimal induction condition, response surface methodology based on Box-Behnken experimental design was employed. A total of 15 experiments were carried out to investigate the effect of induction temperature, IPTG concentration, and induction duration on dry biomass weight and nanobody concentration. The optimal conditions for the expression of anti-NS1 nanobodies were achieved at an induction temperature of 32,156 °C, IPTG concentration of 0.535 mM, and induction duration of 3,556 hours with a predicted dry biomass weight of 233,253 mg and nanobody concentration of 0.437 mg/mL. The optimization results in this study can be considered in selecting the operating parameters for large-scale production of anti-NS1 DD7 nanobodies."

"COVID-19 merupakan penyakit yang disebabkan oleh virus severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 atau SARS-CoV-2. Penyakit ini telah menjadi pandemi sejak Desember 2019 dan menyebabkan dampak yang besar bagi kehidupan manusia. Meskipun saat ini kasus penyakit sudah mulai menurun, penyakit ini tetap menjadi masalah kesehatan bagi masyarakat. Oleh karena itu, diperlukan manajemen jangka panjang salah satunya dengan penggunaan terapi anti-virus yang potensial. Papain-like-protease (PLpro) adalah salah satu protease pada SARS-CoV-2 yang memiliki dua peran penting dalam siklus hidup virus sehingga inhibisi pada protein ini dapat menjadi agen terapi yang potensial. Proses penemuan agen terapeutik ini membutuhkan sejumlah protein yang soluble dan murni. Salah satu cara untuk mendapatkan protein adalah teknologi rekombinan dengan menyisipkan gen PLpro ke dalam bakteri. Agar proses tersebut dapat berlangsung secara efektif dan efisien, proses ekspresi harus dilakukan pada kondisi yang optimal diikuti dengan modifikasi sistem ekspresi. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan ekspresi pET21d(+)-PLpro pada Escherichia coli BL21(DE3) antara kodon yang dioptimasi dan tanpa optimasi serta mengetahui kondisi yang optimal saat proses ekspresi protein. Proses diawali dengan memperbanyak plasmid, verifikasi plasmid, dan transformasi ke E. coli BL21(DE3). Ekspresi PLpro dilakukan pada beberapa parameter dengan hasil yang optimal pada suhu inkubasi 19°C, induksi IPTG 0,1 mM selama 18 jam inkubasi. Hasil proses purifikasi PLpro sebesar 0,466 mg/mL (optimized) dan 0,738 mg/mL (non-optimized). Berdasarkan hasil pengamatan SDS-PAGE dan Western-Blot, masalah yang ada pada PLpro tanpa optimasi kodon, seperti leaky expresion, degradasi protein, jumlah protein yang tidak konsisten, dan ekspresi insoluble protein yang berlebihan dapat diatasi dengan proses optimasi kodon.......COVID-19 was a disease caused by the severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 or SARS-CoV-2. This disease has become a pandemic since December 2019 and had a major impact on human life. Although cases have started to decrease, this disease remains a public health problem. Therefore, long-term management was needed, one of which was the use of potential anti-viral therapy. Papain-like protease (PLpro) was one of the proteases in SARS-CoV-2 and has two crucial roles in the viral life cycle, so inhibition of this protein can be a potential therapeutic agent. The process of discovering these therapeutic agents required a large amount of pure, soluble protein. One way to obtain this was through recombinant technology, which involves inserting the PLpro gene into bacteria. For the process to take place effectively and efficiently, the expression must be carried out under optimal conditions, followed by a modification of the expression system. This study aimed to compare the expression of pET21d(+)-PLpro in Escherichia coli BL21(DE3) between optimized and non-optimized codons and to determine the optimal conditions during the protein expression process. It begins with plasmid amplification, verification, and transformation to E. coli BL21(DE3). PLpro expression was carried out on several parameters with optimal results at an incubation temperature of 19°C and 0.1 mM IPTG induction for 18 hours of incubation. The results of the PLpro purification were 0.466 mg/mL (optimized) and 0.738 mg/mL (non-optimized). Based on the result in SDS-PAGE and Western-Blot observations, problems that exist in PLpro without codon optimization, such as leaky expression, protein degradation, inconsistent amounts of protein, and excessive expression of insoluble protein, can be overcome by codon optimization."