Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Tingginya konsentrasi LDL dalam darah merupakan salah satu penyebab utama penyakit kardiovaskular. Beberapa tahun terakhir, fokus utama pengembangan obat penurun kolesterol adalah obat golongan inhibitor PCSK9 karena hasil terapinya dinilai efektif. Hingga kini, pencarian terhadap inhibitor PCSK9 berupa small molecule masih terus dilakukan agar obat tersebut dapat diadministrasikan secara oral. Saat ini terdapat beberapa small molecule hasil penelitian yang berpotensi sebagai inhibitor PCSK9. Tujuan penelitian ini adalah untuk melihat aktivitas inhibisi Polydatin, THSG, dan Resveratrol terhadap PCSK9 dan pengaruhnya terhadap bagian PCSK9 yang merupakan interface dengan LDLR menggunakan Pep2-8 sebagai model. Penelitian ini dilakukan menggunakan metode penambatan molekuler menggunakan AutoDock dan simulasi dinamika molekuler menggunakan AMBER. Hasil penambatan dan simulasi molekuler menunjukkan ketiga ligan uji membentuk beberapa ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik dengan PCSK9 dengan nilai ΔG, MMGBSA, dan okupansi ikatan hidrogen tertinggi dimiliki oleh Polydatin (-10,11 kkal/mol; -48,8742 kkal/mol; 97,90%), diikuti oleh THSG (-9,64 kkal.mol; -45,3654 kkal/mol; 88,50%), dan Resveratrol (-7,98 kkal/mol; -25,2802 kkal/mol; 62,40%). Analisis simulasi dinamika molekuler Pep2-8 dengan PCSK9 menunjukkan nilai MMGBSA -25,0085 kkal/mol dan okupansi ikatan hidrogen tertinggi 78,30% sementara dengan adanya Polydatin (-35,7223 kkal/mol; 81,70%), dengan adanya THSG (-36,1594 kkal/mol; 69,70%), dan dengan adanya Resveratrol (-41,8656 kkal/mol; 84,50%). Dari hasil penelitian dapat disimpulkan terjadi perubahan energi ikatan dan ikatan hidrogen dari PCSK9-Pep2-8 dengan dan tanpa adanya ligan uji sehingga ligan uji mampu menghasilkan perubahan di bagian interface PCSK9 dengan LDLR."

"Penggunaan antibodi monoklonal, seperti alirocumab dan evolocumab sebagai inhibitor PCSK9 telah disetujui oleh U.S. FDA dan European Medicines Agency karena mampu menurunkan kadar LDL. Tetapi, kedua obat ini hanya dapat diadministrasikan secara parenteral sehingga para peneliti masih mencari alternatif lain untuk mengatasi keterbatasan tersebut. Pada penelitian ini, senyawa dari golongan tetrahidroisoquinolin, fenilpiperazin, fenilalanin, dan benzofuran digunakan sebagai training set untuk mendapatkan model farmakofor yang berpotensi sebagai inhibitor PCSK9. Tahapan seperti pembuatan model farmakofor, validasi, optimasi, serta penapisan virtual dilakukan melalui LigandScout. Model farmakofor yang terbangkitkan memiliki skor 0,7031 dengan empat fitur farmakofor, yaitu satu AR, satu H, satu HBA, dan satu HBD. Model farmakofor kemudian dioptimasi menggunakan active set dari ligan terpilih dan decoy set dari DUD-E. Optimasi dengan penambahan feature weight sebesar 0,1 terhadap keempat fitur tersebut memberikan hasil validasi terbaik yang ditunjukkan dengan nilai AUC100%, EF1%, EF5%, sensitivitas, dan spesifisitas berturut-turut sebesar 0,93; 34,0%; 6,0%; 1,00; dan 0,79. Hasil penapisan virtual menggunakan model farmakofor tersebut kemudian dievaluasi berdasarkan kaidah Lipinski’s Rule of Five dengan KNIME. Sebelas senyawa bahan alam dari HerbalDB yang berpotensi untuk dikembangkan menjadi terapi anti-PCSK9 dalam bentuk sediaan peroral, antara lain morindone, gentisin, mesuaxanthone A, beta-phenethylamine, brazilin, pterofuran, n-cis- feruloyltyramine, bethanidine, 6-methoxykaempferol, gartanin, dan alizarin.

---

The use of alirocumab and evolocumab as PCSK9 inhibitors has been approved by U.S. FDA and European Medicines Agency because of their ability to reduce LDL levels. However, these monoclonal antibodies must be administered parenterally, so researchers are devising alternative strategies to overcome its limitation. In this study, tetrahydroisoquinoline, phenylpiperazine, phenylalanine, and benzofuran compound groups were used as training sets to obtain a pharmacophore model. The process of making a pharmacophore model, validation, optimization, and virtual screening were done using LigandScout. The generated pharmacophore model scored 0.7031 with four pharmacophore features, namely one AR, one H, one HBA, and one HBD. The model was then optimized using the active and decoy set from DUD-E. Optimization by increasing the feature weight by 0,1 to the four features gave the best validation result as indicated by the values of AUC100%, EF1%, EF5%, sensitivity, and specificity are 0.93; 34.0%; 6.0%; 1.00; 0.79 respectively. The virtual screening results using the optimized model were evaluated based on Lipinski’s Rule of Five with KNIME. Eleven natural compounds from HerbalDB that may be developed into anti-PCSK9 therapy in oral dosage form were obtained, including morindone, gentisin, mesuaxanthone A, beta-phenethylamine, brazilin, pterofuran, n-cis-feruloyltyramine, bethanidine, 6-methoxykaempferol, gartanin, and alizarin."