Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Badak sumatera (Dicerorhinus sumatrensis) adalah spesies endemik Indonesia yang terancam kritis (critically endangered) yang tersebar di Taman Nasional Way Kambas, Taman Nasional Bukit Barisan Selatan, dan Taman Nasional Gunung Leuser. Perilaku badak sumatera yang soliter dan elusif menyebabkan pemantauan populasi sulit dilakukan. Environmental DNA (eDNA) dapat digunakan untuk melakukan monitoring spesies langka dan elusif dikarenakan kemampuannya untuk mendeteksi keberadaan spesies tanpa melihat spesies tersebut secara langsung. Penelitian dilakukan dengan menganalisis eDNA badak sumatera dari sampel air pada kubangan aktif dan nonaktif di Kawasan Taman Nasional Way Kambas menggunakan primer yang didesain spesifik spesies dan qPCR serta melihat pengaruh faktor lingkungan dan waktu terhadap eDNA sampel air. Hasil menunjukkan primer yang didesain dapat mendeteksi DNA badak sumatera secara spesies spesifik. Analisis qPCR menunjukkan DNA badak sumatera dapat dideteksi di 83,78% sampel air, yaitu pada 11 titik kubangan aktif dan 20 titik kubangan nonaktif. Faktor lingkungan dan waktu juga teramati tidak berpengaruh kepada konsentrasi DNA. Akan tetapi, sampel air kubangan dapat digunakan untuk mendeteksi keberadaan eDNA badak sumatera dengan primer spesies spesifik yang didesain dan analisis qPCR. ......The Sumatran rhino (Dicerorhinus sumatrensis) is a critically endangered species endemic to Indonesia. The sumatran rhinoceros can only be found on the island of Sumatra spread across Way Kambas National Park, Bukit Barisan Selatan National Park, and Gunung Leuser National Park. The solitary and elusive nature of the sumatran rhino makes monitoring this species difficult. Environmental DNA (eDNA) is considered a tool that can be used to monitor rare and elusive species because of its ability to detect the presence of species without the need to encounter the species directly. This study analyzes sumatran rhino eDNA from water samples in active and inactive wallows in the Way Kambas National Park using qPCR with species specific primer and to see the effect of environmental factors and time on the eDNA of water samples. The results obtained showed that the designed primers are species-specific to sumatran rhinoceros DNA. qPCR analysis showed that sumatran rhino DNA could be detected in 83.78% of the water samples, namely at 11 active wallow points and 20 inactive wallow points. Environmental factors and time were aso observed to have no effect on DNA concentration. Nevertheless, water from wallow can be use to detect sumatran rhino’s eDNA with species specific primer and using qPCR.

Abstrak :
Kura-kura rote leher ular (Chelodina mccordi, Rhodin 1994) merupakan satwa endemik Indonesia yang hanya ada di Pulau Rote, Nusa Tenggara Timur. Tingginya perdagangan karena keunikan kura-kura rote berupa lehernya yang panjang disertai dengan hilangnya habitat menyebabkan status kura-kura rote menjadi critically endangered and possibly extinct in the wild. Upaya konservasi melalui program reintroduksi telah dilakukan, tetapi hasil pemantauan konvensional tidak menemukan kura-kura rote pada habitat aslinya. Pemantauan menggunakan environmental DNA (eDNA) dapat menjadi opsi alternatif karena deteksi dapat dilakukan berdasarkan spesifisitas dan sensitivitas primer. Penelitian bertujuan mengembangkan primer spesifik untuk deteksi C. mccordi dari sampel air dengan gen NADH Dehydrogenase Subunit 5 (ND5) sebagai target. Primer dirancang dengan ukuran pendek dan memiliki basa unik yang hanya ada pada C. mccordi. Primer diujikan pada air kolam dari C. mccordi, C. expansa, air campuran kedua spesies, serta air kontrol negatif yang tidak mengandung kedua spesies tersebut. Pengujian dilakukan melalui tahap filtrasi, ekstraksi, PCR, sequencing, dan qPCR. Hasil yang diperoleh menunjukkan primer ND5 (UI_Cm_ND5) berhasil mendeteksi C. mccordi dengan nilai sensitivitas 75% dan spesifisitas 100%. Hal tersebut menunjukkan primer ND5 dapat digunakan untuk mendeteksi eDNA C. mccordi dari sampel air. Penelitian lebih lanjut diperlukan untuk membandingkan sensitivitas dan spesifisitas primer ND5 dengan gen target lain.  ......The snake-necked rote turtle (Chelodina mccordi, Rhodin 1994) is an endemic animal to Indonesia that only distributed on Rote Island, East Nusa Tenggara. Uncontrolled trade due to the uniqueness of its long neck form accompanied by loss of habitat has caused the status of the rote turtles to become critically endangered and possibly extinct in the wild. Conservation efforts through a reintroduction program have been carried out, but traditional monitoring did not found their existence in natural habitat. Monitoring via environmental DNA (eDNA) can be an alternative approach as the detection based on the specificity and sensitivity of the species specific primer. This study aims to develop specific primers for the detection of C. mccordi from water samples with the NADH Dehydrogenase Subunit 5 (ND5) gene as the target. The primer was designed to be short and has a unique base that is only found in C. mccordi. The primer was tested on pond water from C. mccordi, C. expansa, water mixed with the two, as well as negative control water that did not contain these two species. Validation was performed through filtration, extraction, PCR, sequencing and qPCR steps. The results showed that the ND5 primer (UI_Cm_ND5) successfully detected C. mccordi with a sensitivity of 75% and a specificity of 100%. This result support the ND5 primer as genetic marker to detect the presence of C. mccordi eDNA from water samples. Further studies are needed to compare the sensitivity and specificity of ND5 primers with other target genes.

Abstrak :
Kura-kura leher ular rote (Chelodina mccordi, Rhodin 1994) merupakan spesies endemik Pulau Rote, Nusa Tenggara Timur, Indonesia, dengan status konservasi kritis (critically endangered and Possibly Extinct in the Wild). Upaya reintroduksi kura-kura tersebut sudah dilakukan, tetapi keberadaan individu C. mccordi tetap tidak terdeteksi di alam. Pendekatan environmental DNA (eDNA) menjadi metode nonivasit alternatif untuk pendeteksian dan pemantauan spesies tersebut. Pengembangan metode pendeteksian eDNA C. mccordi memerlukan markah (primer) spesies spesifik agar dapat mengidentifikasi dengan akurat keberadaan DNA target pada sampel. Penelitian bertujuan untuk mengembangkan primer spesies spesifik untuk markah gen Cytochrome b (Cyt b) dalam pendeteksian eDNA C. mccordi. Primer dirancang berdasarkan urutan nukleotida gen Cyt b dari C. mccordi dengan spesies Chelodina lain. Pengujian primer dilakukan menggunakan sampel air yang mengandung DNA target untuk mengevaluasi spesifitas dan sensitivitas primer. Sampel air yang sudah terekstrak kemudian diproses dengan teknik Quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) dan High Resolution Melting (HRM). Hasil penelitian menunjukkan bahwa primer desain (UI_Cm_Cytb) berhasil mengidentifikasi keberadaan C. mccordi dalam sampel. Nilai sensitivitas dan spesifitas primer tergolong tinggi, yaitu 87,5% dan 100%, serta primer tersebut dapat digunakan dalam pendeteksian eDNA C. mccordi dari sampel air. Primer perlu dilakukan optimasi lebih lanjut terkait pendeteksian kelimpahan individu. ......The Rote snake-necked turtle (Chelodina mccordi) is an Indonesia endemic species with critically endangered and Possibly Extinct in the Wild status. Attempts to reintroduce this turtle have been conducted, however the tracking of C. mccordi individuals in their natural habitat has not been observed. The environmental DNA (eDNA) is an alternative non-invasive method for detection and monitoring of this species. The development of an eDNA method for detection of C. mccordi requires species-specific markers in order to accurately identify the presence of target DNA in the sample. This study aims to develop species-specific primers using the Cytochrome b (Cyt b) as molecular marker for the detection of eDNA from C. mccordi. The specificity and sensitivity of the primers were evaluated using water samples containing C. mccordi and their related species. The extracted eDNA from water samples are then processed using Quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) and High-Resolution Melting (HRM) techniques. The results showed that the design primer (UI_Cm_Cytb) was successful for detection the presence of C. mccordi from the samples. The sensitivity and specificity values of the primers are relatively high, namely 87.5% and 100%. Futhermore, the primer needs to be optimized and tested regarding the individual abundance in sample.

Abstrak :
Badak sumatera (Dicerorhinus sumatrensis) merupakan salah satu mamalia yang terancam kritis menurut IUCN. Upaya pelestarian spesies langka tersebut dapat dilakukan dengan kegiatan pemantauan populasi. Akan tetapi, perilaku yang elusif dan soliter menyebabkan pemantauan konvensional menjadi kurang efektif. Metode pemantauan menggunakan environmental DNA dari sampel sedimen kubangan memungkinkan untuk digunakan sebagai metode noninvasif. Penelitian bertujuan untuk merancang primer yang spesifik bagi cytochrome b (cytb) badak sumatera, menganalisis eDNA dari sedimen kubangan badak menggunakan teknik qPCR, serta menganalisis pengaruh waktu dan faktor lingkungan (suhu, pH, sinar UV, dan turbiditas) terhadap konsentrasi DNA pada kubangan aktif dan nonaktif. Pengujian primer spesifik dilakukan dengan mengamplifikasi eDNA dari 44 sampel sedimen pada kubangan aktif dan nonaktif di Taman Nasional Way Kambas (TNWK). Hasil penelitian menunjukkan primer eDS mampu mengamplifikasi 150 pb cytb secara spesifik. Hasil qPCR juga mampu mendeteksi 54,54% sampel eDNA dari kubangan aktif dan nonaktif. Faktor waktu dan lingkungan juga tidak berhubungan atau berpengaruh secara signifikan terhadap variasi konsentrasi DNA badak sumatera. Akan tetapi, sedimen kubangan dapat digunakan sebagai sampel noninvasif dalam pemantauan populasi badak di alam meskipun perlu dilakukan optimasi lebih lanjut. ......Sumatran rhinoceros (Dicerorhinus sumatrensis) is a critically endangered mammal according to IUCN. Efforts to preserve this endangered species could be conducted by monitoring the population. However, its elusive and solitary behaviour makes conventional monitoring less effective. The monitoring effort using environmental DNA from sedimentary wallow samples should be considered as noninvasive method. Aims of this study were to design specific primers for sumatran rhino’s cytochrome b (cytb), analyze eDNA from sumatran rhino’s sedimentary wallows using qPCR technique, and analyze time and environmental factors’ (temperature, pH, UV light, and turbidity) effect on DNA concentrations in both active and inactive wallows. The specificity of primers was applied by amplifying eDNA from 44 sediment samples in active and inactive wallows in WKNP. The results showed that eDS primers were able to specifically amplify 150 bp of cytb. The qPCR results were also able to detect 54.54% of eDNA samples from active and inactive wallows. External factors (time and environmental factors) were also not related or had significant effects on DNA concentrations. However, wallow sediment can be used as a noninvasive sample in monitoring rhino populations in the wild, although further optimization is needed.