Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Demam berdarah, penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus dengue, telah menjadi masalah kesehatan yang utama di negara tropis dan subtropis Hingga saat ini belum tersedia vaksin atau pengobatan yang efektif. Pada penelitian ini dilakukan studi in silico untuk merancang ligan peptida siklis yang dapat berperan sebagai innibitor potensial untuk enzim NS3-NS2B protease virus dengue sehingga diharapkan dapat menghambat replikasi virus tersebut dalam tubuh. Struktur tiga dimensi enzim diperoleh dari Protein Data Bank. Analisis terhadap binding site dan sekuens asam amino substrat pada sisi pemotongan enzim menghasilkan tujun buah rancangan ligan siklopentapeptida yang disiklisasi melalui ikatan disulficia sistein Ialu dimodelkan ke dalam bentuk tiga dimensi. Optimasi geometri dan minimasi energi dilakukan untuk menghilangkan bad contact. Analisis kekuatan afinitas ligan terhadap enzim melalui moleoular docking menunjukkan banwa ketujun ligan tersebut memiliki afinitas dan potensi innibisi yang Iebih baik dari ligan standar Bz-Nle-K-R-R-H. Hasil terbaik ditunjukkan oleh ligan KRK dengan energi ikatan -8,39 kkal/mol dan Ki 0,707 uM. Analisis interaksi kompleks enzim-ligan menunjukkan banwa terdapat 16 Contact residu dan sembilan residu asam amino enzim yang membentuk ikatan nidrogen dengan ligan serta terjadi kesesuaian konformasi ligan terhadap binding site enzim."

"ABSTRAKPerkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi yang sangat pesat dewasa ini telah mendorong penemuan berbagai senyawa makromolekul yang memiliki potensi terapeutik. Namun sayangnya, pengembangan senyawa-senyawa ini menjadi obat seringkali terhambat, karena banyak dari senyawa-senyawa terapeutik baru ini mengalami kesukaran dalam penghantarannya ke situs sasaran. Padahal suatu molekul terapeutik baru bermanfaat sebagai obat jika sudah mencapai situs sasarannya. Masalah penghantaran obat (drug delively) ini telah menjadi topik penelitian yang menarik sejak beberapa dekade yang lalu. Berbagai upaya telah dilakukan untuk meningkatkan penghantaran obat ke situs sasarannya, antara lain dengan modifikasi molekul (strategi prodrug) atau dengan melakukan modulasi terhadap junction antar sel.Junction antar sel dapai dimodulasi dengan menggunakan berbagai senyawa, antara lain EDTA, surfaktan, asam-asam dan garam empedu, beberapa jenis hormon dan neurotransmiter, senyawa-senyawa silokalasin, Serta senyawa-senyawa penghambat glikolisis dan fosforilasi oksidatif. Namun senyawa-senyawa tersebut tampaknya tidak memiliki prospek yang baik untuk penggunaan klinis.

---

ABSTRACTRapid advances in combinatorial chemistry and molecular biology are responsible for the discovery of many potential therapeutic agents. These agents include newly synthesized or naturally occurring peptides and proteins. However, the practical application of peptides and proteins as therapeutic drugs is often restricted by the difficulties of delivering them to target site(s) due to the presence of biological barricades such as the intestinal mucosa and the blood-brain barrier (BBB). These barriers usually consist of cell membranes constructed from cells that form intercellular junctions.Peptides and proteins cannot readily cross via trancellular pathways of these barriers due to their size and hydrnphilioproperties. Alternatively, these molecules maybe transported through the paracellular pathway. Unfortunately, the paracellular transport of these molecules is restricted by the presence of tight junctions. Tight junctions have minimal porosity (11 A) allowing only small molecules and ions to pass through the paracellular route. Therefore, there is a need to develop methods for improving paracellular delivery of large hydrophilic molecules such. as peptides and proteins."

"Cell penetrating peptide (CPP) merupakan salah satu sistem penghantar DNA yang menarik untuk dikembangan. Dalam penelitian ini dilakukan pengembangan CPP secara in silico. Pengembangan dilakukan untuk mencari peptida-peptida yang memiliki kemampuan mengikat DNA, melewati membran sel, menginduksi edosomal escape serta melewati membran inti sel. Informasi tersebut diperoleh berdasarkan studi literatur. CPP yang dihasilkan akan dimanfaatkan sebagai sistem penghantar DNA. Dalam penelitian ini telah berhasil di peroleh 3 rancangan CPP. Ketiga CPP berhasil diekspresikan dan dimurnikan dengan NiNTA. Salah satu penentu keberhasilan CPP sebagai penghantar DNA adalah kemampuan CPP untuk mengikat dan melindungi DNA dari efek nuklease I. Hasil uji pengikatan dengan DNA menunjukkan ketiga CPP dapat berikatan dengan DNA serta dapat melindungi DNA dari efek nuklease serum. Ketiga kandidat CPP yang dirancang secara in silico dan disintesis dalam sistem prokariota tersebut layak untuk lebih lanjut diuji kemampuannya menghantarkan DNA secara in vitro dan in vivo."

"ABSTRAKRifampicin (RIF) adalah obat lini pertama untuk terapi tuberkulosis (TB) dengan kemampuan bakterisidal yang tinggi terhadap M. tuberculosis. Akan tetapi, kasus resistensi terhadap RIF telah menurunkan efektivitas terapi menggunakan obat ini. Multi-drug resistance TB (MDR/RR-TB) adalah tipe resistensi yang paling umum ditemukan pada galur MTB. Penggunaan obat berbasis peptida siklis telah banyak diminati karena peptida memiliki properti farmakologi yang baik, dan selektif. Studi ini bertujuan untuk menemukan kandidat senyawa peptida siklik yang potensial sebagai inhibitor protein RNA polimerase subunit β (RpoB) mutan S531L sebagai mutan dengan prevalensi tinggi pada MDR-TB. Struktur 3 dimensi dari RpoB wild type dan mutan S531L diunduh melalui basis data Protein Data Bank, dioptimisasi, dan dibandingkan karakteristik hidrofobisitas permukaannya untuk menentukan sekuens dari peptida siklis. Kemudian, basis data ligan peptida siklis dibuat dengan menggunakan generator kombinasi dan penggambaran. Optimisasi, kalkulasi muatan parsial dan minimisasi energi dilakukan pada basis data ligan, dan proses penapisan dilakukan dengan simulasi penambatan molekul. Simulasi ini dilakukan dengan dua tahapan rigid dan fleksibel terhadap struktur S531L RpoB, untuk menemukan ligan peptida siklis dengan interaksi paling baik dengan protein ini.  Simulasi ini menghasilkan 5 ligan terbaik dengan nilai energi bebas Gibbs terendah terhadap S531L RpoB. Ligan terpilih diprediksi sifat farmakologinya secara komputasi, dan menghasilkan 3 ligan (CYYEWC, CWYEGC, dan CQQNWC) yang memiliki karakter absorpsi, distribusi, metabolism, ekskresi, dan toksisitas yang sesuai. Ketiga ligan ini divalidasi interaksinya dengan menggunakan simulasi dinamika molekul, dan menunjukkan stabilitas interaksi yang baik sebagai kandidat obat untuk terapi MDR-TB.

---

ABSTRACTRifampicin is the first line drug for tuberculosis (TB) treatment with high bactericidal activity towards M. tuberculosis. However, the rifampicin efficacy in TB treatment has been decreased steadily due to the emerging drug resistance cases. Among all types of the rifampicin resistance, MDR-TB is the most common resistance found in the MTB strain. Cyclic peptide therapeutics shows a significant success in the industry, since they possess a favorable pharmacological property. This study aimed to find the most potent cyclic peptide inhibitor for S531L RpoB protein for MDR/RR-TB treatment. Cyclic hexapeptide ligand database was built according to the binding site of the S531L RNA polymerase subunit β (RpoB) protein, the main mutation of the rifampicin target. The 3-dimension structure of RpoB wild type and mutant S531L were retrieved from the Protein Data Bank and optimized. Both of wild type and S531L binding site were compared based on their surface hydrophobicity to determine the cyclic peptide sequences in the ligand database. After the ligand database was built with combination generator and drawing, optimization, partial charge calculation and energy minimization were done. This database underwent two steps molecular docking simulation (rigid and flexible) against the S531L RpoB to find the cyclic peptide with best interaction towards this protein. The simulation resulted in 5 best ligands with the lowest value of Gibbs free energy binding to S531L RpoB. The selected ligands were subjected to the computational pharmacological properties prediction using several tools and resulted in three cyclic peptides (CYYEWC, CWYEGC and CQQNWC) with favorable interaction and ADME-Tox properties as MDR-TB drug candidate."

"ABSTRAKResistensi antibiotik merupakan salah satu masalah kesehatan yang membuat efektivitas pencegahan dan pengobatan berbagai infeksi menjadi berkurang. Peptida antimikroba seperti bakteriosin dapat menjadi kontributor penting dalam mengatasi permasalahan resistensi antibiotik sebagai agen antimikroba baru. Weissella confusa MBF8-1 diketahui menghasilkan tiga jenis bakteriosin yaitu Bac1, Bac2, dan Bac3 dengan sekuens DNA lengkap yang telah dilaporkan (A.N KR350502). Selain diproduksi melalui ekspresi galur produsen asalnya, bakteriosin dari W. confusa MBF8-1 sudah diproduksi melalui rekayasa genetika sehingga didapat bentuk rekombinannya pada inang B. subtilis DB403 dan disintesis secara kimia. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi aktivitas antimikroba serta efek sinergis dengan Ampisilin dari bakteriosin rekombinan dan sintetik Bac1, Bac2, dan Bac3 menggunakan metode difusi sumur agar pada Leuconostoc mesenteroides kemudian dilanjutkan dengan uji Konsetrasi Hambat Minimum (KHM) pada L. mesenteroides, Micrococcus luteus, Lactococcus lactis, Staphylococcus aureus, dan Escherichia coli. Hasil menunjukkan peptida sintetik memberikan zona hambat pada L.mesenteroides hanya dengan keberadaan Bac1. Peptida rekombinan tidak menunjukkan adanya inhibisi pada berbagai bentuk kombinasi. Peptida sintetik memiliki efek sinergis jika dikombinasikan dengan Ampisilin terhadap lima bakteri indikator, sedangkan peptida rekombinan tidak menunjukkan adanya efek sinergis. Efek sinergis terbaik yang teramati pada uji KHM dari peptida sintetik dicapai oleh Bac1, diikuti dengan bentuk campuran Bac1, Bac2, dan Bac3 (B1,2,3).

---

ABSTRACTAntibiotic resistance is one of health problems that could decrease the effectiveness of infection treatment and prevention. Antimicrobial peptide like bacteriocin could be an important contributor to overcome antibiotic resistance as new antimicrobial agent. Weissella confusa MBF8-1 has been known to produce three types of bacteriocins, Bac1, Bac2, and Bac3, with their complete DNA sequences was reported previously (A.N KR350502). Besides produced through expression of origin producer strain, bacteriocin from W. confusa MBF8-1 has been produced through genetic engineering by recombinatorial process in B. subtilis DB403 and also by chemically synthesized. This study aimed to characterize the antimicrobial activity and the synergystic effect of those three recombinant peptides as well as their synthetic one with Ampicillin. Well-diffusion assay was performed using indicator bacteria Leuconostoc mesenteroides while Minimum Inhibitory Concentration (MIC) assay was performed using indicator bacteria L. mesenteroides, Micrococcus luteus, Lactococcus lactis, Staphylococcus aureus, and Escherichia coli. Result showed that synthetic peptides inhibited growth of L. mesenteroides when combined with Bac1. Recombinant peptides didn?t show any inhibition in various forms of combination. Synthetic peptides showed synergistic effect with Ampicilin against all indicator bacteria, while recombinant peptides showed no synergistic effect. The best synergistic effect with Ampicillin was showed by Bac1 synthetic peptide alone, followed by Bac1, Bac2, and Bac3 in combination (B1,2,3) by performing MIC test."

"Influenza) AI H5N1 merupakan salah satu penyakit menular akibat virus yang sangat menakutkan karena dapat menjadi pandemik dan mortalitasnya yang sangat tinggi pada manusia. Vaksin AI H5N1 untuk manusia sangat sulit dibuat terkait tingginya HLA polymorphism pada manusia dan virus H5N1 yang mudah bermutasi melalui antigenic drift dan reassortment. Beberapa epitope telah diprediksi dari perwakilan protein hemagglutinin, neuraminidase, dan matrik 2 baik host human maupun host avian yang diseleksi melalui multiple sequence alignment (server T-Coffee). Pendekatan in silico dilakukan melalui kombinasi prediksi pada tahap-tahap respon imun oleh adanya antigen yaitu; proteasomal cleavage (PAPROC), Transporter Antigen Processing (TAP) binding (TAPPred), dan Major Histocompatibility complex (MHC) I binding (ProPredI) pada 47 allele Human Leukocyte Antigen (HLA) A, B dan C. Untuk meningkatkan respon imun, epitope MHC II juga diprediksi melalui ProPredII pada 51 allele HLA-DR. Epitope B-cell diprediksi dengan DiscoTope 1.0 server (conformational epitope) dan BepiPred 1_0b Server (sequential epitope). Vaksin peptida polyvalent (polytope) diperoleh dari kombinasi terbaik epitope B-cell dan T-cell sebagai representasi variasi allele HLA dan protein virus sehingga diharapkan mampu memberikan respon imun humoral dan selular terhadap lebih dari satu subtipe virus H5N1 dan/ atau mencegah virus influenza tipe A lain. Kandidat vaksin ditentukan berdasarkan konservasi score dan evaluasi visual accessibility struktur 3D. Struktur 3D virus dan vaksin diprediksi dan dimodelling menggunakan server CPHmodels dan Molecular Visualisation & Modelling (MVM). Hasil struktur 3D dianalisis dan divalidasi menggunakan MVM, Ramachandran Plot (RAMPAGE), BLASTp (database protein human- PDB virus native), dan FeatureMap3D. Kandidat vaksin peptida yang terdiri dari 260 asam amino dari epitope MHC I, MHC II, dan B-cell ternyata masih memiliki struktur 3D yang mirip dengan protein envelope virus native sehingga diprediksi dapat memicu respon imun yang sama seperti pada protein virus native."

"ABSTRAKSalah satu kendala yang dihadapi manusia saat ini adalah pertambahan penduduk yang tidak terkendali yang menimbulkan banyak masalah baru di berbagai aspek kehidupan. Oleh sebab itu, pengendalian pertumbuhan penduduk harus dilakukan dengan berbagai metode kontrasepsi. Pengembangan kontrasepsi pria non-hormonal dengan menghambat proses pematangan sperma di epididimis menjadi hal yang menjanjikan. Sayangnya, gen yang berperan di dalam proses pematangan sperma di epididimis masih belum banyak dipelajari. Kami menganalisis beberapa kandidat gen yang diekspresikan di epididimis, salah satunya adalah Defensin Beta-42 (Defb42). Beberapa langkah metode yang kami lakukan adalah isolasi epididimis dan ekstraksi RNA, analisis bioinformatika, dan real-time Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) untuk menganalisa ketergantungan ekspresi terhadap androgen dari gen Defb42 karena pematangan sperma bergantung pada androgen. Selain itu, proses pematangan sperma juga terjadi akibat interaksi antara sperma dan protein yang disekresikan oleh epitel epididimis. Oleh sebab itu, peptida sinyal harus dianalisis juga untuk mengecek apabila gen ini adalah protein sekretori. Hasilnya adalah gen ini diregulasi oleh androgen dan memiliki peptida sinyal. Hal ini membuat gen Defb42 menjadi kandidat gen yang menjanjikan untuk diteliti lebih lanjut dalam upaya pengembangan kontrasepsi non-hormonal pada pria.

---

ABSTRACTOne of the problem nowadays is the uncontrolled population growth. This raises many other problems in every aspect of life. Therefore, the population growth must be controlled with many types of contraceptive agents. The development of male non-hormonal contraceptive agent by inhibiting the sperm maturation process in epididymis seems to be promising. We analyzed several candidates of gene which are expressed in epididymis; one of them is Defensin Beta-42 (Defb42) gene. Several method we conducted in this research are epididymis isolation and RNA extraction, bioinformatics analysis, and real time Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) to analyze the expression dependency towards androgen of Defb42 gene because the sperm maturation is androgen-dependent process. Besides, the sperm maturation process occurs due to the interaction between sperm and protein secreted by epididymal epithelium. Therefore, the signal peptide has to be analyzed to confirm whether the candidate gene is a secretory protein. The results are this gene is regulated by androgen and has signal peptide properties. Therefore we can conclude that the gene is promising to be studied further in effort to develop male non-hormonal contraceptive agent."