Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Asam urat dapat dihasilkan melalui proses katalisasi oksidasi dari hipoxantin menjadi xantin dan juga melalui degradasi purin dengan bantuan xantin oksidase. Bila kadar asam urat melebihi batas normal maka dapat menyebabkan hiperurisemia yang merupakan faktor utama gout (pirai). Hal ini dapat dicegah dengan menginhibisi kerja xantin oksidase menggunakan inhibitor xantin oksidase. Penelitian ini dilakukan untuk menemukan kandidat inhibitor XO dari flavonoid dengan metode penapisan virtual menggunakan AutoDock Vina dalam PyRx. Hasil optimisasi parameter penapisan virtual diperoleh dengan menggunakan grid box 15Åx15Åx15Å dan exhaustiveness 8. Struktur kristalografi target makromolekul diperoleh dari RSCB PDB dengan ID 2E1Q. Berdasarkan hasil penapisan virtual diperoleh sepuluh senyawa ligan uji dengan energi ikatan terendah, antara lain: 7,4'-dihydroxyflavone, apigenin, geraldone, chrysin, 7,3',4'-trihydroxyflavone, luteolin, baicalein, 6-hydroxyluteolin, pseudobaptigenin, dan scutellarein. Sepuluh senyawa tersebut memiliki energi ikatan antara -9,9 hingga -10,8 kkal/mol dibandingkan dengan kontrol positif allopurinol (-6,9 kkal/mol), oxypurinol (-7,2 kkal/mol), febuxostat (-8,2 kkal/mol), dan topiroxostat (-8,6 kkal/mol). Hasil tersebut mengindikasikan bahwa sepuluh senyawa tersebut memiliki potensi sebagai inhibitor XO.

---

Uric acid can be produced through the oxidation catalysis process from hypoxanthine to xanthine and also through purine degradation catalyzed by xanthine oxidase. When uric acid levels exceeding normal limits, hyperuricemia, which is a major factor in gout, could be developed. This can be prevented by inhibiting the action of xanthine oxidase using xanthine oxidase inhibitors. The study was conducted to find XO inhibitor candidates from flavonoids by virtual screening methods using Vina AutoDock in PyRx. Optimization results of virtual screening parameters were obtained using a 15Åx15Åx15Å grid box and exhaustiveness 8. The crystallographic structure of the macromolecular target was obtained from RSCB PDB with ID 2E1Q. Ten compounds were obtained from virtual screening result based on their binding energy, including: 7,4'-dihydroxyflavone, apigenin, geraldone, chrysin, 7,3',4'-trihydroxyflavone, luteolin, baicalein, 6-hydroxyluteolin, pseudobaptigenin, and scutellarein. The ten compounds have binding energy of -9,9 to -10,8 kcal / mol compared with positive control of allopurinol (-6,9 kcal/mol), oxypurinol (-7,2 kcal/mol), febuxostat (-8, 2 kcal/mol), and topiroxostat (-8,6 kcal/mol). These results indicate that the ten compounds have potential to be developed as XO inhibitors."

"Human Immunodeficiency Virus (HIV) adalah virus yang menyerang sistem kekebalan tubuh dan sistem pertahanan infeksi seseorang sehingga menyebabkan penyakit AIDS. Berbagai upaya telah diarahkan untuk pengembangan terapi antiretroviral yang berfokus pada enzim-enzim HIV tipe 1 dengan menggunakan transkriptase balik, protease, dan integrase sebagai target yang potensial. Saat ini, penemuan obat mulai dilakukan dengan pencarian sumber-sumber alam dari ekosistem laut, yang telah dilaporkan memiliki aktivitas biologis, untuk mengeksplorasi berbagai senyawa bioaktif dari organisme laut. Namun, waktu dan biaya yang diperlukan untuk proses penemuan obat sangat besar. Hambatan ini dapat diatasi dengan mengurangi jumlah sampel melalui penggunaan penapisan in silico. Pada penelitian ini, dilakukan pembuatan pangkalan data senyawa kimia dari Echinodermata dan penapisan virtual senyawa-senyawa tersebut terhadap transkriptase balik. Pangkalan data dibuat dengan cara mengumpulkan data dari hasil pencarian literatur yang dilakukan oleh penulis. Penapisan dilakukan menggunakan piranti lunak AutoDock. Berdasarkan hasil penapisan, didapatkan 13 peringkat senyawa terbaik sebagai inhibitor transkriptase balik HIV-1, yaitu Nobilisidenol B, Ech_005, 17-Deoxyholothurinogenin, 22,25-Oxidoholothurinogenin, Ech_022, Ech_026, Ech_021, Nobilisidenol A, Ech_025, 5α-Cholest-8(14)-ene-3ß,7α-diol, Astropectenol A, Ech_004, dan Phrygiasterol.

---

Human Immunodeficiency Virus (HIV) is a virus that targets the immune system and weakens people's surveillance and defence systems against infections and causing AIDS disease. Various researches have been directed to the development of antiretroviral therapy that focuses on enzymes of HIV type 1 using reverse transcriptase, protease, and integrase as a potential target. New trends in drug discovery from natural sources emphasize on investigation of the marine ecosystem which have been reported having biological activities to explore bioactive compounds from marine organisms. However, time and cost required for drug discovery process are immense and at an unacceptable level. These obstacles can be overcome by reducing the number of samples using in silico screening. In this research, database compilation of chemical compounds from Echinoderm and virtual screening of the compounds were done to HIV-1 reverse transcriptase. Database was made by collecting data from any references which were searched by author. HIV-1 reverse transkriptase inhibitors virtual screening was done using AutoDock software. Based on the screening results, top thirteen ranked compound was obtained as hits, they are Nobilisidenol B, Ech_005, 17-Deoxyholothurinogenin, 22,25-Oxidoholothurinogenin, Ech_022, Ech_026, Ech_021, Nobilisidenol A, Ech_025, 5α-Cholest-8(14)-ene-3ß,7α-diol, Astropectenol A, Ech_004, and Phrygiasterol."

"Alzheimer merupakan penyakit neurodegeneratif yang dapat disebabkan oleh penumpukan plak tanda penuaan pada otak dan mempengaruhi kerja neuron sehingga neuron menjadi kurang sensitif terhadap respon selular. Penelitian terdahulu menemukan bahwa enzim BACE1 berperan penting dalam proses pembentukan plak tanda penuaan sehingga dapat menjadi target pengobatan penyakit Alzheimer. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman obat Indonesia sebagai inhibitor BACE1 menggunakan Autodock dan Autodock Vina yang divalidasi menggunakan basis data A Directory of Useful Decoys: Enhanced (DUD-E). Validasi dilakukan terhadap kedua peranti lunak menggunakan parameter Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, dan Area Under Curve. Kesimpulan dari validasi adalah ukuran grid box yang digunakan pada Autodock yaitu grid 30x30x30 dan 11,25x11,25x11,25 pada Vina (setelah penyetaraan unit). Nilai EF 1% dan AUC grid 30 pada Autodock adalah 7,74 dan 0,73, sedangkan pada Vina adalah 4,6 dan 0,77. Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh 6 peringkat teratas senyawa menggunakan Autodock (energi ikat kkal/mol -7,84 ~ -8,79) yaitu Azadiradione, Cylindrin, Lanosterol, Sapogenin, Simiarenol, dan Taraxerol. Hasil penapisan virtual pada Autodock Vina memberikan 7 senyawa peringkat teratas (energi ikat kkal/mol -8,8 ~ -9,4) yaitu Bryophyllin A, Diosgenin, Azadiradione, Sojagol, Beta amyrin, Epifriedelinol, dan Jasmolactone C. Hanya Azadiradione yang memberikan hasil penapisan virtual pada kedua peranti lunak dan berinteraksi dengan daerah aktif BACE1 pada residu Trp 76 dari Autodock dan Thr 232 dari Autodock Vina.

---

Lzheimer's is a neurodegenerative disease that can be caused by buildup of plaque signs of aging in the brain and affect the work of neurons so neurons become less sensitive to cellular responses. Research previously found that the BACE1 enzyme plays an important role in the process Plaque formation is a sign of aging so that it can become a treatment target Alzheimer's disease. In this study, virtual screening of compounds from database of Indonesian medicinal plants as using BACE1 inhibitors Autodock and Autodock Vina are validated using A database Directory of Useful Decoys: Enhanced (DUD-E). Validation is carried out against both software uses Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, and Area Under Curve.

Conclusion of validation is the size of the grid box used in Autodock, which is a 30x30x30 and grid 11,25x11,25x,25,25 for Vina (after equalization unit). EF value of 1% and AUC grid 30 in Autodock is 7.74 and 0.73, while in Vina it is 4.6 and 0.77. Based on the results of virtual screening, obtained the top 6 compounds using Autodock (kcal / mol binding energy -7.84 ~ -8.79) namely Azadiradione, Cylindrin, Lanosterol, Sapogenin, Simiarenol, and Taraxerol. Screening results virtual on Autodock Vina provides 7 top-ranked compounds (binding energy kcal / mol -8.8 ~ -9.4) namely Bryophyllin A, Diosgenin, Azadiradione, Sojagol, Beta amyrin, Epifriedelinol, and Jasmolactone C. Only Azadiradione provide virtual screening results on both software and interact with BACE1 active area on Trp 76 residue from Autodock and Thr 232 from Autodock Vina."

"HIV-1 (Human immunodeficiency virus tipe 1) adalah anggota famili retrovirus yang dapat menyebabkan penyakit AIDS ketika menginfeksi manusia. Epidemi AIDS adalah salah satu penyakit yang paling destruktif di zaman modern. Diperkirakan lebih dari 33 juta orang telah terinfeksi hingga tahun 2010.Berbagai penelitian perancangan obat yang mentarget berbagai enzim virus HIV terus dilakukan terutama enzim vital untuk reproduksi virus seperti transkriptase balik, integrase, dan protease. Penapisan virtual sebagai salah satu metode pendekatan in silico telah digunakan pada pencarian senyawa penuntun dari basis data senyawa library ataupun dari basis data bahan alam sebagai inhibitor HIV-1.Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual basis data senyawa tanaman obat di Indonesia pada transkriptase balik, integrase dan protease HIV-1. Penapisan dilakukan menggunakan piranti lunak GOLD, AutoDock dan AutoDock Vina.Berdasarkan hasil penapisan didapatkan 10 peringkat senyawa terbaik dari tiap metode untuk tiap enzim. Metode penapisan yang relatif lebih akurat adalah AutoDock untuk transkriptase balik; AutoDock Vina dan GOLD untuk protease; serta AutoDock Vina untuk integrase.

---

HIV-1 (Human immunodeficiency virus type 1) is a member of retrovirus family that could infect human and causing AIDS disease. AIDS epidemic is one of the most destructive diseases in the modern era. There were more than 33 million people infected by HIV until 2010.

Various researches have been done to design drug that targeting HIV enzymes primarily vital reproduction enzymes such as reverse transcriptase, integrase and protease. Virtual screening as in silico approach has been used to find lead molecules from compound library or natural database as HIV-1 inhibitors.

In this research, virtual screening of Indonesian herbal database was done to reverse transcriptase, integrase and HIV-1 protease. Virtual screening was done using GOLD, AutoDock, and AutoDock Vina.

Based on this research, top ten ranked compound was obtained for each methods and enzymes. Virtual screening method which relatively more accurate is AutoDock for reverse transcriptase; AutoDock Vina and GOLD for protease; and AutoDock Vina for integrase."

"SIRT1 merupakan salah satu dari tujuh sirtuin manusia SIRT1-7 yang termasuk dalam HDAC kelas III. Sejumlah penelitian tentang SIRT1 telah banyak dibuktikan berperan dalam regulasi metabolisme seluler serta sering dihubungkan dengan pathogenesis penyakit seperti kanker dan penyakit nuerodegeneratif. Untuk menemukan kandidat obat yang baik beberapa menggunakan metode in silico sebagai tool yang cepat dalam menganalisis aktifitas biologis obat secara virtual.Metode in silico dalam penelitian ini dimulai dari penapisan virtual, penambatan molekul dan simulasi dinamika molekuler yang menggunakan database herbal Indonesia untuk menemukan senyawa kandidat yang berpotensi sebagai inhibitor SIRT1.Hasilnya diperoleh ada enam senyawa kandidat dari database Herbal Indonesia yang memiliki potensi sebagai inhibitor SIRT1 yaitu 5-oxocoronaridine, 3-oxocoronaridine, 5-hydroxy-6-oxocoronaridine, dregamine, isovoacristine dan tabernaemontanine.Hasil penambatan molekul senyawa kandidat terhadap dua makromolekul SIRT1 PDB ID: 4I5I dan 4ZZI menunjukkan nilai pengikatan energi bebas senyawa kandidat mendekati dan lebih tinggi dari senyawa ligand co-kristal. Dari analisis simulasi dinamika molekuler diperoleh energi bebas MMPBSA di atas -21 kkal/ mol sedangkan occupancy ikatan hidrogen residu Ile347 dan Asp348 diatas 80 .

---

SIRT1 is one of seven human sirtuins SIRT1 7 are included in class III of HDAC. A number studies of SIRT1 has been widely demonstrated a role in the regulation of cellular metabolism and linked to pathogenesis of diseases such as cancer and neurodegeneratif diseases. To find a good drug candidates could using in silico methods as a quick tool in analyzing the biological activity of drugs virtually.In silico methods in this research started from a virtual screening, docking and molecular dynamics simulations that use Indonesian herbal database to find potential candidate compounds as SIRT1 inhibitor.The result was obtained there are six candidates compound of Indonesian Herbal database that has potential as SIRT1 inhibitor that is 5 oxocoronaridine, 3 oxocoronaridine, 5 hydroxy 6 oxocoronaridine, dregamine, isovoacristine and tabernaemontanine.Docking results shown that molecule candidate compounds against two of macromolecules SIRT1 PDB ID 4I5I and 4ZZI have value of the candidate compound binding free energy approach and higher than the co crystal ligands. From the analysis of molecular dynamics simulations obtained free energy MMPBSA about 21 kcal mol while occupancy hydrogen bonding of residues Ile347 and Asp348 about 80 ."

"Stroke iskemik merupakan salah satu jenis penyakit kardiovaskular yang disebabkan oleh bekuan darah yang menghalangi aliran darah ke otak. Saat iskemia, sel saraf mengalami aktivasi yang menginduksi pelepasan glutamat dalam jumlah besar sehingga terjadi stimulasi reseptor glutamat berlebihan yang akhirnya dapat terjadi eksitotoksisitas. Penghambatan reseptor glutamat ionotropik, yaitu reseptor AMPA, menjadi pendekatan untuk pengobatan iskemia. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengeksplorasi kemungkinan senyawa herbal Indonesia sebagai antagonis reseptor AMPA. Dalam penelitian ini, penapisan virtual dilakukan dengan metode penambatan menggunakan AutoDock untuk menemukan kandidat antagonis reseptor AMPA dari basis data tanaman obat Indonesia. Metode penapisan virtual divalidasi oleh area under curve AUC dari kurva ROC dan enrichment factor EF . Lipinski rsquo;s Rule of Five digunakan untuk menyaring hasil skrining. Validasi hasil penapisan virtual menunjukkan bahwa AUC adalah 0,9385 dan EF 1 adalah 23,5550. Hasil skrining dari basis data tanaman obat Indonesia menunjukkan lima senyawa sanggenol O, blazeispirol X, progesterone, nimolicinol, dan boeravinone F -8,51; -8,39; -8,19; -8,17; -8,08 kkal / mol, masing-masing dan memiliki interaksi dengan residu reseptor AMPA TYR61A dan THR91A. Lima senyawa dari database herbal Indonesia sanggenol O, blazeispirol X, progesteron, nimolicinol, dan boeravinone F memiliki potensi sebagai antagonis reseptor AMPA berdasarkan metode penambatan.

---

Ischemic stroke is one type of cardiovascular disease caused by blood clots that block blood flow to the brain. During ischemia, nerve cells undergo activation that induce large amounts of glutamate release resulting in excessive glutamate receptor stimulation which can eventually lead to excitotoxicity. Inhibition of the ionotropic glutamate receptor, i.e. the AMPA receptor, becomes approach to the treatment of ischemia. The aim of this study is to explore possibility of Indonesian herbal compound as AMPA receptor antagonist. In this study, virtual screening was performed by docking method using AutoDock to find the antagonist candidate of AMPA receptor from Indonesian herbal database. Virtual screening method was validated by area under curve AUC of ROC curve and enrichment factor EF . Lipinski rsquo s Rule of Five was used to filter the screening result. The validation of virtual screening results showed that AUC is 0.9385 and EF 1 is 23.5550. The screening result of Indonesian herbal database show top five compound sanggenol O, blazeispirol X, progesterone, nimolicinol, and boeravinone F 8.51 8.39 8.19 8.17 8.08 kcal mol, respectively and have interaction with TYR61A and THR91A residues of AMPA receptor. Five compounds of the Indonesia herbal database sanggenol O, blazeispirol X, progesterone, nimolicinol, and boeravinone F have potency as an AMPA receptor antagonist based on the docking method."

"Hipertensi merupakan kondisi patologis ketika tekanan darah terlalu tinggi yang di atas normal. Diperkirakan 13 miliar orang menderita hipertensi dan penyakit ini menjadi salah satu penyebab utama kematian dini di seluruh dunia. Angiotensin Converting Enzyme (ACE) memiliki peran penting dalam pengaturan tekanan darah arteri. Angiotensin Converting Enzyme Inhibitor (ACEI) merupakan salah satu lini pertama untuk pengobatan hipertensi. Obat ini dapat menginhibisi ACE yang memecah angiotensin I untuk membentuk vasokonstriktor poten angiotensin II. Penelitian dilakukan dengan metode penapisan virtual menggunakan AutoDock Vina yang terdapat dalam PyRx untuk mencari kandidat ACEI yang berasal dari senyawa bahan alam flavonoid. Flavonoid telah diketahui bertindak sebagai komponen dalam diet yang efektif dalam menghambat ACE. Flavonoid, terutama glikosidanya, merupakan fitokimia yang paling vital dalam diet dan sangat menarik karena diketahui bioaktivitasnya yang beragam. Struktur kristalografi target makromolekul diperoleh dari pangkalan data PDB (PDB ID: 1O86). Optimasi dilakukan dengan ukuran grid box yang divariasikan serta ion Zn2+, Cl- & 6 molekul air yang dipertahankan terhadap makromolekul. Berdasarkan hasil penapisan virtual, didapatkan 10 senyawa bioaktif peringkat teratas diantaranya yaitu epigallocatechin 3-O-gallate-7-O-glucoside-4-O-glucuronide, theaflavin 3-O-gallate, theaflavin 3,3-O-digallate, eriocitrin atau eriodictyol 7-O-rutinoside, luteolin 7-O-diglucuronide, malvidin 3-O-(6-caffeoyl-glucoside), narirutin 4-O-glucoside, quercetin 3,4-O-diglucoside, peonidin 3-O-(6-p-coumaroyl-glucoside) dan delphinidin 3-O-glucosyl-glucoside. Senyawa tersebut menunjukkan afinitas pengikatan optimum terhadap target makromolekul ACE dengan energi ikatan berada direntang -10,3 kkal/mol hingga -10,9 kkal/mol yang dibandingkan dengan standar moeksipril (-9,1 kkal/mol). Hasil menunjukkan 10 senyawa tersebut dapat menjadi ligan potensial untuk mengobati hipertensi.

---

Hypertension is defined as condition of blood pressure that abnormally too high. An estimated of 1.13 billion people worldwide has hypertension and this disease is one of the most cause of premature death worldwide. Angiotensin Converting Enzyme (ACE) has an importent role in arterial blood pressure regulation. Angiotensin Converting Enzyme Inhibitor (ACEI) is one of the first line treatment for hypertension. This drug can inhibit ACE which cleaves angiotensin I to the form potent vasoconstrictor angiotensin II. This study was conducted by virtual screening method used AutoDock Vina in PyRx to search ACEI candidate from flavonoid natural compounds. Flavonoids have been known to act as components in the diet that are effective to inhibit ACE. Flavonoids, especially their glycosides, are the most vital phytochemicals in diet and are of great general interest due to their diverse bioactivity. The crystallographic structure of macromolecule target was obtained from PDB database (PDB :1O86). Optimization was performed by variying grid size and maintaning Zn2+, Cl- & 6 water molecules in the macromolecule. Based on virtual screening results, the top ten ranking bioactive compounds was obtained. They are epigallocatechin 3-O-gallate-7-O-glucoside-4-O-glucuronide, theaflavin 3-O-gallate, theaflavin 3,3-O-digallate, eriocitrin atau eriodictyol 7-O-rutinoside, luteolin 7-O-diglucuronide, malvidin 3-O-(6-caffeoyl-glucoside), narirutin 4-O-glucoside, quercetin 3,4-O-diglucoside, peonidin 3-O-(6-p-coumaroyl-glucoside) and delphinidin 3-O-glucosyl-glucoside. Those compounds showed optimum binding affinity to ACE macromolecule target with binding energy range -10,3 kcal/mol to -10,9 kcal/mol as compared to the moexipril standard (-9,1 kcal/mol). The results indicated that 10 compounds could be the potential ligands to treat hypertension."

"

Sirtuin 1 (SIRT1) adalah famili  kelas III dari protein histon deasetilasi (HDAC) dan reaksinya bergantung  dengan  NAD⁺. Aktivator SIRT1 menyerupai pembatasan kalori merupakan pendekatan terapi untuk diabetes mellitus tipe 2. Pencarian obat dapat dilakukan dengan metode  in silico untuk mempercepat dan memfasilitasi identifikasi kandidat senyawa terbaik dan karakteristik fisikokimia dan pemilihan hit-to-lead.

Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi dan mengidentifikasi senyawa tanaman obat yang menyerupai CR (calorie restriction mimetic) dari Basis Data Herbal Indonesia (HerbalDB) http://herbaldb.farmasi.ui.ac.id yang berpotensi sebagai kandidat untuk aktivator SIRT1  melalui kombinasi metode in silico dan in vitro. Pemodelan farmakofor diperoleh dengan dua cara yaitu  menggunakan ko-kristal yang terikat pada daerah allosterik SIRT1 dan senyawa-senyawa yang digunakan sebagai aktivator SIRT1. Kemudian, model ini digunakan untuk penapisan virtual dengan HerbalDB. Senyawa yang diperoleh diidentifikasi menggunakan penambatan molekul dengan program AutoDock4Zn dan simulasi dinamika molekul 50-ns menggunakan program Amber. Simulasi dinamika molekuler dianalisis menggunakan metode MM-GB(PB) SA. Senyawa yang terpilih diuji secara in vitro menggunakan uji luminesensi SIRT-Glo^TM.

Analisis interaksi ikatan antara ligan dan reseptor SIRT1 (PDB ID 4zzj dan 5btr) menunjukkan selektivitas ligan adanya interaksi hidrofobik pada Leu206, Ile223, Ile227. Interaksi ikatan hidrogen antara [Glu230 dengan Arg446] dan Arg234 (daerah allosterik) dengan Arg446, Val459, His473, Asp475 (daerah katalitik), karena adanya interaksi ini menjadi dekat ke arah daerah substrat. Hasil penapisan virtual menggunakan model farmakofor berbasis struktur adalah mulberrin dan model farmakofor berbasis ligan adalah gartanin, kuinidin dan kuinina sebagai prediksi terbaik aktivator SIRT1. Analisis In silico, perhitungan MM-GB(PB)SA mengkonfirmasi bahwa mulberrin, gartanin, kuinidin, kuinina menunjukkan interaksi ikatan pada daerah allosterik dan uji in vitro nilai EC₅₀ masing-masing adalah 2,10; 1,79; 1,71; 1,14μM. Jadi, dari studi in silico dan in vitro senyawa mulberrin, gartanin. kuinidin, dan kuinina, menjadi kandidat potensial untuk aktivator SIRT1.

 

---

Sirtuin 1 (SIRT1) is a class III family of protein histone deacetylases involved in NAD⁺-dependent deacetylation reactions. It has been suggested that SIRT1 activators, in a therapeutic approach for type 2 diabetes mellitus. Drug design can be performed in silico using molecular dynamic approaches to accelerate and facilitate identification of the best compound candidates and their physicochemical characteristics and hit-to-lead selection.

This study aimed to explore and identify medicinal plant compounds calorie restriction mimetic from Indonesian Herbal Database (HerbalDB) that might potentially become a candidate for SIRT1 activators through a combination of in silico and in vitro methods. Two pharmacophore models were developed using co-crystalized ligands that allosterically bind with SIRT1 similar to the putative ligands used by SIRT1 activators. Then, these were used for the virtual screening of HerbalDB. The identified compounds were subjected to molecular docking with the AutoDock4Zn program and 50-ns molecular dynamics simulation using the Amber program. Molecular dynamics simulation was analyzed using MM-GB(PB)SA methods.  The compounds identified by these methods were tested in an in vitro study using a SIRT-Glo^TM luminescence assay. Interaction analysis between activator ligand and the SIRT1 receptor (PDB IDs 4zzj and 5btr) revealed the ligand’s selectivity for hydrophobic interaction at Leu206, Ile223, Ile227. Hydrogen bond interactions between [Glu230 with Arg446] and Arg234 (allosteric region) with Val459, His473, and Asp475 (catalytic region) brought them close to the bounding substrate area. Virtual screening using structure-based pharmacophores predicted that mulberrin as the best candidate SIRT1 activator. Virtual screening using ligand-based pharmacophores predicted that gartanin, quinidine and quinine to be the best candidates as SIRT1 activators. The molecular docking studies showed the important residues involved were Ile223 and Ile227 at the allosteric region. The MM-GB(PB)SA calculations confirmed that mulberrin, gartanin, quinidine, quinine showed activity at allosteric region and their EC₅₀ in vitro values are 2.10; 1.79; 1.71; 1.14µM, respectively. Thus, mulberrin, gartanin, quinidine, and quinine, to be a potential candidate for SIRT1 activators.

 

"

"ABSTRAKSenyawa kimia yang terkandung di dalam tanaman memiliki manfaat dan khasiat yang dapat berguna bagi kesehatan masyarakat. Banyak penelitian dalam bidang biokimia dan kimia medisinal yang bertujuan untuk menemukan obat yang tepat bagi berbagai penyakit yang sangat berbahaya misalnya kanker, penyakit kardiovaskuler, dan diabetes mellitus. Di dalam tubuh manusia terdapat protein yang merupakan kunci sensor metabolik dalam berbagai jaringan metabolisme yaitu Sirtuin1 (SIRT1). Saat ini, hanya resveratrol, fisetin dan quercetin merupakan senyawa dari bahan alam yang telah teruji sebagai aktivator SIRT1, padahal sangat banyak senyawa kimia dari tanaman yang berpotensi menjadi aktivator SIRT1. Terdapat empat bentuk kristal SIRT1 yang bertidak sebagai aktivator yaitu 4ZZH, 4ZZI, 4ZZJ, dan 5BTR. Pada penelitian ini, dilakukan penambatan molekuler senyawa dari basis data tanaman Indonesia yang berpotensi menjadi aktivator SIRT1. Penambatan dilakukan menggunakan piranti lunak AutoDock Vina. Pada AutoDock Vina dilakukan validasi terlebih dahulu, hasil validasi AutoDock Vina diperoleh grid box terbaik yaitu 60x60x60. Berdasarkan hasil penapisan diperoleh 20 peringkat senyawa terbaik dari masing-masing bentuk kristal dan 4 senyawa irisan dari keempat bentuk kristal yaitu Alpha-carotene, Cassiamin C, Casuarinin, dan Lutein.

---

ABSTRACTChemical compounds in plants often have benefits and efficacy that can be useful for medicine. Biochemistry and medicinal chemistry research aims to innovate new medicine for degenerative human diseases such as cancer, cardiovascular diseases, and diabetes mellitus. Human have protein that are key of metabolic sensors in a variety of metabolic pathways, Sirtuin1 (SIRT1). Currently, only resveratrol, fisetin and quercetin that are compounds from natural ingredients that have been tested as an activator of SIRT1 even though there are many chemical compounds in plants that potentially can be SIRT1 activator. There are four crystal forms which act as a SIRT1 activator, 4ZZH, 4ZZI, 4ZZJ, and 5BTR. In this study, we employed docking of new molecular compounds from Indonesian herbal database as SIRT1 activator. Virtual screening was done using AutoDock Vina. AutoDock Vina was validated beforehand in order to obtain the best grid box, based on this research, the best grid box for AutoDock Vina is 60x60x60. Top ten ranked compounds were obtained for each crystal form and four the same compounds of the four crystal forms that were Alpha-carotene, Cassiamin C, Casuarinin, and Lutein."

"Senyawa yang berperan sebagai inhibitor HDAC kelas IIa telah banyak dikembangkan sebagai obat antikanker, antiinflamasi, penyakit Huntington, human papiloma virus dan antidiabetes. Senyawa inhibitor HDAC antara lain golongan hydroxamic acid, peptida siklik, asam alifatik dan benzamide. Metode yang digunakan untuk mencari senyawa inhibitor HDAC kelas IIa salah satunya adalah melalui pendekatan farmakofor 3D berbasis ligan. Senyawa aktif HDAC4 dan HDAC7 dibuat ke dalam dataset training dan test untuk pembuatan dan validasi model farmakofor 3D berbasis ligan menggunakan LigandScout 4.09.1. Model farmakofor terbaik digunakan untuk penapisan virtual terhadap database herbaldb. Senyawa hit yang diperoleh selanjutnya dilakukan penambatan molekul menggunakan AutoDock4Zn, simulasi dinamika molekuler dan perhitungan nilai MMGB/PBSA menggunakan AMBER12. Berdasarkan hasil validasi model farmakofor 3D berbasis ligan, dipilih model farmakofor terbaik yaitu model 6 dan 10 HDAC4 dan model 1 HDAC7. Berdasarkan hasil penapisan virtual diperoleh 6 senyawa hit yaitu artocarpesin, avicularin, dimboa glucoside, eriodictin, luteolin dan mirabijalone c. Proses simulasi dinamika molekul selama 10ns menunjukan bahwa senyawa yang memiliki aktivitas terbaik yaitu senyawa artocarpesin HDAC4 , mirabijalone c dan eriodictin HDAC7. Asam amino esensial HDAC4 meliputi Asp196, Asp290 dan His198 untuk interaksi ZBG. Asam amino esensial HDAC7 meliputi Asp707, Asp801 dan His709 untuk interaksi ZBG.

---

Currently, compounds as the inhibitor of HDAC class IIa are developed as anticancer, antiinflammation, Huntington disease, human papilloma virus and antidiabetes. Inhibitor compounds of HDAC are mainly divided into hydroxamic acid, cyclic peptide, aliphatic acid and benzamide. 3D pharmacophore ligand based approached was used to found inhibitor compounds of HDAC class IIa. Active compounds of HDAC4 and HDAC7 were divided into training and test dataset for build and validation of 3D pharmacophore ligand based models using LigandScout 4.09.1. The best pharmacophore model, was used for virtual screening against herbaldb database. After this steps, hit compounds would be docking using AutoDock4Zn, molecular dynamic simulation, and MMGB PBSA calculation score using AMBER12. Based on the results of 3D model validation pharmacophore based ligand, selected models are models of best pharmacophore 6 and 10 HDAC4 and model 1 HDAC7. Based on the results of virtual screening, 6 hit compounds were obtained such as artocarpesin, avicularin, dimboa glucoside, eriodictin, luteolin and mirabijalone c. Molecular dynamics simulation process for 10ns indicate that the compound has the best activity are artocarpesin for HDAC4, mirabijalone c and eriodictin for HDAC7. Essential amino acids for HDAC4 include Asp196, Asp290 and His198 for ZBG interactions. Essential amino acids for HDAC7 include Asp707, Asp801 and His709 for ZBG interaction."