Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Virus influenza A subtipe H1N1 menjadi perhatian kesehatan global karena memiliki patogenisitas yang tinggi disebabkan gen penyusunnya berupa RNA yang mudah mengalami mutasi. Pengobatan dengan antiviral (oseltamivir dan zanamivir) adalah salah satu upaya untuk mencegah pandemik influenza, namun terjadi resistansi terhadap obat antiviral tersebut. Resistansi ini sudah diatasi dengan penemuan laninamivir. Laninamivir terbukti mampu menginhibisi aktivitas neuraminidase virus influenza A dan B, termasuk subtipe N1 sampai N9 dan virus yang resistan terhadap oseltamivir. Penelitian ini akan dilakukan drug design berbasis laninamivir, hal ini disebabkan laninamivir dapat menghambat kerja neuraminidase secara efektif, sehingga hasil modifikasi dari laninamivir dapat menghambat kerja neuraminidase lebih efektif daripada laninamivir itu sendiri. Proses molecular docking dilakukan untuk mendapatkan 3 ligan terbaik dari 336 ligan modifikasi. Hasil molecular docking menunjukkan bahwa AM3G1, CA3G1 dan F1G2 memiliki energi bebas ikatan dan interaksi yang lebih baik daripada standar. Selanjutnya dari hasil analisis toxicological properties secara keseluruhan ligan AM3G1, CA3G1, dan F1G2 tidak bersifat carcinogen dan mutagen.

---

Influenza A virus subtype H1N1 becomes a global concern because it has high pathogenicity, due to the constituent genes of the virus is RNA. Treatment with antiviral (oseltamivir and zanamivir) is the way to prevent pandemic influenza, but influenza virus resistance to antiviral drugs. This resistance has been overcome by laninamivir. Laninamivir proved able to inhibit neuraminidase activity of influenza A and B viruses, including subtypes N1 to N9 and viruses resistant to oseltamivir. This research was conducted to modify laninamivir-based

drug design, so that results of modified laninamivir can inhibit neuraminidase more effective than laninamivir itself. Molecular docking was conducted to get 3 best ligand modifications from 336 modifications. Results of molecular docking indicated that AM3G1, CA3G1 and F1G2 have interaction and free binding energy better than standards. Furthermore, the analysis of toxicological properties of the ligand AM3G1, CA3G1, and F1G2 shown that the ligands have noncarcinogen and non-mutagen."

"Influenza A (H1N1) adalah penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus Influenza type A subtipe H1N1. Influenza ini telah menjadi masalah kesehatan utama di negara tropis dan subtropis. Virus ini selalu mengalami mutasi dan menjadi resisten terhadap obat-obat yang digunakan. Pada penelitian ini dilakukan penapisan senyawa bioaktif dari famili jahe-jahean (Zingiberaceae) yang dapat berperan sebagai inhibitor neuraminidase virus Influenza melalui pendekatan docking. Hasil evaluasi mengindikasikan bahwa senyawa 1,2-di-O- β-D-glucopyranosyl-4-allylbenzene (BGA) memiliki afinitas dan kemampuan untuk menghambat neuraminidase. Untuk mengetahui interaksi dan kontak residu digunakan senyawa standard zanamivir dan isoliquertigenin. Kontak residu senyawa BGA terhadap neuraminidase terdapat 14 kontak residu dan 8 kontak residu dengan sisi katalitik enzim. Hasil docking menunjukkan bahwa BGA memiliki energi binding dan affinitas yang lebih baik dibandingkan dengan senyawa bioaktif lainnya dan juga dengan standard.

---

Influenza A (H1N1) is a disease caused by infection of Influenza A virus subtype H1N1. It has become a major health problem in tropical and subtropical countries. This virus constantly mutates and consequently drug-resistant strains emerge. In this research, we have conducted docking study to screen bioactive compounds from Zingiberaceae family, which has a role as neuraminidase inhibitor of Influenza A virus.

The docking result identified that 1,2-di-O- β-D-glucopyranosyl-4-allylbenzene (BGA) compound has affinity and ability to inhibit neuraminidase. To understand the interaction and contact residues of complex, we used Zanamivir (ZNM) and Isoliquertigenin (ILG) as standards. There are indications of fourteen contact residues of BGA compound to neuraminidase and eight contact residues of enzyme that formed hydrogen bonds with catalytic site. The docking result showed that BGA has better binding energy and affinity than other bioactive compounds and the standards used."

"ABSTRAKSejak Tahun 2003-2013, Indonesia menempati urutan teratas dalam jumlah kasus dan mortalitas yang mencapai 192 kasus avian influenza dan mengakibatkan 160 orang meninggal dunia. Avian influenza disebabkan oleh virus influenza A subtipe H5N1. Virus H5N1 memiliki dua target utama dalam netralisasi virus, yaitu hemaglutinin dan neuraminidase. Hemaglutinin dan neuraminidase bersifat antigenik menyebabkan sifat patogenitas virus H5N1 dari unggas ke manusia. Salah satu intervensi imun yang paling efektif dalam mengurangi jumlah kasus avian influenza yaitu vaksin. Beberapa vaksin influenza yang diimunisasikan tidak memberikan perlindungan sistem imun secara menyeluruh. Hal ini disebabkan karena vaksin tersebut tidak mengikat epitope patogen. Perancangan epitope sebagai vaksin dari hemaglutinin dan neuraminidase dilakukan dengan pendekatan secara immunoinformatika, untuk memprediksi epitope yang berikatan dengan sel B dan sel T (HLA kelas I dan kelas II). Server BCPred digunakan untuk memprediksi sel B, serta server Propred, Propred I, netMHCpan dan netMHCIIpan digunakan untuk memprediksi epitope sel T. Hasil prediksi memperoleh 2 kandidat epitope hemaglutinin dan 1 kandidat epitope neuraminidase sel B yang akan terikat dengan sel T CD4+ (HLA kelas II), serta 5 kandidat epitope hemaglutinin dan 4 kandidat epitope neuraminidase sel T yang akan berikatan dengan sel T CD8+ (HLA kelas I). Visualisasi epitope menggunakan MoE 2008.10, dilakukan untuk menunjukkan afinitas ikatan epitope-HLA berdasarkan nilai minimum energi bebas (ΔG). Visualisasi epitope hemaglutinin menghasilkan 4 epitope terbaik (MEKIVLLLA, CPYLGSPSF, KCQTPMGAI, dan IGTSTLNQR) dan 2 epitope neuraminidase (NPNQKIITI dan CYPDAGEIT) yang memiliki afinitas pengikatan yang terbaik dari ligand HLA.0

---

ABSTRACTFrom 2003 to 2013, Indonesia has the highest number of human cases and mortality for avian influenza A, 192 cases with 160 fatalities. Avian influenza is caused by influenza A virus subtype H5N1. This virus has two primary target to neutralize the virus, namely haemagglutinin and neuraminidase. They were antigenically inducing the pathogenicity of birds to human. The most effective immunologic intervention is vaccine. Some of the existing influenza vaccines were not providing sufficient protection for human?s immune system. It is caused by inability of the vaccine binding to the pathogenic epitope. Designing epitope based vaccine from haemagglutinin and neuraminidase has been done by immunoinformatic approach, in order to predict the binding of epitope cell B and T (class I and class II HLA). BCPred server was utilized to predict B cell epitope and Propred, Propred I, netMHCpan, netMHCIIpan were utilized to predict T cell epitope. Two B cell epitope of haemagglutinin candidates and one B cell epitope of neuraminidase candidates were obtained to bind T cell CD4+ (class II HLA), and also fiveT cell epitope haemagglutinin and four T cell epitope neuraminidase were obtained to bind T cell CD8+ (class I HLA). The visualization of epitope was using MoE 2008.10. It shows the binding affinity of epitope- HLA based on minimum free energy (ΔG). Based on the result visualization, four epitopes haemaglutinin (MEKIVLLLA, CPYLGSPSF, KCQTPMGAI, and IGTSTLNQR) and two epitopes neuraminidase (NPNQKIITI and CYPDAGEIT) were computed as having the best binding affinity from HLA ligand."

"Avian Influenza diakibatkan oleh virus influenza A subtipe H5N1 yang dapat mengalami mutasi sehingga antigennya, neuraminidase dan haemaglutinin, dapat beradaptasi dan menjadi lebih patogen dari sebelumnya serta resisten terhadap obatobatan yang ada. Oleh karena itu dibutuhkan suatu obat baru yang dapat digunakan secara umum, yaitu jenis inhibitor neuraminidase. Pada penelitian ini 300 senyawa stibenoid diujicobakan terhadap neuraminidase H5N1 strain Indonesia secara in silico. 61 ligan senyawa stilbenoid memiliki energi ikatan lebih rendah dibandingkan standar oseltamivir karboksilat dan zanamivir. 30 ligan terbaik diuji sifat fisika dan kimianya, sebagian ligan tidak memenuhi Lipinski’s rule of five. Terdapat 2 (dua) senyawa beresiko genotoksik dan karsinogenik berdasarkan hasil uji toksikologi. Terdapat 11 ligan yang memiliki drug score cukup baik. Berdasarkan uji farmakologi dan efek kesehatan, diperoleh 2 (dua) ligan yang berpotensi baik. Ligan terbaik dipilih berdasarkan efek negatif terhadap kesehatan yang lebih sedikit adalah gnetumontanin A dari spesies Gnetum montanum. Kestabilan kompleks dengan ligan terbaik diuji kestabilannya dengan keberadaan pelarut menggunakan simulasi dinamika molekul. Berdasarkan hasil RMSD dinamika molekul pada suhu 310 dan 312 K kompleks enzim-ligan memiliki kestabilan yang baik. Penelitian ini diharapkan dapat menghasilkan kandidat inhibitor neuraminidase yang lebih potensial.

---

Avian Influenza is a respiratory disease caused by influenza A virus subtype H5N1 which can undergo mutation in its antigens, neuraminidase and haemaglutinin, and build a much more pathogenic virus. The mutation leads to resistance towards standard drugs. Therefore, a new drug that can be used in general which is the types of neuraminidase inhibitors is an urgent need. In this research, 300 stilbenoid compounds were tested to neuraminidase H5N1 Indonesia strain by using in silico method. According to the result of molecular docking, 61 ligands have binding energy lower than standard oseltamivir acid and zanamivir. 30 ligands were tested toward its physical chemistry properties, half of those ligands could not fulfil Lipinski's rule of five. Virtual toxicity test were done and only 2 ligand is potent to be genotoxic carcinogenic. Only 11 ligands have good drug scores, and only 2 of them are potential to be developed as new oral-drugs based on pharmacology and health effect test. The best ligand selected by lower negative health effect is gnetumontanin A which can be isolated from plant species Gnetum montanum. Stability of enzyme-best ligan complex with the addition of solvent were tested in molecular dynamic simulation. RMSD curve of dynamic simulation shows that the complex is stable while conducted in 310 and 312 K."

"This volume describes all aspects of the virus structure and function relevant to infection. The focus is on drug discovery of inhibitors to the enzyme sialidase, which plays a key role in the infectious lifecycle of the virus. Following an overview of the influenza virus, the haemagglutinin, the interactions with the cell receptors and the enzymology of virus sialidase, recent results in drug design are presented. These include a full coverage of the design, synthesis and evaluation of carbohydrate as well as non-carbohydrate influenza virus sialidase inhibitors. Further reviews of the clinical experience with influenza virus sialidase inhibitors and of the development of resistance to these inhibitor drugs complement the topic."

"Neuraminidase (NA) merupakan enzim yang dapat dimiliki oleh virus, mikroba, dan mamalia, termasuk di antaranya mikroba dan virus patogen. Deteksi NA merupakan aspek penting dalam upaya mengawasi penyebaran penyakit infeksi yang disebabkan oleh mikroba dan virus patogen tersebut. Di samping itu, analisis kuantitatif NA penting dalam penentuan komposisi vaksin. Pada penelitian ini dikembangkan metode deteksi NA dengan teknik elektrokimia berdasarkan inhibisi NA oleh zanamivir. Deteksi NA dilakukan berdasarkan perubahan respon elektrokimia zanamivir dalam buffer fosfat pH 5,5 saat terdapat NA dan tidak. Elektroda Boron doped diamond termodifikasi emas, yaitu Au-BDD dan AuNPs-BDD digunakan sebagai elektroda kerja dan pengukuran dilakukan menggunakan teknik voltametri siklik. Deteksi NA dikembangkan juga pada sistem magnetic beads dan sistem strip test. Pengembangan sistem magnetic beads dimaksudkan sebagai upaya untuk meningkatkan sensitivitas deteksi, sementara sistem strip test merupakan pengembangan awal untuk membuat piranti praktis pengukuran NA. Pengaruh mucin terhadap performa deteksi NA diamati dengan menggunakan mucin submaxillary 0,33 mg/mL. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa terjadi korelasi linear antara konsentrasi zanamivir dengan intensitas puncak arus oksidasi dan reduksi Au pada elektroda BDD termodifikasi emas. Linearitas pengukuran zanamivir berdasarkan puncak arus reduksi emas pada elektroda Au-BDD diperoleh pada kisaran 5 x 10-6 - 1 x 10-4 M (R2 = 0,990) dengan limit deteksi (LOD) 1,49 x 10-6 M, sementara pada elektroda AuNPs-BDD diperoleh pada kisaran konsentrasi 1 x 10-6 - 1 x 10-5 M (R2 = 0,998) dengan LOD 2,29 x 10-6 M. Keberadaan NA menyebabkan konsentrasi zanamivir bebas dalam larutan berkurang dan menurunkan zanamivir yang teradsorpsi pada permukaan selektroda. Akibatnya puncak arus oksidasi dan reduksi Au pada elektroda Au-BDD dan AuNPs-BDD meningkat. Kalibrasi linear konsentrasi NA dengan puncak arus reduksi Au pada elektroda Au-BDD diperoleh pada kisaran 0 ? 15 mU (R2 = 0,996) dengan LOD 0,25 mU dan %RSD 1,18 %, sementara kisaran linear 0 ? 12 mU (R2 = 0,997), LOD 0,12 mU, dan %RSD 2,49% diperoleh saat pengukuran dilakukan dengan elektroda AuNPs-BDD. Keberadaan mucin tidak memberikan pengaruh yang berarti terhadap deteksi NA dengan metode yang dikembangkan. Sistem magnetic beads belum berhasil meningkatkan sensitivitas deteksi NA. Nilai LOD pengukuran yang diperoleh ialah sebesar 0,64 mU pada kisaran linear 0 ? 8 mU. Deteksi NA pada sistem strip test yang dikombinasikan dengan pengukuran elektrokimia telah berhasil dikembangkan pada kisaran linear 0 - 15 mU dengan nilai LOD sebesar 0,26 mU. Deteksi NA dalam matriks mucin dapat dilakukan pada sistem strip test sekalipun keberadaan mucin dilaporkan dapat menurunkan presisi pengukuran.

---

Neuraminidase (NA) is a hydrolase enzyme which is commonly found in viruses, microbes, and mammals, including pathogenic microbes and viruses. Detection of NA is very important for monitoring the spread of such pathogen microbes and viruses. Meanwhile, the quantification of NA is also crucial for vaccine composition investigation. Development of an electrochemical method for NA detection using gold modified boron doped diamond (Au-BDD and AuNPs-BDD) electrodes were conducted in this study. The detection method was developed based on the difference of electrochemical responses of zanamivir in the presence and the absence of NA in phosphate buffer solution pH 5,5. Measurements were performed using cyclic voltammetry technique. Detection of NA also developed on magnetic beads in order to improve the sensitivity of measurement. On the other hand, to build up a practical devices for NA detection, preliminary development of strip test was conducted by using Au-BDD as working electrode. The performance of detection method was evaluated in the presence of 0,33 mg/mL bovine submaxillary gland mucin. A linear calibration curve of zanamivir was observed in the concentration range of 5 x 10-6 - 1 x 10-4 M (R2 = 0,990) with limit of detection (LOD) of 1,49 x 10-6 M for Au-BDD electrode. Linear calibration curve in the concentration range of 1 x 10-6 - 1 x 10-5 M (R2 = 0,998) with LOD 2,29 x 10-6 M was observed on AuNPs-BDD. The presence of NA caused the concentration of free zanamivir in the solution decreases and less zanamivir can be adsorbed at the electrode. As the result, the oxidation and the reduction peak currents of gold were increase. Linear calibration curve of NA was obtained in the concentration range of 0 ? 15 mU (R2 = 0,996), a LOD of 0,25 mU and %RSD of 1,18 % was achieved on Au-BDD electrode. Furthermore, linear calibration curve of NA on AuNPs-BDD electrode was in the concentration range of 0 ? 12 mU (R2 = 0,997) with LOD of 0,12 mU and %RSD of 2,49%. A comparable performance of NA detection was observed in the presence of mucin. Sensitivity of NA detection was decrease in magnetic beads system, the LOD of 0,64 mU was achieved in linear range of 0 ? 8 mU. Detection of NA on strip test system was successfully developed in linear range of 0 - 15 mU with LOD of 0,26 mU. NA detection in the presence of mucin was demonstrated on strip test system, the result suggested that the precision was decreased. Nevertheless the method is still promising for pharmaceutical or medical application."

"Resistensi oseltamivir sebagai inhibitor neuraminidase virus influenza A subtype H1N1 telah dilaporkan oleh Cheng, et al pada tahun 2009. Sebagai salah satu upaya mengatasi pemasalahan ini, beberapa penelitian yang menggunakan metode simulasi molecular docking telah dilakukan untuk merancang dan menemukan ligan peptide siklis yang dapat berperan sebagai inhibitor potensial neuraminidase H1N1 sehingga dapat menghambat replikasi virus tersebut.Pada penelitian ini dipelajari dan dievaluasi interaksi ligan terhadap enzim dalam keadaan terhidrasi dengan menggunakan metode simulasi dinamika molekul pada temperatur yang berbeda. Simulasi dilakukan terhadap tiga inhibitor peptida siklis disulfida yaitu DNY, LRL, NNY dan oseltamivir, zanamivir sebagai ligan standar. Hasil penelitian menunjukkan pergerakan dinamis yang dimiliki oleh kelima kompleks enzim-ligan dalam keadaan terhidrasi mempengaruhi interaksi ligan terhadap residu asam amino enzim.Pada akhir simulasi temperatur 300 K, ligan DNY memiliki interaksi dengan sisi katalitik enzim Asp 151, Arg 293, ligan LRL dengan Arg 118, Arg 293, ligan NNY dengan Asp 151, Glu 425 dan Arg 293. Pada temperatur 312 K, ligan DNY tidak memiliki interaksi dengan sisi katalitik enzim. Ligan LRL memiliki interaksi dengan sisi katalitik enzim Asp 151, Glu 425, Tyr 402, ligan NNY dengan Asp 151, Glu 278 dan Arg 293. Konformasi yang terlihat berbeda pada enzim memperlihatkan perilaku dinamis enzim dalam pelarut dan adanya pengaruh kehadiran inhibitor. Konformasi yang berubah akibat perilaku dinamis kompleks enzim-ligan juga dapat terlihat dalam plot kurva RMSD.

---

Resistence of oseltamivir as an inhibitor of neuraminidase influenza A virus subtype H1N1 has been reported by Cheng, et al in 2009. To solve this problem, several researchs by molecular docking method have been conducted to design and discover disulfide cyclic peptide ligand which become potential inhibitors for neuraminidase H1N1 to inhibit the replication of this virus.

This research was studied and evaluated the interaction of ligands toward enzyme in the hydrated state using molecular dynamics simulation at two different temperatures. Simulations performed on three disulfide cyclic peptide inhibitors namely DNY, LRL, NNT along with oseltamivir, zanamivir as a standard ligand. The result provided that dynamic movement of five proposed ligand in the hydrate state affecting ligand interaction of the enzyme amino acid residues.

In the end of simulation, two of three disulfide cyclic peptide inhibitors have good interaction with catalytic site of the enzyme. At the end of simulation temperature of 300 K, DNY formed hydrogen bond with catalytic site Asp 151, Arg 293, LRL with Arg 118, Arg 293, NNY with Asp 151, Glu 425 and Arg 293. Then at the end of simulation temperature of 312 K, DNY could not form hydrogen bond with catalytic site of enzyme. LRL formed hydrogen bond with Asp 151, Glu 425, Tyr 402, NNY with Asp 151, Glu 278, and Arg 293. Different conformations of enzymes which occur during simulation showed the dynamic behaviour of the enzyme in the presence of solvent and inhibitor. The changing of enzymes conformation as the result of dynamic behaviour of the enzyme in the presence of solvent and inhibitor also could be seen in RMSD curve."