Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Indonesia merupakan negara dengan tingkat resistensi antibiotik yang tinggi. Tingkat resistensi yang tinggi ini terutama didapatkan pada bakteri batang Gramnegatif famili Enterobacteriaceae. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui proporsi dan karakteristik Enterobacteriaceae patogen penghasil AmpC di Unit Perawatan Intensif RS Cipto Mangunkusumo Jakarta. Spesimen berasal dari pasien dewasa yang didiagnosis mengalami infeksi organ atau sistem tertentu. Spesimen berupa darah, sekret saluran pernafasan bawah, urin, swab dasar luka, aspirat abses, dan jaringan luka operasi. Identifikasi dilakukan menggunakan VITEK® 2. Pola kepekaan ditentukan dengan VITEK® 2 dan metode difusi cakram sesuai kriteria CLSI tahun 2014. Deteksi AmpC dan ESBL dilakukan menggunakan metode double disc synergy test. Famili gen pengkode AmpC ditentukan dengan metode PCR multipleks. Enterobacteriaceae patogen yang berhasil dikumpulkan berjumlah 45 isolat, terdiri dari Klebsiella pneumoniae (n=32), Escherichia coli (n=6), Enterobacter cloacae (n=5), dan Enterobacter aerogenes (n=2). Proporsi Enterobacteriaceae penghasil AmpC adalah 9 isolat di antara 45 isolat, terdiri dari 4 isolat penghasil AmpC dan 5 isolat penghasil AmpC dan ESBL. Gen pengkode AmpC ditemukan pada 7 isolat, yang terbanyak adalah DHA (n=4) diikuti EBC (n=2) dan CIT (n=1). Secara in vitro, Enterobacteriaceae penghasil AmpC menunjukkan kepekaan yang baik terhadap gentamisin, tobramisin, amikasin, sefepim, meropenem, siprofloksasin, levofloksasin, tetrasiklin, dan kotrimoksasol sementara penghasil AmpC dan ESBL hanya terhadap amikasin.

---

Antibiotic resistance has become a problem in Indonesia, in which the high resistance has been found mainly in Gram-negative bacilli Enterobacteriaceae. This study aimed to find out the proportion and characteristics of pathogenic AmpC-producing Enterobacteriaceae in the ICU of Cipto Mangunkusumo Hospital Jakarta. Spesimens collected were blood, lower respiratory tract secretions, urine, wound swab, abscess aspirate, and soft tissue taken from adult patients with infection. Identification were conducted using VITEK® 2. Susceptibility tests were conducted using VITEK® 2 and diffusion technique according to CLSI 2014 guidelines. Double disc synergy test method were employed to detect AmpC activity. The presence of ampC genes were detected using multiplex PCR. Forty five isolates were collected. Klebsiella pneumoniae was predominant, followed by Escherichia coli, Enterobacter cloacae, and Enterobacter aerogenes. AmpC activity was detectable in nine isolates. Five of the 9 isolates produced both AmpC and ESBL. In vitro, AmpC-producing Enterobacteriaceae showed good susceptibility to gentamicin, tobramycin, amikacin, cefepime, meropenem, ciprofloxacin, levofloxacin, tetracycline, and cotrimoxazole. While the AmpC and ESBL-producing only to amikacin. ampC genes were detected in seven isolates and the most prevalent gene family was DHA (n=4) followed by EBC (n=2) and CIT (n=1)."

"Extraintestinal pathogenic Escherichia coli (ExPeC) merupakan bakteri dengan presentase sekitar 17% - 37% dari total bakteri yang diisolasi dari pasien dengan Bloodstream Infection (BSI) secara global. Kemampuan bakteri ini dalam mengembangkan resistensi terhadap antibiotik menyebabkan masalah serius. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keterkaitan antara profil fenotipik dan genotipik pada isolat Escherichia coli (E. coli) penyebab BSI. Isolasi bakteri E. coli penyebab BSI dan isolasi DNA dilakukan pada 11 isolat tersimpan asal LMK FKUI dan 2 isolat asal BB Binomika, Jakarta. Penelitian ini dilakukan dengan menggunakan Vitek 2 compact untuk analisis profil fenotipik dan juga menggunakan metode Whole Genome Sequencing (WGS) untuk mengkarakterisasi seacra genotipik bakteri E. coli. Berdasarkan data fenotipik yang diperoleh menggunakan VITEK-2, resistensi tertinggi isolat dalam penelitian ini secara berturut-turut terdapat pada antibiotik ampisilin (53,8%), siprofloksasin (46,2%), dan seftriakson (38,5%). Identifikasi gen resistensi untuk ampisilin, seftriakson, dan siprofloksasin juga telah berhasil diidentifikasi melaui teknik WGS. Beberapa gen yang dikaitkan dengan resistensi terhadap ampisilin adalah blaTEM 1-B dan variannya seperti blaTEM-116, blaTEM-141, dan blaTEM-206. Gen blaTEM-1B merupakan gen yang mendominasi pada mekanisme resistensi betalaktam (30,76%), diikuti oleh gen blaCTX-M-55 (15,35%). Sedangkan mekanisme resistensi pada fluorokuinolon banyak dimediasi oleh adanya mutasi pada target antibiotik, seperti mutasi pada gyrA, parC, dan AcrAB-TolC. Isolat selanjutnya dikelompokkan menggunakan skema Achtman dalam 12 ST yang berbeda yaitu ST73, 117, 10, 410, 83, 169, 95, 1844, 101, 457, 744 dan ST 127. Terdapat kesesuaian antara resistensi fenotipik dan resistensi genotipik terhadap antibiotik betalaktam pada isolat E. coli yang diteliti, dimana gen resistensi terdeteksi pada seluruh isolat yang resisten betalaktam secara fenotipik.

---

Extraintestinal pathogenic Escherichia coli (ExPEC) accounts for approximately 17% - 37% of the total bacteria isolated from patients with bloodstream infections (BSI) globally. The ability of these bacteria to develop resistance to antibiotics poses serious problems. This study aims to analyze the relationship between phenotypic and genotypic profiles in Escherichia coli (E. coli) isolates causing BSI. Isolation of E. coli causing BSI and DNA isolation were carried out on 11 stored isolates from LMK FKUI and 2 isolates from BB Binomika, Jakarta. This study was conducted using the Vitek 2 compact system for phenotypic profile analysis and the Whole Genome Sequencing (WGS) method to characterize the genotypic profiles of E. coli. Based on the phenotypic data obtained using VITEK-2, the highest resistance among isolates in this study was observed for ampicillin (53.8%), ciprofloxacin (46.2%), and ceftriaxone (38.5%). Resistance genes for ampicillin, ceftriaxone, and ciprofloxacin were successfully identified through the WGS technique. Some of the genes associated with resistance to ampicillin include blaTEM-1B and its variants such as blaTEM-116, blaTEM-141, and blaTEM-206. The blaTEM-1B gene is predominant in the betalactam resistance mechanism (30.76%), followed by the blaCTX-M-55 gene (15.35%). Resistance to fluoroquinolones is primarily mediated by mutations in antibiotic targets, such as mutations in gyrA, parC, and AcrAB-TolC. Isolates were further grouped using the Achtman scheme into 12 different STs, including ST73, 117, 10, 410, 83, 169, 95, 1844, 101, 457, 744, and ST127. There was concordance between phenotypic resistance and genotypic resistance to betalactam antibiotics in the E. coli isolates studied, where resistance genes were detected in all isolates that were phenotypically betalactam-resistant."

"Rare-actinomycetes tersebar di berbagai habitat terutama di habitat ekstrem seperti kawasan geotermal. Penelitian mengenai rare-actinomycetes dilakukan terkait potensinya sebagai penghasil senyawa bioaktif baru yang bermanfaat dalam bidang kesehatan, industri dan farmasi. Tujuan dari penelitian ini adalah mengisolasi dan mengkarakterisasi secara fenotip dan genotip rare-actinomycetes dari sampel tanah di bawah batuan kuarsa (S3.5.3) di hutan kawasan geotermal Cisolok. Metode pengayaan sampel tanah dilakukan menggunakan medium 10% R2A (Reasoner’s 2A) cair dengan penambahan cycloheximide 100 ppm dan sodium azide 60 ppm, kemudian diinkubasi pada suhu 30°C selama 30 hari. Isolasi rare actinomycetes dilakukan dengan metode membran filter dan spread pada medium 10% R2A gellan gum yang diinkubasi pada suhu 45°C. Karakterisasi dilakukan secara genotipik (berdasarkan data sequence gen 16S rRNA, analisis homologi sequence, dan rekonstruksi pohon filogenetik dengan metode Neighbour-Joining, Maximum Likelihood, dan Minimum Evolution); dan karakterisasi fenotipik (morfologi, fisiologi, dan biokimia). Sebanyak 26 isolat diperoleh dari sampel S3.5.3. Lima isolat dengan karakter morfologi actinomycetes yang diisolasi dari suhu 45°C dengan membran filter, dipilih untuk diidentifikasi. Hasil analisis sequence gen 16S rRNA dari lima isolat menunjukkan persentase homologi sebesar 95,46-99,56% terhadap Micromonospora yasonensis DS3186T. Berdasarkan hasil analisis filogenetik dengan metode Neighbour-Joining, kelima isolat memiliki hubungan kekerabatan terdekat dengan Micromonospora yasonensis DS3186T. Kelima isolat merupakan anggota class Actinomycetes, ordo Micromonosporales, family Micromonosporaceae. Karakter fenotipik kelima isolat sesuai dengan Micromonospora yasonensis sebagai spesies terdekatnya. Kelima isolat merupakan bakteri termotoleran (tumbuh pada suhu 30-45°C dan suhu optimum 40°C), aerobik, Gram positif, menghasilkan miselium substrat tanpa adanya miselium aerial, positif katalase, dan menghasilkan soluble pigment. Penelitian ini mengungkapkan bahwa Micromonospora yasonensis dapat ditemukan di kawasan geotermal dan berasosiasi dengan batuan kuarsa.

---

Rare-actinomycetes are distributed in various habitats, particularly in extreme environments such as geothermal areas. Research on rare-actinomycetes focuses on their potential as producers of new bioactive compounds beneficial in health, industrial, and pharmaceutical fields. The aims of this study were to isolate and characterize rare-actinomycetes from soil samples beneath quartz rocks (S3.5.3) in the geothermal forest of Cisolok. Soil sample enrichment was performed using 10% R2A (Reasoner’s 2A) liquid medium supplemented with 100 ppm cycloheximide and 60 ppm sodium azide, incubated at 30°C for 30 days. Rare actinomycetes isolation was carried out using the membrane filter method and spread on 10% R2A agar with gellan gum, incubated at 45°C. Characterization included genotypic analysis based on the sequence of 16S rRNA gene, supported by phenotypic characterization (morphology, physiology, and biochemistry). A total of 26 isolates were obtained from sample S3.5.3. Five isolates with actinomycetes morphology isolated at 45°C using the membrane filter method were selected for characterization. Analysis of the 16S rRNA gene sequences from these five isolates showed homology levels of 95.46-99.56% to Micromonospora yasonensis DS3186T. Based on phylogenetic analysis using the Neighbour-Joining method, the five isolates were most closely related to Micromonospora yasonensis DS3186T. These isolates belong to the class Actinomycetes, order Micromonosporales, and family Micromonosporaceae. Phenotypic characteristics of the five isolates were consistent with Micromonospora yasonensis as their closest species. These isolates are thermotolerant bacteria (growing at temperatures of 30-45°C; optimum temperature 40°C), aerobic, Gram-positive, produce substrate mycelium without aerial mycelium, positive for catalase, and produce soluble pigment. This study reveals that Micromonospora yasonensis can be found in geothermal areas associated with quartz rocks."