Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKDiabetes melitus tipe 2 (DMT2) adalah jenis diabetes yang paling umum di dunia. Baris kedua pengobatan DMT2 yang dapat menghambat pelepasan glukagon dan meningkatkan sekresi insulin adalah inhibitor DPP-IV. Enzim DPP-IV yang terdapat dalam tubuh manusia dapat diproduksi oleh tubuh sendiri atau dari bakteri yang terdapat di usus, seperti Parabacteroides goldsteinii dan Bacteroides fragilis. Dalam penelitian ini dilakukan penyelarasan sekuens bakteri dan pemodelan homologi. Docking makromolekul DPP-IV manusia dan model bakteri dilakukan terhadap setiap situs aktif DPP-IV manusia menggunakan aplikasi PyRx. Persentase kemiripan urutan antara DPP-IV manusia dan model DPP-IV bakteri (% urutan yang dipertahankan;% dari semua urutan), P.goldsteinii (46,15%, 24,18%) dan B. fragilis (92,31%; 20, 04% ). Parameter optimasi untuk molecular docking DPP-IV yaitu kotak grid dengan ukuran 50x50x50 unit dengan jarak spasi 0,375 dan evaluasi energi sebesar 5.000.000. Berdasarkan hasil analisis nilai indeks selektivitas diperoleh senyawa penghambat DPP-IV yaitu gemigliptin yang relatif selektif pada P.goldsteinii dengan nilai indeks selektivitas 1,34 x10-4 dan retagliptin yang relatif selektif pada B. fragilis dengan nilai indeks selektivitas 0,05 x10 -4 diantara 16 ligan lain pada tiga sisi aktif enzim DPP-IV. Hasil ini menunjukkan bahwa gemigliptin dan retagliptin dapat digunakan sebagai data pendukung dalam perancangan molekul baru dan perkembangannya sebagai penghambat DPP-IV selektif untuk pasien diabetes melitus tipe 2 (DMT2).ABSTRACTDiabetes mellitus type 2 (T2DM) is the most common type of diabetes in the world. The second line of T2DM treatment that can inhibit glucagon release and increase insulin secretion are DPP-IV inhibitors. The DPP-IV enzyme found in the human body can be produced by the body itself or from bacteria found in the intestines, such as Parabacteroides goldsteinii and Bacteroides fragilis. In this study, bacterial sequence alignment and homology modeling were carried out. Docking of human DPP-IV macromolecules and bacterial models was carried out against each active human DPP-IV site using the PyRx application. Percentage of sequence similarity between the human DPP-IV and the bacterial DPP-IV model (% retained sequences;% of all sequences), P.goldsteinii (46.15%, 24.18%) and B. fragilis (92.31%; 20, 04%). The optimization parameters for the DPP-IV molecular docking are a grid box with a size of 50x50x50 units with a spacing of 0.375 and an energy evaluation of 5,000,000. Based on the results of the selectivity index value analysis, the DPP-IV inhibitor compound was obtained, namely gemigliptin which was relatively selective in P.goldsteinii with a selectivity index value of 1.34 x10-4 and retagliptin which was relatively selective in B. fragilis with a selectivity index value of 0.05 x10-4. among 16 other ligands on the three active sites of the DPP-IV enzyme. These results indicate that gemigliptin and retagliptin can be used as supporting data in the design of new molecules and their development as selective DPP-IV inhibitors for type 2 diabetes mellitus (T2DM) patients."

"Adenosin trifosfat (ATP) berfungsi sebagai sumber energi pada berbagai aktivitas seluler, seperti modulasi pelepasan neurotransmitter, menyebabkan vasokonstriksi dan vasodilatasi pada arteri dan vena, dan meregulasi pelepasan sitokin proinflamasi. Aktivitas adenosin dimodulasi oleh reseptor adenosin yang termasuk ke dalam G-coupled protein receptors(GCPR). Reseptor adenosin memiliki empat isoform, yaitu A1, A2A, A2B, dan A3 yang terdistribusi dalam berbagai jaringan tubuh dan menarik untuk ditinjau selektivitasnya. Selektivitas reseptor sebagai target obat perlu dilihat untuk memastikan efek farmakologis yang ditimbulkan lebih spesifik. Penelitian ini dilakukan secara in silico untuk mengetahui selektivitas obat terhadap struktur kristal reseptor adenosin A1 dan A2A, serta struktur A2B dan A3 yang didapatkan melalui pemodelan homologi. Pemodelan homologi didapatkan dengan perangkat lunak SWISS-MODEL kemudian di evaluasi strukturnya melalui Plot Ramachandran di laman PROCHECK. Penambatan molekuler dilakukan di AutoDock dalam perangkat lunak PyRx. Penambatan molekuler divalidasi dengan cara redocking melalui AutoDock. Parameter yang diperhatikan adalah nilai RMSD kurang dari 2 Å. Interaksi antara reseptor-ligan diamati melalui perangkat lunak LigPlot+ dan PyMOL. Selektivitas dianalisis melalui indeks selektivitas dengan perbandingan konstanta inhibisi dua subreseptor. Selektivitas ligan terhadap reseptor A1 berada pada rentang 0,85 – 136,07; reseptor A2A0,0073 – 1,18; reseptor A2B 2,49 – 180,83; dan reseptor A3 0,021 – 1,79. Ligan yang paling selektif terhadap masing-masing reseptor secara in silico adalah : reseptor A1 capadenoson, reseptor A2A tozadenant, reseptor A2B BAY 60-6583, dan reseptor A3 piclidenoson.

---

Adenosine triphosphate (ATP) functions as an energy source in various cellular activities, such as modulating neurotransmitter release, causing vasoconstriction and vasodilation in arteries and veins, and regulating the release of proinflammatory cytokines. Adenosine activity is modulated by adenosine receptors included in the G-coupled protein receptors (GCPR). Adenosine receptors have four isoforms, namely A1, A2A, A2B, and A3 which are distributed in various body tissues and are interesting to review their selectivity. The selectivity of receptors as drug targets needs to be seen to ensure that the pharmacological effects produced are more specific. This study was conducted in silico to determine the selectivity of drugs to the crystal structures of adenosine receptors A1 and A2A, as well as the structures of A2B and A3 obtained through homology modeling. Homology modeling was obtained using SWISS-MODEL software and then its structure was evaluated through the Ramachandran Plot on the PROCHECK page. Molecular docking was carried out in AutoDock in PyRx software. Molecular docking was validated by redocking through AutoDock. The parameters of interest were RMSD values ​​less than 2 Ã . The interaction between receptor-ligand was observed through LigPlot+ and PyMOL software. Selectivity was analyzed through the selectivity index by comparing the inhibition constants of two subreceptors. The selectivity of ligands to the A1 receptor was in the range of 0.85 - 136.07; A2A receptor 0.0073 - 1.18; A2B receptor 2.49 - 180.83; and A3 receptor 0.021 - 1.79. The most selective ligands to each receptor in silico were: capadenoson A1 receptor, tozadenant A2A receptor, BAY 60-6583 A2B receptor, and piclidenoson A3 receptor."

"Kanker merupakan suatu penyakit pada tingkat sel yang ditandai dengan kelainan mekanisme kontrol seluler. Metabolisme sel-sel kanker sangat bergantung pada jalur glikolitik dalam memproduksi adenosin trifosfat (ATP), bahkan saat adanya oksigen yang berlimpah (efek Warburg). Heksokinase (HK) merupakan enzim utama yang berperan pada peningkatan glikolisis, terutama pada kondisi kanker yang umumnya ditandai oleh tingginya penyerapan dan metabolisme glukosa. Oleh karena itu, inhibitor HK menarik untuk diteliti sebagai salah satu strategi pengobatan kanker, khususnya inhibitor HK 2. Heksokinase memiliki tiga macam isoform lain (HK 1, 3, dan 4) yang mempunyai kemiripan pada sekuens asam aminonya. Pada penelitian ini, dilakukan penyejajaran sekuens dan pemodelan homologi. Penambatan molekuler makromolekul HK 2 manusia dan model HK 1, 3, dan 4 dilakukan terhadap masing-masing situs aktif HK manusia menggunakan AutoDock Vina melalui program PyRx. Persentase kemiripan keseluruhan sekuens antara HK 2 dan model HK 1, 3, dan 4 berturut-turut adalah 73,75%, 56,59%, dan 56,82%. Parameter optimasi yang digunakan untuk penambatan molekuler yaitu grid box ukuran 22,5 x 22,5 x 22,5 Å dan exhaustiveness sebesar 8. Berdasarkan hasil analisis selektivitas, didapatkan nilai indeks selektivitas senyawa inhibitor heksokinase dalam rentang 0,31-0,84 pada HK 1, 0,51-1,25 pada HK 3, dan 0,22-1,66 pada HK4, yang menunjukkan bahwa semua ligan tersebut relatif tidak selektif terhadap makromolekul HK 2 manusia maupun model isoform HK 1-3.

---

Cancer is a cellular level disease characterized by abnormalities in cellular control mechanisms. The metabolism of cancer cells is highly dependent on the glycolytic pathway in producing adenosine triphosphate (ATP), even in the presence of abundant oxygen (Warburg effect). Hexokinase (HK) is the main enzyme that plays a role in increasing glycolysis, especially in cancer that is generally characterized by high absorption and metabolism of glucose. Thus, HK inhibitors are interesting to study as one of the cancer treatment strategies, especially HK 2 inhibitors. Hexokinase has three other types of isoforms (HK 1, 3, and 4) which have similarities in their amino acid sequences. In this research, sequence alignment and homology modelling are carried out. Molecular docking of human HK 2 macromolecules (template) and HK 1, 3, and 4 models was performed on each of the human HK active sites using AutoDock Vina in PyRx program. The percentage similarity of overall sequence between HK 2 and HK 1, 3, and 4 models are 73.75%, 56.59%, and 56.82%, respectively. Optimization parameters used for the molecular docking are grid box with a size of 22.5 x 22.5 x 22.5 Å and exhaustiveness of 8. Based on the results of the selectivity analysis, the selectivity index value of hexokinase inhibitor compounds is in the range of 0.31-0.84 to HK1, 0.51-1.25 to HK3, and 0.22-1.66 to HK4, which shows that all ligands are relatively not selective to both human HK 2 macromolecule or HK 1-3 isoform models."