Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Kura-kura rote leher ular (Chelodina mccordi, Rhodin 1994) merupakan satwa endemik Indonesia yang hanya ada di Pulau Rote, Nusa Tenggara Timur. Tingginya perdagangan karena keunikan kura-kura rote berupa lehernya yang panjang disertai dengan hilangnya habitat menyebabkan status kura-kura rote menjadi critically endangered and possibly extinct in the wild. Upaya konservasi melalui program reintroduksi telah dilakukan, tetapi hasil pemantauan konvensional tidak menemukan kura-kura rote pada habitat aslinya. Pemantauan menggunakan environmental DNA (eDNA) dapat menjadi opsi alternatif karena deteksi dapat dilakukan berdasarkan spesifisitas dan sensitivitas primer. Penelitian bertujuan mengembangkan primer spesifik untuk deteksi C. mccordi dari sampel air dengan gen NADH Dehydrogenase Subunit 5 (ND5) sebagai target. Primer dirancang dengan ukuran pendek dan memiliki basa unik yang hanya ada pada C. mccordi. Primer diujikan pada air kolam dari C. mccordi, C. expansa, air campuran kedua spesies, serta air kontrol negatif yang tidak mengandung kedua spesies tersebut. Pengujian dilakukan melalui tahap filtrasi, ekstraksi, PCR, sequencing, dan qPCR. Hasil yang diperoleh menunjukkan primer ND5 (UI_Cm_ND5) berhasil mendeteksi C. mccordi dengan nilai sensitivitas 75% dan spesifisitas 100%. Hal tersebut menunjukkan primer ND5 dapat digunakan untuk mendeteksi eDNA C. mccordi dari sampel air. Penelitian lebih lanjut diperlukan untuk membandingkan sensitivitas dan spesifisitas primer ND5 dengan gen target lain.  ......The snake-necked rote turtle (Chelodina mccordi, Rhodin 1994) is an endemic animal to Indonesia that only distributed on Rote Island, East Nusa Tenggara. Uncontrolled trade due to the uniqueness of its long neck form accompanied by loss of habitat has caused the status of the rote turtles to become critically endangered and possibly extinct in the wild. Conservation efforts through a reintroduction program have been carried out, but traditional monitoring did not found their existence in natural habitat. Monitoring via environmental DNA (eDNA) can be an alternative approach as the detection based on the specificity and sensitivity of the species specific primer. This study aims to develop specific primers for the detection of C. mccordi from water samples with the NADH Dehydrogenase Subunit 5 (ND5) gene as the target. The primer was designed to be short and has a unique base that is only found in C. mccordi. The primer was tested on pond water from C. mccordi, C. expansa, water mixed with the two, as well as negative control water that did not contain these two species. Validation was performed through filtration, extraction, PCR, sequencing and qPCR steps. The results showed that the ND5 primer (UI_Cm_ND5) successfully detected C. mccordi with a sensitivity of 75% and a specificity of 100%. This result support the ND5 primer as genetic marker to detect the presence of C. mccordi eDNA from water samples. Further studies are needed to compare the sensitivity and specificity of ND5 primers with other target genes.

Abstrak :
Kura-kura leher ular rote (Chelodina mccordi, Rhodin 1994) merupakan spesies endemik Pulau Rote, Nusa Tenggara Timur, Indonesia, dengan status konservasi kritis (critically endangered and Possibly Extinct in the Wild). Upaya reintroduksi kura-kura tersebut sudah dilakukan, tetapi keberadaan individu C. mccordi tetap tidak terdeteksi di alam. Pendekatan environmental DNA (eDNA) menjadi metode nonivasit alternatif untuk pendeteksian dan pemantauan spesies tersebut. Pengembangan metode pendeteksian eDNA C. mccordi memerlukan markah (primer) spesies spesifik agar dapat mengidentifikasi dengan akurat keberadaan DNA target pada sampel. Penelitian bertujuan untuk mengembangkan primer spesies spesifik untuk markah gen Cytochrome b (Cyt b) dalam pendeteksian eDNA C. mccordi. Primer dirancang berdasarkan urutan nukleotida gen Cyt b dari C. mccordi dengan spesies Chelodina lain. Pengujian primer dilakukan menggunakan sampel air yang mengandung DNA target untuk mengevaluasi spesifitas dan sensitivitas primer. Sampel air yang sudah terekstrak kemudian diproses dengan teknik Quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) dan High Resolution Melting (HRM). Hasil penelitian menunjukkan bahwa primer desain (UI_Cm_Cytb) berhasil mengidentifikasi keberadaan C. mccordi dalam sampel. Nilai sensitivitas dan spesifitas primer tergolong tinggi, yaitu 87,5% dan 100%, serta primer tersebut dapat digunakan dalam pendeteksian eDNA C. mccordi dari sampel air. Primer perlu dilakukan optimasi lebih lanjut terkait pendeteksian kelimpahan individu. ......The Rote snake-necked turtle (Chelodina mccordi) is an Indonesia endemic species with critically endangered and Possibly Extinct in the Wild status. Attempts to reintroduce this turtle have been conducted, however the tracking of C. mccordi individuals in their natural habitat has not been observed. The environmental DNA (eDNA) is an alternative non-invasive method for detection and monitoring of this species. The development of an eDNA method for detection of C. mccordi requires species-specific markers in order to accurately identify the presence of target DNA in the sample. This study aims to develop species-specific primers using the Cytochrome b (Cyt b) as molecular marker for the detection of eDNA from C. mccordi. The specificity and sensitivity of the primers were evaluated using water samples containing C. mccordi and their related species. The extracted eDNA from water samples are then processed using Quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) and High-Resolution Melting (HRM) techniques. The results showed that the design primer (UI_Cm_Cytb) was successful for detection the presence of C. mccordi from the samples. The sensitivity and specificity values of the primers are relatively high, namely 87.5% and 100%. Futhermore, the primer needs to be optimized and tested regarding the individual abundance in sample.

Abstrak :
Kura-kura rote leher ular (Chelodina mccordi) merupakan spesies endemik dari Pulau Rote, yang tergolong Critivally Endangered-Possibly Extinc in the Wild (CRPEW) berdasarkan IUCN. Rendahnya kepadatan C. mccordi menjadi tantangan dalam pemantauan secara visual, sehingga dibutuhkan pendekatan molekuler sebagai metode alternatif. Namun, primer spesifik untuk C. mccordi belum pernah dikembangkan. Penelitian dilakukan dengan mengembangkan markah genetik yang menargetkan gen ND2 mtDNA pada sampel eDNA dari air melalui metode qPCRHRM, serta menguji sensitivitas dan spesifisitas primer. Bahan uji yang digunakan adalah air kolam C. mccordi, C. expansa, campuran (C. mccordi dan C. expansa), dan air keran. Hasil perancangan primer didapat panjang produk 179 bp dengan menganalisis basa unik yang hanya diekspresikan oleh C. mccordi. Analisis kualitatif dengan PCR dan visualisasi elektroforesis, serta validasi dengan sekuensing menunjukkan primer memiliki spesifisitas yang tinggi terhadap C. mccordi. Primer yang dirancang hanya mampu mengamplifikasi hingga dilusi 3 tingkat dengan faktor dilusi 10x. Efisiensi primer tergolong baik dengan nilai 100%, dan persamaan regresi linear (y= -3,32x + 34,127), serta R2 sebesar 0,9801. Analisis HRM dilakukan untuk mendeterminasi C. mccordi berdasarkan suhu luruh (80—81˚C). Hasil pengujian sensitivitas dan spesifisitas sebesar 81,25% dan 62,5% menunjukkan bahwa primer tidak direkomendasikan untuk analisis kuantitatif dengan qPCR-HRM. Pengembangan desain primer spesifik-spesies perlu dirancang kembali dengan gen target lain seperti COI dan Cyt-b untuk pendeteksian C. mccordi melalui eDNA. Meskipun demikian, primer yang dirancang tetap bisa digunakan untuk analisis kualitatif. ......The Roti Island Snake-necked Turtle (Chelodina mccordi) is an endemic species of Roti Island, classified as Critically Endangered-Possibly Extinct in the Wild (CRPEW) according to the IUCN. The low density of C. mccordi poses a challenge for visual monitoring, necessitating a molecular approach as an alternative method. However, specific primers for C. mccordi have not been developed. The research involved the development of genetic marker targeting the ND2 mtDNA gene in eDNA samples from water using the qPCR-HRM method and testing the sensitivity and specificity of the primers. Test materials included water from C. mccordi, C. expansa, a mixture (C. mccordi and C. expansa), and tap water. The designed primer obtained a product length of 179-bp by analyzing unique bases specific to C. mccordi. Qualitative analysis with PCR and electrophoresis visualization, then validated by sequencing, showed high primer specificity for C. mccordi. The designed primers could only amplify up to a 3-level dilution with a 10x dilution factor. The qPCR reaction efficiency was considered good at 100%, with a linear regression equation (y = -3.32x + 34.127) and an R2 of 0.9801. HRM analysis was carried out to determine C. mccordi based on the melting temperature (80—81˚C). Sensitivity and specificity test results of 81.25% and 62.5% indicated that the primers are not recommended for quantitative analysis with qPCR-HRM. The redesign of species-specific primer with other target genes such as COI and Cyt-b for C. mccordi detection via eDNA is needed. Nevertheless, the designed primers can still be used for qualitative analysis.