Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian: Terdapat dua molekul.DNA ekstrakromosom pada berbagai spesies Plasmodium: elemen DNA linier sebesar 6 kb dan elemen DNA sirkuler 35 kb. Elemen 6 kb pada P. falciparum dan P. yoelii telah lengkap disekuens dan dapat diidentifikasi 3 ORF yang menunjukkan homologi dengan gen cyb, COI dan COAT pada DNA mitokondria, tapi elemen ini tidak memiliki gen tRNA dan hanya memiliki (ragmen rRNA. Peran dan fungsi elemen DNA ekstrakromosom ini belum diketahui secara pasti dan sebagai Iangkah awal untuk mengetahui dan memahaminya adalah dengan membuktikan bahwa elemen 6kb ini diekspresi. Pendekatan yang dilakukan adalah berdasarkan pada penggunaan antibodi yang spesifik sebagai pelacak terhadap produk putatif gen cyb pada elemen 6 kb. Tujuan penelitian ini adalah: (1) mendesain peptida berdasarkan urutan asam amino dad produk putatif gen apositokrom b yang sesuai sebagai imunogen, (2) membuat antibodi antipeptida yang spesifik dan (3) menggunakan antibodi antipeptida sebagai pelacak untuk mencari produk gen dengan teknik western immunoblofting. Antibodi yang ideal harus dapat mengenali protein asli, karena itu peptida dibuat mewakili daerah unik dam mempunyai antigenisitas tinggi. Untuk menginduksi produksi antibodi, peptida sintetik yang telah dikonjugasi dengan protein pembawa disuntikkan pada kelinci. Titer antibodi terhadap peptida ditentukan dengan teknik ELISA Direk. Spesifisitas antibodi antipeptida ditentukan dengan teknik ELISA Direk dan slot blot. Antibodi dengan spesifisitas tinggi digunakan sebagai pelacak untuk mencari produk putatif dengan teknik western immunoblotting. Hasil dan Kesimpulan: Berdasarkan beberapa kriteria dipilih dua daerah dari rangkaian asam amino yang diprediksi dari sekuens gen cyb pada elemen 6 kb, masing-masing mewakili ujung amino (terdiri dad 10 asam amino) dan karboksi (terdiri.dari 12 asam amino). Reaktivitas antiserum terhadap masing-masing konjugat memperlihatkan bahwa ujung karboksi Iebih imunogenik jika dibandingkan dengan ujung amino. Hasil karakterisasi keempat antibodi antipeptida menunjukkan hanya anti KLH-Cyb 365.376 mempunyai spesifisitas tinggi terhadap peptida, sehingga dipilih untuk digunakan dalam penelitian selanjutnya. Karakterisasi lebih lanjut dengan slot blot menunjukkan bahwa anti KLH-Cyb 365.376 bereaksi spesifik dengan protein P. falciparum.. Dengan teknik western immunobloifing memperlihatkan reaksi spesifik anti KLH-Cyb 365.376 dengan polipeptida yang mempunyai mobilitas elektroforetik 66-70 kDa."

"ABSTRACTMalaria adalah penyakit yang ditularkan oleh nyamuk Anopheles yang sudah terinfeksi oleh parasit Plasmodium. Parasit Plasmodium Falciparum yang menjadi penyebab terbesar kasus  malaria di Indonesia memiliki empat fase yaitu Ring, Tropozoite, Schizont, dan Gametocyte. Deteksi fase merupakan langkah yang penting untuk dilakukan karena pengobatan yang diberikan harus sesuai dengan jenis fase yang dialami oleh pasien. Deteksi biasanya dilakukan menggunakan mikroskop atas apusan sel darah merah, namun hal tersebut membutuhkan waktu yang tidak sebentar, sehingga dibutuhkan metode alternatif. Dalam penelitian ini, penulis mengusulkan penggunaan metode segmentasi Otsu Thresholding dan metode preprocessing. Median Filter pada ruang warna HSI dan CIE dalam mendeteksi fase malaria. Data yang digunakan berasal dari Center for Disease Control and Prevention (CDC) dengan total 26 citra. Positive Predictive Value( PPV) dan Sensitivity dipilih sebagi alat ukur untuk mengevaluasi kinerja melalui metode yang diusulkan. Dari hasil eksperimen, didapatkan nilai PPV pada ruang warna HSI mengungguli PPV pada ruang CIE. Sedangkan, pada nilai Sensitivity tidak tampak adanya perbedaan yang signifikan. Sehingga, segmentasi pada ruang warna HSI menghasilkan citra yang lebih baik dibandingkan pada ruang warna CIE.

---

ABSTRACTMalaria is a disease transmitted by Anopheles mosquitoes that has been infected by Plasmodium parasits. Plasmodium Falciparum is the leading cause of Malaria in Indonesia has four phases including Ring, Trophozoite, Schizont, and Gametocyte. Malaria Phase Detection is an important step to be done because the treatment given must be in accordance with the Malaria Phase experienced by the patients. Detection is usually done by using microscope to detect red blood cells, but this method needs a long time, so alternative method is needed. In this research, we present Otsu Thresholding segmentation method and Median Filter preprocessing method on HSI and CIE color space.Positive Predictive Value (PPV) and Sensitivity are chosen as a measurement to evaluate performance of our proposed method. From the experiment result, the PPV value on HSI color space is higher than PPV on CIE color space, while there is not significant different in Sensitivity Value for both color spaces."

"AbstrakOver the past decade, antimalarial drug resistance has rapidly become a major public health problem in South East Asia region including South Sumatra. This study aimed to determine the extent of gene polymorphisms associated with chloroquine resistance (CQR) in P. falciparum isolates from Lahat, Sekayu, Baturaja and Palembang district.Methods: A molecular study was conducted to identify the mutant alleles of the genes associated with the resistance to chloroquine among the isolates of Plasmodium falciparum from South Sumatera. Blood from 25 patients was collected, DNA was isolated, and the sequences of two different genes (Plasmodium falciparum chloroquine resistance transporter/pfcrt and Plasmodium falciparum multidrug resistance/pfmdr1) were analyzed using polymerase chain reaction (PCR) and restriction fragment length polymorphism (RFLP).Results: This study identified polymorphism in the pfcrt 76-Thr in all isolates and pfmdr1 86-Tyr. These findings may reflect the failure of treatment with the standard dose of chloroquine within the last few years in South Sumatera.Conclusion: PCR-RFLP technique provide a simple and rapid method of detecting polymorphisms in genes that may predict chloroquine resistance (CQR). Although the identification of the polymorphism in the pfcrt and pfmdr1 genes provides a significant indicator of CQR, further studies are needed to determine the role of these polymorphisms in the in vivo and in vitro responses to drug treatment."

"Angka parasit dan angka limpa yang biasanya digunakan untuk menentukan keadaan penyakit malaria di suatu daerah mempunyai beberapa kendala. terutama bila diaplikasi di daerah hiper atau holoendemi dimana faktor kekebalan turut memegang peranan penting. Karena itu diparlukan cara lain untuk menutupi kekurangan tsb, misalnya dengan melakukan pemeriksaan seroepidemiologi. Pada penelitian ini dilakukan pemeriksaan seroepidemiologi. 616 serum penduduk berbagai daerah endemi (meso-hiper-holo) diberbagai desa, kecamatan Mimika Timur, Fak-Fak, Irian Jaya, dengan menggunakan antigen stadium skizon P.falciparum yang dikultur secara in vitro sesuai dengan metode Trager & Jansen. Hasilnya menunjukkan 84.1% (5187616) penduduk yang diperiksa mengandung zat anti skizon P.falciparum. Hubungan antara zat anti ini dengan malariometri: yaitu parasitemia menunjukkan bahwa titer positif rata-rata pada kelompok tampa parasitemia lebih tinggi dibandingkan dengan kelompok dengan parasitemia (Mann-WhitneY, P=0.0419), sebaliknya titer positif rata-rata pada kelompok dengan splenomegali lebih tinggi dibandingkan dengan kelompok tanpa splenomegali (Mann--Whitney, P=0.0126). Sadangkan berdasarkan tingkat endemisitas, ditemukan perbedaan bermakna baik angka seropositi.f maupun titer positif rata-rata antara desa meso dengan hiperendemik (chi-square, p=0.00000 ; Kruskal-Wallis, p=0.0000) dan antara: meso dengan holoendemik (chi-square, p=0.0000 ; Kruskal--Wallie, p=0.0000)."

"Ruang lingkup dan cara penelitian: Vitamin A berperan terhadap fungsi mengatur sistem imun tubuh baik imunitas humoral maupun seluler. Kekebalan terhadap infeksi malaria berkembang secara perlahan-lahan tergantung pada intensitas paparan infeksi.Beberapa penelitian melaporkan adanya hubungan terbalik antara kadar retinol darah dengan parasit baik secara kualitatif maupun kuantitatif serta ada tidaknya gejala klinis.Sedangkan tolok ukur keberhasilan pengobatan adalah jumlah parasit dan ada tidaknya gejala Minis. Oleh karena itu dilakukan pengukuran kadar retinol dalam darah terhadap penderita malaria yang telah diberikan pengobatan obat standar malaria (klorokui atau sulfadoksin-pirimetamin) sesuai dengan berat badan penderita.Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui apakah pemberian obat antimalaria akan lebih efcktif pada individu dengan kadar retinol tinggi dibandingkan dengan individu dengan kadar retinol rendah. Penelitian ini merupakan studi nested case control yaitu suatu studi case control yang bersarang pada proses penelitian kohort retrospektif. Sebanyak 69 orang penderita malaria falciparum yang datang berobat ke Puskesrnas Hanura, Lampung Selatan diobati dengan klorokuin atau sulfakksin-pirimetamin (pemberian obat dilakukan secara randomisasi) dengan dosis sesuai dengan berat badan. Pasien tersebut diamati selama 28 hari untuk dilakukan uji in vivo efikasi that malaria sesuai dengan kriteria WHO. Terhadap 56 dari 69 penderita tersebut kemudian diperiksa kadar retinol serum.Basil dan Kesimpulan : Terdapat hubungan yang bermakna antara kadar retinol dengan jumlah parasit (p= 0,028) dan dengan suhu tubuh (p0,026). Sebanyak 48,2% (27156) penderita yang diperiksa kadar retinol berhasil dalam pengobatan, sedangkan 51,8% (29156) penderita gagal dalam pengobatan. Tidak didapatkan perbedaan bermakna kadar retinol dengan keberhasilan pengobatan (p=4,064), tetapi secara klinis kadar retinol z4,7 lcMo1/L mempunyai peluang untuk berhasil dalam pengobatan sebesar 2,857 kali dibandingkan dengan kelompok retinol <0,7 p.MoIIL.Kesimpulan dalam penelitian ini adalah kemungkinan ada pengaruh Minis kadar retinol dengan keberhasilan pengobatan malaria (terutama dengan klorokuin), meskipun secara statistik tidak bermakna, sehingga diperlukan penelitian lebih lanjut dengan sampel yang lebih besar."

"Protein EBA-175 (Erythrocyte binding antigen-175) plasmodium falciparum merupakan ligan yang memperantarai perlekatan merozoit pada residu asam sialat glikoforin A pada eritrosit manusia dan oleh karena itu memegang peranan yang sangat penting pada invasi sel. Gen penyandi protein ini, eba-175 telah dibuktikan memiliki alel dimorfik, FCR (F) dan CAMP (C) yang dilaporkan berkaitan dengan manifestasi klinis malaria. Alel ini ditandai oleh adanya insersi nuleotida sebesar 423 pb pada alel F dan 342 pb pada alel C. Suatu penelitian epidemiologi molekul yang bertujuan untuk menentukan frekuensi distribusi kedua alel tersebut serta kaitannya dengan manifestasi klinis malaria telah dilaksanakan pada isolat-isolat P. falciparum yang dikumpulkan dari pasien-pasien malaria asimptomatik dan simptomatik di Kabupaten Jayapura. Provinsi Papua melalui survei malariometrik dan pengumpulan sampel di pusat-pusat pelayanan kesehatan. Analisis dengan teknik penggadaan DNA (Polymerase chain reaction) 110 isolat dari pasien asimptomatik dan 100 isolat dari pasien simptomatik menunjukkan bahwa alel C merupakan alel yang dominan pada kedua kelompok tersebut, dengan frekuensi distribusi pada malaria asimp-tomatik; alel C: 62.7%, alel C/F: 8%. Uji statistik dengan Chi-square menunjukkan tidak adanya keterkaitan antara alel-alel tersebut di atas dengan manifestasi klinis malaria. Pengobatan kasus malaria dengan obat antimalaria sulfadoksin-pirimetamin (SP) menunjukkan adanya perubahan yang bermakna pada distribusi kedua alel tersebut dan dimana alel C ditemukan berkaitan dengan kegagalan pengobatan SP. Hasil-hasil yang diperoleh berbeda secara bermakna dengan frekuensi distribusi alel gen eba-175 yang dilaporkan di beberapa negara endemis malaria dimana alel F merupakan alel dominan. Dominasi alel C di Papua kemungkinan sebagian dapat dikaitkan dengan resistensi relatif alel tersebut terhadap obat SP."

"Senyawa andrografolida, metabolit sekunder pada tumbuhan Sambiloto (Andrographis paniculata), diketahui memiliki aktivitas antiplasmodia 50% in vitro (IC50) < 10 μM, sehingga layak dijadikan sebagai senyawa pemandu di dalam pencarian dan pengembangan obat antimalaria secara rasional. Enzim farnesil difosfat sintase P. falciparum (PfFPPS) merupakan target yang valid untuk obat antimalaria. Tujuan umum penelitian ini adalah membuktikan membuktikan hipotesis bahwa senyawa turunan andrografolida, yang rancangan strukturnya diperoleh melalui optimasi interaksi maya andrografolida dengan enzim PfFPPS berdasarkan pose penambatan maya substrat dan inhibitornya, memiliki aktivitas antiplasmodia in vitro yang lebih tinggi daripada aktivitas antiplasmodia in vitro andrografolida dan tidak toksik terhadap sel manusia. Melalui optimasi interaksi maya andrografolida dengan enzim PfFPPS berdasarkan pose penambatan maya substrat dan inhibitornya, telah diperoleh rancangan struktur turunan andrografolida yang baru yang berpotensi menghambat enzim PfFPPS. Melalui reaksi esterifikasi terhadap senyawa andrografolida, diperoleh senyawa 3,14-andrografolidabis(4'-kloro)benzoat (18). IC50 senyawa 18 terhadap P. falciparum galur 3D7 adalah: 131,60 μM. Persentase pertumbuhan sel DLD-1 di bawah pengaruh senyawa 18 hingga konsentrasi 63,74 μM adalah lebih dari 100%. Dengan demikian, senyawa turunan andrografolida tersebut memiliki aktivitas antiplasmodia in vitro yang lebih rendah daripada aktivitas antiplasmodia in vitro andrografolida, namun tidak toksik terhadap sel manusia.

---

Andrographolide, a secondary metabolite of Sambiloto (Andrographis paniculata), has a 50% in vitro antiplasmodial activity (IC50) < 10 μM, that it is suitable as a lead compund in an antimalarial drug discovery and development. P. falciparum farnesyl diphosphate synthase (PfFPPS) is a valid target for antimalarial drug. The main objective of this research is to prove the hypothesis that andrographolide derivative, whose design was obtained throughout optimization of virtual interaction between andrographolide and PfFPPS based on the docking pose of its substrates and inhibitor, has a higher in vitro antiplasmodial activity than that of andrographolide and is not toxic towards human cells. Throughout optimization of virtual interaction between andrographolide and PfFPPS based on the docking pose of its substrates and inhibitor, design of novel andrographolide derivatives which are potential to inhibit PfFPPS was obtained. Throughout esterification on andrographolide, an andrographolide derivative was obtained: 3,14-andrographolidebis(4'-chloro)benzoate (18). IC50 of 18 against P. falciparum 3D7 was: 131.60 μM. Percentage of human DLD-1 cell growth under the influence of 18 up to 63.74 μM was more than 100%. Therefore, this andrographolide derivative has lower in vitro antiplasmodial activity than that of andrographolide, but is not toxic towards human cells."

"Metode klasifikasi telah banyak digunakan dalam berbagai aspek, termasuk dalam bidang bioinformatika. Salah satu penggunaan metode klasifikasi ini adalah untuk menentukan tingkatan fase dari sebuah penyakit. Dalam penelitian ini akan dilakukan pengklasifikasian parasit plasmodium falciparum. Parasit tersebut merupakan parasit penyebab penyakit malaria. Penyakit ini dapat ditularkan oleh gigitan nyamuk Anopheles betina yang mengandung plasmodium di dalamnya. Hasil penelitian ini dapat digunakan untuk menentukan fase parasit plasmodium yang berada di sel darah orang yang terjangkit malaria. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui persentase keberhasilan dan menganalisis metode Multiclass Support Vector Machines untuk memprediksi tingkatan parasit tersebut. Data yang digunakan adalah data citra sel darah merah yang telah terjangkit tiga jenis tingkatan parasit plasmodium falciparum. Dalam prosesnya, penelitian ini akan menggunakan Canopy sebagai IDE bahasa pemrograman python. Dari 112 percobaan, didapatkan tingkat akurasi tertinggi sebesar 87,5% untuk metode Multclass SVM one vs rest dan one vs one menggunakan 4-fold cross validation dengan parameter linear kernel dan C=1.

---

Classification methods has been frequently used in various aspects, including bioinformatics. One of its purpose of this classification is to  determine phase level of a disease. This research will classify the phase of plasmodium falciparum parasite which causes malaria.The disease is spread by an infected female Anopheles mosquito which contains Plasmodium. The result of this research could be use to determine Plasmodium parasite phase in infected peoples red blood cells. The purpose of this research is to discover the success rate of Multiclass Support Vector Machines method and analyze it in order to predict the parasite phase levels. The data of this study is image data of red blood cells which was infected by three kinds of Plasmodium falciparum parasite levels. In the process, this study will be using Canopy as Integration Development Environtments of phyton programming language.  From 112 trials, the highest number of accuracy is 87.5% for Multiclass Support Vector Machines one vs rest and one vs all methods which used the 4-fold cross validation with C=1 as parameter for linear kernel."

"Malaria merupakan penyakit fatal yang disebabkan oleh parasit Plasmodium dan ditularkan melalui gigitan nyamuk Anopheles, dengan setengah populasi dunia berisiko terinfeksi. Pada tahun 2021, terdapat 247 juta kasus dan 619.000 kematian akibat malaria, meningkat selama puncak pandemi COVID-19. Komplikasi malaria yang mematikan termasuk malaria serebral, masalah pernapasan, dan kegagalan organ. Penelitian obat anti malaria tradisional menggunakan metode in-vitro yang memakan waktu dan biaya tinggi, sedangkan metode in-silico menawarkan alternatif lebih cepat dan ekonomis, meskipun memiliki keterbatasan. Penelitian ini mengevaluasi interaksi senyawa turunan kuinolon dengan protein target Plasmodium falciparum menggunakan pembelajaran mesin untuk meningkatkan efisiensi prediksi nilai penambatan dengan berbagai model, yaitu K-Nearest Neighbor, Xtra Trees, Xtreme Gradient Boosting, dan Artificial Neural Network. Model menggunakan dua jenis masukan, yaitu SMILES dan deskriptor Alvadesc, yang memberikan informasi struktural dan sifat fisik serta kimia senyawa. Hasil yang didapatkan dari model ini adalah akurasi serta waktu pelatihan model dan kemudian dilakukan perbandingan antara model beserta deskriptornya. Hasil penelitian memperlihatkan AlvaDesc sebagai deskriptor dan model terbaik yaitu Xtreme Gradient Boosting memiliki akurasi yang baik sebesar 83,6% dan waktu 2 menit 05 detik. Hasil rata-rata perbedaan nilai prediksi dengan nilai aktual sebesar 0,23030.

---

Malaria is a fatal disease caused by the Plasmodium parasite and transmitted through the bite of Anopheles mosquitoes, with half of the world's population at risk of infection. In 2021, there were 247 million cases and 619,000 deaths due to malaria, an increase observed during the peak of the COVID-19 pandemic. The deadly complications of malaria include cerebral malaria, respiratory issues, and organ failure. Traditional antimalarial drug research using in-vitro methods is time-consuming and costly, while in-silico methods offer a faster and more economical alternative, despite their limitations. This study evaluates the interaction of kuinolon derivative compounds with the target protein of Plasmodium falciparum using machine learning to enhance the efficiency of docking score predictions with various models, namely K-Nearest Neighbor, Extra Trees, Extreme Gradient Boosting, and Artificial Neural Network. The models use two types of inputs: SMILES and AlvaDesc descriptors, which provide structural and physical-chemical properties of the compounds. The results obtained from these models include accuracy and model training time, and a comparison is made between the models and their descriptors. The study results indicate that AlvaDesc as a descriptor and the Extreme Gradient Boosting model performed the best, achieving good accuracy of 83.6% with a training time of 2 minutes and 05 seconds. The average difference between the predicted and actual values was 0.23030."