Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Ruang Lingkup dan Cara Penelitian : Sindrom Down (SiD) merupakan suatu kelainan genetik yang paling sering dijumpai yang menyebabkan retardasi mental. SiD disebabkan oleh kelainan jumlah kromosom atau aberasi numerik yaitu trisomi 21 sehingga penderita mempunyai susunan kromosom 47,XX,+21 atau 47,XY,+21. Trisomi kromosom'21 disebabkan oleh proses gagal pisah ('nondisjunction') yang dapat terjadi baik pada ibu (75-80%) maupun pada ayah (20-25%). Beberapa studi yang berusaha mengungkap sebab-sebab atau etiologi dari gagal pisah telah dilakukan, namun penyebab gagal pisah kromosom 21 masih tetap banyak yang belum diketahui. Kemungkinan bahwa banyak faktor atau mekanisme turut berperan. Penelitian genetika molekuler ini bertujuan untuk melihat polimorfisme panjang fragmen restriksi (RFLP) DNA satelit alfa daerah sentromer kromosom 13/21 (D13Z1/D21Z1) yang mungkin berhubungan dengan proses terjadinya gagal pisah pada trisomi 21 yang menyebabkan SiD. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah Blot Southern dengan menggunakan enzim restriksi EcoRI dan Xba I. Hasil dan Kesimpulan : 1. Dengan menggunakan enzim restriksi EcoRI dan pelacak DNA satelit alfa kromosom 13/21 (D13Z1/D21Z1) terdapat polimorfisme (RFLP) yang tidak spesifik pada wanita yang mempunyai anak SiD. RFLP terdapat pada fragmen 850, 1190, 1360 dan 1870 pb. 2. Dengan menggunakan enzim restriksi Xba I dan pelacak DNA satelit alfa kromosom 13/21 (D13Z1/D21Z1) tidak terdapat polimorfisme (RFLP) baik pada wanita yang mempunyai anak SiD maupun pada wanita pembanding. Hibridisasi menghasilkan 8 fragmen yang seragam pada semua individu yang diperiksa dengan ukuran: 0,7 ; 0,9 ; 1.0 ; 1,2 ; 1,4 ; 1,5 ; 1,7 dan 1,9 kb. Hal ini berarti bahwa dengan menggunakan enzim Xba I, polimorfisme DNA satelit alfa kromosom 13/21 tidak terdeteksi.

Abstrak :
ABSTRAK
Penelitian ini membahas mengenai pemanfaatan fauna vertebrata di situs Gua Kidang dengan tujuan untuk mengetahui jenis dan variasi fauna vertebrata yang dikonsumsi manusia serta habitatnya. Di samping itu, juga untuk menggambarkan lanskap lingkungan alam situs Gua Kidang pada masa prasejarah. Dalam penelitian ini fragmen fauna yang dianalisis sudah diidentifikasi taksa dan bagian-bagian anatomisnya. Oleh karena itu, analisis yang dilakukan dimulai dengan menyortir kembali fragmen tulang-tulang fauna yang ada, mengklasifikasikan serta mengolahnya untuk memperoleh jumlah spesimen yang dapat diidentifikasi NISP/Number of Identified Specimens bagi masing-masing taksa, dan jumlah minimal individunya MNI/Minimum Number of Individuals . Dari 8265 fragmen tulang, hanya 1378 yang dapat diidentifikasi secara anatomis dan taksonomis. Penghitungan MNI menunjukkan adanya 23 taksa yang dapat diidentifikasi sampai ke tingkat famili dan hanya dua sampai ke tingkat kelas. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa beraneka ragam fauna yang dimanfaatkan sebagai bahan makanan berasal dari habitat yang berbeda-beda. Berdasarkan jenis-jenis fauna tersebut dapat diperkirakan keadaan lingkungan di sekitar Gua Kidang pada masa prasejarah. Kata kunci: pemanfaatan, fauna vertebrata, fragmen tulang, prasejarah, Gua Kidang.

---

ABSTRACT
The research discusses the utilization of vertebrate fauna at the Kidang Cave site to identify the types and variations of vertebrate animals as subsistence and their respective habitats. The analysis was also instrumental in defining the natural landscape of Kidang Cave during the prehistoric era. Faunal fragments were previously analysed and identified taxonomically and anatomically. The analysis started with re sortation of faunal bone fragments, classifying and further analyzing the data to obtain the number of identified specimens for each taxon NISP and the minimum number of individuals MNI . From 8,265 bone fragments, only 1,378 were anatomically and taxonomically identifiable. The MNI calculation revealed a number of 23 taxa that were identified down to their familial levels and only two to class levels. The result of this research identified various fauna from different habitats were part of the human diet. Based on this analysis, the natural environment surrounding Kidang Cave during the prehistoric era was then predicted.Keyword utilization, vertebrate animal, bone fragment, prehistory, Gua Kidang.

Abstrak :
Relasi both-and merupakan titik peleburan peran fragmen atau penyusun ruang yang didasari oleh sebuah kontradiksi. Peleburan ini diperlukan untuk mendapatkan efek tertentu pada suatu bentuk arsitektur yang tampak biasa menjadi tidak biasa, sehingga relasi both-and dinilai memiliki potensi untuk dipelajari lebih lanjut. Secara khusus, tulisan ini akan mempelajari bagaimana relasi both-and dalam proses pembentukan paradoks ruang tertentu. Melalui pembentukan paradoks dalam ruang inilah kemudian akan tercipta keterlibatan antara ruang dengan penggunanya hingga pada taraf tertentu. Untuk mencapai tujuan tersebut, dilakukan studi literatur dan studi kasus berupa ruang sinematik film yang relevan. Studi kemudian menemukan bahwa relasi both-and hadir ketika fragmen penyusunnya mengalami peleburan pada karakter kontradiktifnya. Selain itu, untuk mencapai relasi both-and, fragmen tidak hanya dilihat dari perannya saja, melainkan dilihat dari bentuk kehadiran fragmen. ...... Both-and relation is a fusion point of fragments role as space composer’s based on its contradicting character. This fusion is needed to get a certain effect for an architectural form that seems ordinary to be unusual. Specifically, this paper will focus on how the both-and relation forms certain space paradoxes. Through the formation of space paradox, there will be an involvement between space and its users to a certain degree. To achieve this goal, a literature study and case study in the form of cinematic film space is relevant. Later studies found that both-and relations existed when the constituent fragments fused into their contradictory characters. In addition, to achieve a both-and relationship, fragments are not only seen from their role, but also seen from fragments’ form of presence.

Abstrak :
Tugas akhir ini melihat bagaimana sebuah ruang dan pengalamanya dapat dinikmati layaknya manusia membaca sebuah cerita. Bercerita sendiri menjadi sesuatu yang relevan dengan kebutuhan akan arsitektur yang lebih bermakna. Tugas akhir ini juga mencoba melihat peran representasi yang dilakukan dengan memanfaatkan fotografi sebagai media representasi dengan metode montase, yang kemudian mengarahkan kepada spatial cloud yang menjalin ruang untuk dapat dilihat secara kontingen dengan memanfaatkan fragmen-fragmen. Waktu menjadi elemen yang sangat terikat dengan fragmen-fragmen pada spatial cloud. Fragmen hanya bersifat future dan past. Sehingga, dialog antar banyaknya fragmen future yang memberi perlakuan kepada fragmen past, baik itu berupa dark, darker dan darkest, di kawasan Sudirman inilah yang nantinya akan merangkai sebuah narasi arsitektur pada penulisan berbasis desain ini. ......This final project is trying to see how space and experience can be enjoyed in the same way as human read a story. Storytelling has become something relevant with the needs of meaningful architecture. The final project is also trying to see the role of representation through photography as a representative medium with montage as a method, which then leads to a spatial cloud which allows the view of the space contingently by exploiting the fragments. Time becomes a highly connected elements with the fragments in spatial cloud. Fragments consist only of the future and the past. Therefore, the dialogue between the quantity of future fragments that treats past fragments, whether it is dark, darker, or darkest, in Sudirman will assemble an architectural narrative in this design based research.

Abstrak :
Manifestasi klinis demam berdarah Dengue (DBD) adalah kebocoran plasma dan trombositopenia. Salah satu teori penyebab kedua hal tersebut adalah kadar trombin yang meningkat akibat aktivasi koagulasi. Kadar trombin dapat diwakili oleh kadar F1.2. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui hubungan antara kadar F1.2 dengan kebocoran plasma dan trombositopenia pada infeksi Dengue. Desain penelitian ini adalah potong lintang, mengggunakan plasma EDTA dari pasien terinfeksi virus Dengue. Subyek penelitian adalah 10 subyek dengan kebocoran plasma dan 10 subyek tanpa kebocoran plasma pada infeksi Dengue, 6 sampel berpasangan untuk perbandingan fase kritis dan fase konvalesen, 26 sampel untuk uji korelasi antara kadar F1.2 dengan jumlah trombosit. Hasil penelitian menunjukkan kadar F1.2 pada pasien terinfeksi virus Dengue dengan kebocoran plasma (rerata ± 2SD) 147,4 ± 105,82 pg/mL lebih tinggi secara bermakna dibanding tanpa kebocoran plasma 51,3 ±39,92 pg/mL. Kadar F1.2 pada fase kritis dengan median 186,3 (108,6-223,2) pg/mL lebih tinggi secara bermakna dibanding fase konvalesen 46,5(27,4-51,9) pg/mL. Terdapat korelasi negatif yang bermakna dengan kekuatan sedang antara kadar F1.2 dengan jumlah trombosit, nilai r = - 0,609. Dari hasil penelitian disimpulkan bahwa terdapat peningkatan aktivasi koagulasi yang ditunjukkan dengan peningkatan kadar F1.2 pada fase kritis, berkaitan dengan kebocoran plasma dan trombositopenia pada pasien terinfeksi virus Dengue. ......Clinical manifestations of Dengue haemorrhagic fever are plasma leakage and thrombocypenia. Both manifestations are thought to be caused by an increased thrombin level due to activation of coagulation. The aim of this study was to look for any association between F1.2 level and plasma leakage and also between F1.2 level and thrombocytopenia in Dengue infected patients. The study design was cross sectional. This study used EDTA plasma from patients infected with Dengue virus. The thrombin level was represented by the prothrombin fragment 1.2 (F1.2) level. Twenty subjects were enrolled in this study, consisted of 10 subjects with plasma leakage and 10 without plasma leakage, 6 pair samples in critical phase and convalescent phase, 26 samples for correlation test between F1.2 level and platelet count. In this study, it was found that the F1.2 level in patients with plasma leakage (mean ± 2 SD) 147.4 ± 105.82 pg/mL was significantly higher compared to patients without plasma leakage 51.3 ±39.92 pg/mL, and the F1.2 level in critical phase had a median of 186.3 (108.6-223.2) pg/mL which was significantly higher compared to convalescent phase 46.5(27.4-51.9) pg/mL. Also there was a significant negative correlation with moderate degree of relationship between F1.2 level and the thrombocyte count, r = - 0.609. The results of the study demonstrated that there was increased coagulation activation at critical phase in patients infected with Dengue virus, as shown by F1.2 as indicator, associated with plasma leakage and thrombocytopenia.

Abstrak :
HPV 16 merupakan genotipe yang paling sering terdeteksi pada kanker serviks. Berbagai varian HPV 16 telah dikategorikan berdasarkan distribusi geografisnya. Broer et al. telah melaporkan varian HPV 16 di Indonesia berdasarkan analisis gen E6, E7, dan L1. Namun, belum ada laporan mengenai analisis gen-gen lain dari isolat HPV 16 di Indonesia. Metode deteksi dan genotiping merupakan alat utama dalam deteksi infeksi dan evaluasi keberhasilan vaksin HPV. Saat ini, metode deteksi dan genotiping HPV berbasis gen E6/E7 sedang dikembangkan karena gen E6 dan E7 merupakan gen yang paling lestari pada pasien kanker serviks. Standar dan kontrol untuk akurasi deteksi dan genotiping sangat diperlukan. WHO menyediakan standar internasional berupa plasmid rekombinan yang mengandung genom lengkap HPV 16 dan 18 dari materi genetik HPV luar negeri. Oleh karena itu, dalam penelitian ini dilakukan pengklonaan fragmen E6/E7 dari isolat HPV 16 Indonesia yang dapat digunakan sebagai kontrol positif deteksi HPV 16. Fragmen-fragmen dari genom HPV 16 galur UI66 diamplifikasi dengan PCR, disekuensing, kemudian dianalisis variasi genetik pada gen E6, E7, E1, E2, E4, E5, L2, parsial L1, dan LCR, serta dibandingkan dengan referensi HPV 16. Pengklonaan fragmen 1 yang mengandung gen E6/E7 dilakukan dan diuji sebagai kontrol positif deteksi HPV 16 menggunakan PCR dan real-time PCR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tingkat kesamaan nukleotida dan asam amino dari masing-masing gen galur UI66 bervariasi, dengan kesamaan tertinggi berturut-turut adalah pada gen L1 parsial dan protein E7. Kekerabatan masing-masing gen dari galur UI66 sangat bervariasi. Telah diperoleh satu klon yang membawa plasmid rekombinan pUI66F1-E6/E7 yang dapat digunakan sebagai kontrol positif deteksi HPV 16 dengan target gen E6 dan E7. ---- HPV 16 is the most commonly detected genotype in cervical cancer. HPV 16 variants have been categorized based on their geographical distribution. Broer et al. have reported HPV 16 variants in Indonesia based on the analysis of E6, E7, and L1 genes. However, there have been no reports on the analysis of other genes from HPV 16 Indonesian isolates. Detection and genotyping methods are primary tools for measuring HPV infection and assessing vaccine efficacy. Currently, detection and genotyping of HPV based on E6/E7 genes are being developed since E6 and E7 are the most conserved genes in cervical cancer patients. Standards and controls for detection and genotyping accuracy are necessary. The WHO provides international standards in the form of a recombinant plasmid containing the complete genome of HPV 16 and 18 from foreign HPV genetic material. Therefore, this research involved cloning fragments of HPV 16 E6/E7 from an Indonesian isolate to be used as a positive control for HPV 16 detection. The genome fragments of HPV 16 UI66 isolates were amplified by PCR, sequenced, and then analyzed for genetic variations in E6, E7, E1, E2, E4, E5, L2, partial L1, and LCR genes, and compared with HPV 16 reference. Cloning of fragment 1, containing E6/E7 genes, was performed and tested as a positive control for HPV 16 detection using PCR and real-time PCR. The results showed that the nucleotide and amino acid similarity of UI66 isolates varied, with the highest similarity observed in the partial L1 gene and E7 protein, respectively. The phylogeny of each gene from the UI66 isolate is variable. One clone carrying the recombinant plasmid pUI66F1-E6/E7 was obtained and can be used as a positive control for HPV 16 detection with E6 and E7 genes as targets.

Abstrak :
Telah dilakukan penelitian selama 9 bulan (Februari--Oktober 2008) di Laboratorium Mikrobiologi Klinik FKUI dengan tujuan memperoleh klona pembawa fragmen gen tat HIV-1 strain pNL43. Gen tersebut menyandikan protein Tat yang berperan dalam meningkatkan ekspresi gen-gen HIV. Sintesis fragmen gen tat HIV-1 dilakukan melalui PCR overlapping. Fragmen gen tat HIV-1 (326 pb) dan vektor plasmid pQE-80L (4700 kb) yang telah dipotong dengan enzim XmalI dan SalI kemudian diligasi menggunakan T4 DNA ligase. Hasil ligasi ditransformasi secara kejut panas ke dalam Escherichia coli TOP10 dan diseleksi pada medium LB agar (+ampisilin). Sebanyak 15 koloni transforman dari 81 koloni yang berhasil diperoleh, kemudian diisolasi DNA plasmidnya dan dianalisis digesti serta diverifikasi melalui PCR. Hasil analisis digesti menunjukkan terdapat 4 koloni pembawa plasmid rekombinan yang ditunjukkan oleh visualisasi pita DNA berukuran 316 pb. Verifikasi PCR dengan primer pQE-forward dan Ex2-TatpNL4C menunjukkan bahwa fragmen gen tat HIV-1 berhasil disisipkan dan diklona ke dalam E.coli TOP10.

Abstrak :
Telah dilakukan penelitian untuk melihat variasi genetik temulawak pada sepuluh daerah di Indonesia. Penelitian bertujuan mengetahui polimorfisme tanaman temulawak antar daerah sebagai dasar identifikasi dengan menggunakan teknik AFLP. Penelitian diawali dengan mengisolasi genom temulawak. Genom temulawak yang dihasilkan dipotong dengan menggunakan enzim restriksi EcoRI dan MseI selanjutnya diamplifikasi dengan menggunakan 4 pasang primer selektif. Mekanisme scoring dilakukan dengan teknik analisis fragmen menggunakan Software GeneMapper versi 3.7. Ukuran fragmen yang dihasilkan berkisar antara 50--500 pb, dengan rata-rata polimorfisme 95,1 %. Keberadaan fragmen spesifik (52,24--130,05 pb) dapat digunakan untuk identifikasi sampel temulawak dari daerah Ciamis Desa Salakaria, Ciamis Desa Sindangrasa, Lampung, Ciamis, Boyolali, Sulawesi Utara, NTB, Semarang, Bengkulu, dan Bali.

Abstrak :
Kanker serviks merupakan kanker kedua yang umum terjadi pada wanita yang da- pat menjadi ganas. Keganasan dapat disebabkan oleh deregulasi jalur sinyal Wnt/β- katenin. Inhibisi TNKS2 dengan ligan inhibitor dapat menjadi salah satu cara un- tuk menghentikan deregulasi ini. Ligan-ligan inhibitor yang berhasil terbentuk dari fragmen-fragmen akan ditapiskan secara in silico untuk mendapatkan ligan kandi- dat obat terbaik yang lebih baik dari ligan inhibitor standar. Ligan dengan kode 1-69 merupakan ligan inhibitor yang lebih baik jika dilihat dari energi pengikatan, kelarutan, total polar surface area.

---

Cervical cancer is the second most common cancer in women which can be ma- lignant. Malignancy can be caused by deregulation oleh Wnt/β-catenin signaling pathway. Inhibition of TNKS2 with ligand inhibitor can be an alternative way to stop this deregulation. All of the inhibitors which assembled from fragments were screened in silico to get the best hit which is better than standard inhibitor. Ligand with codename 1-69 is a better inhibitor than the standard in the term of binding energy, solubility and total polar surface area.