Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Bakteriosin merupakan suatu senyawa protein yang memiliki efek bakterisida terhadap mikroorganisme lain. Bakteri Weissella confusa MBF8-1 yang telah berhasil diisolasi dari produk ampas kacang kedelai terfermentasi, diketahui memiliki aktivitas Bacteriosin Like Inhibitory Substance (BLIS) terhadap bakteri Leuconostoc mesenteroides. Berdasarkan data pada GenBank, terdapat tiga jenis bakteriosin dari W.confusa MBF8-1, yaitu bakteriosin 1, 2, dan 3. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ekspresi dan karakterisasi salah satu bakteriosin yang dimiliki, yaitu bac2 dengan menggunakan SDS-PAGE. Dalam penelitian sebelumnya, peptida bakteriosin rekombinan Bac2 telah diklon ke Bacillus subtilis DB403. Keberadaan peptida rekombinan Bac2 telah diverifikasi dengan PCR menggunakan primer spesifik. Purifikasi dilakukan dengan menggunakan kolom afinitas HisTrap FF dan diliofilisasi dengan metode freeze-dry. SDS-PAGE digunakan untuk karakterisasi bobot molekul. Uji KHM terhadap bakteri uji Leuconostoc mesenteroides TISTR dilakukan sebagai uji aktivitas antimikroba serta konfirmasi karakterisasi. Hasil SDS-PAGE menunjukkan bahwa peptida Bac2 tidak berhasil dikarakterisasi, fraksi elusi Bac2 menunjukkan pita ukuran ± 84 kDa sedangkan kalkukasi sekuens asam amino diduga ukuran peptida Bac2 adalah 3,96 kDa. Hal ini terjadi karena terbentuknya agregat yang disebabkan oleh sifat bakteriosin. Uji KHM menunjukkan bahwa fraksi elusi Bac2 tidak memiliki aktivitas antimikroba yang potensial ketika diaplikasikan dalam bentuk bakteriosin tunggal. ...... Bacteriocin is a protein that has a bactericidal effect against other microorganisms. Weissella confusa MBF8-1 was isolated from waste of fermented soya and showed Bacteriosin Like Inhibitory Substance (BLIS) activity against bacteria Leuconostoc mesenteroides. Based on data on the GenBank, there are three types of bacteriocin produced by W.confusa MBF8-1, Bacteriocin 1,2,3. The objective of this study is to observe the expression and characterization one of bacteriocin, that is bac2 by using SDS-PAGE. In previous study, recombinant bacteriocin peptide Bac2 was cloned into Bacillus subtilis DB403. The existence of recombinant peptide Bac2 has been successfully proved by PCR with spesific primer. Purification method have been done using HisTrap FF affinity coloumn and was liofilized using freeze-dry method. SDS-PAGE has been done to characterize its molecular mass and showed that Bac2 peptide cannot be successfully characterized. Bac2 elution fraction showed band at size ± 84 kDa while by calculation amino acid sequence the molecular mass should be 3,96 kDa. Its happened due to aggregation caused by characteristic of bacteriocin. Minimum Inhibitory concentrations (MIC) test against Leuconostoc mesenteroides TISTR have been done as an antimicrobial activity assay and confirmation of characterization, the result didn?t show potential activity at elution fraction when application as a single bacteriocin.

Abstrak :
Bakteriosin telah dikenal sebagai polipeptida kecil yang memiliki aktivitas antimikroba dan disintesis oleh banyak bakteri. Pada penelitian sebelumnya, ditemukan adanya tiga peptida dengan motif glisin ganda yang diduga bakteriosin dalam Weissella confusa MBF8-1. Ketiga bakteriosin tersebut telah berhasil diklon pada Bacillus subtilis DB403. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ekspresi dan karakterisasi peptida rekombinan bakteriosin, khususnya Bac1 menggunakan metode elektroforesis Sodium Dodecyl Sulphate Polyacrilamide Gel (SDS - PAGE). Bacillus subtilis DB403 dibiakkan dan diinduksi dengan Xylosa untuk melihat ekspresi peptida rekombinan. Kemudian sel diresupensi dan dipurifikasi dengan Kolom Afinitas HisTrap FF 5 mL yang diikuti dengan liofilisasi. Karakterisasi diamati menggunakan SDS - PAGE dan dikonfirmasi menggunakan uji aktivitas antimikroba yang menunjukkan konsentrasi hambat minimal (KHM). Bakteri indikator yang digunakan adalah Leuconstoc mesenteroides TISTR120. Adanya gen bac1 dibuktikan dengan Polymerase Chain Reaction menggunakan plasmid sebagai template dan pasangan primer spesifik. Berdasarkan terjadinya misfolding dan agregasi yang disebabkan adanya penambahan Histidin tag pada bac1, peptida Bac1 tidak berhasil dikarakterisasi menggunakan SDS - PAGE. Fraksi elution buffer Bac1 menunjukkan adanya pita tunggal pada ukuran 96 kDa. Sedangkan prediksi kalkulasi berat molekul menggunakan sekuens asam amino menunjukkan bobot molekul Bac1 adalah 4,9 kDa. Hasil Uji KHM tidak menunjukkan aktivitas potensial Bac1 sebagai bakteriosin tunggal. ...... Bacteriocin is a well-known ribosommally synthesized polypeptide by many bacteria, which has antimicrobial effect. In a previous study, three putative double glycine motive peptide encoded in Weissella confusa MBF8-1. These putative bacteriocins were cloned in Bacillus subtilis DB403. This study aims to observe expression and characterization recombinant bacteriocin, in particular Bac1 using Sodium Dodecyl Sulphate Polyacrilamide Gel (SDS - PAGE) method. B.subtilis DB403 was cultivated and induced with xyllose to observe the expression of recombinant peptide. Then, cell was resuspended and purified with HisTrap FF Affinity Column 5 mL, followed by lyophilization. Characterization was done by SDS ? PAGE and was confirmed by antimicrobial activity assay performing Minimum Inhibitory Concentration (MIC). Indicator bacteria used was Leuconostoc mesenteroides TISTR120. The existence of bac1 gene has been proved by Polymerase Chain Reaction (PCR) using plasmid as template and specific primer pairs. It is assumed that due to malfolding and aggreggation caused by Histidin tag added to bac1 gene, Bac1 peptide cannot be succesfully characterized by SDS - PAGE. Analysis of Bac1 fraction from elution buffer step resulted a single band at 96 kDa. While, predictive calculation of molecular weight by Bac1 amino acid sequence is 4.9 kDa. MIC assay result did not show potential activity of Bac1 as a single bacteriocin.