Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKDemam dengue adalah penyakit menular yang ditransmisikan oleh nyamuk Aedes aegypti. WHO melaporkan bahwa wilayah Asia tenggara dan daerah Pasifik barat menanggung hampir 75% penyakit dengue secara global. Virus dengue menimbulkan ancaman global yang mempengaruhi 3,9 milyar orang di 128 negara dengan perkiraan 2,1 juta kasus demam berdarah dengue dan 21.000 kematian per tahun di seluruh dunia. Pada tahun 2015 tercatat terdapat 126.675 kasus DBD di 34 provinsi di Indonesia, dengan 1.229 orang di antaranya meninggal dunia. Enzim alfa-glukosidase merupakan target antiviral yang valid untuk enveloped virus. Inhibisi enzim RE alfa-glukosidase akan mengganggu proses pematangan dan fungsi glikoprotein envelop pada virus. Hal ini  menghambat proses perakitan partikel virus dan sekresinya. Hasil penelitian membuktikan bahwa inhibisi enzim alfa-glukosidase II  cukup dalam aktivitas antiviral sel inang  melawan demam dengue secara in vitro dan in vivo. Penemuan obat berbasis fragmen telah menjadi metode untuk menemukan kandidat obat baru. Pendekatan metode ini pertama-tama adalah mengidentifikasi fragmen yaitu molekul sangat kecil yang memiliki ukuran setengah dari ukuran obat-obatan secara umum. Fragmen-fragmen kemudian ditautkan bersama untuk membentuk obat baru. Pada penelitian ini digunakan enzim RE alfa-glukosidase II dengan kode 5IED. Sebanyak 281 senyawa baru berhasil diciptakan secara komputasi berdasarkan struktur 3D protein 5IED. Setelah dilakukan simulasi penambatan molekuler, uji toksisitas, uji druglikeness, uji farmakokinetika dan analisis interaksi protein-ligan, dipilih tiga senyawa terbaik yaitu LB.5 G2D, LO.1 G2D dan LX.23 G2D. Studi dinamika molekuler menunjukkan tiga residu asam amino yang berperan penting dalam pengikatan ligan LX.23 G2D dengan protein 5IED yaitu Asp451, Met565 dan Asp640.

---

Dengue fever is a contagious disease transmitted by Aedes aegypti mosquitoes. WHO reported that south east Asia and the western Pacific region bear nearly 75% of global dengue diseases. The dengue virus poses a global threat affecting 3.9 billion people in 128 countries with an estimated 2.1 million cases of DHF / DSS and 21,000 deaths per year worldwide. In 2015 there were 126,675 dengue cases recorded in 34 provinces in Indonesia, with 1,229 of them dying. The alpha-glucosidase enzyme is a valid antiviral target for enveloped viruses. Inhibition of ER alpha-glucosidase enzyme will interfere the maturation process and function of viral envelope glycoproteins. This inhibits the process of assembling virus particles and their secretions. Inhibition of ER alpha-glucosidase II enzyme is sufficient in antiviral activity of host cells against dengue fever in vitro and in vivo. Fragment-based drug discovery (FBDD) has become a tool for discovering drug leads. The approach first identifies fragments, tiny molecules, which are about half size of common drugs. The fragments are then linked together to generate drug leads. This research used ER alpha-glucosidase II enzyme with PDB ID 5IED. As much as 281 new compounds were developed computationally based on 3D structure of 5IED protein. After molecular docking simulations, toxicity tests, druglikeness tests, pharmacokinetic tests and protein-ligand interactions analyses, three best ligands were chosen namely LB.5 G2D, LO.1 G2D and LX.23 G2D. An LX.23 G2D molecular dynamics simulation showed that three amino acid residues played a very important role in ligand binding to 5IED protein. The amino acid residues were Asp451, Met565 and Asp640.     

"

"ABSTRAKTujuan dari penelitian ini adalah untuk untuk mengetahui parameter mana yang paling berpengaruh terhadap efisiensi biaya operasional di sisi hilir bisnis CNG dengan menggunakan pendekatan dinamika sistem. Metode yang digunakan untuk mengetahui detail proses bisnis dan informasi yang dibutuhkan adalah melalui wawancara dengan bagian operasional, penjualan sampai dengan level manager termasuk kunjungan ke lapangan. Dari hasil simulasi terhadap model dinamika sistem yang sudah dibuat diperoleh kesimpulan bahwa parameter yang paling berpengaruh dalam menentukan besarnya biaya operasional adalah pengadaan peralatan PRS yang merupakan peralatan untuk menurunkan tekanan gas serta sewa jasa transportasi kepada pihak ketiga. Berdasarkan hasil simulasi, peningkatan profit yang bisa diperoleh adalah sebesar 20.5% dengan menurunkan masing-masing biaya PRS dan sewa transportasi sebesar 10%. Sehingga perusahaan harus melakukan efisiensi pengadaan PRS dan penurunan harga sewa jasa transportasi melalui negosiasi harga atau melakukan investasi kendaraan angkut CNG untuk meningkatkan efiensi biaya operasional, dan dengan jumlah volume gas yang diangkut saat ini, hal tersebut sangat memungkinkan

---

ABSTRACTThe focus of this research is to find the most influencing parameters relating to operational cost efficiency in downstream CNG business by using system dynamics approach. Method used to dig down business process and its neccessary detailed information are by in-depth interview with people responsible in sales and daily operations, from staff to managerial level, including site visit to the field to understand the process better. Simulation of system dynamics yields that the most dominating factor that greatly affect the operational cost are PRS procurement and high transportation fee burdened by third party. Based on simulation result, profit enhancement reached can be 20.5% through cost reduction of PRS and transportation cost of up to 10%. Therefore the company shall create more efficient PRS procurement, redesign the PRS without sacrificing safety factor and renegosiate transportation fee with third party or do the investment of CNG trailer to help increasing operational cost effiency, which is possible due to amount of gas volume transported by the company in daily basis."

"Biopelumas berbahan dasar metil ester dari minyak kelapa sawit (POME) adalah salah satu pelumas alternatif yang paling mungkin dikembangkan saat ini karena berasal dari minyak tumbuhan yang ketersediaannya tidak terbatas. Sementara itu, MXene, material baru berdimensi dua, belum banyak diaplikasikan sebagai zat aditif ke dalam pelumas terutama biopelumas. Menggunakan pendekatan simulasi dinamika molekuler, kestabilan MXene didalam POME beserta sifat termofisika campurannya akan diprediksikan. Kedalam campuran POME-MXene kemudian ditambahkan juga partikel nano unggul lainnya yaitu Al2O3. Dengan visualisasi, fenomena interaksi secara atomik yang terjadi diantara; POME-MXene, MXene- Al2O3 dan POME-MXene/Al2O3 dapat diketahui. Prediksi kestabilan, densitas, koefisien difusi dan konduktivitas termal dihasilkan dengan metode Equilibrium Molecular Dynamics (EMD) sedangkan metode Non-Equilibrium Molecular Dynamics (NEMD) diterapkan untuk memprediksikan nilai viskositas. Potensial Condensed-phase Optimized Molecular Potential for Atomistic Potential Studies (COMPASS) yang dihibridisasi dengan potensial sederhana LJ 12-6 digunakan untuk mendefinisikan interaksi intra dan inter-molekular pada molekul MXene, Al2O3 serta campuran POME-MXene/Al2O3. Dibandingkan dengan hasil uji laboratorium, didapatkan deviasi rata-rata kurang dari 10% sehingga sifat termofisika pada POME dapat diprediksikan dengan baik. Hasil visualisasi yang diperoleh mampu menjawab bagaimana mekanisme dan bentuk agregasi nanopartikel dalam POME, sehingga dapat menjelaskan sifat termofisika yang khas pada campuran POME dan MXene beserta hibridisasinya. Terutama nilai konduktivitas termal yang semakin turun seiring naiknya temperatur.......Due to its sustainable resources, Palm Oil Methyl Ester-based lubricants (POME) is one of the alternative lubricants most likely to be developed today. In this study, POME was reinforced by a novel 2D nanomaterial, MXene and other prominent nano material Al2O3. Using molecular dynamics simulation, the stability of MXene in POME and its thermophysical properties were predicted. The predicted interaction between two different dimension (MXene-Al2O3) were also covered. With visualization, other phenomenon of atomic interactions that occur between; POME-MXene and POME-MXene/Alumina were revealed. Predictions of stability, density, diffusion coefficient and thermal conductivity were generated by EMD method while the NEMD method was applied to predict viscosity values. COMPASS which was used to define intra-molecular interactions of POME was hybridized with the simple potential LJ 12-6 which defines the intra and inter-molecular interactions of MXene, Alumina and POME-MXene/Alumina molecules. Compared to laboratory test results, the average deviation is less than 10% so that the thermophysical properties of POME in a good agreement. The visualization results obtained were able to answer how the mechanism and form of nanoparticle aggregation in POME, so as to explain the thermophysical properties typical of the mixture of POME and MXene and its hybridization. Especially the value of thermal conductivity that decreases as the temperature rises."

"Liposom adalah teknologi pengiriman obat untuk meningkatkan kemanjuran dan keamanan obat. Liposom adalah vesikel amphiphilic yang memiliki bagian kutub dan non-kutub. Ini memungkinkan liposom untuk membawa obat-obatan hidrofilik dan hidrofobik. Kafein adalah zat psikoaktif yang disebut xanthine alkaloid yang memiliki sifat penetrasi kulit yang buruk. Ini karena kafein memiliki sifat hidrofilik. Jadi untuk meningkatkan konsentrasi kafein di lapisan kulit yang lebih dalam, diperlukan vesikel seperti liposom. Proses pembuatan liposom konvensional membutuhkan waktu lama, rumit dan dapat menghasilkan racun dari residu pelarut organik yang digunakan. Simulasi dinamika molekul dapat mengatasi keterbatasan pembuatan liposom konvensional dengan memvisualisasikan ikatan molekul dan menganalisis sifat-sifat liposom berdasarkan interaksi antar ikatan. Molekul kafein akan dikombinasikan dengan molekul kolesterol dan fosfolipid DPPC (1,2-dipalmitoyl-sn-glycero-3-phosphocholine). Simulasi dinamika molekul dilakukan pada Kafein dan liposom dengan komposisi Kolesterol - DPPC (1: 1; 1: 2; 1: 4) yang dipanaskan oleh 323 K dalam kotak virtual 100 Å dan diproduksi pada 125 ns. Sistem akan diproses menggunakan kuning. Visualisasi menghasilkan ikatan antar molekul untuk membentuk koleksi padat, ikatan tidak sempurna antar molekul dalam bentuk bola berlubang. Ini karena keterbatasan komputer dan kebutuhan untuk pelarut yang cocok. Sedangkan hasil analisis yang diperoleh dari ketiga liposom di atas stabil pada 323 K dan Kolesterol-DPPC (1: 4) memiliki ikatan paling padat dan volume terkecil adalah 44,7 Å X 43,4 Å X 58,8 Å (X, Y, Z). Energi potensial dari ketiga liposom akan berkurang yang menunjukkan keseimbangan energi di semua liposom.

---

Liposomes are a drug delivery technology to improve the efficacy and safety of drugs. Liposomes are amphiphilic vesicles that have polar and non-polar sections. This allows the liposome to carry hydrophilic and hydrophobic drugs. Caffeine is a psychoactive substance called xanthine alkaloid which has poor skin penetration properties. This is because caffeine has hydrophilic properties. So to increase the concentration of caffeine in the deeper layers of the skin, vesicles such as liposomes are needed. The process of making conventional liposomes takes a long time, is complicated and can produce toxins from the residues of organic solvents used. Molecular dynamics simulations can overcome the limitations of making conventional liposomes by visualizing molecular bonds and analyzing the properties of liposomes based on interactions between bonds. Caffeine molecules will be combined with cholesterol molecules and DPPC phospholipids (1,2-dipalmitoyl-sn-glycero-3-phosphocholine). Molecular dynamics simulations were carried out on Caffeine and liposomes with Cholesterol-DPPC composition (1: 1; 1: 2; 1: 4) heated by 323 K in a 100 Å virtual box and produced at 125 ns. The system will be processed using yellow. Visualization produces bonds between molecules to form solid collections, imperfect bonds between molecules in the shape of a hollow ball. This is due to computer limitations and the need for suitable solvents. While the analysis results obtained from the three liposomes above are stable at 323 K and Cholesterol - DPPC (1: 4) has the densest bond and the smallest volume is 44.7 Å X 43.4 Å X 58.8 Å (X, Y, Z). The potential energy of all three liposomes will decrease which shows the energy balance in all liposomes."

"ABSTRAKDiabetes merupakan penyakit yang dikarakterisasi dengan meningkatnya kadar gula darah yang yang diakibatkan defisiensi insulin, resistensi insulin atau keduanya. Pengobatan diabetes berfokus pada insulin, dimana efikasinya dapat berkurang seiring penyakit berprogresi. Golongan penghambat Sodium-Glucose Linked Transporter 2 (SGLT2) merupakan golongan obat diabetes baru dengan mekanisme pengaturan kadar glukosa darah independent dari insulin, ditambah khasiat menurunkan resiko kardiovaskular dan berat badan. Fakultas Farmasi Universitas Indonesia berkontribusi dalam pengembangan golongan obat ini dengan metode in silico melalui penapisan virtual berbasis ligan berdasarkan gugus farmakofor dari pangkalan data tanaman herbal Indonesia, dan penapisan virtual berbasis struktur dengan model homologi hSGLT2 dari pangkalan data ZINC15. Hasil penapisan virtual tersebut dilakukan identifikasi lebih lanjut dengan simulasi dinamika molekuler selama 20 nanodetik untuk memperoleh perkiraan yang paling mendekati kondisi eksperimental. Sebelum simulasi, dilakukan pemerolehan model interaksi pada hasil penapisan virtual berbasis ligan dilakukan dengan penambatan molekuler dengan AutoDock terhadap makromolekul hasil pemodelan homologi dari SWISSMODEL. Interaksi ligan-reseptor dilihat dari interaksi hidrogen dan energi bebas ikatan ligan dibandingkan kontrol positif dengan MM/PB(GB)SA. Hasil studi dinamika molekuler menunjukkan empat senyawa dengan ∆G MM/PB(GB)SA lebih kecil dibanding kontrol positif, diantaranya zinc000146809581, cucumerin A, zinc000038175116, dan zinc000095913941 dengan jumlah ikatan hidrogen yang lebih banyak atau dapat bersaing dengan kontrol positif.

---

ABSTRACT

Diabetes is a non-communicable disease that is characterized by the rising of blood glucose due to deficiency of insulin, insulin resistance, or both. Pharmacological treatment of diabetes mainly focuses on insulin, which decreases in efficacy once the disease progresses. SGLT2 inhibitors are diabetic treatments available in recent years with blood glucose control mechanism independent from insulin. Two in silico research were done in Faculty of Pharmacy from Universitas Indonesia to find more compounds of potential SGLT2 inhibition action by virtual screening of ligand based on Indonesian Herbal Database, dan of structure-based on the ZINC herbal database. In this study, the docked interaction models of the compounds acquired from those two virtual screening methods are analyzed for their ligand-receptor interactions by 20 nanoseconds of molecular dynamic simulations, with the ligand-based virtual screening results were first docked with macromolecule from homology modelling. The ligand-receptor interactions are observed by its calculated binding free energy and their hydrogen interactions with the protein, compared with known drugs of SGLT2 inhibitors as positive controls. The result of this study has shown four compounds with lower ∆G MM/PB(GB)SA than the positive controls, cucumerin A, zinc000146809581, zinc000038175116, and zinc000095913941 with more or comparable hydrogen interactions with positive controls.

"

"Perpindahan kalor selalu terjadi dalam kehidupan sehari-hari manusia dan dapat dirasakan manfaatnya maupun kerugiannya. Perpindahan kalor sendiri terbagi menjadi tiga menurut media perantaranya, yaitu konduksi, konveksi, dan radiasi. Salah satu contoh kasus dimana terdapat ketiga proses dari pepindahan panas adalah saat terjadi kebakaran dalam suatu ruangan. Saat kebakaran, panas dari api akan berpindah ke lingkungan sekitar dan mengenai benda-benda di sekitarnya dengan radiasi, konduksi, dan konveksi. Kalor yang berpindah melalui radiasi tentunya tidak memerlukan media penghantar karena kalor tersebut berpindah dalam bentuk gelombang elektromagnetik dan dapat berpindah sampai jarak yang jauh. Jarak, faktor pandang, dan penempatan dari suatu benda akan mempengaruhi besarnya radiasi yang akan diterima dari kalor api. Oleh karena itu, untuk menguji pengaruh dari jarak, faktor pandang dan penempatan benda terhadap radiasi dirancang alat dengan sensor fluks kalor multi-axis. Alat dengan sensor fluks kalor multi-axis atau dengan nama Radiometer Multi-Axis akan dirancang yang kemudian akan diuji untuk mengetahui hasil dari rancangan. Alat disebut Multi-Axis karena meja kerja dari alat dapat diputar 90o. Pengujian dari alat akan meliputi temperatur pemanas, jarak sensor terhadap pemanas, offset sensor terhadap pemanas, sudut pandang sensor terhadap pemanas, dan orientasi meja kerja alat. Hasil dari pengujian jarak dan offset divalidasi dengan perhitungan teoritis dan simulasi numerik Fire Dynamics Simulation. Hasil dari pengujian memiliki tren yang sama dengan perhitungan teoritis dan simulasi Fire Dynamics Simulation. Hasil dari penelitian ini juga menunjukkan bahwa jarak dan sudut pandang benar berpengaruh terhadap fluks radiasi yang diterima. ......Heat transfer always occurs in the daily life of human beings and can be felt its benefits as well as disadvantages. Heat transfer itself is divided into three according to medium, namely conduction, convection, and radiation. One example of a case where there is a third process of heat transfer is the event of a fire in a room. During a fire, the heat from the fire will travel into the surrounding environment and affect the objects around it with radiation, conduction, and convection. Heat that travels through radiation certainly does not require a medium of delivery because the heat is traveled in the form of electromagnetic waves and can travel to a very long distance. Distance, view factor, and placement of an object will affect the amount of radiation to be received from the heat of fire. Therefore, to examine the effect of distance, the viewing factor and the placement of objects against radiation, writer designs a multi axis heat flux sensors. Instrument with multi axis heat flux sensors or by the name of a Multi Axis Radiometer will be designed which will then be tested to determine the results of the design. Instrument called Multi Axis because the workbench of the instrument can be rotated 90o. Testing of the apparatus will include the heating temperature, the distance of the sensor to the heater, the sensor offset to the heater, the viewing angle of the sensor to the heater, and the orientation of the workbench. The results of testing distance and offset are validated by the theoretical calculations and numerical simulations of Fire Dynamics Simulation. The results of the test have the same charts trend with the theoretical calculations and simulations of Fire Dynamics Simulation. The results of this study also indicate that the distance and point of view affect the received radiation flux."

"ABSTRAKHidrogen telah diketahui sebagai faktor penting untuk produk semikondukor silikon. Silikon sebagai material yang paling melimpah dan layak sebagai semikonduktor membutuhkan kondisi layak untuk didapatkan sifat listrik dan optik yang tepat. Fenomena adsorpsi hidrogen pada silikon telah dipelajari menggunakan simulasi komputasi dan eksperimen oleh para peneliti. Simulasi dinamika molekuler menggunakan potensial Lennard-Jones telah dilakukan untuk mendemonstrasikan kemampuan adsorpsi hidrogen permukaan silikon (001) dan (111) dengan variasi temperatur sebesar 233 K, 253 K, 273 K, dan 293 K yang diterapkan pada tekanan 1, 2, 5, 10, dan 15 atm. Berdasarkan hasil simulasi, didapatkan jumlah hidrogen yang diadsorpsi oleh permukaan silikon meningkat apabila jumlah panas dalam sistem berkurang. Tanpa meninjau aspek entropi, permukaan kristal Si (001) memiliki kemampuan adsorpsi lebih tinggi dibandingkan Si (111) disebabkan oleh energi bebas permukaan yang lebih tinggi. Hal tersebut jelas terlihat pada tekanan 15 atm dibandingkan variasi tekanan lainnya Kapasitas adsorpsi paling tinggi dimiliki oleh Si (001) 233 K pada 15 atm dengan jumlah konsentrasi hidrogen teradsorpsi 0,166430075% wt., dan paling rendah dimiliki oleh Si (111) 293K pada 1 atm senilai 0,004759865% wt.

---

ABSTRACTHydrogen was known as important factor for silicon semiconductor product. Silicon as the most abundant and feasible material for semiconductor needs precisely proper condition to have the exact optical and electrical properties. The hydrogen adsorption on silicon phenomena had been studied through computational simulations and experiment by researchers. Molecular dynamics simulation using a Lennard-Jones potential was conducted to demonstrate the hydrogen adsorption capability of silicon surface (001) and (111) with various temperatur applied, 233 K, 253 K, 273 K, and 293 K at pressure 1, 2, 5, 10, dan 15 atm. The amount of hydrogen adsorbed by silicon surfaces were higher as the amount heat of the system decreases. Without considering entropy, Si (001) had higher adsorption capability due to its higher energy surface than Si (111). It had shown where the pressure was at 15 atm, the difference seemed way more obvious than other pressure condition. Si (001) on 233 K at 15 atm had the highest adsorption capacity with 0,17% wt., of hydrogen. The lowest amount of hydrogen capacity was achieved by Si (111) on 293 K at 1 atm with 0,0048% wt."

"Demam berdarah merupakan penyakit infeksi yang disebabkan oleh virus dengue dengan tipe DENV-1, DENV-2, DENV-3, dan DENV-4. Antigen dari masing-masing tipe virus berbeda-beda, sehingga sampai saat ini belum ditemukan obat-obatan paten yang ampuh dalam melawan virus dengue. Penelitian secara in silico dilakukan sebagai penelitian pendahuluan untuk mempermudah pencarian senyawa penuntun untuk dilanjutkan pengujian secara in vitro dan in vivo. Senyawa bioflavonoid diantaranya fisetin, galangin, dan myricetin. Penelitian dilakukan untuk melihat potensi ligan fisetin, galangin, dan myricetin di mana variabel kontrol adalah quercetin terhadap Rdrp dari virus dengue. Metode penelitian menggunakan penambatan molekuler dan dinamika molekuler. Hasil simulasi senyawa flavonol dibandingkan dengan quercetin, dengan parameter penilaian penambatan molekuler, energi ikatan, Root Mean Square Deviation (RMSD), Root Mean Square Fluctuation (RMSF), dan kontak ligan-target. Hasil nilai penambatan molekuler untuk masing-masing ligan terendah yaitu myricetin, fisetin, quercetin, dan galangin dengan nilai docking score berturut-turut yaitu -10,145 kcal/mol, -9,796 kcal/mol, -8,513 kcal/mol, dan -8,036 kcal/mol. Hasil MM-GBSA energi ikatan terbaik adalah ligan fisetin, quercetin, myricetin, dan galangin dengan nilai ikatan energi bebas secara berturut-turut yaitu -60,65 kcal/mol, -57,83 kcal/mol, -57,19 kcal/mol, dan -51,36 kcal/mol. Hasil dari studi ini memprediksi bahwa quercetin tetap menjadi inhibitor terhadap target RNA dependent RNA polymerase (Rdrp) yang lebih baik dibandingkan Fisetin, Galangin, dan Myricetin.......Dengue fever is an infectious disease caused by the dengue virus with types DENV-1, DENV-2, DENV-3, and DENV-4. The antigen of each virus type is different, so that until now there has not been found any patent drugs that are effective against the dengue virus. In silico research was conducted as a preliminary study to facilitate the search for guiding compounds to be continued in vitro and in vivo testing. Bioflavonoid compounds include fisetin, galangin, and myricetin. The study was conducted to see the potential of fisetin, galangin, and myricetin ligands in which the control variable was quercetin against Rdrp from the dengue virus. The research method uses molecular docking and molecular dynamics. The simulation results of flavonol compounds were compared with quercetin, with parameter value of the docking score, bond energy, Root Mean Square Deviation (RMSD), Root Mean Square Fluctuation (RMSF), and contact ligand-target. The results of the lowest molecular docking values for each ligand were myricetin, fisetin, quercetin, and galangin with docking scores of -10.145 kcal/mol, -9.796 kcal/mol, -8.513 kcal/mol, and -8.036 kcal/mol respectively. The best binding energy MM-GBSA results were ligands fisetin, quercetin, myricetin, and galangin with free energy bond values -60.65 kcal/mol, -57.83 kcal/mol, -57.19 kcal/mol, and -51.36 kcal/mol respectively. The results of this study predict that quercetin remains a better inhibitor against RNA dependent RNA polymerase (RdRp) targets than Fisetin, Galangin, and Myricetin"

"Perkembangan studi genomik dan proteomik disertai dengan ilmu komputasi dapat memfasilitasi penemuan berbagai target protein dan inhibitor yang potensial untuk dikembangkan sebagai obat. Beberapa penelitian menggunakan metode molecular docking telah dilakukan untuk merancang dan menemukan ligan peptida siklis disulfida yang dapat berperan sebagai inhibitor potensial untuk NS3-NS2B protease virus dengue dengan serotype DENV-2 yang dapat menghambat proses replikasi virus. Pada penelitian ini mempelajari dan mengevaluasi interaksi ligan terhadap enzim dalam keadaan terhidrasi menggunakan metode simulasi dinamika molekul pada dua temperatur berbeda. Simulasi dilakukan terhadap dua inhibitor peptida siklis disulfida yaitu KRK dan RKR serta peptida linier Bz-Nle-K-R-R-H sebagai ligan standar. Diperoleh bahwa pergerakan dinamis yang dimiliki ketiga kompleks ligan-enzim dalam keadaan terhidrasi mempengaruhi interaksi ligan terhadap residu asam amino enzim. Ligan RKR merupakan ligan yang memiliki afinitas paling baik terhadap enzim dibandingkan ligan KRK dan standar. Ditunjukkan dengan interaksi ligan terhadap sisi aktif enzim yang tetap terbentuk selama simulasi dilakukan. Pada akhir simulasi temperatur 300 K, ligan RKR memiliki kontak residu dengan His51 dan berikatan hidrogen dengan Asp75. Kemudian pada akhir simulasi temperatur 312 K, ligan RKR dapat berikatan hidrogen dengan Asp75. Konformasi yang terlihat berbeda pada enzim memperlihatkan perilaku dinamis enzim dalam pelarut dan adanya pengaruh kehadiran inhibitor.......Development of genomic and proteomic studies coupled with computational sciences could facilitate the discovery of various target proteins and potential inhibitor to be developed as drugs. Several researchs by molecular docking method have been conducted to design and discover disulfide cyclic peptide ligand which become potential inhibitors for NS2B-NS3 protease of dengue virus with serotype DENV-2 in order to inhibit replication of dengue virus. This research study and evaluate the interaction of ligands and the enzyme in the hydrate state using molecular dynamics simulations at two different temperatures. Simulations performed on two disulfide cyclic peptide inhibitors namely KRK and RKR along with one linear peptide Bz-Nle-K-R-R-H as a standard ligand. The result provided that dynamic movement of three proposed ligand in the hydrate state affecting ligand interaction of the enzyme amino acid residues. RKR ligand has the best affinity to the enzyme than the KRK and the standard ligand. It is shown by the ligand interaction on the enzyme active site which remains to be formed during the simulation performed. At the end of simulation temperature of 300 K, RKR ligand has residue contact with His51 and formed hydrogen bond with Asp75. Then at the end of simulation temperature of 312 K, RKR ligands also could form a hydrogen bond with Asp75. Different conformations of enzymes which occur during simulation showed the dynamic behaviour of the enzyme in the presence of solvent and inhibitor."