Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKMalaria merupakan salah satu penyakit yang menyebabkan korban jutaan jiwasetiap tahun. Plasmepsin adalah enzim utama di antara enzim lain dalam siklushidup plasmodium penyebab malaria yang mendegradasi hemoglobin selama faseeritrosit di dalam vakuola makanan. Dewasa ini, industri farmasi telah berupayauntuk mengembangkan agen terapetik yang dapat menyembuhkan penyakitmalaria melalui penemuan senyawa baru penghambat plasmepsin mengingatadanya penyebaran strain yang resisten terhadap obat antimalaria. Namun, karenabiaya yang tinggi dan waktu yang lama, metode konvensional untuk penemuanobat baru yang dilakukan secara in vivo dan in vitro sulit terealisasikan sehinggapara ilmuwan kemudian beralih kepada metode baru yaitu penapisan in silico.Jenis penapisan in silico yang akan dilakukan dalam penelitian ini adalahpenapisan berbasis struktur dengan menggunakan Basis Data Tanaman ObatIndonesia dan perangkat lunak GOLD. Berdasarkan penapisan ini, didapatkanhasil 11 kandidat senyawa inhibitor yang diharapkan dapat dikembangkan sebagaiobat antimalaria. Senyawa tersebut yaitu Trimyristin; Cyanidin 3,5-di-(6-malonylglucoside); Isoscutellarein 4?-methyl ether 8-(6?-n-butylglucuronide);Cyanidin 3-(6?-malonylglucoside)-5-glucoside; Multifloroside; Delphinidin 3-(2-rhamnosyl-6-malonylglucoside); Delphinidin 3-(6-malonylglucoside)-3?,5?-di-(6-p-coumaroylglucoside); Cyanidin 3-[6-(6-sinapylglucosyl)-2-xylosylgalactoside;Kaempferol 3-glucosyl-(1-3)-rhamnosyl-(1-6)-galactoside; Sanggenofuran A; danLycopene dengan kisaran GOLDScore dari 78,4647 sampai 98,2836. Duakandidat di antaranya berikatan dengan seluruh residu dari sisi katalitikplasmepsin yaitu Asp34 dan Asp214.

---

ABSTRACTMalaria is one of diseases that annually emerge millions victim. Among the other

enzymes, plasmepsin is the main enzyme in plasmodium life cycle that degrades

hemoglobin during erythrocytic phase in food vacuole. Recently, pharmaceutical

industries have been trying to develop therapeutic agents that be able to cure

malaria through discovery of new plasmepsin inhibitor compounds, regarding to

the spread of drug-resistant strains for antimalarial. However, due to high cost and

long term, conventional methods for discovery of new drugs that were done in

vivo and in vitro were difficult to be realized so that the scientists then shift to the

new method called in silico screening. The chosen in silico screening method in

this experiment is structure-based screening by using GOLD software and

Indonesian Medicinal Plants Database. Based on the obtained results from this

screening, there are 11 inhibitor candidates which are expected to be developed as

antimalarial. These compounds are Trimyristin; Cyanidin 3,5-di-(6-

malonylglucoside); Isoscutellarein 4?-methyl ether 8-(6?-n-butylglucuronide);

Cyanidin 3-(6?-malonylglucoside)-5-glucoside; Multifloroside; Delphinidin 3-(2-

rhamnosyl-6-malonylglucoside); Delphinidin 3-(6-malonylglucoside)-3?,5?-di-(6-

p-coumaroylglucoside); Cyanidin 3-[6-(6-sinapylglucosyl)-2-xylosylgalactoside;

Kaempferol 3-glucosyl-(1-3)-rhamnosyl-(1-6)-galactoside; Sanggenofuran A; and

Lycopene with GOLDScore range from 78,4647 to 98,2836. Two of them bind

with all residues in catalytic site of plasmepsin which are Asp34 and Asp214."

"Avian influenza (H5N1) merupakan suatu penyakit yang disebabkanolen virus influenza tipe A yang dapat menyebabkan kematian cukup tinggi.Kasus virus influenza A yang mematikan bagi manusia antara lain H1 N1tahun 1918, H2N2 tahun 1957-1958, H3N2 pada tahun 1987-1988, dankasus terbaru adalah H1 N1 tahun 2009. Hal ini menjelaskan banwa mutasiyang terjadi dapat mempengaruhi tingkat patogenisitas dari virus influenza.Analisis mutasi secara in silico dapat dilakukan dengan menggunakanmetode multiple allignment disertai pembuatan phylogenetic tree. Mutasiyang diamati untuk Hemagglutinin (HA) dilakukan pada daerah deavage site,sedangkan untuk Non Struktural (NS) 1 dan Matrik(M) 1 dilakukan padaseluruh daerah pada sekuen. Pola untuk H5N1 Indonesia dan Hongkongpada cleavage site HA adalah R-X-K/R-R, sedangkan sekuen subtipe H1 N1,H1 N2, dan H3N2 tidak memiliki pola ini. Pola ini menyebabkan HA H5N1mudan terpotong oleh furin sesuai hasil prediksi pro-P (furin). Mutasi spesifikpada sekuen NS1 untuk kontrol (A/Indonesia/5/2005 (H5N 1),A/Indonesia/CDC1 032/2007 (H5N 1), A/Hong Kong/1 56/97 (H5N 1), A/BrevigMission/1/18 (H 1N 1), A/Mexico/InDRE4487/2009 (H 1N 1) ) ternaclap subtipeH1 N1, H1 N2, dan H3N2 terdapat di posisi 53. Pada M1 tidak ditemukanposisi mutasi spesifik untuk kontrol yang identik untuk ketiga subtipe tersebutSekuen NS1 dan M1 kontrol maupun subtipe H1 N1, H1 N2, dan H3N2 memiliki nilai IC5O dibawan 5OnM sehingga masih dapat dikenali dengan baikoleh sistem imun host. Mutasi spesifik tidak terjadi pada daerah pengenalanepitope. Hasil mutasi spesifik yang terjadi ini baik untuk NS1 dan M1 tidakmempengaruhi perubahan struktur sekunder maupun struktur tersier proteinsecara signifikan dari kontrol dengan sekuen H1N1, H1N2, dan H3N2. Hal initerlihat dari nilai RMSD (Root Mean Square Deviation) setelah dilakukansuperimpose terhadap struktur protein 3D nasil prediksi"

"Kandidiasis merupakan suatu penyakit kulit yang diakibatkan oleh Candida krusei yang telah resisten terhadap antijamur Flukonazol. Resistensi disebabkan gen penanda: ERG11, FKS1, ABC1 dan ABC2 yang meningkatkan aktivitas membran transporter. Maka diperlukan pencarian kandidat antijamur yang dapat menggantikan Flukonazol, dimulai dengan memanfaatkan senyawa fenolik yang terdapat pada tanaman herbal. Penelitian ini dilakukan untuk mencari kandidat antijamur Candida krusei dari golongan senyawa fenolik melalui perspektif studi In Silico dengan protein target Enzim lanosterol 14 α-demetilase dengan kode PDB 5V5Z. Aplikasi LiganScout digunakan untuk Virtual Screening, ditemukan beberapa senyawa fenolik, diambil tiga senyawa yaitu Eugenol, Kuersetin, dan Asam Galat. Dilanjutkan dengan penambatan molekular menggunakan Aplikasi Molegro 2011. Hasil penambatan molekular senyawa ligan natif, Flukonazol, dan ketiga senyawa fenolik terhadap Enzim lanosterol 14α-demetilase wild type menunjukkan rerank score berturut-turut: -154.433; -98.3027; -97.4626; -66.4573 dan -65.2084, sedangkan rerank score mutan: -31.0348; -99.4858; -92.1078; -63.9848; dan -62.6408. Ketiga senyawa fenolik menunjukkan potensi antijamur karena rerank score lebih baik dari ligan natif, meski tidak lebih baik dari rerank score Flukonazole. Dilakukan uji aktivitas Antijamur ketiga senyawa fenolik dan Flukonazol, didapatkan nilai uji hambat berturut-turut 3,33; 1,25; 0,63 dan 0 mm. Hal ini menunjukkan ketiga senyawa fenolik berpotensi sebagai Antijamur menggantikan Flukonazol di masa depan.

---

Candidiasis is a dermatological condition caused by the fungus Candida krusei, which exhibits resistance to the antifungal medication Fluconazole. The presence of marker genes, namely ERG11, FKS1, ABC1, and ABC2, leads to resistance via enhancing the function of membrane transporters. It is imperative to seek other antifungal options to replace Fluconazole. This can be achieved by harnessing the potential of phenolic chemicals derived from herbal plants. The purpose of this study was to identify potential antifungal agents for Candida krusei from the phenolic chemical category using In Silico experiments, focusing on the lanosterol 14 α-demethylase enzyme with the PDB code 5V5Z. The LiganScout software was employed for Virtual Screening, resulting in the identification of many phenolic compounds. Three specific compounds were selected, namely Eugenol, Kuersetin, and Gallic Acid. Subsequently, molecular docking was performed utilizing the Molegro 2011 Application. The molecular docking results of the natif ligan compound, Fluconazole, and the three phenolic compounds against the wild type lanosterol 14α-demethylase enzyme yielded rerank scores of -154.433, -98.3027, -97.4626, -66.4573, and -65.2084 respectively. The mutant rerank scores were -31.0348, -99.4858, -92.1078, -63.9848, and -62.6408. The three phenolic compounds exhibited antifungal efficacy as their rerank score surpassed that of the natural ligan, while it did not surpass the rerank score of Fluconazole. The antifungal activity of the three phenolic compounds and Fluconazole was individually examined using an inhibition test. The corresponding inhibition test values were 3.33 mm, 1.25 mm, 0.63 mm, and 0 mm, respectively. These findings demonstrate that the three phenolic compounds possess the capacity to function as antifungal agents, potentially replacing Fluconazole in the future."

"ABSTRAKProses pematangan spermatozoa terjadi karena adanya interaksi antara protein dengan membran plasma spermatozoa. Walaupun proses pematangan spermatozoa ini sangat penting, namun gen yang berperan dalam sekresi protein di epididimis ini masih banyak yang belum dikarakterisasi. Gen-gen yang berperan dalam proses pematangan spermatozoa umumnya merupakan protein sekretorik, terekspresi pada segmen spesifik, diregulasi androgen, faktor testikular dan perkembangan postnatal. Pada penelitian sebelumnya diketahui bahwa b-defensin merupakan gen yang banyak terekspresi di organ reproduksi pria dan memiliki peran dalam pertahanan tubuh dan pematangan spermatozoa. Penelitian ini dilakukan untuk mengkarakterisasi ekspresi gen Defb20 untuk mengetahui perannya dalam proses pematangan spermatozoa. Studi in silico dilakukan untuk prediksi struktur gen, signal peptide dan domain fungsional. Quantitative real-time PCR digunakan untuk mengukur ekspresi gen Defb20 pada analisis sebaran jaringan, regulasi androgen dan faktor testikular serta postnatal developmen. Hasil penelitian mendapatkan bahwa sekuen Defb20 mengandung domain penting seperti N-myristoilation dan beberapa situs phosporilasi protein kinase yang mungkin berperan dalam mekanisme interaksi protein dengan membran plasma. Sekuen asam amino Defb20 mengandung signal peptides, mengindikasikan protein yang disekresikan dan terlibat dalam proses pematangan spermatozoa. -defensins 20 (Defb20) terekspresi spesifik di epididimis dengan ekspresi tertinggi terdapat pada kaput epididimis. Defb20 diregulasi oleh androgen yang ditunjukkan dengan adanya penurunan ekspresi Defb20 paska dilakukan gonadektomi dan kondisi ini dapat diperbaiki dengan pemberian hormon pengganti. Defb20 juga diregulasi oleh faktor testikular, yang dibuktikan dari menurunnya ekspresi Defb20 setelah ligasi pada duktus eferen (efferent duct ligation (EDL)). Defb20 mulai terekspresi pada hari ke-21 setelah lahir yang mengindikasikan gen Defb20 terekspresipada suatu periode perkembangan epididimis. Berdasarkan hasil penelitian disimpulkan bahwa Defb20 memiliki karakteristik ekspresi : mengandung signal peptide yang mengarahkan sintesis protein pada jalur sekretorik, spesifik terekspresi di epididimis, diregulasi androgen dan faktor testikular serta mulai terekspresi pada masa pubertas hingga dewasa

---

ABSTRACTEpididymal sperm maturation occurs via interactions between sperm and proteins secreted by the epididymal epithelium. Although this is an important process, the genes that encode secreted proteins remain largely uncharacterized. The genes that play a role in sperm maturation process has character, among others; is a secretory protein, expressed specifically in the epididymis, regulated by androgen, testicular factor, and postnatal development. Previous studies showed that family of-defensins preferentially eaxpressed in male reproductive tracts and play an important role in both innate immunity and sperm fertility. This study aimed to characterize Defb20 to understand its role in sperm maturation. This study using in silico analyses and quantitative real-time PCR (qRT-PCR). In silico analyses were performed to predict gene structure, signal peptides and functional domains. Defb20 expression in various tissues, after gonadectomy, efferent duct ligation and postnatal development were measured using quantitative real-time RT-PCR. Defb20 sequence contains important domains such as N-myristoilation and kinase binding sites which are putatively involved in the protein activation and protein-plasma membrane interaction. The amino acid sequence of Defb20 contains signal peptides, indicating characteristic of secretory proteins involved in the sperm maturation. β-defensins 20 (Defb20) was expressed exclusively in the epididymis with the highest expression in the caput region. Defb20 was regulated by androgen showing down-regulation after gonadectomy and the expression was recovered after testosterone replacement. However, Defb20 was also regulated by testicular factors in which the expression was down-regulated after efferent duct ligation (EDL). The dependency on the androgen was further confirmed by postnatal expression analysis in which Defb20 begin to express at day21 postnatal indicating specific stage of expression after initial development of the epididymis. In conclusion, Defb20 have a potential to be involved in the epididymal sperm maturation process. Defb20 has characteristic expression; has a signal peptide sequence that directs synthesis in the secretory pathway, specifically expressed in the epididymis, androgen and testicular factors regulated, and expressed in puberty to adulthood"

"Siklooksigenase (Cyclooxygenase - COX) merupakan enzim yang mengkonversi asam arakidonat menjadi prostaglandin. Prostaglandin berperan penting dalam menimbulkan respons inflamasi dan berbagai respons fisiologis lainnya. Dikenal dua jenis isozim siklooksigenase, COX-1 dan COX-2. Aktivasi siklooksigenase-2 umumnya terinduksi oleh rangsangan dan tidak terus-menerus sehingga menjadi target inhibisi dari obat-obat selektif inhibitor siklogenase terbaru. Kurkumin, senyawa aktif dari Curcuma longa, dan analog alamiahnya memiliki aktivitas inhibisi sikloksigenase-2 yang teramati secara in vitro dan in vivo pada penelitian sebelumnya. Pada penelitian ini, dilakukan pengujian secara in silico melalui penambatan molekuler untuk mengamati aktivitas inhibisi siklooksigenase-2 beberapa analog kurkumin turunan dibenzilidenasikloheksanon. Dari hasil penambatan molekuler kemudian analog diperingkatkan konstanta inhibisinya, Ki. Analog yang paling poten sebagai inhibitor COX-2 dari hasil penelitian ini adalah analog III. Daerah pengikatan substrat penting untuk COX-2 yang teramati pada penelitan ini meliputi residu-residu Tyr 355, Phe 381, Tyr 385, Leu 384, dan Trp 387.

---

Cyclooxygenase (COX) is an enzyme that converting arachidonic acid (AA) to prostaglandin. Prostaglandin has an important role of inducing inflammation and other physiological responses. There are two types of cyclooxygenase isozyme, COX-1 and COX-2. Cyclooxygenase-2 activation in general was induced by stimulation and was not constitutive therefore it became inhibition target of the newer selective cyclooxygenase inhibitor drugs. Curcumin, active compound from Curcuma longa, and its natural analogues were shown to have cyclooxygenase-2 inhibition activity. This activity has been observed by in vitro and in silico method in the previous researches. In this research, in silico test was done using molecular docking method to observe cyclooxygenase inhibition activity of some dibenzilydenecyclohexanone derived curcumin analogues. From the result of molecular docking, the analogues were ranked based on its ΔG binding energy and inhibition constant, Ki. In this research, the most potential analogue as COX-2 inhibitor was analogue III. Important binding area of the COX-2 substrate was comprised of Tyr 355, Phe 381, Tyr 385, Leu 384, and Trp 387 residues."

"Influenza) AI H5N1 merupakan salah satu penyakit menular akibat virus yang sangat menakutkan karena dapat menjadi pandemik dan mortalitasnya yang sangat tinggi pada manusia. Vaksin AI H5N1 untuk manusia sangat sulit dibuat terkait tingginya HLA polymorphism pada manusia dan virus H5N1 yang mudah bermutasi melalui antigenic drift dan reassortment. Beberapa epitope telah diprediksi dari perwakilan protein hemagglutinin, neuraminidase, dan matrik 2 baik host human maupun host avian yang diseleksi melalui multiple sequence alignment (server T-Coffee). Pendekatan in silico dilakukan melalui kombinasi prediksi pada tahap-tahap respon imun oleh adanya antigen yaitu; proteasomal cleavage (PAPROC), Transporter Antigen Processing (TAP) binding (TAPPred), dan Major Histocompatibility complex (MHC) I binding (ProPredI) pada 47 allele Human Leukocyte Antigen (HLA) A, B dan C. Untuk meningkatkan respon imun, epitope MHC II juga diprediksi melalui ProPredII pada 51 allele HLA-DR. Epitope B-cell diprediksi dengan DiscoTope 1.0 server (conformational epitope) dan BepiPred 1_0b Server (sequential epitope). Vaksin peptida polyvalent (polytope) diperoleh dari kombinasi terbaik epitope B-cell dan T-cell sebagai representasi variasi allele HLA dan protein virus sehingga diharapkan mampu memberikan respon imun humoral dan selular terhadap lebih dari satu subtipe virus H5N1 dan/ atau mencegah virus influenza tipe A lain. Kandidat vaksin ditentukan berdasarkan konservasi score dan evaluasi visual accessibility struktur 3D. Struktur 3D virus dan vaksin diprediksi dan dimodelling menggunakan server CPHmodels dan Molecular Visualisation & Modelling (MVM). Hasil struktur 3D dianalisis dan divalidasi menggunakan MVM, Ramachandran Plot (RAMPAGE), BLASTp (database protein human- PDB virus native), dan FeatureMap3D. Kandidat vaksin peptida yang terdiri dari 260 asam amino dari epitope MHC I, MHC II, dan B-cell ternyata masih memiliki struktur 3D yang mirip dengan protein envelope virus native sehingga diprediksi dapat memicu respon imun yang sama seperti pada protein virus native."

"Agen pencerah kulit sintetik dinilai kurang aman untuk digunakan karena dapat menimbulkan efek samping pada penggunaan jangka panjang. Oleh karena itu, dilakukan pencarian bahan-bahan pencerah kulit berbasis tanaman yang lebih aman. Penelitian ini dilakukan untuk memperoleh tanaman Indonesia yang memiliki potensi sebagai inhibitor tirosinase menggunakan penapisan in silico dengan piranti lunak penambatan molekul AutoDock Vina. Pengujian secara in vitro terhadap penghambatan tirosinase dilakukan terhadap ekstrak dan fraksi daun trengguli (Cassia fistula L.) yang mengandung senyawa ent-epikatekin-(4α→8)-ent-epikatekin dan clitorin yang menempati peringkat 10 besar dari hasil penapisan virtual. Pengujian aktivitas penghambatan tirosinase dilakukan dengan mengukur penurunan intensitas warna yang menunjukkan penghambatan pembentukan dopakrom dalam reaksi L-DOPA-tirosinase. Parameter adanya aktivitas ditunjukkan oleh nilai IC50 dan persentase inhibisi. Hasil uji aktivitas penghambatan tirosinase menunjukkan fraksi air daun trengguli (Cassia fistula L.) memiliki nilai IC50 tertinggi (152,031 µg/mL). Uji kinetika enzim menunjukkan fraksi air daun trengguli menginhibisi tirosinase secara kompetitif campuran. Hasil identifikasi golongan senyawa menunjukkan bahwa fraksi air daun trengguli mengandung alkaloid, flavonoid, glikosida, fenol, dan tanin.

---

Synthetic skin lightening agents are considered less safe to use because it can cause side effects in long term use. Because of that, recent researches are aimed to search plant-based skin lightening agents which is considered safer. This research was conducted to obtain Indonesian plants that have potential as tyrosinase inhibitors using in silico screening with AutoDock Vina. In vitro assay on the inhibition of tyrosinase was performed on extract and fractions of trengguli leaves (Cassia fistula L.) containing ent-epicatechin-(4α→8)-ent-epicatechin and clitorin which ranks the top 10 results of virtual screening. Tyrosinase inhibitory activity assay performed by measuring the decrease in the intensity of color that suggests inhibition of dopachrome formation resulted from L-DOPA-tyrosinase reaction. The parameters of the activity shown by the IC50 values ​​and the percentage of inhibition. The test results showed tyrosinase inhibitory activity of water fraction of trengguli leaves extract (Cassia fistula L.) had the highest IC50 values ​​(152.031 µg/mL). Enzyme kinetics assay showed that water fraction of trengguli leaves extract inhibits tyrosinase with mixed inhibition type. Phytochemical screening showed that water fraction of trengguli leaves extract contain alkaloids, flavonoids, glycosides, phenols, and tannins."

"Hiperurisemia merupakan salah satu penyakit metabolisme dimana kadar asam urat di dalam darah melebihi 7 mg/dL. Pada tahun 2017, diperkirakan terdapat 7.44 juta kasus hiperurisemia dan gout di seluruh dunia. Melinjo merupakan tanaman yang kaya akan komponen bioaktif yang memiliki fungsi antihiperurisemia yaitu flavonoid. Penelitian ini memiliki tumuan untuk menginvestigasi ekstraksi optimum berdasarkan metode ekstraksi, jenis pelarut, dan waktu ekstraksi. Metode ekstraksi yang dibandingkan adalah dekoksi dan refluks dengan jenis pelarut yang berbeda. Jumlah flavonoid terbanyak didapatkan menggunakan ekstraksi refluks selama 90 menit menggunakan pelarut ethanol 80% dengan jumlah flavonoid sebanyak 0.696 mg QE/mL. Didapatkan juga nilai perpindahan massa tertinggi menggunakan pelarut ethanol 80% menggunakan metode refluks dengan koefisien perpindahan massa sebanyak 0.822 cm/s. Analisis LC-MS juga dilakukan untuk mengetahui keberadaan flavonoid golongan kaempferol-3-rhamnoside, quercitrin, dan quercetin 3, 7 dirhamnoside. Kemampuan ekstrak sebagai agen antihiperurisemia juga dipelajari melalui uji in-silico dengan metode molecular docking menggunakan program Molecular Operating Agent (MOE) untuk mempelajari interaksi antara protein penyebab hiperurisemia dan komponen bioaktif melinjo dengan Allopurinol yang merupakan sebuah obat sediaan farmasi. Penambatan molecular menunjukkan interaksi antara protein penyebab hiperurisemia dan komponen bioaktif pada melinjo dalam bentuk pengikatan energi bebas dan konstanta inhibisi. Bentuk permodelan ini juga menunjukkan efektivitas antara tiap dosis dari ekstrak melinjo.

---

Hyperuricemia is a form of metabolic disorder where the uric acid level in blood is increased above 7 mg/dL. In 2017, there were estimated around 7.44 million cases of hyperuricemia and gout worldwide. Melinjo is rich in a bioactive component that has an antihyperuricemic function which is flavonoid. This research aims to investigate the optimum extraction based on extraction method, type of solvent, and extraction time. The extraction methods being compared are decoction and reflux method with a variety of solvent. The highest flavonoid content was detected through reflux extraction for 90 minutes using 80% ethanol as its solvent, having the value of 0.595 mg QE/mL. Mass transfer coefficient is also investigated here in which it unveils that reflux using 80% ethanol has the highest mass transfer coefficient with 0.822 cm/s. LC-MS analysis was then conducted which unveiled the presence of kaempferol-3-rhamnoside, quercitrin, and quercetin 3, 7 dirhamnoside flavonoids. The extract’s ability as anti hyperuricemia agent is then investigated through in-silico testing by using molecular docking with Molecular Operating Agent (MOE) program to study the interaction between hyperuricemic causing proteins with active substance of Melinjo interact in comparison with Allopurinol, a pharmaceutical drugs. Molecular docking unveils that melinjo’s active substance interacts with protein that causes hyperuricemia in the form of free binding energy and inhibition constant. This modeling also unveils the effectiveness of every dose of melinjo extract."