Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"

Chikungunya merupakan penyakit menular yang bersifat re-emerging atau penyakit lama yang dapat tersebar kembali. Penyakit yang disebabkan virus chikungunya ini memiliki manifestasi klinis non-spesifik sehingga dibutuhkan metode diagnosis yang cepat dan akurat. Protein E2 yang dikode oleh gen E2 pada virus chikungunya berperan penting sebagai pengikatan reseptor sehingga berpotensi untuk digunakan dalam proses diagnosis penyakit chikungunya. Penelitian ini bertujuan menghasilkan protein rekombinan E2 sebagai bahan dasar produksi antibodi monoklonal yang akan digunakan dalam pengembangan perangkat diagnostik penyakit chikungunya. Metode penelitian yang dilakukan mencakup pembentukan plasmid rekombinan pPICZaA-E2, transformasi plasmid rekombinan pada sel inang Escherichia coli, analisis koloni transforman, transformasi plasmid rekombinan pada sel inang ekspresi Pichia pastoris X-33, analisis fenotipe, hingga ekspresi protein rekombinan E2. Hasil penelitian menunjukkan 281 koloni E. coli transforman pPICZaA-E2 dapat tumbuh pada medium yang mengandung antibiotik zeocin. Hasil analisis PCR koloni transforman menunjukkan gen E2 dengan ukuran 1.260 bp berhasil ditransformasikan ke sel inang E. coli menggunakan vektor pICZaA dengan ukuran 3.569 bp. Hasil analisis PCR genom berhasil mengamplifikasi gen AOX1 berukuran 2,2 kb dan 1,8 kb yang menunjukkan plasmid rekombinan berhasil terintegrasi pada genom P. pastoris dan menghasilkan fenotipe Mut⁺. Pita protein berukuran 40 kDa pada hasil SDS-PAGE menunjukkan protein E2 berhasil terekspresi.

---

Chikungunya is known as an infectious, re-emerging disease. Because of the non-specific clinical manifestation, chikungunya needs a rapid and accurate diagnostic method for its detection. Envelope 2 (E2) protein coded by E2 gene in the genome of the virus has an important role as an attachment receptor to a cell that made it potential to be used for diagnosis. This research is aimed to obtain E2 recombinant protein as a basic material for monoclonal antibody production in chikungunya rapid diagnostic test kit development. Chikungunya E2 gene is amplified and ligated with pPICZaA vector to make recombinant DNA clones from E. coli. The clones then isolated and used for protein expression in P. pastoris. The result shows 281 transformants of E. coli colonies can grow on a selection medium that contains zeocin. Analysis of direct colony PCR show E2 gene was transformed and cloned using pPICZaA vector. Analysis of genomic PCR shows 2,2 kb and 1,8 kb bands formed that indicate AOX1 gene was amplified and the integration of recombinant plasmid pPICZaA to P. pastoris genome was successful. Visualization of protein electrophoresis shows protein band was formed at the size of40 kDa that indicate the protein expression was successful.

"

"Sebagai satu negara dengan aktivitas transmisi virus dengue (DENV) yang tinggi, Indonesia tercatat memiliki angka kematian (CFR) akibat infeksi DENV yang besar. Besarnya CFR dapat diatasi dengan pendeteksian dini menggunakan kit diagnostik yang pada umumnya berupa antibodi monoklonal. Akan tetapi, kit diagnostik yang berbasis antibodi monoklonal memiliki biaya produksi yang mahal, sehingga dibutuhkan alternatif lain yang lebih murah. Kit diagnostik yang berbasis antibodi rekombinan dapat dijadikan alternatif pendeteksi dini infeksi DENV. Penelitian ini bertujuan untuk memperbanyak gen rantai berat (heavy chain) dan rantai ringan (light chain) penyusun antibodi rekombinan dalam bentuk fragmen pengikat antigen (Fab) yang mampu mendeteksi protein NS1. Penelitian yang dilakukan mencakup proses sintesis cDNA dari RNA total, amplifikasi gen heavy chain dan light chain dari cDNA menggunakan metode PCR, serta kloning kedua gen tersebut ke dalam vektor kloning pTA2 menggunakan metode heat-shock. Produk PCR gen heavy chain dan light chain menghasilkan pita dengan ukuran bervariasi, yang salah satunya merupakan pita pada ukuran yang diharapkan. Sebanyak 14 koloni transforman hasil kloning masing-masing gen berhasil terseleksi dan terisolasi dari medium yang mengandung 75 µg/µl ampisilin. Hasil analisis tahap verifikasi hasil kloning menunjukkan gen heavy chain dan light chain hanya terintegrasi parsial (± 400 bp) pada vektor pTA2 dalam Escherichia coli TOP10.

---

As one of the countries with high dengue virus (DENV) transmission activity, Indonesia recorded has a large fatality rate (CFR) due to DENV infection. This can be reduced through early detection of the dengue using a diagnostic kit which is generally a monoclonal antibody. However, the diagnostic kits based on monoclonal antibodies have expensive production costs, so other cheaper alternatives are needed. Therefore, this study aims to multiply heavy chain and light chains genes in the form of fragmen antigent binding (Fab) recombinant antibodies capable of detecting NS1. This study involved the synthesis of cDNA from total RNA, the amplification of heavy chain and light chain genes from cDNA using the PCR method, and cloning these two genes into pTA2 vector cloning using heat-shock method. Heavy chain and light chain PCR products produce bands at various sizes, but a band at correct size was discovered. A total of 14 transformed colonies were successfully selected and isolated from a medium containing 75 µg/µl ampicillin. The results of the verification stage of cloning results showed that the heavy chain and light chain genes were partially integrated (± 400 bp) into the pTA2 vector in Escherichia coli TOP10."

"Bacillus halodurans CM1 berpotensi sebagai inang dalam menghasilkan beberapa jenis enzim yang berguna, seperti xilanase, lipase, dan protease. Selain sebagai penghasil enzim, salah satu gen potensial lainnya adalah gen resistan antibiotik. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kemampuan resistansi B. halodurans CM1 terhadap eritromisin dan kanamisin serta diperoleh produk gen fungsional resistan eritromisin dan kanamisin dari B. halodurans CM1. Isolasi gen eritromisin dan kanamisin dari B. halodurans CM1 belum pernah dilakukan. Berdasarkan uji KHM, B. halodurans CM1 resistan terhadap eritromisin dan kanamisin. Isolasi gen resistan eritromisin dan kanamisin dilakukan dengan menggunakan metode amplifikasi PCR. Produk PCR yang diduga gen resistan eritromisin, yaitu gen ErmK dan BH0381. Produk PCR yang diduga gen resistan kanamisin, yaitu gen aadK dan APH. Gen ErmK dikloning dengan menggunakan kloning vektor pGEM-T Easy, sedangkan gen BH0381, aadK, dan APH dikloning dengan menggunakan kloning vektor pJET1.2/blunting. Vektor rekombinan ditransformasi ke Escherichia coli DH5alfa. Hasil analisis sekuens DNA menggunakan BLAST menunjukkan bahwa gen ErmKCM1 dan BH0381 masing-masing memiliki kemiripan 99,65% (GenBank No access: BH0380, ErmK) dan 99,45% (GenBank No access: BH0381, mphB) dengan sekuens dari B. halodurans C-125. Sekuens gen ErmKCM1 dan BH0381CM1 menunjukkan bahwa dua gen tersebut merupakan gen yang fungsional. Sekuens upstream dari gen BH0381CM1 dianalisis dan diperoleh bahwa terdapat 50 pb yang diduga promoter. Hasil analisis sekuens DNA menggunakan BLAST menunjukkan bahwa gen aadKCM1 dan APHCM1 masing-masing memiliki kemiripan 97,73% (GenBank No access: BH0322) dan 99,47% (GenBank No access: BH0326) dengan sekuens dari B. halodurans C-125. Hasil penyejajaran gen aadKCM1 menunjukkan adanya delesi enam pasang nukleotida pada lokus ke-354 hingga 359 yang menyebabkan frameshift, sehingga gen aadKCM1 tidak memiliki sekuens yang open reading frame (ORF). Hasil translasi gen aadKCM1 dan APHCM1 menunjukkan bahwa hanya sekuens gen APHCM1 dapat ditranslasi menjadi protein yang fungsional. Hasil uji resistansi kanamisin pada transforman yang membawa plasmid rekombinan promoter gen APHCM1-ORF dapat menyandikan resistan kanamisin dengan konsentrasi kanamisin sebesar 20 µg/mL.

---

Bacillus halodurans CM1 has potential as a host in producing several types of useful enzymes, such as xylanase, lipase, and protease. Besides industrial enzymes, one of the other potential genes is the antibiotic-resistant gene. This study aims to determine the ability of B. halodurans CM1 resistance to erythromycin and kanamycin and to obtain erythromycin and kanamycin-resistant functional gene products from B. halodurans CM1. Isolation of erythromycin and kanamycin genes from B. halodurans CM1 has never been done. Based on the MIC test, B. halodurans CM1 is resistant to erythromycin and kanamycin. Erythromycin and kanamycin resistance gene isolation was carried out using PCR amplification method. PCR products suspected of being erythromycin resistance genes, namely ErmK and BH0381 genes. PCR products suspected of being kanamycin resistance genes, namely genes aadK and APH. The ErmK gene was cloned using the pGEM-T Easy vector cloning, while the BH0381, aadK, and APH genes were cloned using the pJET1.2/blunting vector cloning. The recombinant vector was transformed into Escherichia coli DH5ï?¡. The results of DNA sequence analysis using BLAST showed that the ErmKCM1 and BH0381 genes each had 99.65% similarities (GenBank No access: BH0380, ErmK) and 99.45% (GenBank No access: BH0381, mphB) with the sequence of B. halodurans C-125. The results of the translation of the ErmKCM1 and BH0381CM1 genes indicate that the two genes are functional genes. The upstream sequence of the BH0381CM1 gene was analyzed and it was found that 50 bp was suspected as a promoter. The results of DNA sequence analysis using BLAST showed that the aadKCM1 and APHCM1 genes each had a similarity of 97.73% (GenBank No access: BH0322) and 99.47% (GenBank No access: BH0326) with the sequence of B. halodurans C-125. The alignment of the aadKCM1 gene shows the deletion of six nucleotide pairs at the 354-359 locus that causes frameshift, so the aadKCM1 gene does not have an open reading frame (ORF) sequence. The translation of aadKCM1 and APHCM1 genes show that only the APHCM1 gene sequence can be translated into a functional protein. The results of kanamycin resistance test on transformants carrying plasmids with native promoter APHCM1-ORF gene can encode kanamycin resistance with a kanamycin concentration of 20 µg/mL."