Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Virus dengue merupakan penyebab demam berdarah dengue dan bersifat endemik di Indonesia. Kejadian luar biasa (KLB) demam berdarah dengue yang dulu terjadi setiap 5 tahun berubah menjadi setiap tahun sejak 1998. Strain virulen virus dengue yang berdaya infektivitas tinggi diduga merupakan pengubah pola KLB. Virulensi diduga dikendalikan oleh gen E.Penelitian bertujuan untuk karakterisasi genetik gen E terhadap 4 sampel virus dengue serta mengetahui penggolongan filogenetik virus dengue asal Jakarta dan Bandung di antara genotipe yang telah ada. Keempat sampel adalah isolat dengue serotipe 1, 2, 3, dan 4 (DEN-1,-2,-3, dan -4) dari penderita demam berdarah dengue yang dikoleksi oleh Viral Diseases Program US NAMRU-2 pada tahun 2003-2005.Metode penelitian adalah amplifikasi segmen struktural genom menggunakan teknik RT-PCR, sequencing gen E, alignment gen E sampel terhadap strain virus yang telah diketahui (ClustalX 1.83 dan MegAlign), serta analisis filogenetik berdasarkan metode neighbor-joining (ClustalX 1.83). Hasil RT-PCR pada DEN-1 berukuran 1.605 dan 1.449 pb (pasangan basa), pada DEN-2 berukuran 1.282 dan 1.505 pb, pada DEN-3 berukuran 1.541 dan 865 pb, serta pada DEN-4 berukuran 1.664 dan 1.339 pb. Hasil sequencing gen E DEN-1,-2,-4 berukuran 1.485 pb, sedangkan gen E DEN-3 berukuran 1.479 pb.Hasil tersebut menunjukkan tidak adanya delesi maupun insersi pada gen E keempat sampel. Terhadap prototype, gen E sampel DEN-1 mengalami substitusi histidin􀃆tirosin pada asam amino ke-437, sampel DEN-2 mengalami substitusi asam aspartat􀃆asam glutamat pada asam amino ke-329, sampel DEN-3 mengalami substitusi serin􀃆fenilalanin pada asam amino ke-124, dan sampel DEN-4 tidak mengalami substitusi yang spesifik. Sampel DEN-1 dan DEN-4 termasuk genotipe II, sampel DEN-2 anggota genotipe IV, sampel DEN-3 anggota genotipe I."

"Pandemi Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) terjadi akibat cepatnya penyebaran Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) sehingga membutuhkan uji yang cepat dan tepat. Real-time polymerase chain reaction(real-time PCR) menggunakan sampel swab nasofaring merupakan standar baku emas, namun sifatnya yang invasif dan tingginya risiko aerosolisasi menjadi kekurangan sampel swab nasofaring. Saliva dinilai dapat menjadi sampel alternatif dalam uji deteksi COVID-19 karena proses koleksi yang tidak invasif, risiko aerosolisasi rendah, serta dapat dilakukan tanpa kontak langsung dengan tenaga kesehatan. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini adalah 1) mengevaluasi potensi saliva dalam uji deteksi COVID-19 menggunakan metode real-time PCR dan gen deteksi Envelope (E) serta RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), 2) membandingkan hasil real-time PCR sampel swab nasofaring dengan sampel saliva untuk mendapatkan nilai diagnostik, serta 3) mengetahui pengaruh penyimpanan saliva pada suhu -80°C selama tiga dan enam bulan terhadap nilai cycle threshold (Ct) dari real-time PCR yang dilakukan. Metode yang dilakukan meliputi isolasi RNA dengan QIAamp Viral RNA mini kit, kuantifikasi RNA dengan spektrofotometer, amplifikasi dengan real-time PCR, serta analisis data. Hasil real-time PCR menunjukkan bahwa gen E dan RdRp terdeteksi pada 45 dari 128 sampel dengan rentang nilai Ct 14,953—34,8509 dan rata-rata 24,98. Nilai diagnostik yang dihasilkan berupa nilai sensitivitas sebesar 87,2%, spesifisitas 95,1%, positive predictive value (PPV) 91,1%, dan negative predictive value(NPV) 92,8%. Saliva yang disimpan dalam suhu -80°C menunjukkan nilai Ct yang tidak berbeda secara signifikan setelah 3 dan 6 bulan penyimpanan. Kesimpulan penelitian adalah saliva dapat digunakan sebagai sampel alternatif dalam deteksi COVID-19 dengan metode real-time PCR dan gen deteksi E serta RdRp menggunakan sampel yang disimpan selama 3 dan 6 bulan tanpa buffer di suhu -80°C meskipun belum memenuhi kriteria standar WHO.

---

The Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) pandemic occurred as a result of the rapid spread of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) thus requiring rapid and appropriate testing. Real-time polymerase chain reaction (real-time PCR) using nasopharyngeal swab samples is the gold standard, but its invasive nature and high risk of aerosolization is a shortage of nasopharyngeal swab samples. Saliva is considered to be an alternative sample in the COVID-19 detection test because the collection process is non-invasive, has a low risk of aerosolization, and can be done without direct contact with health workers. Therefore, the aims of this study were 1) to evaluate the potential of saliva in the COVID-19 detection test using the real-time PCR method and the Envelope (E) detection gene and RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), 2) to compare the results of real-time PCR nasopharyngeal swab samples with saliva samples to obtain diagnostic value, and 3) to determine the effect of storing saliva at -80°C for three and six months on the cycle threshold (Ct) value of the real-time PCR performed. The methods used included RNA isolation with the QIAamp Viral RNA mini kit, RNA quantification with a spectrophotometer, amplification with real-time PCR, and data analysis. Real-time PCR results showed that the E and RdRp genes were detected in 45 of 128 samples with a Ct value range of 14.953-34.8509 and an average of 24.98. The resulting diagnostic value was a sensitivity value of 87.2%, a specificity of 95.1%, a positive predictive value (PPV) of 91.1%, and a negative predictive value (NPV) of 92.8%. Saliva stored at -80°C showed Ct values that were not significantly different after 3 and 6 months of storage. The conclusion of the study is that saliva can be used as an alternative sample in detecting COVID-19 with the real-time PCR method and detecting E and RdRp genes using samples stored for 3 and 6 months without buffer at -80°C even though they do not meet WHO standard criteria."

"ABSTRAKRuang lingkup dan cara penelitian : Salah satu masalah utama dalam penanggulangan penyakit demam berdarah dengue adalah belum adanya cara diagnosis pemasti yang dapat diandalkan, terutama untuk pengelolaan penderita, walaupun berbagai cara diagnosis telah dikembangkan. Salah satu cara diagnosis pemasti yang saat ini sedang dikembangkan adalah penggunaan pelacak asam nukleat untuk mendeteksi RNA atau fragmen RNA virus dengue. Dalam penelitian ini akan dicoba teknik hibridisasi in situ menggunakan pelacak DNA yang komplementer terhadap fragmen RNA dari gen E, yaitu gen yang menyandi sintesis glikoprotein selubung virus dengue. Rekonstruksi pelacak cDNA dilakukan dengan mengklon plasmid pKS-DEN2 yaitu plasmid rekombinan yang mengandung cDNA yang spesifik terhadap virus dengue tipe 2, dan pKS-DEN3 yang mengandung cDNA yang spesifik terhadap virus dengue tipe 3, ke dalam E. coil DH5. Isolasi plasmid rekombinan dilakukan dengan cara "alkaline lysis method", setelah diamplifikasi dengan teknik "preparasi skala besar" dalam medium Luria Bertani cair yang mengandung ampisilin 50 ug/ml. Pelacak cDNA yang merupakan hasil pemotongan pKS-DEN2 dan pKS-DEN3 dengan enzim Hinc II dan BamHI, masing-masing sekitar 290 pasang basa, setelah dilabel dengan digoksigenin-11-dUTP, dipakai untuk mendeteksi virus dengue tipe 2 dan tipe 3, yang dibiakkan dalam sel Aedes albopictus klon C6/36. Hasil dan kesimpulan : Hasil percobaan menunjukkan bahwa pelacak cDNA yang berasal dari pKS-DEN2 dapat mendeteksi virus dengue tipe 2, sedangkan pelacak cDNA yang berasal dari plasmid pKS-DEN3 dapat mendeteksi virus dengue tipe 3, dalam sel C6/36 yang terinfeksi. Tidak terdapat reaksi silang diantara kedua pelacak tersebut. Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa pelacak cDNA yang merupakan fragmen restriksi Hinc II dan BamHI, yang masing-masing berasal dari pKS-DEN2 dan pKS-DEN3 secara spesifik dapat mendeteksi virus dengue yang sesuai dalam sel C6/36 yang terinfeksi, melalui hibridisasi DNA-RNA in situ. "

"Demam berdarah dengue (DBD) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus dengue, bersifat endemik di daerah tropis dan sub tropis, terutama di daerah perkotaan. Virus dengue yang ditransmisikan terutama oleh nyamuk Aedes aegypti juga merupakan penyakit arbovirus yang penting dalam ha[ morbiditas dan mortalitas. Di Indonesia, DBD pertama kali dilaporkan di Jakarta dan Surabaya pada tahun 1968. Tahun-tahun selanjutnya kasus DBD berfluktuasi jumlahnya setiap tahun dan cendenung meningkat. Faktor virus seperti variasi stereotipe dan genotipe virus dengue diyakini berperan menentukan derajat keparahan penyakit. Pada penelitian ini dilakukan analisis variasi genetik gen E dan NS I virus DEN-3 yang diisolasi dari pasien dengan manifestasi klinis yang berbeda, yaitu mulai clan yang ringan (DD) sampai yang terberat yaitu DBD dan DSS. Strain DS 002/06 (DD), DS 029/06 (DBD), DSA 02/06 (DSS) dan 17104 (DBD) diisolasi dan kasus dengue di Jakarta tahun 2004 dan 2006. Keempat strain tersebut kemudian dibandingkan dengan 11 strain DEN-3 yang berasal dan Indonesia dan Thailand. Homologi nukleotida gen E ditemukan berkisar antara 92,4 - 99.9%, sedangkan untuk asam amino E antara 96,5-100%. Sementara itu homologi gen NSI berkisar antara 92,1- 99,9% untuk nukleotida dan 97,1-100% untuk asam aminonya. Dijumpai berbagai variasi di sepanjang kedua gen tersebut, tetapi tidak ditemukan perbedaan yang spesifik yang bisa membedakan antara strain penyebab DD, DBD dan DSS. Analisis filogenetik menunjukkan bahwa semua strain strain DEN-3 Indonesia yang disolasi pada tahun 2004 dan 2006 konsisten berada di subtype I."