Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 16 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Rini Puspitaningrum
Abstrak :
Ruang lingkup dan cara penelitian : AFP adalah protein onkofetal yang disintesis pada masa fetus dan ekspresinya ditekan pada. individu dewasa sehat. Kadar AFP ini akan meningkat kembali pada penderita keganasan hati. Telah diketahui bahwa ekspresi gen APP diakhir pada tingkat transkripsi, akan tetapi, mekanisme pengaturan dari faktor yang mendukung proses pengaturan sintesis AFP tersebut masih belum pasti. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi (ragmen DNA yang mengandung elemen promotor gen dan gen penyandi AFP. Fragmen DNA ini selanjutnya akan digunakan dalam penelitian ekspresi gen APP secara in vitro secara efisien. DNA AFP bahan uji yang digunakan adalah bersumber dari sel jaringan hati tikus Rattus navergic's strain Wistar. Tahap penelitian yang harus dikerjakan adalah mengisolasi DNA genam hati tikus dengan atau tanpa menggunakan kit Menelusuri data urutan nukleotida DNA AFP yang akan diisolasi. Merancang sepasang oligonukleotida primer. Mengisolasi fragmen DNA AFP dengan cara PCR dan memurnikannya dengan cara elektroelusi. Selanjutnya memotong fragmen DNA produk PCR tersebut dengan enzim endonuklease restriksi spesifik. Akhirnya membaca urutan nukleotida fragmen tersebut. Hasil dan Kesimpulan : Diperoleh fragmen DNA AFP produk PCR sepanjang 292pb dengan menggunakan sepasang oligonukleotida primer Twister I (5'CATAAGATAGAAGTGACCCCTGTG3') dan Twister II (5 'GCATCTTA CCTATTCCAAA CTCAT3 ' ). Fragmen DNA tersebut mengandung elemen promotor gen dan gen penyandi AFP dengan urutan nukleatida yang sama dengan urutan nukleotida pada fragmen DNA AFP yang diperoleh dari bank gen. Pemotongan fragmen DNA tersebut dengan menggunakan enzim menghasilkan fragmen DNA sepanjang 110pb yang hanya mengandung gen penyandi AFP. Fragmen DNA ini akan digunakan sebagai kontrol negatif untuk membuktikan pentingnya elemen promotor gen AFP dalam proses pengaturan ekspresi gen AFP.
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 1998
T-Pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Betty Kalianda
Abstrak :
ABSTRAK
Infark miokard akut (IHA) merupakan Salah satu penyebab kematian utana pada orang dewasa. Dalam usaha untuk menurunkan angka kematian, diagnosis dini IHA dan komplikasinya amat penting agar penatalaksanaannya dapat dilakukan dengan tepat. Diagnosis IHA pada umumnya ditegakkan dengan gejala klinis, pola elektrokardiogram dan hasil pemeriksaan enzim. Yang menjadi masalah gejala klinis ataupun pola elektrokardiogram sering tidak khas. Oleh karena itu penting sekali penilaian tes enzim. Penelitian ini bertujuan mencari pola perubahan aktivitas CK dan CK-HB pada IHA, menilai cara-cara pemeriksaan CK-HB yang tersedia, menilai kemampuan diagnostik dari tes CK, LDH dan iso-enzim keduanya, serta mendapatkan protokol kerja tes enzim untuk diagnosis IMA. Telah diteliti 12 penderita IHA yang tidak mendapat terapi
streptokinase, 15 penderita angina pektoris (AP) dan 10 orang sehat. Terhadap penderita INA diambil darah vena serial pada saat masuk rumah sakit, kemudian 8, 16, 24 dan 48 jam pasca infark. Sedangkan pada penderita AP dan orang sehat diambil darah vena satu kali saja. Dari darah dipisahkan serumnya lalu aktivitas CK dan CK-HB diperiksa secara kuantitatif dengan teknik imunoinhibisi. LDH total diperiksa dengan metode kinetik dan isoenzim CK serta LDH diperiksa secara elektroforesis. Hasil penelitian menunjukkan pola perubahan aktivitas CK sudah neningkat pada 4 jam pasca infark, mencapai puncak pada jam ke 20 dan masih didapatkan peningkatan pada 48 jam pasca infark. Pola CK-HB menyerupai pola CK total, namun aktivitas puncak dicapai 4 jam lebih cepat dan umumnya aktivitas enzim sudah kembali normal pada 48 jam pasca infark. Penilaian kedua metode pemeriksaan CK-HB menunjukkan korelasi yang baik hanya pada aktivitas enzim yang tinggi. Teknik imunoinhibisi mempunyai kelebihan dalam pengerjaannya yang relatif mudah dan cepat, namun kurang spesifik. Sedangkan teknik elektroforesis mempunyai kelebihan dapat mendeteksi adanya isoenzim atipik; nanun pada scanning dapat menunjukkan hasil overestimates terutama pada aktivitas yang rendah, selain itu pengerjaannya relatif sulit dan lama. Heskipun demikian kedua cara menunjukkan penampilan klinis yang sama baiknya. Kemampuan diagnostik tes enzim secara serial menunjukkan efisiensi lebih baik dari pada secara tunggal. Efi siensi tes CK, CK-HB dan rasio LDH1/LDH2 pada pemeriksaan serial masing-masing menunjukkan hasil 1002. Diusulkan Protokol kerja tes enzim untuk diagnosis IHA sebagai berikut: bila penderita datang sebelum 24 jam dari saat serangan maka dilakukan tes CK total (bila mungkin juga CK-HB) serial dimulai pada saat masuk rumah sakit kemudian B, 16, 24 dan 48 jam dari saat setangan; sedangkan bila 24 jam telah lewat maka dilakukan tes LDH dengan atau tanpa tes rasio LDH1/LDH2.
1989
T-Pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Tasia Larosa
Abstrak :
Elektroforesis merupakan peristiwa pergerakan molekul-molekul kecil yang dibawa oleh muatan listrik akibat adanya pengaruh medan listrik. Peristiwa ini diaplikasikan dalam bidang kedokteran untuk mengidentifikasi DNA, dengan alat yang disebut Agarose Gel Electrophoresis. Ketika alat ini diberi arus listrik DNA yang bermuatan negatif akan bermigrasi ke kutub positif, dimana fragmen DNA yang lebih kecil akan bermigrasi lebih jauh dibanding fragmen yang lebih besar. Jauh migrasi DNA ini dapat diukur dan dianalisa sehingga didapatkan massa moelekul dan jenis DNA. Akan tetapi arus listrik yang digunakan untuk membuat fragmen DNA bermigrasi dapat menimbulkan panas. Panas yang berlebih harus dihindari karena dapat menyebabkan Agarose Gel electrophoresis tidak dapat beroperasi sebagaimana mestinya, oleh karena itu pada alat ini digunakan sistem pendingin. Pengujian ini bertujuan untuk melihat pengaruh penggunaan heat pipe terhadap sistem pendingin termoelektrik yang digunakan Agarose Gel Electrophoresis. Pengaruh dilihat dari hasil visualisasi migrasi DNA yang dihasilkan oleh alat ini. ......Electrophoresis is a phenomenon which related to the movement of small particles which is carried by the electrons due to the electric field. This phenomenon is used in medical science as one of the DNA identification methods, with the instrument named Agarose Gel Electrophoresis. When the electric current is passed through the medium containing the DNA, the DNA that carry a negative charge will migrate towards the positive pole. The smaller DNA fragments is migrating further than the bigger ones. Then, distance of the migration can be measured and analyzed to get the DNA's molecul mass and its specification. When electric current is flowing, there comes heat. Overheating should be avoided to make sure the Agarose Gel Electrophoresis operates well. That's why this instrument is equipped with a cooling system. This research was conducted to find the effect of heat pipe using as a thermoelectric cooling system on Agarose Gel Electrophoresis. The effect can be analyzed by seeing the visualisation of DNA migration.
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2011
S1162
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Bagas Diko Firmansyah
Abstrak :
Senyawa adenosin fosfat bervariasi jumlah gugus fosfatnya yakni adenosin monofosfat (AMP), adenosin difosfat (ADP) dan adenosin trifosfat (ATP). Untuk mendeteksi ketiga jenis senyawa secara simultan, dikembangkan sistem elektroforesis menggunakan detektor elektrokimia dengan elektroda boron-doped diamond. AMP, ADP dan ATP dalam bufer fosfat pH 7 memiliki kesamaan potensial oksidasi sekitar +0,93 Volt (vs. Ag/AgCl). Potensial yang sama juga ditemukan pada oksidasi adenin dan adenosin, yang mengindikasikan bahwa reaksi oksidasi terjadi pada gugus adenin. Elektroforesis kapiler dilakukan menggunakan kapiler fused silica(d: 0,05 mm). Dengan mengaplikasikan potensial 10 Kvolt, AMP, ADP dan ATP dapat dipisahkan dengan waktu retensi berturut-turut 1439 detik, 1202 detik dan 848 detik. Linieritas dapat dicapai untuk ketiga senyawa tersebut dengan batas deteksi beruturut-turut yakni 0,5946 μM, 0,5619 μM and 1,7795μM. Hasil tersebut menunjukkan bahwa elektroforesis berdetektor elektrokimia dapat digunakan untuk deteksi simultan senyawa adenosin fosfat AMP, ADP dan ATP. ......Adenosine phosphates were varied with the number of phosphate groups, including adenosine monophosphate (AMP), adenosine diphosphate (ADP), and adenosine triphosphate (ATP). In order to detect them simultaneously, a capillary electrophoresis coupled with electrochemical detection using boron-doped diamond electrode is developed. AMP, ADP and ATP in phosphate buffer pH 7 have similar oxidation potentials at around +0.9 V (vs. Ag/AgCl). This potential is also similar to that of adenin and adenosine, indicated that the oxidation occurred at adenin moiety. Capillary electrophoresis, which was then performed using fused silica capilar (d: 0,05 mm) at an appied potentials of 10 KVolt can separate the adenosine phosphate AMP, ADP and ATP with the retention times of 848 s, 1202 s, and 1439 s, respectively. Liniear calibration curve can be achieved with the limits of detection of 0,5946 μM , 0,5619 μM and 1,7795μM, respectively the result shows that electrophoresys with electrochemical detector is promising for simultaneous detection of adenine phosphates.
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2016
S64784
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Sri Rahmadani
Abstrak :
Metode elektroforesis menawarkan proses pelapisan hidroksiapatit (HA) diatas permukaan logam yang relatif murah, mudah, dan hasil yang homogen. Struktur lapisan sangat ditentukan oleh parameter proses yang dapat dikontrol selama proses pelapisan. Pada penelitian ini digunakan metode elektroforesis untuk melapisi hidrokstiapatit di atas logam Ti. Tegangan divariasikan 20, 30, dan 40 V pada waktu konstan 30 menit. Pengaruh sintering dipelajari dengan memanaskan sebagian sampel pada suhu 950 °C selama 2 jam. Hasil FTIR menunjukkan tidak ada perubahan fasa HA pada serbuk dan lapisan yang dibuktikan dengan kesamaan posisi puncak karbonat (CO32-) dan posfat (PO43-). Tegangan optimum untuk menumbuhkan lapisan HA dengan tebal ~50 µm dan jumlah retakan minimum adalah 30 V. Walau ketebalan meningkat dengan tegangan, namun tegangan 20 dan 40 V menghasilkan lapisan HA yang mengandung banyak pori dan retakan. Ketahanan korosi yang baik diperoleh pada HA yang dideposisi pada tegangan 30 V, yang ditunjukkan oleh nilai resistansi polarisasi tertinggi yaitu 200 kΩ.cm2 satu orde diatas lapisan yang lain pada spectra EIS, serta nilai Icorr terkecil yaitu  8,53x10-9 A.cm-2 yaitu 10x dan 100x lebih kecil dari lapisan 20 dan 40 V pada hasil polarisasi potensiodinamik. Pengaruh sintering belum dapat dianalisis karena data yang diperoleh belum lengkap. Namun, hasil SEM menunjukkan bahwa sintering menimbulkan banyak retakan pada lapisan yang dapat menurunkan nilai proteksi terhadap korosi. Uji bioaktivitas dilakukan dengan perendaman sampel dalam larutan Simulated Body Fluid (SBF) selama 28 hari pada suhu 37°C belum menunjukkan penebalan lapisan HA.
The electrophoresis method offers a hydroxyapatite (HA) coating process on a metal surface that is relatively inexpensive, easy, and has homogeneous results. The structure of the layer is largely determined by the process parameters that can be controlled during the coating process. In this study the electrophoresis method was used to coat the hydroxyapatite on Ti metal. The voltage varies 20, 30, and 40 V at a constant time of 30 minutes. The effect of sintering was studied by heating a part of the sample at 950 ° C for 2 hours. FTIR results showed no changes in the HA phase of the powder and layers as evidenced by the similarity of the positions of the carbonate (CO32-) and phosphate (PO43-) peaks. The optimum stress for growing HA layers is ~ 50 µm thick and the minimum number of cracks is 30 V. Although thickness increases with stress, stresses of 20 and 40 V produce HA layers that contain many pores and cracks. Good corrosion resistance is obtained at HA deposited at a voltage of 30 V, which is indicated by the highest polarization resistance value of 200 kΩ.cm2 one order above the other layers in the EIS spectra, as well as the smallest Icorr value of 8.53x10-9 A.cm- 2 namely 10x and 100x smaller than the 20 and 40 V layers of the potentiodynamic polarization results. The effect of sintering cannot be analyzed because the data obtained is not complete. However, SEM results show that sintering causes many cracks in the coating which can reduce the value of protection against corrosion. Bioactivity tests were carried out by immersing the sample in a Simulated Body Fluid (SBF) solution for 28 days at 37°C but it did not show thickening of the HA layer.
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2020
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Labibah Nur Hasanah
Abstrak :
Pengembangan implan ortopedi terus dilakukan untuk mendapatkan implan dengan kualitas terbaik dengan harga terjangkau. Pengembangan implan menggunakan material titanium dipilih dengan mempertimbangkan sifat mekanik dan ketahanan korosi yang dimiliki oleh titanium. Modifikasi permukaan dilakukan untuk mengatasi kekurangan titanium yang bersifat bio-inert. Hidroksiapatit dipilih sebagai material pelapis karena material tersebut memiliki kandungan yang serupa dengan unsur penyusun tulang dan memiliki sifat bioaktif yang dapat menginisiasi pertumbuhan tulang. Penggunaan titanium berpori dipilih karena keberadaan pori dapat mengurangi modulus Young’s sehingga menghindari terjadinya fenomena shielding stress. Deposisi elektroforesis dipilih untuk mendeposisikan hidroksiapatit karena kelebihan elektroforesis yang mudah dikontrol, dapat dilakukan pada suhu ruang, dan dapat dilakukan pada geometri yang kompleks. Pada penelitian ini, variasi konsentrasi hidroksiapatit dan voltase deposisi yang digunakan diamati terhadap proses dan hasil pelapisan. Berat deposisi paling tinggi diperoleh pada konsentasi hidroksiapatit 0,2wt% untuk 11 V dan 0,4wt% untuk 13 V. Kekuatan adhesi akan berkurang seiring dengan kenaikan konsentrasi hidroksiapatit dan voltase deposisi yang digunakan. ......Orthopedic implant development continues to be undertaken to obtain the best quality implant with an affordable price. Titanium is chosen considering the mechanical properties of titanium and its corrosion resistance. Surface modification needed to be done in order to address the bio-inert properties of titanium. Hydroxyapatite is selected as the coating material since it has similar content to the constituent element of human bone and has bioactive properties that can initiate bone growth. Porous titanium is used since its porosity can reduce the modulus Young's and avoid the occurrence of the shielding stress phenomenon. Electrophoretic deposition is chosen to deposit hydroxyapatite due to its advantages that can be easily controlled, can be performed at room temperature, and feasible for complex geometry. On this study, effect of hydroxyapatite concentration and voltage deposition was studied against the electrophoretic deposition process and the coating result. The highest deposition rate was obtained from 0.2wt% HA for 11 V and 0.4wt% HA for 13 V. Increase on hydroxyapatite concentration and voltage decrease the coating adhesion strength on substrate.
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2022
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Kezia
Abstrak :
Sel surya tersensitasi zat warna dye-sensitized solar cell, DSSC merupakan perangkat yang dapat mengkonversi sinar matahari menjadi arus listrik dengan menggunakan elektroda kerja berupa semikonduktor TiO2 yang dilapisizat warna dan kaca FTO Fluorine Tin Oxide sebagai elektroda counter. Lapisan tipis TiO2 dipreparasi pada plat Ti dengan cara anodisasi dalam larutan NH4F dalam gliserol pada bias potensial 25 volt selama 4 jam dan dikalsinasi pada suhu 450oC selama 2 jam. Karakterisasi menggunakan DRS UV-Vis dan FTIR menunjukkan bahwa TiO2 yang terbentuk berupa fasa anatase. Zat warna yang digunakan sebagai photosensitizer adalah zat warna alami yang diekstrak dari daun suji, wortel dan alga hijau-biru Spirulina platensis sebagai klorofil, '-karoten dan fikosianin. Optimasi dilakukan dengan memodifikasi klorofil dengan penambahan '-karoten dan fikosianin cocktail dyes dengan perbandingan 1:1 dan 1:2. Zat warna diadsorpsikan ke dalam TiO2-nanotube dengan metode elektroforesis pada bias potensial 20 volt selama 12 menit. Plat Ti/TiO2-nanotube/dyes dirangkai menjadi DSSC dengan larutan I-/I3- dan kaca FTO. Nilai efisiensi konversi cahaya menjadi arus listrik tertinggi ditunjukkan oleh plat Ti/TiO2-nanotube/cocktail dyes klorofil-fikosianin 1:1 sebesar 1.04926. ...... Dye sensitized solar cell DSSC is a device that can convert the sunlight to electrical current by employing dyes coated semiconductor as working electrode and FTO Fluorine Tin Oxide glass as counter electrode. TiO2 thin film was prepared by anodization of Ti plate in NH4F glycerol at potential 25 volt for 4 hours and heated at 450oC for 2 hours. Characterization by DRS UV Vis and FTIR showed that the TiO2 is in anatase crystal phase. Dye that was used as photosensitizer were natural dyes extracted from suji leaf, carrot and green blue algae Spirulina platensis as chlorophyll, carotene and phycocyanin. Optimization was done by modified the chlorophyll added by carotene and phycocyanin cocktail dyes with ratio 1 1 and 1 2. Dyes was coated into TiO2 nanotube by using electrophoresis method at 20 volt for 12 minutes. Ti TiO2 nanotube dyes was assembled into DSSC using I I3 electrolyte solution and FTO glass. The highest efficiency value was showed by Ti TiO2 nanotube cocktail dyes chlorophyll phycocyanin 1 1 was 1.04926.
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2017
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Fajar Bayu Ajiriyanto
Abstrak :
Salah satu penggunaan material implan yang paling popular adalah Titanium. Titanium digunakan sebagai material implan karena memiliki sifat biokompatibilitas yang baik karena adanya lapisan oksida tipis di permukaannya yang secara spontan terbentuk, dimana lapisan oksida ini menyebabkan Titanium menjadi pasif sehingga tidak mengalami korosi saat diaplikasikan menjadi material implan. Namun material Titanium ini tergolong sebagai material bio-inert, sehingga masih kurang mendukung dalam pertumbuhan dan perkembangan tulang (osseointegrasi) jika dibandingkan dengan material yang tergolong sebagai bio-active. Penggunaan material Titanium padat juga masih memiliki keterbatasan dalam propertis mekanis dimana Titanium padat memiliki tingkat kekakuan yang tinggi sehingga menyebabkan fenomena shielding stress, oleh karena itu beberapa peniliti mengajukan penggunaan material berpori sebagai material implan. Untuk meningkatkan osseointegration serta menanggulangi masalah stiffnes penggunaan material Titanium padat, perlu di lakukannya proses elektroforesis hidroksiapatit dan chitosan pada material berpori. Penggunaan hidroksiapatit dan chitosan untuk membentuk lapisan material berpori akan meningkatan osseointegration serta penggunaan material berpori akan menurunkan tingkat kekakuan Titanium padatan sehingga di dapati modulus young yang turun sehingga shielding stress dapat dihindari. Penggunaan voltase 5,6 dan 7 volt dipilih dalam eksperimen ini serta waktu elektroforesis yang dilakukan terdapat 10 dan 15 menit. Pengamatan visual, berat deposisi, serta hasil adhesivitas lapisan HA/CS akan diamati pada eksperimen ini. ......One of the most popular uses of implant materials is Titanium. Titanium is used as an implant material because it has good biocompatibility properties due to the presence of a thin oxide layer on its surface which spontaneously forms, where this oxide layer causes Titanium to be passive so that it does not corrode when applied as an implant material. However, this titanium material is classified as a bio-inert material, so it is still less supportive of bone growth and development (osseointegration) when compared to materials classified as bio-active. The use of bulk titanium material also has limitations in mechanical properties where bulk titanium has a high level of rigidity that causes the shielding stress phenomenon, therefore several researchers propose the use of porous materials as implant materials. To improve osseointegration and overcome the problem of stiffness using titanium bulk material, it is necessary to carry out electrophoresis of hydroxyapatite and chitosan on porous materials. The use of hydroxyapatite and chitosan to form a layer of porous material will increase osseointegration and the use of porous materials will reduce the stiffness level of Titanium bulk so that a decrease in Young's modulus is found so that shielding stress can be avoided. The use of voltages of 5.6 and 7 volts was chosen in this experiment and the electrophoresis time was 10 and 15 minutes. Visual observations, deposition weight, and the results of the adhesion of the HA/CS layer will be observed in this experiment.
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2021
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Anglia Puspaningrum
Abstrak :
Air adalah komponen penting dalam kehidupan manusia. Namun, konsumsi air yang terkontaminasi kuman patogen dapat membahayakan manusia. Oleh karena itu, uji kualitas mikrobiologis air penting untuk dilakukan. Escherichia coli disebut sebagai organisme indikator karena E. coli adalah flora normal dalam saluran pencernaan manusia, sehingga keberadaannya dalam air mengindikasikan bahwa air tersebut terkontaminasi oleh feses. Penelitian ini bertujuan untuk menerapkan metode Polymerase Chain Reaction menggunakan primer 16E1 dan 16E2 untuk mendeteksi adanya Escherichia coli dalam berbagai sampel air. DNA genomik E. coli diekstraksi menggunakan metode boiling, kemudian diamplifikasi menggunakan primer 16E1 dan 16E2. Hasil PCR positif E. coli ditunjukkan dengan adanya fragmen DNA pada ukuran sekitar 584 pb pada gel elektroforesis. Dalam penelitian ini juga dilakukan uji konfirmasi hasil PCR menggunakan metode konvensional. Sebanyak empat dari sepuluh sampel terbukti positif mengandung E. coli. Escherichia coli dapat diidentifikasi dengan metode PCR menggunakan primer 16E1 dan 16E2 dengan target gen penyandi 16S rRNA menghasilkan fragmen berukuran 584 pb pada gel elektroforesis. PCR dapat mendeteksi E. coli lebih cepat daripada metode konvensional.
Water is an essential part in human life. However, consumption of water that is contaminated by pathogenic microbes can be hazardous to human. Therefore, it is important to do the water microbiological quality test. Escherichia coli is called indicator organism because E. coli is the normal flora in human's gastrointestinal tract, so its presence in water indicates that the water is contaminated by feces. The objective of this study is to apply the Polymerase Chain Reaction method using 16E1 and 16E2 primers to detect the presence of Escherichia coli in various water sample. The genomic DNA of E. coli was extracted using boiling method, and then amplified using 16E1 and 16E2 primers. E. coli positive PCR result was showed by DNA fragment sized 584 bp on gel electrophoresis. Confirmation test of PCR result was also done in this study using the conventional method. Four out of ten samples was proved E. coli positive. E. coli can be identified by PCR method using 16E1 and 16E2 primers with 16S rRNA gene as a target, produced fragment sized 584 bp on gel electrophoresis. PCR can detect E. coli faster than the conventional method.
Depok: Universitas Indonesia, 2008
S32759
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Hajar Muthi'ah Mahendra
Abstrak :
Rekayasa genetika adalah proses yang melibatkan perubahan struktur genetik suatu organisme dengan menghilangkan, memasukkan, atau memodifikasi materi genetik yang terdapat pada objek yang dituju. Salah satu teknik rekayasa genetika adalah pengeditan gen. Metode pengeditan gen yang paling populer saat ini adalah CRISPR-Cas9 yang merupakan singkatan dari clustered regularly interspaced short palindromic repeat-associated protein 9. Penelitian ini mengkaji aktivitas Cas9 dengan sgRNA dari bakteri Geobacillus kaustophilus secara in silico dan in vitro. Pada percobaan in silico digunakan metode molecular docking untuk mengkaji interaksi biomolekuler dengan variasi sgRNA yaitu spacer 10, 20, 30 nt; repeat 16, 25, 36 nt; dan tracrRNA 63, 98, 140 nt. Didapatkan hasil bahwa perubahan panjang spacer, repeat, dan tracrRNA dapat mempengaruhi tingkat besar afinitas pengikatan yang terbentuk dalam kompleks YebF-Cas9-sgRNA dari Geobacillus kaustophilus. Panjang optimal dari hasil molecular docking secara afinitas dan posisi yaitu pada variasi spacer 30 nt dengan repeat 16 nt dan tracrRNA 98 nt serta besar afinitas pengikatan –419,24 kkal/mol. Sedangkan pada percobaan in vitro, enzim Cas9 rekombinan dilakukan fusi enzim pembawa YebF dan diuji aktivitasnya menggunakan metode gel elektroforesis dengan variasi suhu inkubasi pada 30°C dan 50°C serta variasi konsentrasi enzim yaitu 9,4 μM dan 20,1 μM. Dari hasil gel elektroforesis, belum dapat hasil yang signifikan baik dalam uji aktivitas, pengaruh variasi suhu, maupun pengaruh variasi konsentrasi enzim. ......Genetic engineering is a process that involves changing the genetic structure of an organism by removing, inserting, or modifying genetic material contained in the target object. One of the genetic engineering techniques is gene editing. The most popular gene editing method today is CRISPR-Cas9 which stands for clustered regularly interspaced short palindromic repeat-associated protein 9. This study examines the activity of Cas9 with sgRNA from the bacteria Geobacillus kaustophilus in in silico and in vitro way. In the in silico experiment, the molecular docking method was used to study biomolecular interactions with variations in sgRNA, namely spacer 10, 20, 30 nt; repeat 16, 25, 36 nt; and tracrRNA 63, 98, 140 nt. The results showed that changes in the length of the spacer, repeat, and tracrRNA can affect the level of binding affinity formed in the YebF-Cas9-sgRNA complex from Geobacillus kaustophilus. The optimal length of the molecular docking results in terms of affinity and position is in the variation of 30 nt spacer with 16 nt repeat and 98 nt tracrRNA and the binding affinity is –419.24 kcal/mol. While in the in vitro experiment, the recombinant Cas9 enzyme was fused with the YebF carrier enzyme and its activity was tested using the gel electrophoresis method with variations in incubation temperature at 30°C and 50°C and variations in enzyme concentration (9.4 μM and 20.1 μM). From the results of gel electrophoresis, there are no significant results were obtained in the activity test, the effect of temperature variations, or the effect of enzyme concentration variations.
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2024
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2   >>