Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Kanker merupakan suatu penyakit yang dapat terjadi karena adanya kegagalan apoptosis. Kegagalan apoptosis ini disebabkan karena MDM2 menghambat aktivitas dari p53 sehingga procaspase-3 tidak teraktivasi menjadi caspase-3. Saat ini, pengobatan kanker telah banyak diterapkan. Namun pengobatan yang lebih efektif selalu dibutuhkan karena penyakit kanker terus bermutasi. Pencarian pun dilakukan dari sumber-sumber alam termasuk yang berasal dari laut. Pencarian senyawa bioaktif dari organisme laut ini tidaklah mudah sebab membutuhkan waktu yang lama dan biaya yang tidak murah. Oleh karena itu, digunakan pengujian secara in silico. Pada penelitian ini dilakukan penambatan senyawa bioaktif yang berasal dari saponin dan 2,5-piperazindion terhadap inhibitor MDM2 dan aktivator procaspase-3 dengan menggunakan parameter AutoDock dan Vina. Dari hasil penambatan, senyawa bioaktif terbaik yang direkomendasikan ialah yang memiliki energi bebas ikatan rendah yaitu 18-Oxotryprostatin A dan Intercedenside A sebagai Inhibitor MDM2 serta 6-Methoxyspirotryprostatin B dan Frondoside A sebagai aktivator procaspase-3.

---

Cancer is a disease that can occur because of apoptosis failure. The cause of apoptosis failure is MDM2, which can inhibit the activity of p53 so procaspase 3 can rsquo t be activated to caspase 3. Currently, the treatment of cancer has been applied widely. But the effective treatment always needed because cancer has been mutated. One of the treatments is the search of natural resources that comes from the sea. The search for bioactive compound from marine organisms is not easy because it takes a long time and the cost is not cheap. Therefore, in silico method is used.

In this research, we employed docking of bioactive compounds from saponin and 2,5 piperazinedione towards MDM2 inhibitor and procaspase 3 activator will be performed by using AutoDock and Vina. Based on the docking results, best recommended bioactive compounds are those who have low binding energy, they are 18 Oxotryprostatin A and Intercedenside A as MDM2 Inhibitor and 6 Methoxyspirotryprostatin B and Frondoside A as procaspase 3 activator."

"Kanker merupakan penyakit akibat pertumbuhan tidak normal dari sel pada jaringan tubuh yang menyerang sel normal di sekitarnya. Penggunaan tanaman herbal Indonesia meningkat setiap tahunnya dalam upaya pengobatan. Penelitian terdahulu menyatakan bahwa defisiensi P53 disebabkan oleh ekspresi berlebih MDM2 sehingga peran P53 sebagai pengendali sel abnormal tidak berjalan. Pada penelitian dilakukan penapisan virtual dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai inhibitor MDM2 menggunakan Autodock dan Autodock Vina yang divalidasi dengan Directory of Useful Decoys-Enhanced. Validasi dilakukan dengan parameter Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, dan Area Under Curve. Kesimpulan dari validasi adalah ukuran grid 70x70x70 pada Autodock yang memiliki nilai AUC 0,72, sedangkan pada Autodock Vina 0,43. Autodock Vina tidak memenuhi parameter tetapi dilakukan penapisan untuk perbandingan dengan Autodock. Diperoleh 10 senyawa peringkat teratas dengan Autodock yaitu Nimolicinol, Jacoumaric acid, Isoarborinol, Lantic acid, Diosgenin, Theasaponin E1, Taraxasterol, Leucadenone C, Simiarenol, Alpha-Amyrin. ?G -8,83 - 9,65 kkal/mol . Diperoleh 10 senyawa peringkat teratas dengan Autodock Vina yaitu Yuehchukene, Morusin, Cyanidin, Leucadenone C, Roxburghine-B, Ocidentoside, Beta-sitosterol, Curine, Withangulatin, Jacoumaric acid. ?G -8,7 -9,4 kkal/mol . Jacoumaric acid dan Leucadenone C memberikan hasil penapisan virtual pada kedua piranti lunak dan berinteraksi pada daerah aktif MDM2 yaitu residu Leu54, Ile61, Met62, dan Ile99.

---

Cancer is a disease caused by abnormal cells growth that can attack normal cells around it. The use of Indonesian herbal increases for treatment. Past researches declare that P53 deficiency is caused by MDM2 overexpression so the role P53 as a cell regulator does not work. In this research, virtual screening of Indonesian herbal database as MDM2 inhibitor using Autodock and Autodock Vina and validated with Directory of Useful Decoy Enhanced. Validation parameter done with Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, and Area Under Curve. The conclusion of validation is grid box 70x70x70 on Autodock with AUC value 0,72, while in Autodock Vina 0,43. Autodock Vina is not fulfill the parameter standar but still screned for comparasion. Based on the virtual screening result, top ten compounds from Autodock are Nimolicinol, Jacoumaric acid, Isoarborinol, Lantic acid, Diosgenin, Theasaponin E1, Taraxasterol, Leucadenone C, Simiarenol, Alpha Amyrin. G 8,83 9,65 kkal mol . Virtual screening result from Autodock Vina are Yuehchukene, Morusin, Cyanidin, Leucadenone C, Roxburghine B, Ocidentoside, Beta sitosterol, Curine, Withangulatin, Jacoumaric acid. G 8,7 9,4 kkal mol . Jacoumaric acid and Leucadenone C give a result in both software ans interacts with the active site in MDM2 at residue Leu54, Ile61, Met62, and Ile99."