Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Ruang lingkup dan Cara Penelitian : Adanya penyebaran, perpindahan galur S. typhi terutama galur S. typhi yang resisten terhadap satu atau beberapa antibiotika lini pertama dan plastisitas genom S. typhi, maka ingin diketahui bagaimana keragaman genetik S. typhi di Indonesia. Untuk itu dilakukan analisis genom S. typhi resisten antibiotika lini pertama menggunakan teknik PFGE. S.typhi resisten diperoleh melalui uji sensitivitas menggunakan metode difusi cakram Kirby Bauer. PFGE merupakan salah satu metode karakterisasi genotipe yang mempunyai kemampuan diskriminasi yang tinggi untuk memisahkan galur dalam satu spesies bakteri. Tahapan PFGE yang dilakukan adalah preparasi plug DNA, pemotongan DNA dengan enzim restriksi secara in situ, elektroforesis dan visualisasi. Analisis data dilakukan dengan menggunakan program NTSYS (Numerical Taxonomy System) versi 1,6. Hasil dan Kesimpulan : Dari 100 isolat S. typhi, ditemukan 16(16%) isolat yang resisten terhadap antibiotika lini pertama. Monoresisten yaitu terhadap ampisilin sebanyak 1(1%) isolat, terhadap kloramfenikol sebanyak 1(1%) isolat dan terhadap tetrasiklin sebanyak 8(8%) isolat. Multiresisten terhadap ampisilin-tetrasiklin sebanyak 2 (2%) isolat, terhadap kloramfenikol-tetrasiklin sebanyak 1(1%) isolat, terhadap ampisilin-kloramfenikol-tetrasiklin sebanyak 2(2%) isolat dan terhadap kloramfenikol-trimetoprim sulfametoksazol-tetrasiklin sebanyak 1(1%) isolat. Dari 16 isolat S. typhi resisten tersebut ditemukan 13 pola PFGE yang berbeda dan diversitas genom yang besar antar isolat ditunjukkan dengan nilai F yaitu antara 0,080-1,000. Kelompok tetrasiklin resisten memiliki nilai F 0,085-1,000, kelompok kloramfenikol resisten memiliki nilai F 0,238-1,000 dan kelompok ampisilin resisten memiliki nilai F 0,128-0,873."

"Studi penentuan genotip (pulsotip) terhadap isolat-isolat Salmonella typhi (S. typhi) telah dilakukan menggunakan elektroforesis medan listrik berpulsasi (PFGE = Pulse-Field Gel Electrophoresis). Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari diversitas genetik dan hubungan antara karakter genetik dengan manifestasi kliniknya. Sebanyak 66 isolat S. typhi yang berasal dari kasus demam tifoid yang dirawat di rumah sakit telah dianalisis. Empat isolat ditemukan identik dan hasil konstruksi dendogram menunjukkan terdapatnya 33 pulsotip dimana 13 di antaranya dapat dipisahkan dalam 30 subtip. Keragaman genetik di antara mereka relatif tinggi yang ditunjukkan dengan koefisien Dice 0,486-1,000. Pada derajat similaritas 65%, analisis sidik gerombol menunjukkan adanya 2 sidik gerombol utama, sehingga timbul dugaan bahwa S. typhi yang beredar bukan berasal dari klon tunggal. Pada derajat similaritas 90%, dari 9 sidik gerombol yang beranggotakan > 3 isolat, didapatkan manifestasi klinik yang sangat bervariasi dari ringan sampai berat tersebar diantara 9 sidik gerombol tersebut. Walaupun data rekam medis yang didapat kurang lengkap, 2 dari 4 pasien demam tifoid dengan S. typhi yang berasal dari sidik gerombol 1 memperlihatkan kenaikan total bilirubin yang tidak ditemukan pada 19 pasien yang berasal dari 8 sidik gerombol yang lain. Dengan adanya temuan ini, diduga adanya kemungkinan suatu trofisme pada system hepatobilier dari kuman S. typhi pulsotip I1dan I2 yang berasal dari sidik gerombol 1. (Med J Indones 2003; 12: 13-20)

---

A study of genotyping (pulsotyping) of Salmonella typhi (S. typhi) isolates using pulse-field gel electrophoresis (PFGE) methods was performed to examine their genetic diversity, and relationship between genetic characteristics and clinical outcomes. Sixty-six S. typhi isolates obtained from sporadic hospitalized typhoid fever cases were used in this study. Four isolates were found identical and the dendogram constructed showed 33 pulsotypes in which 13 of them can be divided into 30 subtypes. Diversity among them were high as shown by the Dice coefficients that ranged from 0.486 to 1.000. Cluster analysis showed 2 main clusters with 65% degree of similarity, suggested that they were not originated from one clone. Further, at 90% degree of similarity, 9 clusters containing at least 3 isolates were determined to explore any possible existence of relationship between genetic profile and particular clinical outcomes. Clinical manifestations ranged from mild to severe were in fact distributed diversely among these clusters. Although the clinical data obtained were incomplete, 2 out of 4 patients infected by the S. typhi belonged to cluster 1 showed an elevation of total bilirubin, whereas it was not found in 19 other patients distributed in other 8 clusters. Even though specific clinical manifestations were apparently not found to relate with particular clusters of genotypes, S. typhi isolates grouped in cluster 1 seemed to show trophism to hepatobiliary system. (Med J Indones 2003; 12: 13-20)"

"Gel electrophoresis adalah sebuah metode yang digunakan di laboratorium untuk memisahkan molekul seperti sampel DNA, RNA atau protein menjadi fragmen - fragmen berdasarkan ukurannya. Teknik ini dapat dilakukan dengan meletakkan sampel dalam gel agarosa dan menerapkan arus listrik untuk memulai pemisahan. Kegunaan yang cukup banyak telah menjadikannya sebagai eksperimen umum untuk diberikan kepada pelajar untuk dipelajari di laboratorium. Dikarenakan proses ini memerlukan waktu yang cukup signifikan, dan faktor kesalahan manusia memungkinkan untuk menambah durasinya, proyek ini bertujuan untuk menciptakan sebuah aplikasi yang memanfaatkan teknologi Augmented Reality (AR) sebagai at pembelajaran bagi para pelajar untuk mempelajari proses gel electrophoresis. Aplikasi ini dikembangkan menggunakan perangkat lunak Unity 3D dengan tambahan Software Development Kit (SDK) Vuforia. Fitur utama aplikasi ini termasuk mekanisme pemipetan yang interaktif, antarmuka pengguna atau user interface (UI) dengan tombol yang dapat diklik untuk melakukan tugas tertentu, simulasi proses gel electrophoresis yang realistis, dan tampilan teks untuk memandu pengguna mengenai langkah - langkah yang harus diikuti. Aplikasi ini juga dilengkapi dengan tombol atur ulang atau reset untuk mengembalikan aplikasi ke kondisi awal semula baik di akhir proses atau jika proses perlu dihentikan karena alasan tertentu. Investigasi mengenai pengaruh sudut pandang terhadap distorsi gambar telah dilakukan. Secara keseluruhan, dapat ditemukan bahwa aplikasi ini mampu mereplikasi proses pembelajaran mengenai proses gel electrophoresis dengan cukup baik.

---

Gel electrophoresis is a method used in laboratories to separate molecules such as DNA, RNA or protein samples into fragments based on their size. This technique can be done by putting the samples in an agarose gel and applying an electrical current to initiate the separation. Its strong usefulness has resulted in it being a common experiment to be presented to students to learn in the laboratory. Since a single gel run can take a significant amount of time to complete, and human error may lengthen it, this project is aimed at creating an Augmented Reality (AR) application as a learning tool for students to study the gel electrophoresis process. It was developed using Unity 3D software with the Vuforia Software Development Kit (SDK). The main features of the application included an interactive pipetting mechanism, a user interface (UI) with clickable buttons to perform specific tasks, the realistic manner in which the gel electrophoresis process is simulated to occur, and a text display to guide the user on the steps to follow. It is also equipped with a reset button to restore the application to its original starting state either at the end of the process or if the process needed to be stopped for various reasons. Investigations on the effects of viewing angle on image distortion were made.  Overall, it has been found that the application is able to replicate the learning process of gel electrophoresis sufficiently well."

"Tuberkulosis (TB) merupakan penyakit infeksi yang disebabkan bakteri Mycobacterium tuberculosis dan dapat menyerang paru-paru serta organ lainnya. Sesuai dengan ketentuan target product profiles (TPP) TB gagasan World Health Organization (WHO), diperlukan pengembangan alat tes cepat penunjang yang dapat mendeteksi berbagai jenis kasus TB menggunakan sampel alternatif, salah satunya berupa urine. Tujuan penelitian ini adalah memperoleh informasi dasar terkait profil protein urine kelompok TB dan kelompok sehat melalui metode separasi protein sodium dodecyl sulphate- polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE), sebagai langkah penelitian awal penentuan marka protein TB. Metode penelitian diawali dengan pooling sampel urine subjek terkonfirmasi TB Paru (5), TB Ekstra-paru (5), TB-HIV (5), dan TB Klinis (5), serta lima subjek sehat sesuai kelompok. Isolasi protein dan SDS-PAGE dilakukan terhadap pooling sampel tersebut, dilanjutkan dengan pewarnaan coomassie brilliant blue, serta analisis profil protein hasil SDS-PAGE menggunakan ImageJ. Profil protein kelompok sehat dan empat kelompok TB menunjukkan perbedaan jumlah dan intensitas pita protein yang terekspresi. Kelompok TB-HIV memiliki 12 pita protein terekspresi dengan intensitas pita protein yang tinggi dibandingkan dengan kelompok TB lain maupun kelompok sehat. Kelompok sehat hanya memiliki satu pita protein terekspresi pada kisaran berat molekul 66,01 kDa. Sementara, hampir seluruh kelompok TB menunjukkan keseragaman protein yang tampak pada kategori pita protein berberat molekul menengah dan rendah. Terdapat tiga pita protein yang memiliki keseragaman pada keempat profil kelompok TB dengan intensitas dan konsentrasi terestimasi yang cukup tinggi, yaitu pita dengan berat molekul 52,83±56,31kDa, 48kDa, dan 23,8±24,57kDa. Melalui metode SDS-PAGE, profil protein urine kelompok sehat dan kelompok TB dapat diamati dengan keseragaman pita terekspresi pada kelompok TB yang juga berpotensi dalam penemuan marka protein TB yang inklusif. Untuk penelitian selanjutnya perlu dilakukan langkah identifikasi protein pada pita protein yang memiliki keseragaman.

---

Tuberculosis is an infectious disease caused by Mycobacterium tuberculosis which can cause infection in lungs and various other organs. In accordance with the provisions from WHO TB target product profiles (TPP), it is necessary to develop a rapid test that could detect various types of TB cases using an alternative sample, urine. The aim of this study was to obtain basic information regarding urine protein profile of TB groups and the healthy group through SDS-PAGE protein separation method, as an initial research step to determine TB protein markers. This research begins with pooling urine samples of confirmed subjects with pulmonary TB (5), extra-pulmonary TB (5), TB-HIV (5), and clinical TB (5), as well as 5 healthy subjects according to groups, after isolation and protein separation using SDS-PAGE, gel was stained using Commassie Brilliant Blue dye, and the end results were analyzed using ImageJ. The urine protein profiles of the healthy group and the four TB groups showed differences in the number, intensity, and estimated concentration of the expressed protein bands. The TB-HIV group had high-intensity protein expression and was dominantly expressed in the low molecular weight category. The protein profile of TB groups showed uniformity in the intermediate and low molecular weight categories. There are three protein bands that have uniformity in the four profiles of the TB group with fairly high estimated intensity and concentration, namely bands with molecular weights of 52.83±56.31kDa, 48kDa, and 23.8±24.57kDa. Through the SDS-PAGE method, the urine protein profiles of the healthy and TB groups were successfully observed, and the uniformity of protein bands expressed in the TB group also has the potential for the discovery of inclusive TB protein markers. For further research, it is necessary to identify the protein band that has uniformity."

"Latar Belakang: Human Platelet Lysates (HPL) yang berasal dari platelet yang melewati masa simpan belum diketahui efeknya pada kultur HUVEC. Tujuan: Mengevaluasi pengaruh waktu penyimpanan platelet pada HPL terhadap profil protein HUVEC. Metode: HUVEC dikultur dengan FBS, HPL fresh, dan HPL extended diuji dengan SDS-PAGE. Hasil: Intensitas band HPL fresh dan extended cenderung lebih tinggi. Ketebalan band HPL fresh dan extended lebih tinggi dibandingkan FBS pada band 4, dan lebih rendah pada band 3. Kisaran berat molekul protein HPL fresh dan extended tidak berbeda dibandingkan FBS. Simpulan: Profil protein HUVEC menggunakan HPL fresh dan extended identik dengan FBS.

---

Background: The effect of Human Platelet Lysates (HPL) derived, from platelets that have passed normal shelf life was unknown on HUVEC.

Objective: To determine shelf-life effect on HPL as FBS alternative on HUVEC protein profile. Method: HUVEC were cultured with FBS, fresh, extended HPL, and analyzed with SDS-PAGE. Results: Band intensity of fresh HPL tended to be higher. Band thickness of HPL higher than FBS in band 4th row band, and lower in 3rd row band. No difference were observed in protein molecular weight range between HPL fresh, extended, FBS. Conclusion: HUVEC protein profile cultured with fresh, extended HPL is identical with FBS.

"