Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Amplifikasi isotermal merupakan metode yang popular pada saat ini sebagai alternatif PCR (polymerase chain reaction) untuk melakukan amplifikasi asam nukleat. Tidak seperti PCR yang memerlukan perubahan suhu siklik, amplifikasi dapat dilakukan pada suhu konstan dalam metode amplifikasi isotermal. Salah satu metode amplifikasi isotermal yang sangat banyak diaplikasikan adalah loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Sejak pertama kalinya ditemukan pada tahun 2000, LAMP dimanfaatkan secara luas untuk deteksi berbagai jenis patogen. Dalam penelitian ini, dirancang suatu prototipe yang dapat memfasilitasi reaksi LAMP. Prototipe terdiri dari dua sistem: sistem pemanas yang berfungsi untuk menyediakan suhu konstan 60oC terhadap sampel untuk aplikasi LAMP dan sistem deteksi optik berbasis fluoresens yang digunakan untuk melakukan kuantifikasi intensitas fluoresens dalam 6 tabung sampel 0,5mL dengan kadar fluorescence agent 0,5mL, 0,4mL, 0,3mL, 0,2mL, 0,1mL, dan 0mL. Agar panas dapat disalurkan sampel dengan baik, dirancang sebuah blok panas (heat block). Selain itu, sebuah housing prototipe juga dirancang untuk menyokong komponen dan mendukung proses deteksi fluoresens. Berdasarkan hasil penelitian ini, sistem pemanas sederhana menggunakan kontrol PID dan blok panas yang dirancang mampu mempertahankan suhu pada setpoint 60oC dan 65oC, sehingga dapat digunakan untuk aplikasi LAMP. Selain itu, sistem optik yang dirancang mampu memfasilitasi proses deteksi optik berbasis fluoresens. Proses kuantifikasi intensitas fluoresens menunjukkan bahwa intensitas emisi fluoresens proporsional terhadap kadar fluorescence agent dalam sampel, dimana sampel dengan total volume 0,5mL pada kadar fluorescence agent 0,5mL, 0,4mL, 0,3mL, 0,2mL, maupun 0,1mL dapat menghasilkan emisi cahaya dengan nilai keabuan minimal 121,179.

---

Isothermal amplification is a popular method today as an alternative to PCR (polymerase chain reaction) for nucleic acid amplification. Unlike PCR which requires cyclic temperature changes, amplification can be carried out at a constant temperature in the isothermal amplification method. One of the most widely applied isothermal amplification methods is loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Since it was first discovered in 2000, LAMP has been widely used to detect various types of pathogens. In this research, a prototype is designed that can facilitate the LAMP reaction. The prototype consists of two systems: a heating system which serves to provide a constant temperature of 60oC to the sample for the LAMP application and a fluorescence-based optical detection system which is used to quantify the fluorescence intensity in 6 sample tubes of 0.5mL with fluorescence agent content of 0.5mL, 0.4mL, 0.3mL, 0.2mL, 0.1mL, and 0mL. In order for heat to be transferred to the sample properly, a heat block is designed. In addition, a prototype housing is also designed to support components and support the fluorescence detection process. Based on the results of this study, the designed simple heating system with PID control and heating block are able to maintain a temperature at a setpoint of 60oC dan 65oC, so it can be used for LAMP applications. Moreover, the designed optical system is able to facilitate fluorescence-based optical detection process. The fluorescence intensity quantification process showed that fluorescent emission intensity is proportional to the content of fluorescence agent in the sample, where the sample with total volume of 0.5mL in which the fluorescence agent content is 0.5mL, 0.4mL, 0.3mL, 0.2mL, and 0.1mL can generate light emission with gray value of minimal 121.179."

"Kanker paru merupakan salah satu kanker dengan insidensi dan angka kematian tertinggi di dunia. Non-small cell lung cancer (NSCLC) merupakan tipe kanker paru yang paling umum dilaporkan. Salah satu faktor yang berperan dalam agresivitas dan resistensi terapi pada kanker paru adalah keberadaan extrachromosomal DNA (ecDNA), yaitu DNA sirkular di luar kromosom utama yang membawa salinan onkogen dan diwariskan secara non-mendelian. ecDNA berkontribusi terhadap heterogenitas sel kanker, meningkatkan keganasan, dan memperburuk prognosis pasien. Meskipun keberadaan ecDNA telah diteliti pada beberapa jenis kanker, hingga saat ini belum ada yang melaporkan keberadaan ecDNA pada sel A549 sebagai model NSCLC. Studi ini bertujuan untuk mendeteksi, menguantifikasi, dan mengarakterisasi ecDNA pada sel A549. Deteksi ecDNA dilakukan melalui preparasi kromosom pada tahap metafase, dilanjutkan dengan pewarnaan Giemsa dan 4′,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI), serta observasi menggunakan mikroskop cahaya, mikroskop fluoresens, dan scanning electron microscopy (SEM). Hasil penelitian menunjukkan keberadaan ecDNA pada sel A549 teridentifikasi sebagai struktur sirkular di luar kromosom inti dengan intensitas fluoresens dan luas area yang lebih rendah dibandingkan kromosom inti. Karakterisasi ultrastruktur menggunakan SEM memperlihatkan morfologi ecDNA berupa struktur tunggal seperti cincin. Penelitian ini berhasil mendeteksi keberadaan ecDNA pada sel A549 dan memberikan wawasan baru mengenai peran ecDNA dalam dinamika genetik kanker paru yang dapat menjadi dasar bagi strategi diagnosis maupun terapi yang lebih spesifik.

---

Lung cancer is one of the cancers with the highest incidence and mortality rates worldwide. Non-small cell lung cancer (NSCLC) is the most reported type of lung cancer. One of the factors contributing to the aggressiveness and therapy resistance in lung cancer is the presence of extrachromosomal DNA (ecDNA), which refers to circular DNA outside the main chromosomes that carries oncogene copies and is inherited in a non-Mendelian manner. ecDNA contributes to cancer cell heterogeneity, increases malignancy, and worsens patient prognosis. Although the presence of ecDNA has been studied in several types of cancer, to date, no study has reported the existence of ecDNA in A549 cells as a model for NSCLC. This study aims to detect, quantify, and characterize ecDNA in A549 cells. ecDNA detection was conducted through chromosome preparation at the metaphase stage, followed by Giemsa and 4′,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) staining, and observation using light microscopy, fluorescence microscopy, and scanning electron microscopy (SEM). The results revealed that ecDNA in A549 cells was identified as circular structures located outside the main chromosomes, with lower fluorescence intensity and smaller area compared to the main chromosomes. Ultrastructural characterization using SEM showed that ecDNA exhibited a ring-like, singular morphology. This study successfully detected the presence of ecDNA in A549 cells and provides new insight into the role of ecDNA in the genetic dynamics of lung cancer, which may serve as a basis for more specific diagnostic and therapeutic strategies."