Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Latar belakang: Dari 36,9 juta orang yang terinfeksi oleh Human Immunodeficiency Virus (HIV) pada akhir tahun 2018 di seluruh dunia, terdapat sekitar 1-2 juta yang terinfeksi HIV-2. Meskipun HIV-2 kurang patogen dibandingkan dengan HIV-1, misdiagnosis infeksi HIV-2 dapat menyebabkan kegagalan pengobatan yang berujung pada perkembangan Acquired Immune Deficiency Syndrome (AIDS). Diagnostik yang akurat diperlukan untuk menentukan apakah suatu individu telah terinfeksi HIV-1, HIV-2 atau koinfeksi HIV-1 dan HIV-2. Metode: Penelitian ini menggunakan DNA sintetik penyandi antigen rekombinan gp125-gp36 HIV-2 yang bersifat immunodominan, lestari, telah dioptimasi kodon untuk sistem ekspresi E. coli, dan telah dianalisis struktur sekunder mRNAnya. DNA sintetik diklona ke plasmid pQE80L untuk diekspresikan, kemudian dipurifikasi menggunakan kromatografi afinitas Ni-NTA. Antigen rekombinan kemudian diuji reaktivitasnya dengan antibodi anti-HIV-2, serta 7 serum positif HIV-1, HBV, HCV, dan serum normal.Hasil: Gen sintetik berhasil dikonstruksi pada plasmid pQE80L dan dapat diekspresikan dengan induksi 0,1 mM IPTG selama 4 jam. Antigen rekombinan terpurifikasi secra optimal pada kondisi denature dengan pH elusi 4,5. Selanjutnya, hasil uji reaktivitas menunjukkan hasil reaktif untuk antibodi anti HIV-2 dan tidak tidak reaktif untuk 7 sampel serum positif HBV, HCV, dan serum normal. Sedangkan untuk serum positif HV-1, terdapat hasil reaktif pada sampel serum nomor 3 yang diduga disebabkan oleh protein kontaminan dari E. coli.Kesimpulan: Antigen rekombinan gp125-gp36 HIV-2 untuk deteksi antibodi anti-HIV-2 telah berhasil dikembangkan, akan tetapi perlu dilakukan optimasi lebih lanjut untuk mendapatkan antigen rekombinan yang benar-benar murni.

---

Background: From 36.9 million people worldwide infected by the Human Immunodeficiency Virus (HIV) at the end of 2018, 1-2 million are infected by HIV-2. Although HIV-2 is less patogenic than HIV-1, misdiagnostic of HIV-2 infection could effect to treatment failure which leads to development of Acquired Immune Deficiency Syndrome (AIDS). Accurately diagnostic is required to ascertain whether an individual has been infected HIV-1, HIV-2, or HIV-1 and HIV-2 co-infection.

Method: This study used immunodominant and sustainable synthetic DNA encoding of recombinant antigen gp125-gp36 HIV-2 which was optimized by codon for E. coli expression system, and analyzed the secondary structure of its mRNA. Synthetic DNA was cloned to the pQE80L plasmid to be expressed, purrifyed using Ni-NTA affinity chromatography. Recombinant antigen therefore was verified for reactivity by anti-HIV-2 antibodies and 7 positive serum of HIV-1, HBC, HCV, and normal serum.

Result: The synthetic gene was succesfully constructed on pQE80L plasmid and able to be expressed by induction of 0.1 mM IPTG for 4 hours. Recombinant antigen was optimally purified in denature conditions due to elusion pH of 4.5. Furthermore, the reactivity test revealed reactive result for anti HIV-2 antibodies and unreactive to 7 positive sample serum of HBC, HCV, and normal serum. While positive serum HIV-1 demonstrate a reactive result in sample serum number 3 supposed causing by protein contaminants from E. Coli. Conclusion: Recombinant antigen gp125-gp36 HIV-2 for the detection anti HIV-2 antibodies has been succesfully developed, however further optimization is required in case to obtain truly pure recombinant antigens."

"Telah dilakukan penelitian selama 9 bulan (Februari--Oktober 2008) di Laboratorium Mikrobiologi Klinik FKUI dengan tujuan memperoleh klona pembawa fragmen gen tat HIV-1 strain pNL43. Gen tersebut menyandikan protein Tat yang berperan dalam meningkatkan ekspresi gen-gen HIV. Sintesis fragmen gen tat HIV-1 dilakukan melalui PCR overlapping. Fragmen gen tat HIV-1 (326 pb) dan vektor plasmid pQE-80L (4700 kb) yang telah dipotong dengan enzim XmalI dan SalI kemudian diligasi menggunakan T4 DNA ligase. Hasil ligasi ditransformasi secara kejut panas ke dalam Escherichia coli TOP10 dan diseleksi pada medium LB agar (+ampisilin). Sebanyak 15 koloni transforman dari 81 koloni yang berhasil diperoleh, kemudian diisolasi DNA plasmidnya dan dianalisis digesti serta diverifikasi melalui PCR. Hasil analisis digesti menunjukkan terdapat 4 koloni pembawa plasmid rekombinan yang ditunjukkan oleh visualisasi pita DNA berukuran 316 pb. Verifikasi PCR dengan primer pQE-forward dan Ex2-TatpNL4C menunjukkan bahwa fragmen gen tat HIV-1 berhasil disisipkan dan diklona ke dalam E.coli TOP10."

"Promoter gen late embryogenesis abundant 3 (lea3) merupakan salah satu promoter terinduksi kekeringan pada tanaman. Penelitian bertujuan mengisolasi dan mengklona fragmen promoter gen lea3 yang terinduksi kekeringan dari padi (Oryza sativa L.) kultivar lokal Indonesia Rojolele dan Batutegi dengan menggunakan kultivar Nipponbare sebagai acuan. Penelitian dilakukan di Puslit Biotek LIPI, Cibinong dan berlangsung selama 9 bulan (Maret--November 2008). Fragmen promoter gen lea3 diamplifikasi secara in vitro dengan teknik PCR menggunakan primer LEAP F dan LEAP R yang menghasilkan pita berukuran ± 1.291 bp. Produk PCR kemudian diligasi dengan vektor plasmid pGEM-T Easy dan ditransformasi ke dalam Escherichia coli DH5α dengan metode heat shock. Hasil penapisan biru putih menunjukkan adanya 19 koloni biru dan 761 koloni putih dari keseluruhan koloni yang tumbuh. Verifikasi dengan digesti menggunakan enzim EcoRI menunjukkan hasil positif mengandung sisipan fragmen promoter. Hasil BLASTN pada situs NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov) menunjukkan bahwa sekuen hasil klona fragmen promoter gen lea3 dari ketiga kultivar memiliki similaritas 99% dengan sekuen acuan promoter gen HVA-like dari kultivar IRAT 109 (GenBank Acc. No. DQ837728). Similaritas yang tinggi menunjukkan keberhasilan proses isolasi dan pengklonaan promoter gen lea3."

"ABSTRAKHuman papillomavirus HPV adalah virus DNA yang dapat menginfeksi bagian basal sel epitel leher rahim wanita melalui luka sehingga meningkatkan kasus kanker serviks di Indonesia. Penelitian mengenai pengembangan obat terhadap penyakit kanker serviks berbasis vaksin DNA terapeutik telah dilakukan melalui konstruksi plasmid rekombinan antigen E7 HPV-16 pada sistem ekspresi mamalia. Vektor plasmid pcDNA 3.1 5.428 pb yang digunakan pada penelitian berhasil dikonstruksi melalui proses digesti pada situs NheI dan ligasi dengan fragmen acak gen E7 294 pb sehingga membentuk plasmid rekombinan pcDNA-E7 CADB. Plasmid rekombinan hasil ligasi diklona ke dalam sel E. coli TOP 10 melalui proses transformasi heat shock. Analisis hasil penelitian menunjukkan bahwa 5 koloni mengandung plasmid rekombinan pcDNA-E7 CADB. Analisis orientasi arah gen melalui PCR dan digesti pada 5 koloni menghasilkan 2 koloni plasmid positif dengan arah orientasi 5 rsquo; ke 3 rsquo; pada koloni nomor 5 dan 7. Kedua koloni menunjukkan bahwa fragmen gen E7 CADB berhasil disisipkan pada vektor pcDNA 3.1 dan berhasil diklona ke dalam E. coli TOP 10.

---

ABSTRACTHuman papillomavirus HPV is a DNA virus that can infects the basal cells of the female cervix through wounds in which it may increase the risk of cervical cancer in Indonesia. There has been a drug development research to treat cervical cancer based on therapeutic DNA vaccine via constructing recombinant plasmid of HPV 16 E7 in mammalian expression system. pcDNA 3.1 plasmid vectors 5.428 bp which were used in this research are successfully construced through the digestion process at NheI site and the ligation process with shuffling fragments of E7 gene 294 bp which created pcDNA E7 CADB recombinant plasmid. Recombinant plasmid which is the result of the ligation process is cloned into TOP 10 Escherichia coli cell through a transformation process called heat shock. The result of this research displays 5 colonies containing pcDNA E7 CADB recombinant plasmid. Analysis of gene direction orientation through PCR and digestion of 5 colonies displays positive plasmid on 2 colonies with 5 rsquo ndash 3 rsquo direction on colony unit 5 and colony unit 7. Result of the 2 colony shows that E7 CADB gene fragment successfully inserted into the NheI site of pcDNA 3.1. It also resulted in cloning completion of E7 CADB gene fragments into TOP 10 E. coli."

"Peran protein retinoblastoma (pRb) dalam pencegahan pembentukan tumor diinhibisi oleh interaksinya dengan protein E7 HPV pada kanker serviks. Oleh sebab itu, perlu dilakukan strategi pengembangan uji in vitro untuk analisis interaksi pRb dan E7, terutama dalam pengembangan vaksin HPV berbasis antigen E7. Protein pRb dapat diperoleh dalam bentuk protein rekombinan yang diproduksi pada bakteri Escherichia coli. Penelitian bertujuan untuk memperoleh klona gen RB1 dalam vektor pQE_80L. Sintesis gen RB1 (2787 pb) dilakukan dengan metode PCR overlap extension. Fragmen gen RB1 dan vektor didigesti dengan enzim restriksi BamHI dan SalI kemudian diligasikan dengan enzim T4 ligase. Hasil ligasi ditransformasi ke dalam Escherichia coli TOP10 secara kejut panas. Hasil transformasi diseleksi menggunakan PCR koloni untuk mengidentifikasi keberadaan DNA sisipan. Sebanyak 1 dari 27 koloni yang diseleksi mengandung plasmid rekombinan. Plasmid rekombinan kemudian diisolasi dan diverifikasi dengan digesti dan sekuensing. Hasil analisis digesti dan sekuensing menunjukkan gen RB1 berhasil disisipkan ke vektor pQE_80L. Namun terdapat beberapa mutasi, yaitu substitusi (c.117G>A dan c.2316T>C) serta mutasi delesi (c.719_724delAAACAG).

---

The role of human retinoblastoma protein (pRb) as tumor suppressor is inhibited by its interaction with HPV E7 protein in cervical cancer. Therefore, it is interesting to develop strategy for development of in vitro assay to analyze pRb and E7 interaction, especially in the development of therapeutic HPV vaccine that is based on E7 antigen. The pRb protein can be provided in the form of recombinant protein that is poduced in Escherichia coli. The study objective was to obtain RB1 gene clone in pQE_80L vector. The synthesis of RB1 gene (2787 pb) was performed by using overlap extension PCR. The RB1 gene fragment and vector was digested by BamHI and SalI restriction enzyme then ligated by T4 ligase enzyme. The ligation product was transformed into Escherichia coli TOP10 with heat shock. The transformation result was screened using colony PCR to identify the presence of insert DNA. There was 1 out of 27 selected colonies that carried the recombinant plasmid. The recombinant plasmid then isolated and verified with digestion and sequencing. The results of digestion and sequencing analysis showed that RB1 gene was successfully inserted into pQE_80L vector. However, there were mutations which were substitution (c.117G>A and c.2316T>C) and deletion (c.719_724delAAACAG)."

"ABSTRAKBenih bawal bintang memperlihatkan perubahan tingkah laku seperti kehilangan kemampuan berenang dan berkumpul di dasar kolam, diduga terinfeksi RSIVD. Real time PCR dengan SBYR green telah diaplikasikan secara luas untuk diagnosis penyakit. Kesederhanaan, sensitifitas, rentang deteksi yang dinamis, reproduktifitas, dan jaminan skrining dengan kecepatan waktu yang tinggi membuat real time PCR sesuai untuk mendeteksi virus (Niesters, 2002). Oleh karena itu dilakukan aplikasi metode real time PCR dengan SYBR green untuk mendeteksi RSIV pada benih bawal bintang. Penelitian ini menggunakan primer 1F dan 1R untuk skrining Megalocityvirus, grunt fin cell line untuk kultur RSIV, pengklonaan menggunakan vektor pGEM-T easy dan primer MCPspecR697-F4 dan MCP-specR888-R6 untuk deteksi RSIV dengan metode real time PCR menggunakan SYBR green. Karakterisasi dari CPE menunjukkan sel GF menjadi berbentuk bundar dan sel-sel GF terlihat berpendar pada inokulasi RSIV pada hari ke lima sampai ke tujuh. Kurva standar menghasilkan R2 0,99999, slope -2,41675 dan y-intercept 38,68938. Limit deteksi 10 salinan DNA. Spesimen klinis menunjukkan hasil positif pada jaringan hati, limpa dan ginjal. Jumlah salinan DNA paling banyak dari ekstraksi limpa yaitu: 6054 dan 4182 salinan DNA sedangkan pada organ ginjal sebanyak 72 dan 101 salinan DNA dan hati 1 dan 2 salinan DNA. Metode real time PCR menggunakan SYBR green berhasil diaplikasikan untuk mendeteksi RSIV pada benih ikan bawal bintang.

---

ABSTRACTSnubnose pompano juvenile showed behavioral changes such as losed the ability to swim and congregated at the bottom of the pool, suspected of being infected RSIVD. Real time PCR with green SBYR has been widely applied to the diagnosis of the disease. Simplicity, sensitivity, dynamic range of detection, reproducibility, and the assurance screening with a high speed makes real time PCR according to detect viruses (Niesters, 2002). Therefore, it is done in real time application method with SYBR green PCR to detect RSIV on Snubnose pompano juvenile. This study using the primers 1F and 1R for screening Megalocityvirus, grunt fin cell line for RSIV culture, cloning using pGEM-T easy vector and primer MCPspecR697-F4 and MCP-specR888-R6 for RSIV detection by real-time PCR method using SYBR green.GF cells infected by RSIV showed round and flourescence as a result of CPE at day 5 to 7. Subnose pompano juvenile positive infected by RSIV at 191 bp. Standard curve equation R2: 0.99999, slope: -2.41675 and y-intercept: 38.68938. qPCR using primers MCP-specR674-F4 and MCP-specR888 R6 primer assay showed detection limit of 10 copies of the. Liver, spleen and kidneys of Subnose Dart juvenile were infected by RSIV, positively. The highest of copy number of DNA were shown in the spleen (6054 and 4182 copies DNA, respectively), while in kidney were 101 and 72 copies DNA respectively. The lowest copy number DNA were shown in the liver (1 to 2 copies DNA, respectively). SYBR green quantitative PCR method can be applied to detect RSIV on Subnose pompano juvenile."