Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
iNOS merupakan enzim yang diketahui terekspresi pada sel kanker kolorektal dan dapat mempengaruhi tumorigenesis kanker kolorektal dengan cara menghasilkan Nitrat Oksida (NO) dalam jumlah banyak, sehingga memicu terbentuknya p53 mutan. Tingginya prevalensi kanker kolorektal di Indonesia dan beberapa efek samping serius yang dihasilkan dari pengobatan kanker kolorektal melalui kemoterapi, menjadikan pencarian senyawa lain yang dapat bekerja secara spesifik dalam menginhibisi iNOS perlu dilakukan sebagai upaya dalam mencegah tumorigenesis dan perkembangan kanker kolorektal. Penelitian kali ini bertujuan untuk memperoleh kandidat inhibitor iNOS dari senyawa bahan alam Indonesia pada HerbalDB beserta interaksinya terhadap residu asam amino pada situs aktif iNOS yang dilakukan dengan metode penapisan virtual menggunakan makromolekul iNOS (PDB ID: 3E7G), serta parameter penambatan berupa grid box berukuran 15 x 15 x 15 Å dengan exhaustiveness 8 dan num mode 9 yang diujikan pada Vina Wizard di dalam PyRx. Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh 32 senyawa bahan alam Indonesia dengan ∆G terendah (-11,2 hingga -10,0 kkal/mol), yaitu Eriodiktin, Epigalokatekin, 5,7,2',4'-Tetrahidroksiisoflavon-8-C-glukosida Isookaninrhamnosida, Kuersetin-3-(6''-galloilgalaktosida), Derhamnosilmaysin, 5-Hidroksi-7,8-dimetoksiflavon, 5-Hidroksi-7,8-dimetoksiflavon-5-glukosida, 3'-Deoksiderhamnosilmaysin, Isoorientin, Jasmolakton-D, 3'-O-Metilmaysin, 5,7,3',4'-Tetrahidroksiflavanon-7-alfa-L-arabinofuranosil-(16)-glukosida, Galokatekin-3'-O-galat, Isoetin-7-glukosida, Sojagol, 2''-O-Galloilisoviteksin, Luteolin-7-(2''-p-kumaroilglukosida), Luteolin-7-apiosil-(12)-glukosida, Orientanol-C, Rubranin, 2''-O-alfa-L-Rhamnosil-6-C-fukosil-3'-metoksiluteoin, Daidzein, Prunin-6''-p-kumarat, Strigol, (-)-Kubebin, 3'-Deoksimaysin, Karthamon, Mirisetin-3-robinobiosida, Ovalikalkon, Torvanol-A dan Wogonin-5-glukosida. Selain itu, Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, dan Hem901 diketahui menunjukkan adanya interaksi dengan sebagian besar senyawa yang diujikan. Oleh karena itu, dapat disimpulkan bahwa 32 senyawa bahan alam Indonesia dengan ∆G terendah tersebut adalah kandidat senyawa inhibitor iNOS yang menunjukkan interaksi dengan residu asam amino pada situs aktif iNOS, yaitu Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, dan Hem901. ......iNOS is an enzyme that expressed in colorectal cancer cell and can affect colorectal cancer tumorigenesis by producing large amounts of Nitric Oxide (NO), thus triggering the formation of mutant p53. The high prevalence of colorectal cancer in Indonesia and some of the side effects of chemotherapy make it necessary to search for other compounds that can specifically inhibit iNOS as an effort to prevent tumorigenesis and the development of colorectal cancer. This research aimed to obtain the candidates of iNOS inhibitor from Indonesian natural compounds in HerbalDB and its interaction towards amino acid residues in iNOS active site by virtual screening method using iNOS macromolecules (PDB ID: 3E7G), docking parameters with a grid box of 15 x 15 x 15 Å, exhaustiveness 8 and num mode 9, which were tested on Vina Wizard in PyRx. Based on the result of virtual screening, there are 32 Indonesian natural compounds with the lowest ∆G (-11,2 to -10,0 kcal/mol), namely Eriodictin, Epigallocatechin, 5,7,2',4'-Tetrahydroxyisoflavone-8-C-glucoside, Isookaninrhamnoside, Quercetin-3-(6''-galloylgalactoside), Derhamnosylmaysin, 5-Hydroxy-7,8-dimethoxyflavone, 5- Hydroxy-7,8-dimethoxyflavone-5-glucoside, 3'-Deoxyderhamnosylmaysin, Isoorientin, Jasmolactone-D, 3'-O-Methylmaysin, 5,7,3',4'-Tetrahydroxyflavanone-7-alpha-L- arabinofuranosyl-(16)-glucoside, Gallocatechin-3'-O-gallate, Isoetin-7-glucoside, Sojagol, 2''-O-Galloylisovitexin, Luteolin-7-(2''-p-coumaroylglucoside), Luteolin-7- apiosyl-(12)-glucoside, Orientanol-C, Rubranine, 2''-O-alpha-L-Rhamnosyl-6-C- fucosyl-3'-methoxyluteoiin, Daidzein, Prunin-6''-p-coumarate, Strigol, (-)-Cubebin, 3'-Deoxymaysin, Carthamone, Myricetin-3-robinobioside, Ovalichalcone, Torvanol-A, and Wogonin-5-glucoside. Moreover, Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, and Hem901 were known to show an interaction with most of the compounds tested. In conclusion, that 32 Indonesian natural compounds with the lowest ∆G are the candidates of iNOS inhibitor and interacts amino acid residues in iNOS active site, specifically Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, and Hem90l.

Abstrak :
ABSTRAK
Konsentrasi rendah oksigen reaktif dan nitrogen reaktif berfungsi dalam mediasi pemberian sinyal regulator Kelch-like ECH-associated Protein-1 Keap1 . Konsentrasi tinggi oksigen reaktif dan nitrogen reaktif akan mengakibatkan kadar nitrat oksida tinggi dan menyebabkan berbagai macam penyakit. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh parameter optimum penambatan molekuler dan mengetahui afinitas serta interaksi senyawa derivat sakarin terhadap target terkait antioksidan, yaitu Kelch-like ECH-associated 1-Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 Keap1-Nrf2 dan enzim inducible nitric oxide synthase iNOS . Saat ini, penelitian mengenai senyawa antioksidan sudah berkembang dan salah satu senyawa yang berpotensi sebagai antioksidan adalah senyawa derivat sakarin. Beberapa senyawa derivat sakarin telah diuji secara in vitro dan memiliki aktivitas antioksidan. Metode pendekatan pada penelitian ini adalah secara in silico. Pada penelitian ini, dilakukan penambatan sembilan senyawa derivat sakarin terhadap kompleks Keap1 dan enzim inducible nitric oxide synthase iNOS menggunakan parameter AutoDock, AutoDock4Zn, dan Vina. Berdasarkan hasil penambatan, metode terbaik terhadap kompleks Keap1 dengan menggunakan Vina dan terhadap enzim inducible nitric oxide synthase iNOS dengan menggunakan AutoDock4Zn. Senyawa yang memiliki afinitas ikatan dan interaksi terhadap kompleks Keap1 dan enzim inducible nitric oxide synthase iNOS terbaik adalah senyawa 9 dan senyawa 5.<

---

ABSTRACT
Low concentrations of reactive oxygen and reactive nitrogen have a function to mediate signaling of regulator Kelch like ECH associated protein 1 Keap1 . High concentrations of reactive oxygen and reactive nitrogen resulted in high levels of nitric oxide which could cause various diseases. This research aimed to obtain molecular docking optimum parameter, determine binding affinity and saccharine derivative compound interaction to antioxidant target, Kelch like ECH associated 1 Nuclear factor erythroid 2 related factor 2 Keap1 Nrf2 and inducible nitric oxide synthase iNOS enzyme. Current research on antioxidant compounds has developed and one of the potential antioxidant compounds is saccharine derivative. Some saccharine derivative compounds have been tested by in vitro method and it shown antioxidant activity. The approaching method in this research is done by in silico method. In this study, nine saccharine derivative compounds were docked to Keap1 complex and inducible nitric oxide synthase iNOS enzyme by AutoDock, AutoDock4Zn, and Vina parameters. Based on the docking results, the best method for Keap1 complex by using Vina and on the inducible nitric oxide synthase iNOS enzyme by using AutoDock4Zn. The compounds which have the best binding affinity and the best interaction against Keap1 complex and inducible nitric oxide synthase iNOS enzyme are compound 9 and compound 5.