Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"

Diabetes melitus tipe 2 (T2DM) merupakan penyakit dengan jumlah penderita yang sangat tinggi, yakni mencapai 463 juta pada tahun 2019.  Pada beberapa tahun terakhir, banyak riset berfokus pada pengembangan inhibitor sodium-dependent glucose co-transporter 2 (SGLT2). Inhibitor SGLT2 dapat mengendalikan homeostasis glukosa dalam darah dengan menghambat reabsorbsi glukosa di ginjal. Inhibitor SGLT2 juga dapat menurunkan tekanan darah dan obesitas. Saat ini, empat inhibitor SGLT2 telah disetujui penggunaannya. Semua inhibitor tersebut adalah senyawa golongan C-glikosida. Berdasarkan hasil uji klinis, tidak ada satupun inhibitor yang mampu menghambat reabsorpsi glukosa lebih dari 50% pada manusia. Selain itu, masalah ketidakselektifan juga masih ditemukan pada obat canagliflozin. Hal ini menyebabkan penelitian lebih lanjut terhadap senyawa inhibitor SGLT2 baru tetap diperlukan. Pada penelitian ini, dilakukan pencarian senyawa golongan C-glikosida yang berpotensi sebagai inhibitor SGLT2 dengan metode penapisan virtual (virtual screening).  Struktur tiga dimensi reseptor SGLT2 dibuat dengan pemodelan homologi menggunakan SWISS-MODEL. Senyawa golongan C-glikosida diperoleh dari pangkalan data tanaman herbal ZINC15. Penapisan virtual dijalankan pada perangkat lunak AutoDock melalui platform PyRx dengan parameter yang sudah dioptimasi dan divalidasi. Berdasarkan hasil penapisan, didapatkan dua puluh struktur senyawa C-glikosida dengan afinitas ikatan terbaik dalam rentang -8,87 hingga -7,43 kkal / mol. Informasi struktur, asal tanaman, dan vendor yang menyediakan senyawa tersebut dilampirkan dalam penelitian ini. Kedua puluh senyawa tidak memenuhi kaidah Rule of Five dari Lipinski sehingga diprediksi memiliki bioavailabilitas yang buruk. Penelitian lanjutan untuk memeriksa aktivitas dan profil farmakokinetika dari senyawa yang diajukan sangat direkomendasikan.

---

Type 2 Diabetes Mellitus (T2DM) is metabolic syndrome with very high prevalence, affecting 463 million people in 2019. The development of sodium-dependent glucose co-transporter 2 (SGLT2) inhibitors has become a major interest lately. SGLT2 inhibitor controls the homeostatic of blood glucose by inhibiting renal glucose reabsorption. SGLT2 inhibitor also have other metabolic benefits, such as lowering blood pressure and body weight. Currently, four SGLT2 inhibitors are approved by FDA. All of them are C-glycoside compound. None of these SGLT2 inhibitors can exert more than 50% renal glucose reabsorption in humans. Then, there is also lack of selectivity found in canagliflozin. Hence, further research to find a new SGLT2 inhibitor is still needed. The in silico study was carried out to find C-Glycosides that have high potential to be used as SGLT2 inhibitor by virtual screening method. Three dimensional structure of the SGLT2 receptor was built through homology modelling with SWISS-MODEL server. C-Glycosides compounds were retrieved from ZINC15 natural compound database. Virtual screening was performed using AutoDock in PyRx platform with optimized and validated parameters. Based on the virtual screening result, twenty compounds with best affinity are identified. The obtained binding energies are within -8,47 to -7,43 kcal / mol. The information of structure, origin, and supplier of these compounds is also reported. All selected compounds are violating the Rule of Five by Lipinski, which predict that the compounds have poor bioavailability. Further research to examine the activities and pharmacokinetics profile from the proposed compounds are very recommended.

 

"

"iNOS merupakan enzim yang diketahui terekspresi pada sel kanker kolorektal dan dapat mempengaruhi tumorigenesis kanker kolorektal dengan cara menghasilkan Nitrat Oksida (NO) dalam jumlah banyak, sehingga memicu terbentuknya p53 mutan. Tingginya prevalensi kanker kolorektal di Indonesia dan beberapa efek samping serius yang dihasilkan dari pengobatan kanker kolorektal melalui kemoterapi, menjadikan pencarian senyawa lain yang dapat bekerja secara spesifik dalam menginhibisi iNOS perlu dilakukan sebagai upaya dalam mencegah tumorigenesis dan perkembangan kanker kolorektal. Penelitian kali ini bertujuan untuk memperoleh kandidat inhibitor iNOS dari senyawa bahan alam Indonesia pada HerbalDB beserta interaksinya terhadap residu asam amino pada situs aktif iNOS yang dilakukan dengan metode penapisan virtual menggunakan makromolekul iNOS (PDB ID: 3E7G), serta parameter penambatan berupa grid box berukuran 15 x 15 x 15 Å dengan exhaustiveness 8 dan num mode 9 yang diujikan pada Vina Wizard di dalam PyRx. Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh 32 senyawa bahan alam Indonesia dengan ∆G terendah (-11,2 hingga -10,0 kkal/mol), yaitu Eriodiktin, Epigalokatekin, 5,7,2',4'-Tetrahidroksiisoflavon-8-C-glukosida Isookaninrhamnosida, Kuersetin-3-(6''-galloilgalaktosida), Derhamnosilmaysin, 5-Hidroksi-7,8-dimetoksiflavon, 5-Hidroksi-7,8-dimetoksiflavon-5-glukosida, 3'-Deoksiderhamnosilmaysin, Isoorientin, Jasmolakton-D, 3'-O-Metilmaysin, 5,7,3',4'-Tetrahidroksiflavanon-7-alfa-L-arabinofuranosil-(16)-glukosida, Galokatekin-3'-O-galat, Isoetin-7-glukosida, Sojagol, 2''-O-Galloilisoviteksin, Luteolin-7-(2''-p-kumaroilglukosida), Luteolin-7-apiosil-(12)-glukosida, Orientanol-C, Rubranin, 2''-O-alfa-L-Rhamnosil-6-C-fukosil-3'-metoksiluteoin, Daidzein, Prunin-6''-p-kumarat, Strigol, (-)-Kubebin, 3'-Deoksimaysin, Karthamon, Mirisetin-3-robinobiosida, Ovalikalkon, Torvanol-A dan Wogonin-5-glukosida. Selain itu, Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, dan Hem901 diketahui menunjukkan adanya interaksi dengan sebagian besar senyawa yang diujikan. Oleh karena itu, dapat disimpulkan bahwa 32 senyawa bahan alam Indonesia dengan ∆G terendah tersebut adalah kandidat senyawa inhibitor iNOS yang menunjukkan interaksi dengan residu asam amino pada situs aktif iNOS, yaitu Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, dan Hem901.......iNOS is an enzyme that expressed in colorectal cancer cell and can affect colorectal cancer tumorigenesis by producing large amounts of Nitric Oxide (NO), thus triggering the formation of mutant p53. The high prevalence of colorectal cancer in Indonesia and some of the side effects of chemotherapy make it necessary to search for other compounds that can specifically inhibit iNOS as an effort to prevent tumorigenesis and the development of colorectal cancer. This research aimed to obtain the candidates of iNOS inhibitor from Indonesian natural compounds in HerbalDB and its interaction towards amino acid residues in iNOS active site by virtual screening method using iNOS macromolecules (PDB ID: 3E7G), docking parameters with a grid box of 15 x 15 x 15 Å, exhaustiveness 8 and num mode 9, which were tested on Vina Wizard in PyRx. Based on the result of virtual screening, there are 32 Indonesian natural compounds with the lowest ∆G (-11,2 to -10,0 kcal/mol), namely Eriodictin, Epigallocatechin, 5,7,2',4'-Tetrahydroxyisoflavone-8-C-glucoside, Isookaninrhamnoside, Quercetin-3-(6''-galloylgalactoside), Derhamnosylmaysin, 5-Hydroxy-7,8-dimethoxyflavone, 5- Hydroxy-7,8-dimethoxyflavone-5-glucoside, 3'-Deoxyderhamnosylmaysin, Isoorientin, Jasmolactone-D, 3'-O-Methylmaysin, 5,7,3',4'-Tetrahydroxyflavanone-7-alpha-L- arabinofuranosyl-(16)-glucoside, Gallocatechin-3'-O-gallate, Isoetin-7-glucoside, Sojagol, 2''-O-Galloylisovitexin, Luteolin-7-(2''-p-coumaroylglucoside), Luteolin-7- apiosyl-(12)-glucoside, Orientanol-C, Rubranine, 2''-O-alpha-L-Rhamnosyl-6-C- fucosyl-3'-methoxyluteoiin, Daidzein, Prunin-6''-p-coumarate, Strigol, (-)-Cubebin, 3'-Deoxymaysin, Carthamone, Myricetin-3-robinobioside, Ovalichalcone, Torvanol-A, and Wogonin-5-glucoside. Moreover, Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, and Hem901 were known to show an interaction with most of the compounds tested. In conclusion, that 32 Indonesian natural compounds with the lowest ∆G are the candidates of iNOS inhibitor and interacts amino acid residues in iNOS active site, specifically Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, and Hem90l."

"Kanker kolorektal merupakan keganasan yang melibatkan kolon dan rektum. Pada tahun 2020, kanker kolorektal yang menempati peringkat keempat di Indonesia dengan insiden terbanyak. Pengobatan yang diberikan untuk kanker kolorektal masih memiliki kelemahan seperti selektivitas rendah dan toksisitas sistemik, sehingga mendorong pencarian terhadap obat yang lebih aman, yaitu tipe terapi tertarget. Salah satu target pada kanker kolorektal yaitu c-Met. Tirosin Kinase MET (c-Met) merupakan reseptor jenis tirosin kinase yang dalam kondisi yang menyimpang dapat memicu kanker kolorektal dengan menstimulasi banyak jalur persinyalan seperti Protein Kinase Mitogen- Teraktivasi/Kinase yang diatur sinyal Ekstraseluler (MAPK/ERK), Phosphoinositide 3- Kinase/Protein Kinase B (PI3K/AKT) dan Transduser Sinyal dan Aktivator Transkripsi Protein/Janus Kinase (STAT/JAK). Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan kandidat inhibitor c-Met dari senyawa bahan alam Indonesia pada situs HerbalDB dengan metode penapisan virtual. Berdasarkan hasil validasi metode, program serta parameter terbaik yang digunakan untuk penapisan virtual bahan alam adalah program autodock Vina dalam PyRx dengan parameter exhasutiveness 8, ukuran grid box 15 x 15 x 15 Å, dan jumlah mode 9. Metode penapisan virtual memperoleh 12 senyawa bahan alam Indonesia dengan energi bebas ikatan terendah (-11,1 hingga -10 kkal/mol) yaitu Leucadenone A, Erythrabyssin II, Yuehchukene, Mutatoxantin, Apigenin 7-o-(6”-o-p- kumaroilglukosida), Cinchonain IA, Prunin 6”-p-kumarat, Chitranone, 1-Isomangostin, Demetilmedikarpin, Luteolin 7-(2”-p-kumaroilglukosida), dan Pteryxin. Interaksi yang umum ditunjukan pada kedua belas ligan uji tersebut yaitu ikatan hidrogen pada Pro1158, Met1160, Tyr1230, Asp1222, Tyr1159, Arg1086, Asp1164, Arg1208, Lys1161, dan Asn1167 yang memiliki kesesuaian dengan literatur.......Colorectal cancer is a malignancy involving the colon and rectum. In 2020, colorectal cancer is ranked fourth in Indonesia with the highest incidence. Treatment given for colorectal cancer still has weaknesses such as low selectivity and systemic toxicity, thus prompting the search for safer drugs, namely targeted types of therapy. One of the targets in colorectal cancer is c-Met. Tyrosine Kinase MET (c-Met) is a receptor type tyrosine kinase that under aberrant conditions can trigger colorectal cancer by stimulating multiple signaling pathways such as Mitogen-Activated Protein Kinases/Extracellular signal- regulated Kinases (MAPK/ERK), Phosphoinositide 3-Kinase/ Protein Kinase B (PI3K/AKT) and Signal Transducer and Activator of Transcription/Janus Kinase (STAT/JAK). This study aims to obtain candidate c-Met inhibitors from Indonesian natural compounds on the HerbalDB website by using a virtual screening method. Based on the results of method validation, the best program and parameters used for virtual screening of natural ingredients are the Vina autodock program in PyRx with exhasutiveness parameter 8, grid box size 15 x 15 x 15 Å, and number of modes 9. The virtual screening method obtained 12 Indonesian natural compounds with the bond energy (-11.1 to -10 kcal/mol) namely Leucadenone A, Erythrabyssin II, Yuehchukene, Mutatoxanthin, Apigenin 7-o-(6”-o-p-coumaroylglucoside), Cinchonain IA, Prunin 6”- p-coumarate, Chitranone, 1-Isomangostin, Demetilmedicarpin, Luteolin 7-(2”-p- coumaroylglucoside), and Pteryxin. Common interactions shown in the twelve test ligands are hydrogen bonding in Pro1158, Met1160, Tyr1230, Asp1222, Tyr1159 , Arg1086, Asp1164, Arg1208, Lys1161, and Asn1167 which are in agreement with the literature."

"Terapi kanker kolorektal dengan menggunakan agen kemoterapi seperti 5-flourourasil, kapesitabin, irinotekan, leukovorin, dan oksaliplatin memiliki permasalahan terkait tingkat toksisitasnya yang tinggi, selain itu agen kemoterapi bekerja secara tidak spesifik pada target tertentu yang dapat merusak sel-sel normal sehingga diperlukan obat yang bekerja secara selektif pada reseptor tertentu. Berdasarkan beberapa penelitian mengenai kanker kolorektal, telah ditemukan sebuah reseptor yang terlibat pada mekanisme kanker kolorektal. Reseptor tersebut adalah TNIK (TRAF2 dan NCK-interacting Kinase ). Penelitian ini bertujuan untuk menemukan kandidat inhibitor TNIK yang berasal dari senyawa bahan alam Indonesia yang diprediksi memiliki potensi untuk menghambat sel kanker kolorektal . Senyawa bahan alam yang berasal dari pangkalan data HerbalDB dilakukan penapisan virtual terhadap reseptor target TNIK (TRAF2 dan NCK-interacting Kinase ) dengan ID 5AX9 pada situs RSCB PDB. Penapisan virtual dilakukan menggunakan program AutoDock yang telah divalidasi sebelumnya menggunakan senyawa pengecoh. Program penambatan AutoDock divalidasi menggunakan parameter EF dan AUC. Grid box yang dipilih berdasarkan hasil validasi, yakni grid box 60 x 60 x 60 dengan evaluasi energi maksimal sebesar 250.000 (Short). Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh sepuluh senyawa yang memberikan nilai ΔG terbaik, yaitu Mutatokrom, Anteraksantin, Mangostenon a, Violaksantin, Morusin, Kriptokrom, Erikristagallin, (+)-Talrugosin, Kasiamin c, Stigmastanol. Nilai energi pengikatan yang diberikan dari kesepuluh senyawa tersebut berada pada rentang -11,17 – 9,79 kkal/mol sehingga dapat disimpulkan bahwa sepuluh senyawa hasil penelitian tersebut dapat dijadikan sebagai kandidat inhibitor TNIK.......Colorectal cancer therapy using chemotherapeutic agents such as 5-flourouracil, capecitabin, irinotecan, leucovorin, and oxaliplatin has problems related to its high level of toxicity, besides that chemotherapeutic agents don’t work specifically on certain targets so that they can damage normal cells, so the drugs that work selectively on certain receptors are needed . Based on several studies about colorectal cancer, a receptor has been found which is involved in colorectal cancer mechanism. This receptor is TNIK (TRAF2 and NCK-interacting Kinase). The aim of this research is to find candidates for TNIK inhibitors derived from Indonesian natural compounds which are predicted to have the potential to inhibit colorectal cancer cells. Natural compounds derived from the HerbalDB database were subjected to virtual screening using TNIK as a target receptor (TRAF2 and NCK-interacting Kinase ) ID 5AX9 obtained on the RSCB PDB site. Virtual screening was done using an AutoDock program that had been previously validated using actives and decoys compounds. The AutoDock program was validated using the parameters of EF and AUC. The grid box which was used in virtual screening using AuotoDock based on the validation results is 60 x 60 x 60 with a maximum energy evaluation 250,000 (Short). Based on the results of virtual screening, ten compounds which gave the best ΔG values were Mutatochrome, Antheraxanthin, Mangostenone a, Violaxanthin, Morusin, Cryptochrome, Erycristagallin, (+)-Thalrugosine, Cassiamin c, Stigmastanol. The binding energy values ​​given from the ten compounds were in the range of -11.17 to 9.79 kcal/mol so it can be concluded that the ten compounds from the virtual screening results could be proposed as candidate TNIK inhibitors."

"Pandemi COVID-19 disebabkan oleh penyebaran Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) yang meluas secara global ke penjuru dunia dalam waktu yang singkat. Protease serine transmembran tipe II multidomain (TMPRSS2) memiliki aktivitas katalitik yang melibatkan triad katalitik dari tiga asam amino, yaitu Ser441 (nukleofil), Asp345 (elektrofil), dan His296 (basa). Inhibitor TMPRSS2 diketahui dapat mencegah fusi sel SARS-CoV-2 dan berkolerasi dengan respon antibodi yang meningkat terhadap SARS-CoV-2. Tetapi, inhibitor TMPRSS2 yang ditemukan masih terbatas sehingga belum terdapat inhibitor TMPRSS2 yang disetujui oleh FDA sebagai obat pada penderita Sars-CoV-2. Penelitian ini dilakukan untuk menemukan kandidat inhibitor TMPRSS2 dari senyawa bahan alam Indonesia yang diperoleh dari pangkalan data HerbalDB. Metode yang digunakan adalah penapisan virtual dengan target makromolekul Transmembrane Protease Serine 2 yang didapat dari laman RSCB PDB, yaitu ID 7 MEQ. Parameter yang diperoleh untuk mendapatkan nilai RMSD, EF dan AUC terbaik dari hasil optimisasi dan validasi adalah menggunakan AutoDock Vina dalam PyRx dengan ukuran grid box 25 x 25 x 25 Å dan exhaustiveness 8. Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh sepuluh senyawa aktif yang memiliki nilai binding energy terendah, diantaranya: casuarictin (-9,4 kkal/mol), casuarinin (-9,1 kkal/mol), epicatechin 3, 5-di-o-gallate (-9 kkal/mol), epigallocatechin- (4beta->8)-epicatechin-3-o-gallate (-8,9kkal/mol), epicatechin-(4beta->6)-epicatechin- (4beta->8)-catechin (-8,9kkal/mol), 2''-o-galloylisovitexin (-8,8 kkal/mol), epigallocatechin-(4beta->8)-epigallocatechin-3-o-gallate (-8,8kkal/mol), quercetin 3- glucosyl-(1->2)-[rhamnosyl-(1->6)-galactoside] (-8,8kkal/mol), epigallocatechin 3, 3', -di-o-gallate (-8,8 kkal/mol) dan delphinidin 3-o-beta-d-(6-o-(e)-p- coumaryl)galactopyranoside (-8,8 kkal/mol). Binding energy dari kesepuluh senyawa tersebut berada di antara -9,4 – 8,8 kkal/mol yang menunjukkan senyawa tersebut memiliki nilai binding energy yang lebih baik dibandingkan dengan kontrol positif nafamostat mesylate (-8,2 kkal/mol). Dari kesepuluh senyawa dengan energi ikatan bebas terendah, tidak ada senyawa yang memenuhi seluruh kaidah Lipinski’s Rule of Five. Namun, kaidah tersebut tidak berlaku pada penemuan obat dari senyawa bahan alam. Dengan demikian, sepuluh hit senyawa bahan alam Indonesia tersebut berpotensi dapat digunakan untuk tahapan penelitian inhibitor TMPRSS2 selanjutnya.......TheCOVID-19 pandemiccaused by the global spread of the Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) within a short time. TMPRSS2 is a transmembrane serine protease multidomain type II that has catalytic activity which involves the catalytic triad of Ser441 (nucleophile), Asp345 (electrophile), and His296 (base). The TMPRSS2 inhibitor prevents SARS-CoV-2 cell fusion and enhance antibody response to SARS-CoV-2. However, currently there are no TMPRSS2 inhibitors approved by the FDA as SARS-CoV-2 drugs. The aim of this study was to find candidates as TMPRSS2 inhibitors from Indonesian natural product using the HerbalDB database. TMPRSS2 macromolecules (ID 7MEQ) was used as a target for the virtual screening study. The AutoDock Vina in PyRx with a gridbox of 25 x 25 x 25 Å and exhaustiveness 8 was used to get the best RMSD, EF, and AUC values as optimization and validation parameters. Based on the virtual screening, ten active compounds that have the lowest binding energy values were obtained : casuarictin (- 9,4 kkal/mol), casuarinin (-9,1 kkal/mol), epicatechin 3, 5-di-o-gallate (-9 kkal/mol), epigallocatechin-(4beta->8)-epicatechin-3-o-gallate (-8,9kkal/mol), epicatechin- (4beta->6)-epicatechin-(4beta->8)-catechin (-8,9kkal/mol), 2''-o-galloylisovitexin (- 8,8 kkal/mol), epigallocatechin-(4beta->8)-epigallocatechin-3-o-gallate (- 8,8kkal/mol), quercetin 3-glucosyl-(1->2)-[rhamnosyl-(1->6)-galactoside] (- 8,8kkal/mol), epigallocatechin 3, 3', -di-o-gallate (-8,8 kkal/mol) dan delphinidin 3-o- beta-d-(6-o-(e)-p-coumaryl)galactopyranoside (-8,8 kkal/mol). Binding energy of the ten compounds was -9.4 to -8,8 kcal/mol which was better than nafamostat mesylate (- 8,2 kcal/mol) as positive control. From obtained compounds, none of the compounds complied Lipinski’s Rule of Five. However, this rule was not compliant with natural product drug discovery. Thus, these potential hit compounds can be used for further TMPRSS2 inhibitors investigation."

"Beberapa penelitian menunjukkan bahwa antagonis Adenosin A2A mengurangi fluktuasi motorik, diskinesia, melindungi dari kelainan neurodegeneratif pada penyakit Parkinson di dalam otak manusia yang bersifat progresif kronis dengan hilangnya neuron dopaminergik. Tujuan dari penelitian ini adalah menemukan senyawa herbal Indonesia sebagai inhibitor Adenosin A2A dengan menggunakan metode penapisan virtual.Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai antagonis Adenosin A2A menggunakan AutoDock dan AutoDock Vina yang divalidasi menggunakan basis data Directory of Useful Decoys: Enhanced DUD-E. Metode ini divalidasi dengan menggunakan parameter Enrichment Factor EF dan Area Under Curve AUC dengan kurva Receiver Operating Characteristics ROC.Berdasarkan hasil validasi, grid box yang digunakan untuk penapisan menggunakan AutoDock adalah grid box 60 x 60 x 60 dengan nilai EF1 sebesar 16,5869 dan AUC 0,8406. Terdapat dua senyawa Chitranone dan 3-O-Methylcalopocarpin dengan energi ikatan ndash;10,19 dan -9,55 kkal/mol, masing-masing menunjukkan interaksi dengan situs aktif Adenosin A2A pada residu ALA63, ILE66, ALA81, LEU85, PHE168, GLU169, MET177, TRP246, LEU249, ASN253, dan ILE274. Penelitian ini menyimpulkan bahwa Chitranone dan 3-O-Methylcalopocarpin dapat diusulkan untuk dikembangkan sebagai antagonis Adenosin A2A.......Previous research found that Adenosine A2A antagonist allows to reduce motor fluctuations, dyskinesia, protect from neurodegenerative disorder in Parkinsons disease in the human brain which is chronic progressive of losing dopaminergic neurons. The aim of this study is to explore Indonesian herbal compounds as Adenosine A2A inhibitor using virtual screening method.In this study, virtual screening of Indonesian herbal database as Adenosine A2A inhibitor was done by AutoDock and AutoDock Vina and was validated by database from A Directory of Useful Decoys Enhanced DUD E. The method was validated by Enrichment Factor EF and Area Under Curve AUC of Receiver Operating Characteristics ROC curve. Based on the validation results, grid box that was used in virtual screening using AutoDock is 60 x 60 x 60 with EF1 16.5869 and AUC 0.8406.The two compounds Chitranone and 3 O Methylcalopocarpin with binding energy 10.19 and 9.55 kcal mol, respectively showing interaction with Adenosine A2A active site at residues ALA63, ILE66, ALA81, LEU85, PHE168, GLU169, MET177, TRP246, LEU249, ASN253, and ILE274. This study conclude that Chitranone and 3.O Methylcalopocarpin could be proposed to be developed as Adenosine A2A antagonist."

"Tankyrase 1 dan 2 (TNKS 1/2) merupakan protein pada dasar kripta kolon yang berperan dalam meningkatkan kadar b-katenin di nukleusdengan mendegradasi komponen utama destruction complex, yaitu axis inhibitory protein (AXIN). Peningkatan kadar abnormal b-katenin di nukleus yang distabilkan oleh TNKS1/2 menjadi salah satu tahap awal perkembangan kanker kolorektal. Inhibitor TNKS1/2 telah teruji secara in vitro pada sel kanker kolorektal dengan komponen destruction complex yang termutasi dapat mengatasi resistensi pengobatan 5-fluorourasil (5-FU). Inhibitor TNKS1/2 pada kedua situs (dual binders) memiliki aktivitas penghambatan yang lebih tinggi dibandingkan inhibitor yang hanya mengikat pada satu situs aktif. Sampai saat ini belum ada senyawa yang disetujui oleh FDA terhadap inhibitor dual binders TNKS 1/2 sehingga penemuan inhibitor dual binders TNKS1/2 masih dibutuhkan sebagai target pengobatan kanker kolorektal. Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual senyawa bahan alam Indonesia dari pangkalan data HerbalDB untuk penemuan senyawa kandidat inhibitor dual binders TNKS1/2. Makromolekul yang digunakan pada penelitian ini adalah TNKS1 (PDB ID: 4I9I) dan TNKS2 (PDB ID: 7CE4) dengan menggunakan program AutoDock Vina dalam PyRx dengan ukuran grid box 18,75 Å x 18,75… x 18,75 ,exhaustiveness: 16, dan num modes: 9 yang berdasarkan hasil validasi metode penapisan virtual terbaik. Dari hasil penapisan virtual didapatkan 10 peringkat senyawa dengan energi bebas ikatan terendah, yaitu Epigalokatekin 3,5-di-o-galat; Epigalokatekin 3,4’-di-o-galat; Jasmolakton D; Epigalokatekin 3-o-p-kumarat; Epigalokatekin 3,3’-di-o-galat; Mirisetin3-(6''-galoilgalaktosida); Galokatekin 3-o-galat; Asam isoklorogenat B; Orientanol E; dan Verbaskosida. ......Tankyrase 1 and 2 (TNKS 1/2) are proteins at the crypt base of colon that play a role in increasing the levels of b-catenin in the nucleus by degrading the main component of the destruction complex, axis inhibitory protein (AXIN). Abnormal increase level of b-catenin in the nucleus which is stabilized by TNKS1/2 is one of the early stages of colorectal cancer development. The TNKS1/2 inhibitor has been tested in vitro on colorectal cancer cells with a mutated destruction complex component that can overcome resistance to 5-fluorouracil (5-FU) treatment. TNKS1/2 inhibitors at both active sites (dual binders) have higher inhibitory activity than inhibitors that only bind to one active site. Until now, there is no compound has been approved by the FDA for TNKS 1/2 dual binders inhibitors, so the discovery of TNKS1/2 dual binders inhibitors are still needed as a target for colorectal cancer treatment. In this study, a virtual screening of Indonesian natural ingredients compounds from the HerbalDB database was carried out for the discovery of candidate compounds for TNKS1/2 dual binders inhibitors. The macromolecules used in this study were TNKS1 (PDB ID: 4I9I) and TNKS2 (PDB ID: 7CE4) using the AutoDock Vina program in PyRx with size of grid box 18,75 Å x 18,75 Å x 18,75 Å, exhaustiveness: 16, and num modes: 9 based on the best results of the virtual screening validation. From the results of virtual screening, 10 compounds with the lowest bond free energy were obtained, Epigallocatechin 3,5-di-o-galate; Epigallocatechin 3,4'-di-o-gallate; Jasmolactone D; Epigallocatechin 3-o-p-coumarate; Epigallocatechin 3,3'-di-o-gallate;Myricetin3-(6''-galloylgalactoside); Gallocatechin 3-o-gallate; isochlorogenic acid B; Orientanol E; and Verbascoside."