Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKPemeriksaan mutasi gen PIK3CA penting dilakukan karena mutasi pada gen tersebut menyebabkan penderita kanker payudara dengan subtipe HER 2 mengalami resistensi terhadap terapi trastuzumab. Kit komersial pendeteksi mutasi gen PIK3CA yang beredar di pasaran dibuat berdasarkan genotipe kaukasia/Amerika. Penelitian telah dilakukan untuk mengetahui profil mutasi gen PIK3CA ekson 20 dari penderita kanker payudara di Sumatera Barat. Hasil sekuensing menunjukkan mutasi gen PIK3CA ditemukan 5 dari 68 sampel uji (7,35%) dan paling sering terjadi pada subtipe luminal. Mutasi tersebut berupa silent mutation T1025T (4,41%) dan missense mutation H1047R (2,94%). Hasil penelitian menunjukkan bahwa mutasi gen PIK3CA Ekson 20 tidak berasosiasi dengan keberadaan reseptor ER, PR, dan HER 2. Mutasi yang ditemukan dalam penelitian ini dapat digunakan sebagai referensi pembuatan kit deteksi mutasi gen PIK3CA meskipun tidak berasosiasi dengan parameter patologiklinik.

---

ABSTRACTExamination of PIK3CA mutations in breast cancer patients is important because contributed to trastuzumab resistance problem in breast cancer subtype HER 2. Since commercial kit to detect PIK3CA mutation which now widely used were made based on caucasia/America genotype, not based on genotype Indonesia. The research has been conducted to determine the profile of the PIK3CA exon 20 mutations of the breast cancer patients in West Sumatra. Sequencing result showed that 5 out of 68 samples PIK3CA (7.35 %) had PIK3CA mutations and mostly occur in the luminal subtype. Mutations found were silent mutation T1025T (4.41 %) and missense mutation H1047R (2.94%). Meanwhile, this research results that PIK3CA mutation in exon 20 does not associated with the presence of ER, PR, and HER 2 reseptors respectively. However, mutations found in this research was expected to use as a reference in devloping detection kit of PIK3CA mutation regardless the negative association with clinical pathology parameters;"

"Telah dilakukan penelitian untuk deteksi gen PIK3CA ekson 9 dengan pendekatan dua metode PCR dan membandingkan dua metode tersebut, agar menghindari deteksi positif palsu akibat keberadaan pseudogene pada kanker payudara. Sepuluh DNA genomik digunakan pada penelitian ini. Dua pasang primer digunakan untuk metode PCR standar dan Nested PCR untuk deteksi gen PIK3CA ekson 9 dengan ukuran produk PCR adalah 200 bp dan 400 bp diikuti dengan metode DNA sequencing. Optimasi dilakukan untuk menentukan suhu annealing PCR standard dan Nested PCR, serta jumlah siklus yang digunakan pada 1st nested PCR 15 siklus dan 25 siklus. Hasil penelitian menunjukkan PCR standar set primer I dan II bekerja dengan suhu annealing optimum 60,7oC, diinterferensi oleh pseudogene dengan tingkat spesifisitas untuk masing-masingnya sebesar 20 dan 30. Nested PCR dengan kondisi optimum suhu annealing untuk pertama 55oC, suhu annealing kedua 60,7oC dengan 15x siklus PCR berhasil 100 dapat mendeteksi gen PIK3CA. Sampel mengandung satu mutasi substitutsi pada basa 545 ekson 9, mengindikasikan perubahan asam amino dari asam glutamat E ke lisin K. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pseudogene terdapat pada kanker payudara. Metode Nested PCR spesifik digunakan untuk studi genotyping gen PIK3CA ekson 9. ......The aim of study is to detect of exon 9 PIK3CA gene with two PCR methods approach and comparing two methods, to avoid detection of false positives effect pseudogene exist in breast cancer. Ten genomics DNA were used in this experiment. Two pairs of primer Standard PCR and Nested PCR method used to detection of exon 9 PIK3CA genes with the size of PCR products is 200 bp and 400 bp followed with DNA sequencing method. Optimization was done to determine of annealing temperature of Standard PCR and Nested PCR, as well as the number of cycles used in the 1st nested PCR 15 cycles and 25 cycles. The result of research was standard PCR using each primer pairs I and II with optimum annealing temperature 60,7oC, had interference by pseudogene with the degree of specificity for each them was 20 and 30. Nested PCR with optimum condition annealing temperature for the first round at 55oC, annealing temperature for the second round at 60,7oC with 15x PCR cycles 100 succeed to detect the true PIK3CA gene. Samples contain one substitution mutation at position 545 of exon 9, indicating amino acid changing from glutamate acid E to lysin K. The result was, pseudogene also exists in breast cancer. Nested PCR methods specifically used for genotyping studies exon 9 of PIK3CA gene. "