Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Penelitian bertujuan memperoleh clone gen NS1 DEN-3 strain CH53489 pada vektor ekspresi pET-21d(+) agar gen tersebut dapat diekspresikan oleh Escherichia coli (Migula) Castellani & Chalmers. Penelitian dilakukan di Laboratorium Biopharming, Balai Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT), Serpong selama 12 bulan (Maret 2006--Maret 2007). Gen NS1 dengue berukuran 1.050 pb diperbanyak dengan polymerase chain reaction (PCR) menggunakan pasangan primer spesifik (NS1-F dan NS1-R). Vektor ekspresi pET-21d(+) (berukuran 5.440 pb) diperbanyak melalui teknik cloning dalam E. coli DH5α. Produk PCR dan vektor ekspresi pET-21d(+) didigesti dengan BamHI dan XhoI, kemudian diligasi secara in vitro dan ditransformasi dengan kejutan panas ke dalam sel kompeten E.coli DH5α. Sebanyak 129 koloni diperoleh pada medium seleksi SOB ampisilin agar. Sebanyak 26 dari 129 koloni kandidat rekombinan dipilih secara acak untuk diverifikasi menggunakan enzim restriksi (BamHI, XhoI, dan NcoI) dan selanjutnya dilakukan PCR. Verifikasi menghasilkan 3 koloni positif rekombinan. Clone 6D pembawa gen NS1 dengue diverifikasi lebih lanjut melalui sequencing dengan primer T7 promoter. Hasil sequencing dibandingkan dengan data referensi dalam database DNA GenBank melalui pencarian homologi BLASTN. Hasil BLAST menunjukkan sekuens dari clone gen NS1 dengue memiliki homologi sebesar 99% dengan sekuens DEN-3 strain FW06 no. AY858041.1. Clone gen NS1 dengue dalam vektor ekspresi pET-21d(+) telah berhasil diperoleh, namun dengan tingkat keberhasilan yang rendah."

"ABSTRACTDengue is an infectious disease caused by dengue virus. Dengue endemic region includes America, Western Pacific,Africa, East Mediterranian, and South East Asia including Indonesia. An early diagnostic system specific for Indonesiais needed to control dengue in Indonesia. In this research, cloning of Non Structural 1 (NS1) gene from dengue virustype 3 (Indonesian strain D3-1703) into pYES2/CT vector was performed. In the long run, NS1 recombinant proteinwill be expressed inSaccharomyces cerevisiaefor diagnostic materials. Polymerase Chain Reaction (PCR)amplification of NS1 gene fragments were done with optimal annealing temperature at 55 ºC. NS1 gene fragment andpYES2/CT were cut by Bam H I and Not I enzymes. The digested pYES2/CT was dephosphosrylated using Calf Intestine Alkaline Phospatase enzyme. Ligation with the vector:insertratio of 1:12 and 1:20 resulted in 6 and 5 recombinant colony candidates respectively. Restriction enzyme and PCR verifications showed that 5 recombinant plasmids contained NS1 gene. Sequencing of the first 600 bp of one recombinant plasmid was performed. The blastnanalysis showed that it had a 99% identity with dengue virus type 3 strain FW06. Finally, it was shown that NS1 clonewithin pYES2/CT was in the correct Open Reading Frame and ready to be expressed in S. cerevisiae."

"Demam Berdarah Dengue (DBD adalah salah satu masalah kesehatan di dunia. Penggunaan Non Structural-1 (NS-1) antigen dari virus dengue untuk deteksi awal telah terbukti sebagai salah satu solusi dari penentu infeksi dengue. Salah satu alat diagnosik yang tersedia di Indonesia adalah Bio-Rad NS1 Ag strip. Penelitian ini berjalan selama18 bulan di mulai dari tanggal November 2010 sampai dengan Mei 2012. Seratus dua pasien dengan demam kurang dari 2 hari terlibat dalam studi ini. Peneliti menggunakan Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR), Virus isolation di sel C6/36, atau IgG and IgM titer ELISA sebagai standard emas dalam mendeteksi infeksi dengue. Dalam riset ini, kami menggunakan Bio-Rad NS1 antigen untuk mendeteksi keberadaan antigen NS1 dalam serum darah pasien yang terduga terkena demam berdarah. SPSS 16.0 digunakan untuk menganalisa data. Hasil yang diperoleh adalah dari 102 pasien yang terduga terkena demam berdarah, terdapat 68(68.3%) positf terkena demam berdarah dan 34(31.7%) negatif. Serotype virus juga dipeoleh mellaui RT PCR. Dari 68 pasien yang positif demam berdarah, ada 17 terkena DENV-1, 21 terinfeksi DENV-2, 16 terinfeksiDENV-3, 4 terinfeksi DENV-4, 8 terinfeksi campuran, dan 2 tidak diketahui serotypenya. Nilai sensitivitas dan specifisitas Bio-Rad NS1 Ag Strip dalam mendeteksi infeksi demam berdarah dengan nilai 86.2% dan 96.3%. Dalam mendeteksi infeksi DENV-1, sensitivitas and spesifisitas Bio-Rad NS1 Ag strip adalah 94.12dan 94.44% (95% CI, 80.5% to 97.7%). Sedangkan untuk mendeteksi DENV-3, alat ini mempunyai sensitivitas 75% dan spesifisitas 94.44% (95% CI, 69.3% to 93.5%). Bedasarkan hasil ini, Bio-Rad NS1 Ag Strip dapat dipergunakan sebagai alat untuk menegakan diagnosis dari infeksi demam berdarah DENV-1 dan DENV-3 pada awal demam.

---

Dengue infection has been one of the health issues in worldwide. The utilization of Non Structural-1 (NS1) antigen in order to detect early dengue infection has been proven to be one of the solutions. Diagnostic kit named Bio-Rad NS1Ag Strip is one of the kit that uses antigen which is available in Indonesia. The purpose of this study is to evaluate the sensitivity, specificity, PPV, and NPV value of the kit. This study was held in 18 months duration from November 2010 until Mei 2012. One hundred and two subjects with fever less than 48 hours were included in the study. RT-PCR or virus isolation C6/36 or ELISA antibody titer were used as the gold standard of this research. Bio-Rad NS1 Ag Strip was used to determine the presence of NS1 antigen in the patient. Data analysis and statistics uses SPSS 16.0.In the result, there were 68 (68.3%) positive and 34 (31.7%) negative. RT PCR also determined the virus’s stereotypes. There were 17 of DENV-1, 21 of DENV-2, 16 of DENV-3, 4 of DENV-4, 8 of mixed infection and 2 unknown serotypes. Bio-Rad NS1 Ag has 86.2% of sensitivity and 96.35 of specificity to detect all stereotypes. In for detecting DENV-1, the kit has 94.12% sensitivity and 94.44% (95% CI, 80.5% to 97.7%). Meanwhile, in detecting DENV-3, the kit has 75%sensitivity and 94.44% specificity (95% CI, 69.3% to 93.5%). According to these findings, Bio-Rad NS1 Ag strip is suitable as a diagnostic kit to make early diagnosis of dengue fever DENV-1 and DENV-3."

"ABSTRAKPenelitian terkait karakteristik genetik sekuens virus dengue (DENV) diperlukan dalam menilai kekerabatan antara strain DENV yang tersebar di seluruh dunia. Tujuan dalam penelitian ini adalah membandingkan karakteristik genotype dan sekuens data DENV serotipe 2 (DENV-2) nukleotida envelope dibandingkan dengan sekuens data DENV-2 nukleotida Non-Struktural 1 (NS1). Data didapatkan dari Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia untuk strain data yang berasal dari Indonesia dan GenBank untuk strain data yang berasal dari seluruh dunia sebagai data pembanding dengan jumlah sebanyak 42 data, yang kemudian dianalisis menggunakan Genetyx 5.1. Hasil penelitian didapatkan bahwa sekuens data NS1 strain DENV-2 yang berasal dari Indonesia termasuk ke dalam kelompok genotype Cosmopolitan, serupa dengan hasil analisis data dengan sekuens data envelope strain DENV-2. Sementara pada analisis epitope LX1 yang merupakan epitope khas dari NS1, terdapat berbagai peubahan komponen asam amino pada epitope tersebut dibandingkan dengan sekuens data strain Indonesia yang tergabung ke dalam kelompok genotype Cosmopolitan. Kesimpulan dari penelitian ini adalah bahwa filogenetik dengan menggunakan NS1 sebagai bahan analisis dapat digunakan untuk menentukan genotipe. Sehingga gen NS1 pada DENV-2 strain Indonesia masih dapat dipertimbangkan sebagai salah satu dasar metode pengembangan vaksin.

---

ABSTRACTStudies about genetic characteristic between dengue virus serotype 2 (DENV-2) sequence data is needed to determine its relationship between DENV strain over the world. The main purpose of this study is to compare between characteristic of sequence data DENV-2 envelope nucleotide and sequence data DENV-2 Non- Structural 1 (NS1) nucleotide, and analyze between amino acid homology in this study and related previous studies. 42 data used for this study are obtained from Laboratory of Microbiology Faculty of Medicine University of Indonesia for data from Indonesia and form GenBank for data from other countries as a comparison, which is analyzed with software Genetyx 5.1. NS1 sequence data from DENV-2 strain from Indonesia is classified in Cosmpolitan genotype group, which are similar than data analysis from envelope sequence data from same data. Meanwhile in analysis of LX1 epitope, which is considered as typical epitope from NS1, there are any differences in amino acid component at it compared than strain Indonesia data sequences which are included in Cosmopolitan genotype group. As a conclusion, phylogenetic analysis of NS1 nucleotide is useful for determining the genotypes, which means NS1 DENV-2 gene strain Indonesia can be useful as the basis for vaccine development"

"Infeksi virus dengue (DENV) masih menjadi salah satu penyakit yang sering terjadi di dunia dan tak jarang menimbulkan kematian. Diagnosis dini yang akurat diperlukan untuk memberikan pengobatan yang tepat. Karena Indonesia merupakan negara kepulauan, metode deteksi menggunakan PCR menjadi kurang efektif sehingga alat berbasis lateral flow assay (LFA) yang menggunakan antibodi monoklonal sebagai biosensor-nya dapat menjadi solusi. Pengembangan nanobodi yang berasal dari hewan Camelidae dapat mengatasi kelemahan antibodi monoklonal karena kelarutannya yang tinggi, stabilitas yang lebih baik, dan dapat dimanipulasi secara genetik. Dengan menggunakan nanobodi yang telah diproduksi sebelumnya oleh Asih et al. (2022) dalam E. coli yang dapat mendeteksi infeksi DENV, maka selanjutnya dilakukan evaluasi menggunakan metode surface plasmon resonance (SPR) untuk mendapatkan parameter kinetika pada interaksi antara nanobodi dengan protein NS1 sebagai biomarker infeksi DENV. Penelitian diawali dengan perbanyakan kultur E. coli, ekspresi nanobodi dengan induksi IPTG, pemurnian nanobodi, konfirmasi hasil perolehan nanobodi dengan SDS-PAGE dan Western Blot, lalu diakhiri dengan uji SPR. Secara umum, respon sinyal SPR menunjukkan bahwa nanobodi klon DD5 dan DD7 mampu berinteraksi dan berikatan dengan antigen NS1 DENV-2. Nilai KD yang diperoleh saat ligan DD5 berinteraksi dengan variasi konsentrasi NS1 DENV-2 adalah 1,08 x 10-7 M. Sementara itu, nilai KD yang diperoleh saat ligan NS1 berinteraksi dengan variasi konsentrasi DD5 dan DD7 secara berturut-turut adalah sebesar 9,62 x 10-8 M dan 9,29 x 10-8 M.

---

Dengue virus infection (DENV) is still one of the most common diseases in the world and sometimes causes death. Accurate early diagnosis is necessary to provide the right treatment. Because Indonesia is an archipelagic country, the detection method using PCR is less effective so a lateral flow assay (LFA) based tool that utilizes antibodies as its biosensor can be a solution. Developing nanobodies derived from Camelidae may overcome the drawbacks of monoclonal antibodies because they have higher solubility, better stability, and can be manipulated genetically. By using nanobodies previously produced by Asih et al. (2022) in E. coli which can detect DENV infection, the next step is to evaluate by using the surface plasmon resonance (SPR) method to obtain kinetic parameters on the interaction between nanobodies and NS1 protein as biomarkers of DENV infection. The study started with the preparation of E. coli culture, then continued with the expression of nanobodies by IPTG induction, purification of nanobodies, confirmation of nanobody acquisition by SDS-PAGE and Western Blot, then ended with the SPR test. Overall, both DD5 and DD7 appeared to be able to interact and bind to the NS1 DENV-2 antigen, according to the SPR signal response. The KD value obtained when the DD5 ligand interacted with various concentrations of NS1 DENV-2 was 1,08 x 10-7. Meanwhile, the KD values obtained when the NS1 ligand interacted with various concentrations of DD5 and DD7 were 9,62 x 10-8 and 9,29 x 10-8 respectively."

"Penelitian yang bertujuan menghasilkan klona gen NS1 virus dengue pada vektor ekspresi pGEX-6P1 dalam Escherichia coli BL21 Star?(DE3) telah dilakukan di Laboratorium Biologi Molekular, LAPTIAB, BPPT, Serpong selama Januari--November 2008. Gen NS1 dengue diamplifikasi dengan primer spesifik d3-2336sbam (forward) dan d3-NS1-1056c (reverse). Produk PCR gen NS1 (1.160 pb) yang telah dipurifikasi, didigesti dengan enzim BamHI-XhoI (double digestion) kemudian diligasikan pada vektor ekspresi pGEX-6P1. Reaksi ligasi ditransformasikan ke dalam sel kompeten E. coli BL21 Star?(DE3). Sebanyak 19 koloni diisolasi secara acak dari 162 koloni yang tumbuh pada medium seleksi ampisilin. Hasil verifikasi dengan digesti dan PCR menunjukkan koloni 1b3 sebagai koloni positif rekombinan. Hasil sequencing terhadap 356 basa pertama gen NS1 menggunakan primer spesifik d3-2716c, menunjukkan bahwa plasmid rekombinan 1b3 mengandung gen NS1. Analisis BLASTN terhadap database DNA pada GenBank menunjukkan homologi 96% dengan sekuen DEN-3 strain KJ71 (accession number AY858044.2). Kloning gen NS1 dengue pada vektor pGEX-6P1 dalam E. coli BL21 Star?(DE3) berhasil dilakukan."

"Demam berdarah dengue merupakan salah satu penyalcit wabah di didunia yang telah merenggut banyak nyawa. Pada tahun 2004 tetjadi wabah demam berdarah dengue di Jakarta dengan lebih dati 10.000 kasus dengan angka kematian dilaporkan sebanyak 603 orang dengan kasus infeksi serotipo virus dengue terbanyak adalah serotipe 3. Penelitian ini menggueakan metode PCR. Pada penelitian ini dilakukan analisls variasi genetik genE, NSI, dan NS3 dari virus dengue tipe 3 yang diisolasi dari pasien dengan manifestasi klinis yang berbeda Strain DS2207 (DD), DS4607 (DBD), DSA0206 (DSS) yang diisolasi dari kasus dengue 2006-2007 dan dibandingkan dengan 12 strain yang berasal dati Indonesia, Thailand, Tahiti, Venezuela, Malaysia. Homologi etikleotida genE berkisar antara 92,4- 100 % sedangkan asam amino E 97- 100%. Homologi nukleotida gen NSI berkisar antara 93,4- 100 %, sedangkan asam amino NSl 97,2- 100%. Homologi nukleotida gen NS3 berkisar antara 92,8 - 99,5 % sedangkan asam amino NS3 98,2-99,7 % terdapat variasi pada ketiga gen, tapi belum ditemukan adanya perbedaan spesifik dari manifestasi klinis yang ditimbulkan.

---

Dengue hemorrhagic fever is one of the epidemically disease that widely spread and has taken many lives. In the year of 2004, the epidemic of dengue hemorrhagic fever occurred in Jakarta with more than 10,000 number of cases, and 603 reported to death, where stereotype 3 showed as the most dengue virus stereotype infection cases. This research used the PCR (polymerase chain reaction) method, along with an analysis in genetically variety of E, NSI, and NS3 Gene of isolated Type 3 Dengue Virus (from the patient with any different clinical symptom). Strain of DS2207 (Dengue fever), 084607 (Dengue hemorrhagic fever), DSA0206 (Dengue shock syndrome) has been isolated of the 2006-2007 dengue cases, and compared' with 12 strain from Indonesia, Thailand, Tahiti, Venezuela, and Malaysia.

Nucleotide homology of the E gene is somewhere around 92,4% up to 100%, with theE aroino acid reached 97% up to 100%. Nucleotide homology of the NSl gene is somewhere around 93,4% up to 100%, with the NSI amino acid reached 92,2 % up to 100 % nucleotide homology of the NS3 gene is somewhere around 92,8 % up to 99,5 % with the NS3 amino acid reached 98,2 % up to 99,7 %. There were also variety of those genes, without any specipic differences among different manifestations."

"Protein Non Structural 1 NS 1 telah digagaskan untuk menjadi alat diagnostik dini untuk infeksi demam berdarah karena keberadaannya yang cukup tinggi pada saat fase akut dari infeksi ini NS 1 adalah protein yang sangat penting bagi virus dengue untuk melakukan replikasi virus Penelitian ini bertujuan untuk menetapkan kinetik NS 1 pada hari demam ke 4 sampai dengan 6 dengan menggunakan Strip Bio Rad Ag di komunitas di Jakarta Seluruh penelitian ini berjalan selama 36 bulan Maret 2010 ndash Februari 2013 Terdapat 102 pasien diduga terinfeksi demam berdarah yang memenuhi kriteria inklusi Serum darah pasien dites menggunakan RT PCR atau isolasi virus di line sel C6 36 atau kenaikan titer antibodi sebagai standar baku dan sedangksn Strip Bio Rad NS 1 Ag digunakan sebagai metode diagnostik yang digunakan dalam penelitian ini SPSS 17 0 merupakan alat statistik yang digunakan dalam riset ini Dari kesuluruhan 68 68 3 pasien terbukti positive terinfeksi dan 34 31 7 merupakan negatif untuk infeksi dengue Sementara itu hanya 54 52 94 pasien yang terdiagnosis positif infeksi dengue pada hari demam ke 4 6 Kinetik NS 1 selama hari demam ke 4 6 terdeteksi masing masing sebanyak 83 64 69 09 and 47 27 Kinetik NS 1 pada pasien dengue infeksi primer sejak hari demam ke 4 sampai dengen 6 terdeteksi sebanyak 100 83 33 dan 75 Secara kontras kinetik NS 1 di pasien degue infeksi sekunder dari hari demam ke 4 6 adalah 73 33 60 dan 26 67 Terdeteksinya NS 1 akan semakin menurun seiring dengan bertambahnya hari demam Antingen NS 1 pada pasien dengue infeksi primer lebih lama keberadaannya dibandingkan dengen pasien dengue infeksi sekunder.

---

NS 1 has been purposed to be use as an early method to diagnose dengue infection because of its appearance in the acute phase of the infection NS 1 is a protein that essential for dengue virus to do the virus replication This study has aimed to determining the kinetic of NS 1 by using Bio Rad NS 1 Ag Strip for dengue infection during day 4 6th of fever in community in Jakarta The entire study was conducted in 36 months March 2010 ndash February 2013 There were 102 suspected dengue infection patients that fulfill the inclusion criteria tested for the NS 1 antigen in their blood serum using RT PCR or isolation of the viruses in C6 36 cell line or increasing antibody titer as the gold standard Meanwhile Bio Rad NS 1 Ag Strip was used as the diagnostic method use in this study Data were analyzed using SPSS 17 0 Overall 68 68 3 patients were considered positive and 34 31 7 patients were negative for dengue infection Meanwhile only 54 52 94 patients were positive at the day 4 6th of fever The kinetic of NS 1 during day 4 6th day of fever were 83 64 69 09 and 47 27 respectively The kinetic of NS 1 in primary patients from day 4 to day 6 were 100 83 33 and 75 respectively In contrast the kinetic of NS 1 in secondary patients from day 4 to day 6 respectively were 73 33 60 and 26 67 The presences of NS 1 antigen were decreasing as the day of fever keeps progressing The availability of NS 1 antigen in primary dengue infected patients was longer than the secondary dengue infected patients."

"Infeksi virus dengue (DENV) merupakan salah satu masalah kesehatan di dunia dengan kejadian yang terus meningkat setiap tahunnya dan sekarang endemik di lebih dari 100 negara. DENV sebagai agen penyebab memiliki ukuran genom ±11kb tersusun dari RNA untai positif yang mengkode 3 protein struktural, 7 protein non-struktural, dan 2 bagian yang tidak ditranslasikan. Protein nonstruktural 1 (NS1) diketahui memiliki peran penting dalam keparahan infeksi DENV, baik secara langsung maupun tidak langsung melalui induksi sitokin yang berlebih. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kemampuan NS1 rekombinan yang diekspresikan oleh plasmid pcNS1 pada sel mamalia CHO-K1 dalam menginduksi sekresi sitokin TNF-α, IL-1 α/β, IL-6, dan IL-10 dari PBMC. Kokultur sel CHO-K1 dengan PBMC dilakukan 48 jam pasca transfeksi dan pengukuran kadar sitokin dilakukan pada supernatan 48 jam pasca ko-kultur dengan menggunakan kit ELISA. Dari kelima sitokin yang dianalisis, sitokin TNF-α, IL-1 α/β, dan IL-10 menunjukkan adanya peningkatan produksi, tetapi tidak halnya dengan IL-6 dibandingkan dengan kelompok kontrol CHO-K1 yang ditransfeksi dengan pcDNA3.1. Namun, peningkatan produksi sitokin ini tidak signifikan secara statistik yang diduga dikarenakan rendahnya kadar protein NS1 rekombinan yang diproduksi dan waktu pengukuran sitokin yang kurang sesuai dengan waktu optimal produksi masing-masing sitokin. Penelitian ini menunjukkan bahwa protein NS1 rekombinan yang diekspresikan oleh pcNS1 mampu menginduksi sitokin pada adherent PBMC.

---

Dengue virus infection (DENV) is one of the health problems in the world with an increasing incidence every year and now is endemic in more than 100 countries. DENV as the causative agent has ±11kb genome size consist of positive strand RNA that encodes 3 structural proteins, 7 non-structural proteins, and two Untranslated Region (UTR). Non-structural protein 1 (NS1) is known to have an important role in the severity of DENV infection, both directly and indirectly through excessive induction of cytokines. This study aims to determine the ability of recombinant NS1 expressed by pcNS1 plasmid in CHO-K1 mammalian cells in inducing the secretion of cytokines TNF-α, IL-1 α/β, IL-6, and IL-10 from PBMC. CHO-K1 cell co-culture with PBMC was carried out 48 hours after transfection and measurements of the cytokine levels were carried out at the supernatant 48 hours after co-culture using an ELISA kit. The five cytokines analyzed, TNF-α, IL-1 α/β, and IL-10 cytokines showed an increase in production, but was not the IL-6 cytokines compared to the CHO-K1 control group transfected with pcDNA3.1. However, the increase of cytokine production is not statistically significant which is possibly due to the low levels of recombinant NS1 protein produced and the cytokine measurement time that is not in accordance with the optimal time of production of each cytokine. This study shows that the recombinant NS1 protein expressed by pcNS1 is able to induce cytokines in adherent PBMC."