Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKDiabetes melitus tipe 2 (DMT2) adalah jenis diabetes yang paling umum di dunia. Baris kedua pengobatan DMT2 yang dapat menghambat pelepasan glukagon dan meningkatkan sekresi insulin adalah inhibitor DPP-IV. Enzim DPP-IV yang terdapat dalam tubuh manusia dapat diproduksi oleh tubuh sendiri atau dari bakteri yang terdapat di usus, seperti Parabacteroides goldsteinii dan Bacteroides fragilis. Dalam penelitian ini dilakukan penyelarasan sekuens bakteri dan pemodelan homologi. Docking makromolekul DPP-IV manusia dan model bakteri dilakukan terhadap setiap situs aktif DPP-IV manusia menggunakan aplikasi PyRx. Persentase kemiripan urutan antara DPP-IV manusia dan model DPP-IV bakteri (% urutan yang dipertahankan;% dari semua urutan), P.goldsteinii (46,15%, 24,18%) dan B. fragilis (92,31%; 20, 04% ). Parameter optimasi untuk molecular docking DPP-IV yaitu kotak grid dengan ukuran 50x50x50 unit dengan jarak spasi 0,375 dan evaluasi energi sebesar 5.000.000. Berdasarkan hasil analisis nilai indeks selektivitas diperoleh senyawa penghambat DPP-IV yaitu gemigliptin yang relatif selektif pada P.goldsteinii dengan nilai indeks selektivitas 1,34 x10-4 dan retagliptin yang relatif selektif pada B. fragilis dengan nilai indeks selektivitas 0,05 x10 -4 diantara 16 ligan lain pada tiga sisi aktif enzim DPP-IV. Hasil ini menunjukkan bahwa gemigliptin dan retagliptin dapat digunakan sebagai data pendukung dalam perancangan molekul baru dan perkembangannya sebagai penghambat DPP-IV selektif untuk pasien diabetes melitus tipe 2 (DMT2).ABSTRACTDiabetes mellitus type 2 (T2DM) is the most common type of diabetes in the world. The second line of T2DM treatment that can inhibit glucagon release and increase insulin secretion are DPP-IV inhibitors. The DPP-IV enzyme found in the human body can be produced by the body itself or from bacteria found in the intestines, such as Parabacteroides goldsteinii and Bacteroides fragilis. In this study, bacterial sequence alignment and homology modeling were carried out. Docking of human DPP-IV macromolecules and bacterial models was carried out against each active human DPP-IV site using the PyRx application. Percentage of sequence similarity between the human DPP-IV and the bacterial DPP-IV model (% retained sequences;% of all sequences), P.goldsteinii (46.15%, 24.18%) and B. fragilis (92.31%; 20, 04%). The optimization parameters for the DPP-IV molecular docking are a grid box with a size of 50x50x50 units with a spacing of 0.375 and an energy evaluation of 5,000,000. Based on the results of the selectivity index value analysis, the DPP-IV inhibitor compound was obtained, namely gemigliptin which was relatively selective in P.goldsteinii with a selectivity index value of 1.34 x10-4 and retagliptin which was relatively selective in B. fragilis with a selectivity index value of 0.05 x10-4. among 16 other ligands on the three active sites of the DPP-IV enzyme. These results indicate that gemigliptin and retagliptin can be used as supporting data in the design of new molecules and their development as selective DPP-IV inhibitors for type 2 diabetes mellitus (T2DM) patients."

"Kanker merupakan suatu penyakit pada tingkat sel yang ditandai dengan kelainan mekanisme kontrol seluler. Metabolisme sel-sel kanker sangat bergantung pada jalur glikolitik dalam memproduksi adenosin trifosfat (ATP), bahkan saat adanya oksigen yang berlimpah (efek Warburg). Heksokinase (HK) merupakan enzim utama yang berperan pada peningkatan glikolisis, terutama pada kondisi kanker yang umumnya ditandai oleh tingginya penyerapan dan metabolisme glukosa. Oleh karena itu, inhibitor HK menarik untuk diteliti sebagai salah satu strategi pengobatan kanker, khususnya inhibitor HK 2. Heksokinase memiliki tiga macam isoform lain (HK 1, 3, dan 4) yang mempunyai kemiripan pada sekuens asam aminonya. Pada penelitian ini, dilakukan penyejajaran sekuens dan pemodelan homologi. Penambatan molekuler makromolekul HK 2 manusia dan model HK 1, 3, dan 4 dilakukan terhadap masing-masing situs aktif HK manusia menggunakan AutoDock Vina melalui program PyRx. Persentase kemiripan keseluruhan sekuens antara HK 2 dan model HK 1, 3, dan 4 berturut-turut adalah 73,75%, 56,59%, dan 56,82%. Parameter optimasi yang digunakan untuk penambatan molekuler yaitu grid box ukuran 22,5 x 22,5 x 22,5 Å dan exhaustiveness sebesar 8. Berdasarkan hasil analisis selektivitas, didapatkan nilai indeks selektivitas senyawa inhibitor heksokinase dalam rentang 0,31-0,84 pada HK 1, 0,51-1,25 pada HK 3, dan 0,22-1,66 pada HK4, yang menunjukkan bahwa semua ligan tersebut relatif tidak selektif terhadap makromolekul HK 2 manusia maupun model isoform HK 1-3.

---

Cancer is a cellular level disease characterized by abnormalities in cellular control mechanisms. The metabolism of cancer cells is highly dependent on the glycolytic pathway in producing adenosine triphosphate (ATP), even in the presence of abundant oxygen (Warburg effect). Hexokinase (HK) is the main enzyme that plays a role in increasing glycolysis, especially in cancer that is generally characterized by high absorption and metabolism of glucose. Thus, HK inhibitors are interesting to study as one of the cancer treatment strategies, especially HK 2 inhibitors. Hexokinase has three other types of isoforms (HK 1, 3, and 4) which have similarities in their amino acid sequences. In this research, sequence alignment and homology modelling are carried out. Molecular docking of human HK 2 macromolecules (template) and HK 1, 3, and 4 models was performed on each of the human HK active sites using AutoDock Vina in PyRx program. The percentage similarity of overall sequence between HK 2 and HK 1, 3, and 4 models are 73.75%, 56.59%, and 56.82%, respectively. Optimization parameters used for the molecular docking are grid box with a size of 22.5 x 22.5 x 22.5 Å and exhaustiveness of 8. Based on the results of the selectivity analysis, the selectivity index value of hexokinase inhibitor compounds is in the range of 0.31-0.84 to HK1, 0.51-1.25 to HK3, and 0.22-1.66 to HK4, which shows that all ligands are relatively not selective to both human HK 2 macromolecule or HK 1-3 isoform models."