Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Demam berdarah Ebola adalah penyakit viral yang berasal dari genus Ebolavirus dan sangat mematikan jika masuk ke dalam tubuh primata termasuk manusia. Sampai sekarang, belum ada obat atau vaksin yang terbukti efektif melawan Ebolavirus. Salah satu spesies dari filovirus adalah Sudan Ebolavirus (SEBOV). Penyakit ini memiliki kemungkinan mematikan antara 50-70%. Dalam siklus hidupnya Ebola memilki berbagai komponen yang penting untuk keberlangsungan virus ini, salah satunya glikoprotein. Glikoprotein dalam Ebola memiliki inti dalam struktur GP1-GP2 yang berfungsi dalam replikasi Ebola. Molekul yang dapat menginhibisi glikoprotein ini menjanjikan suatu peluang untuk dijadikan obat terapi bagi para penderita Ebola. Senyawa flavonoid memiliki potensi menjadi obat karena sifat antiviralnya. Dalam penelitian ini, metoda digunakan untuk memahami potensi antiviral senyawa flavonoid dengan menginhibisi GP SEBOV melalui penambatan molekul dan simulasi dinamika molekul dengan MOE (Molecular Operating Environment) 2014.09. Lebih lanjut, bioavaibilitas oral dan prediksi toksisitas juga dilakukan untuk mendapatkan senyawa flavonoid terbaik. Hasilnya didapatkan SIanidin-3-(p-kuomaro) dengan afinitas ikatan terbaik kepada GP SEBOV dan sifat toksisitas yang baik.

---

Ebola Hemorrhagic Fever is a viral disease from the Ebolavirus genus and deadly to primates, including humans. Until now, no vaccine nor medicine could combat Ebolavirus effectively. One of the species from ebolavirus genus is Sudan Ebolavirus (SEBOV). SEBOV has a case fatality between 50-70%. In Ebola life cycle, Ebola has a different type of component which is very essential, one of them is glycoprotein (GP). GP has a GP1-GP2 core structure, which is crucial for mediate Ebolavirus and the host cell. Thus, any molecule that could inhibit glycoprotein has a potential to become an ideal therapeutics of Ebola hemorrhagic fever. Flavonoid compounds have potential because of their antiviral property. In this research, in silico method was conducted to understand the antiviral potential of flavonoid compound by inhibiting the SEBOV GP through molecular docking and molecular dynamics simulation using Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09. Moreover, the oral bioavailability and toxicity prediction of the flavonoid compounds were also performed to get the best flavonoid compounds. In the end, we found that Cyanidin-3-(p-cuomaro) with the best binding affinity to SEBOV GP and have low toxicity properties."

"Latar Belakang: Penurunan sensitivitas hingga resistensi terhadap tamoksifen sering terjadi dalam pengobatan kanker payudara jangka panjang. Salah satu penyebab utamanya adalah peningkatan ekspresi transporter efluks P-glikoprotein (P-gp) dan Breast Cancer Resistance Protein (BCRP). Kurkumin diketahui sebagai penghambat P-gp dan BCRP. Pemberian kurkumin pada sel yang telah menurun sensitivitasnya terhadap tamoksifen diharapkan mampu meningkatkan sensitivitas sel kanker payudara terhadap tamoksifen melalui penghambatan kedua transporter tersebut. Metode: Sel MCF-7 dipaparkan tamoksifen 1 µM selama 10 pasasi (sel MCF-7(T)), kemudian dianalisis perubahan sensitivitas sel terhadap tamoksifen melalui viabilitas sel dan ekspresi mRNA P-gp dan BCRP. Pada sel MCF-7(T), kurkumin diberikan dalam dosis 5, 10, dan 20 µM dengan atau tanpa tamoksifen selama 5 hari dan dianalisis viabilitas sel dan ekspresi mRNA P-gp dan BCRP pada hari ke-2 dan 5. Sebagai kontrol positif, verapamil 50 µM digunakan sebagai penghambat P-gp, ritonavir 15 µM dan nelfinavir 15 µM sebagai penghambat BCRP. Hasil: Setelah diberikan tamoksifen 1 µM selama 10 pasasi (44 hari), sel MCF-7(T) menurun sensitivitasnya terhadap tamoksifen yang dibuktikan dengan terjadinya pergeseran CC50 sebesar 32,08 kali, peningkatan viabilitas sel sebesar 106,4%, dan peningkatan ekspresi mRNA P-gp dan BCRP sebesar 10,82 kali dan 4,04 kali. Pemberian kurkumin dengan atau tanpa tamoksifen selama 5 hari dapat menurunkan viabilitas sel dan ekspresi mRNA P-gp dan BCRP (p < 0,05). Kesimpulan: Kurkumin meningkatkan sensitivitas sel MCF-7(T) terhadap tamoksifen yang ditandai dengan penurunan viabilitas sel dan ekspresi mRNA P-gp dan BCRP. Peningkatan sensitivitas tersebut diduga terjadi melalui penghambatan ekspresi mRNA P-gp dan BCRP oleh kurkumin.

---

Background: Decrease of sensitivity or resistance to tamoxifen occurs after long-term treatment in breast cancer. One of the major factor in tamoxifen resistance is overexpression of efflux transporter P-glycoprotein (P-gp) and Breast Cancer Resistance Protein (BCRP). Curcumin has been known as inhibitor of P-gp and BCRP. The addition of curcumin to tamoxifen resistant cells is expected to increase the sensitivity of breast cancer cells to tamoxifen.

Methods: MCF-7 breast cancer cell line was exposed with tamoxifen 1 µM for 10 passage (MCF-7(T)), then cell viability and mRNA expression of P-gp and BCRP were analyzed. To the MCF-7(T) cells, curcumin of 5, 10, dan 20 µM with or without tamoxifen was given for 5 days and cell viability and mRNA expression of P-gp and BCRP were analyzed on day 2 and 5. As positive control, verapamil 50 µM was used as P-gp inhibitor, ritonavir 15 µM and nelfinavir 15 µM were used as BCRP inhibitor.

Results: The administration of tamoxifen 1 µM for 10 passage (44 days), caused a decreased of MCF-7(T) cells sensitivity to the drug, with 32,08 times reduction in CC50 towards tamoxifen, increased of cell viability of 106,4%, and increased mRNA expression of P-gp and BCRP mRNA of 10,82 and 4,04 fold, respectively. The administration of curcumin with or without tamoxifen for 5 days reduced cell viability and the mRNA expression of P-gp mRNA and BCRP (p < 0,05).

Conclusion: Curcumin increased MCF-7(T) sensitivity to tamoxifen, characterized by decreased of cell viability and mRNA expression of P-gp and BCRP. Increased of sensitivity was estimated at least in part through inhibition of P-gp and BCRP mRNA expression by curcumin. "

"Virus ebola salah satu virus yang dapat menyebabkan penyakit bersifat letal (mematikan) dan menyebabkan perdarahan (hemorrhagic). Penularannya dapat terjadi dari manusia ke manusia, hewan (nonhuman-primata) ke manusia. Angka kematian yang disebabkan oleh virus ebola dapat mencapai ribuan jiwa dengan spesies yang sangat berbahaya adalah Zaire ebolavirus dari lima spesies yang ada. Hingga saat ini baik antiviral maupun vaksin yang efektif bagi manusia belum ditemukan. Dalam penelitian ini toremifen sebagai senyawa modulator estrogen reseptor (MER) dipilih sebagai sumber database ligan. Database ligan menggunakan metode flexophor yang memperhitungkan titik farmakofor. Metode ini menghasilkan 16001 derivat toremifen, kemudian discreening menggunakan paramater RO5 untuk mendapatkan senyawa- senyawa yang bersifat druglikeness. Sebanyak 9876 senyawa derivat toremifen diperoleh dari proses screening. Hasil screening kemudian digenerate dengan metode farmakofor untuk mendapatkan hits ligan. Sejumlah 580 hits ligan diperoleh pada proses penentuan titik farmakofor. Kemudian simulasi docking dilakukan sebanyak tiga kali pada hits ligan. Simulasi docking diawali dengan rigid docking, dilanjutkan dengan rigid docking dengan retain yang berbeda. Tujuan pengulangan rigid docking ini adalah untuk memvalidasi hasil docking awal. Simulasi docking terakhir yang dilakukan adalah flexible docking. Sebanyak 576 ligan diperoleh dari tiga tahapan simulasi docking. Sebanyak 576 ligan ini diseleksi berdasarkan nilai ΔG binding , nilai RMSD lebih kecil dari 2. Dari 576 ligan tersebut dipilih 63 ligan dengan nilai RMSD lebih kecil dari 2, kemudian dipilih kembali tiga ligan sebagai kandidat potensial senyawa obat yaitu L579, L533 dan L194. Kandidat potensial senyawa obat ini dipilih berdasarkan ligan interaksi dan hasil farmakologi. Untuk pemilihan senyawa terbaik sebagai antiviral potensial dilakukan simulasi dinamik untuk melihat kestabilan senyawa tersebut. Berdasarkan nilai ΔG binding , RMSD, ligan interaksi, hasil farmakologi, dan simulasi dinamik disimpulkan bahwa ligan dengan kode L533 adalah ligan terbaik sebagai senyawa potensial antiviral ebola dengan nilai ΔG binding -10,4460 kcal/mol, RMSD 0.4697 Å. Hasil farmakologi juga menunjukkan bahwa L533 memiliki karakteristik yang baik sebagai antiviral.

---

Ebola virus is one of the virus that causes lethal disease and bleeding (hemorrhagic). Transmission can occur from human to human, animal (nonhuman primate) to humans. The number of deaths caused by viral ebola can reach thousands of lives with most dangerous species is Zaire ebolavirus from five existing species. Until now neither antiviral nor an effective vaccine for humans have been found. In this study toremifene as modulator estrogen receptor compound (MER) was selected as the source of ligand database. The ligand database uses the flexophore method that takes into account the pharmacophore point. This method produces 16001 toremifene derivatives, then screened using RO5 parameters to obtain druglikeness compounds. A total of 9876 toremifene derivative compounds were obtained from the screening process. The screening results are then generated by the pharmacophore method to obtain ligand hits. A total of 580 ligand hits were obtained at the farmakofore point determination process. Ligand hits are then simulated docking three times. The docking simulation begins with rigid docking. Rigid docking was applied twice with different retain. The purpose of this rigid docking repetition is to validate the initial docking results. The last docking simulation is flexible docking. A total of 576 ligands were obtained from three stages of docking simulation. As many as 576 ligands were selected based on ΔG binding , RMSD less than 2. From 576 ligands were selected 63 ligands with RMSD less than 2. For further step, three selected ligands were choosen. Three selected ligands as candidate of drug compound are L579, L533 and L194. These candidates were selected based on interaction ligand and pharmacological analysis. Dynamics simulation was done to see the stability of the compound for the selection of the best potential antiviral. The selection based on ΔG binding, RMSD, ligand interaction, pharmacology analysis and dynamics simulation. Finally, it was concluded that L533 was the best ligand as a potential antiviral with ΔG binding -10.4460 kcal/ mol, RMSD 0.4697 A. The pharmacological analysis also show that L533 has good characteristics as an antiviral."

"COVID-19 atau Corona Virus Disease 2019 adalah penyakit yang disebabkan oleh severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2). SARS-CoV-2 masuk melalui saluran pernapasan dan menginfeksi paru-paru. Pada penelitian ini metode sensor elektrokimia menggunakan S-protein sebagai biomarker untuk mendeteksi SARS-CoV-2 dikembangkan dengan menggunakan dua jenis senyawa pengenal yang berbeda, yaitu umifenovir dan N-acetylneuraminic acid (Neu5Ac). Umifenovir dan Neu5Ac merupakan senyawa elektroakif yang mampu berikatan dengan spike glikoprotein SARS-CoV-2. Studi elektrokimia dengan metode voltametri siklik menunjukkan puncak arus oksidasi umifenovir pada elektroda screen-printed boron-doped diamond (SPE-BDD) pada potensial +0,29 V. Penambahan spike glikoprotein S2 SARS-CoV-2 pada larutan umifenovir menyebabkan penurunan puncak arus oksidasi dengan waktu kontak optimum 10 menit. Penurunan puncak arus oksidasi ini linear dengan meningkatnya konsentrasi spike glikoprotein S2 pada rentang konsentrasi 1 sampai 100 ng/mL dan limit deteksi (LOD) 18,98 ng/mL dan limit kuantifikasi (LOQ) 63,27 ng/mL dapat dicapai. Sementara itu, keberadaan senyawa Neu5Ac tidak menunjukkan respon pada elektroda SPE-BDD. Namun, pada elektroda screen-printed gold (SPGE) Neu5Ac dapat diidentifikasi dengan meningkatnya puncak arus reduksi Au pada potensial +0,23 V. Penambahan spike glikoprotein S1 SARS-CoV-2 pada larutan Neu5Ac menyebabkan penurunan puncak arus reduksi dengan waktu kontak optimum 10 menit. Penurunan ini linear dengan meningkatnya konsentrasi spike glikoprotein S1 pada rentang konsentrasi 1 sampai 100 ng/mL dengan nilai LOD dan LOQ masing-masing 21,80 ng/mL dan 72,69 ng/mL. Kedua jenis sensor memiliki keberulangan yang baik dengan % RSD kurang dari 5% pada 10 kali pengukuran. Sensor ini juga memiliki selektivitas yang baik dan tidak dipengaruhi keberadaan hemaglutinin H1N1 pada rentang konsentrasi 1 sampai 100 ng/mL yang ditambahkan pada pengukuran spike glikoprotein SARS-CoV-2.

---

COVID-19 or Corona Virus Disease 2019 is a disease caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2). SARS-CoV-2 enters through the respiratory tract and infects the lungs. In this study an electrochemical sensor method using S-protein as a biomarker to detect SARS-CoV-2 was developed using two different types of identifier compounds, namely umifenovir and N-acetylneuraminic acid (Neu5Ac). Umifenovir and Neu5Ac are electroactive compounds that are able to bind to the spike glycoprotein of SARS-CoV-2. An electrochemical study using the cyclic voltammetry method showed the peak of the oxidation current of umifenovir at a screen-printed electrode boron-doped diamond (SPE-BDD) at a potential of +0.29 V. The addition of spike glycoprotein S2 SARS-CoV-2 to the umifenovir solution caused a decrease in the peak of the oxidation current with an optimum contact time of 10 minutes. This decrease in the peak of the oxidation current was linear with increasing concentrations of the spike glycoprotein S2 in the concentration range of 1 to 100 ng/mL and a detection limit (LOD) of 18.98 ng/mL and a quantification limit (LOQ) of 63.27 ng/mL could be achieved. Meanwhile, the presence of the Neu5Ac compound did not show a response to the SPE-BDD electrode. However, on the screen-printed gold electrode (SPGE) Neu5Ac can be identified by increasing the peak reduction current of Au at a potential of +0.23 V. The addition of spike glycoprotein S1 SARS-CoV-2 to Neu5Ac solution causes a decrease in the peak of the reduction current with an optimum contact time of 10 minute. This decrease was linear with increasing concentrations of spike glycoprotein S1 in the concentration range of 1 to 100 ng/mL with LOD and LOQ values of 21.80 ng/mL and 72.69 ng/mL, respectively. Both types of sensors have good repeatability with % RSD less than 5% for 10 measurements. This sensor also has good selectivity and is not affected by the presence of hemagglutinin H1N1 in the concentration range of 1 to 100 ng/mL added to the measurement of the spike glycoprotein of SARS-CoV-2."

"SARS-CoV-2 merupakan virus RNA envelop dengan rantai untai tunggal positif yang menyebabkan COVID-19. Sejak awal teridentifikasi, SARS-CoV-2 menyebar secara luas dan cepat di seluruh dunia, sehingga WHO pada 11 Maret 2020 menyatakan COVID-19 sebagai suatu pandemi. SARS-CoV-2 mampu menginfeksi sel inang melalui proses pengikatan spike glikoprotein terhadap ACE2. Hingga saat ini, metode deteksi RT-PCR menjadi metode terbaik dalam deteksi COVID-19, namun penggunaannya dibatasi oleh reagen dan instrumentasi yang mahal. Oleh karena itu metode alternatif deteksi COVID-19 dapat menjadi solusi, salah satunya adalah sensor elektrokimia. Umifenovir (arbidol) merupakan senyawa elektroaktif yang dapat berinteraksi dengan spike glikoprotein SARS-CoV-2. Simulasi penambatan molekul menggunakan Molecular Operating Environment (MOE) memprediksi interaksi umifenovir-spike glikoprotein S2 SARS-CoV-2 terjadi secara optimum pada pH 7.4 dan temperatur 300K dengan △G binding -7.8414 kcal mol-1. Interaksi dimediasi oleh residu asam amino asam glutamat (Glu780) pada chain A. Uji interferensi menunjukkan kompleks umifenovir-HA H1N1 memberikan nilai △G binding -7.5822 kcal mol-1, namun tidak cukup kompetitif untuk mengganggu kompleks umifenovir-spike glikoprotein S2 SARS-CoV-2. Hasil studi komputasi kemudian menjadi acuan dalam pengukuran elektrokimia. Pada penelitian ini, perilaku elektrokimia umifenovir dipelajari menggunakan elektroda carbon foam (CF) yang dipreparasi secara hidrotermal-karbonisasi dan dikarakterisasi menggunakan instrumentasi XRD, FTIR, Raman, dan SEM-EDS. Elektroda carbon foam memiliki struktur berpori 3D dengan luas permukaan besar yang menyediakan situs reaksi reduksi-oksidasi bagi umifenovir. Melalui teknik cyclic voltammetry (CV) dan amperometri, ditemukan bahwa keberadaan spike glikoprotein S2 SARS-COV-2 menyebabkan penurunan respon arus umifenovir dengan waktu kontak optimum yaitu 5 menit. Pada konsentrasi yang sama, HA H1N1 dan spike glikoprotein S2 SARS-CoV-2 menyebabkan munculnya efek gabungan yang menurunkan respon arus umifenovir secara signifikan. Hasil tersebut mengindikasikan sensor elektrokimia umifenovir bersifat kurang selektif terhadap senyawa interferensi.

---

SARS-CoV-2 is a positive single-stranded RNA envelope virus that causes COVID-19. Since its initial identification, SARS-CoV-2 has spread widely and rapidly throughout the world, so the WHO on March 11, 2020 declared COVID-19 as a pandemic. SARS-CoV-2 is able to infect host cells through the binding process of spike glycoprotein to ACE2. Until now, the RT-PCR detection method has been the best method for detecting COVID-19, but its use is limited by expensive reagents and instrumentation. Therefore, an alternative method of detecting COVID-19 can be a solution, one of which is an electrochemical sensor. Umifenovir (arbidol) is an electroactive compound that can interact with the SARS-CoV-2 spike glycoprotein. Molecular docking simulation using Molecular Operating Environment (MOE) predicts the umifenovir-spike glycoprotein S2 SARS-CoV-2 interaction will occur optimally at pH 7.4 and temperature 300K with △G binding -7.8414 kcal mol-1. The interaction is mediated by the amino acid residue of glutamic acid (Glu780) in chain A. The interference test showed the umifenovir-HA H1N1 complex gave △G binding value of -7.5822 kcal mol-1, but was not competitive enough to interfere with the umifenovir-spike glycoprotein S2 complex of SARS-CoV. -2. The results of computational studies then become a reference in electrochemical measurements. In this study, the electrochemical behavior of umifenovir was studied using carbon foam (CF) electrodes prepared by hydrothermal carbonization and characterized using XRD, FTIR, Raman, and SEM-EDS instrumentation. The carbon foam electrode has a 3D porous structure with a large surface area that provides an oxidation-reduction reaction site for umifenovir. Through cyclic voltammetry (CV) and amperometry techniques, it was found that the presence of the SARS-COV-2 spike glycoprotein S2 caused a decrease in the current response of umifenovir with an optimum contact time of 5 minutes. At the same concentration, HA H1N1 and spike glycoprotein S2 SARS-CoV-2 caused a combined effect that significantly decreased the current response of umifenovir. These results indicate that the umifenovir electrochemical sensor is less selective for interfering compounds."

"SARS-CoV-2 merupakan virus RNA penyebab COVID-19 yang telah menjadi pandemi dunia selama dua tahun terakhir. Hingga saat ini, metode deteksi RT-PCR menjadi metode terbaik dalam deteksi COVID-19. Namun mahalnya biaya reagen dan instrumentasi menyebabkan diperlukannya metode lain yang lebih murah dan praktis. Sementara itu Umifenovir (arbidol) merupakan senyawa elektroaktif yang dapat berinteraksi dengan spike glikoprotein SARS-CoV-2. Pada penelitian ini interaksi umifenovir dan glikoprotein S2 dipelajari dengan studi elektrokimia di permukaan elektroda boron-doped diamond (BDD). Sebelum dilakukan studi elektrokimia, dilakukan studi penambatan molekul dengan Homology Modelling dan Molecular Docking menggunakan umifenovir. Studi interaksi umivenofir terhadap glikoprotein S2 SARS CoV-2 menghasilkan affinity binding sebesar -6,1 kcal/mol. Sedangkan studi elektrokimia umifenovir menggunakan elektroda BDD pada rentang potensial dari (-0,8 V) hingga (+0,8 V) dan scan rate 50 mV/s menunjukkan korelasi linear pada rentang konsentrasi 10- 100 μM. Selanjutnya deteksi spike glikoprotein S2 SARS CoV-2 menggunakan kondisi optimum dengan 100 μM umifenovir dan 0,0025 μg/mL spike glikoprotein melalui perbandingan 20:1 menunjukkan nilai limit deteksi (LoD) dan limit kuantifikasi (LoQ) berturut-turut sebesar 0,001497 μg/mL dan 0,004991 μg/mL. Hasil studi menunjukkan bahwa ode deteksi yang dikembangkan dengan elektroda BDD dapat digunakan untuk sampel klinis SARS-CoV-2.

---

SARS-CoV-2 is RNA virus causing Covid-19 which has become the global pandemic in the last two years. To date, RT-PCR is the best method for Covid-19 detection. However, the costly chemical reagents and instruments for this method suggesting another cheaper and practical method is necessary. Meanwhile, umifenovir (arbidol) is an electroactive compound which can interact with the SARS-CoV-2 glicoprotein spike. In this research, umifenovir interaction with glicoprotein S2 is investigated through the electrochemical study on the electrode surface of boron-doped diamond (BDD). Prior to the electrochemical study, computational study using Homology Modelling dan Molecular Docking was performed for umifenovir. Affinity binding of -6.1 kcal/mol was obtained from the umivenofir against glicoprotein S2 SARS CoV-2. On the other hand, the electrochemical study on umifenovir using BDD electrode in the potential range of -0.8 V to +0.8 Vand scan rate of 50 mV/s shows a linear correltaion in the concentration range of 10-100 μM. Moreover, the detection of S2 SARS CoV-2 glicoprotein spike using the optimum condition of 100 μM umifenovir and 0.0025 μg/mL glicoprotein spike with 20:1 ratio shows the limit of detection (LoD) and limit of quantification (LoQ) are 0.001497 μg/mL and 0.004991 μg/mL, respectively. The results of this study reveal that the detection method developed with BDD electorde can be applied for the real samples of SARS-CoV-2."