Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Beberapa hasil uji serologi HIV indeterminate pada tes skrining darah ditemukan di Indonesia. Prosedur skrining darah yang dilakukan saat ini sesuai ketentuan yang ditetapkan oleh WHO untuk skrining darah, yaitu 3 tes uji serologi HIV selama pemeriksaan darah. Ketidaksesuaian hasil yang satu dengan yang lain didefinisikan sebagai hasil indeterminate. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi galur-galur HIV yang sulit teridentifikasi dari darah dengan uji serologi HIV intermediate dan mengevaluasi apakah galur HIV yang beredar di Indonesia mempunyai kemungkinan lolos dari sistem pendeteksian yang ada. Deteksi RT-PCR dilakukan pada 40 sampel RNA HIV dari donor darah yang mempunyai hasil uji serologi indeterminate dengan sebelumnya melakukan uji konfirmasi dengan menggunakan western blot. Deteksi RT-PCR menunjukkan bahwa sebanyak 24/32 (75%) sampel positif LTR, 4/31 (13%) positif pol dan 3/5 (60%) positif env. Amplifikasi pada daerah p24, pita-pita yang ditemukan pada sampel selalu lebih rendah dari yang diharapkan. Sekuensing dilakukan untuk mengkonfirmasi hasil amplifikasi menunjukkan bahwa perlu analisis lebih lanjut untuk mengetahui apakah perubahan ini yang menyebabkan hasil indeterminate.

Indeterminate results of serological HIV test have been found in Indonesia. The screening procedure is following the prescribed by WHO for screening of blood donors which is based on 3 different serological HIV test during screening of blood donors. Discordant results are interpreted as indeterminate. This research aims to identify GIV strains that previously difficult to determine, and to evaluate whether the HIV strains present in Indonesia could pass the existing screening system. RTPCR detection test of HIV RNA were conducted for 40 blood donors samples with indeterminate serological HIV-test after a confirmatory test using western blot. Preliminary results showed that 24/32 (75%) of the samples are positive LTR, 4/31 (12%) positive pol and 1/3 (33%) positive env. Amplification in p24 region showed that bands found have lower size than expected. Sequencing performed to confirm these findings show that further analysis is needed to determine whether this change is what behind the indeterminate results.

Abstrak :
Khmer Merah berhasil meraih kekuasaan di Kamboja dengan menggulingkan pemerintahan Lon Nol pada 17 April 1975. Pemerintahan Khmer Merah dipimpin oleh Pol Pot, seorang pemimpin yang bersikap diktaktor. Di bawah pimpinannya, kebijakan yang ekstrim diberlakukan dengan berdasar pada prinsip sosialisme, egalitarianisme, dan self¬sufficient. Kebijakan tersebut tidak membuat Kamboja menjadi lebih baik Banyak yang menentang kebijakan yang dibuat Pol Pot. Untuk mempertahankan kekuasaannya Khmer Merah tidak segan untuk membunuh orang yang menentangnya, termasuk kader dan tokoh Khmer Merah. Pol Pot juga merasa terancam oleh negara¬negara tetangga Kamboja. Vietnam adalah ancaman terbesar bagi Pol Pot. Keinginan Vietnam untuk mewujudkan terbentuknya Federasi Indocina dan memperluas wilayah perairan di Pulau Phu Quoc menjadi ancaman bagi kekuasaan Khmer Merah dan kedaulatan Kamboja. Sikap melawan Khmer Merah kepada Vietnam membuat Vietnam berupaya untuk menjatuhkan Khmer Merah dari pemerintahan Kamboja. Invasi yang dilakukan Khmer Merah ke wilayah Vietnam menciptakan kesempatan bagi Vietnam untuk menyerang Kamboja secara besar¬besaran untuk menjatuhkan Khmer Merah. Serangan tersebut melibatkan kader¬kader Khmer Merah yang bertentangan dengan Pol Pot yang berada di Vietnam. Serangan tersebut berhasil menjatuhkan pemerintahan Khmer Merah pada 7 Januari 1979.

Abstrak :
Protein pol termasuk dalam tiga gen signifikan yang mengkode protein struktural HIV-1. Namun, sebagian besar tes diagnostik HIV hanya melibatkan dua produk HIV yang signifikan yaitu, protein Env atau Gag, yang berarti bahwa sebagian besar tes diagnosa HIV dilakukan atau dikembangkan menggunakan antigen yang sama. Hal ini pada akhirnya dapat menghasilkan hasil positif palsu yang berulang jika ada antibodi yang bereaksi silang karena sebagian besar tes disiapkan hanya dengan antigen umum yang sama. Solusi untuk masalah ini adalah mengembangkan uji diagnostik alternatif yang berbeda menggunakan antigen utama lain, seperti protein Pol. Salah satu produk protein Pol, enzim Integrase, termasuk dalam salah satu protein imunogenik HIV, yang berarti dapat digunakan untuk meningkatkan spesifisitas tes diagnostik HIV. Menggunakan protein Pol Immunodominant 2 (Pol ID2), sebuah protein yang terdiri dari Integrase dan RNAse H, yang sudah dikembangkan sebelumnya menggunakan subtipe HIV-1 yang paling menonjol di Indonesia (HIV-1 CRF01_AR), penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan pengetahuan tentang kondisi optimal untuk mengekspresikan protein rekombinan Pol ID2 dalam plasmid pQE-80L Escherichia coli (E. coli) dengan harapan dapat berkontribusi terhadap pengembangan dan peningkatan kemandirian tes diagnostik HIV-1 di Indonesia. Metode: Penelitian ini dilakukan menggunakan metode desain studi eksperimental analitik. Dalam penelitian ini, protein rekombinan Pol Immunodominant 2 (ID2) dalam plasmid pQE-80L E. coli diekspresikan pada beberapa variabel media kultur, konsentrasi penginduksi, dan waktu induksi. Kultur ekspresi divisualisasikan menggunakan elektroforesis SDS PAGE dan didokumentasikan menggunakan mesin ImageQuant Las 4000. Meskipun tidak ada analisis statistik yang dilakukan, software analisis gel Image Lab 6.1 digunakan untuk menganalisis, mengukur, dan mendapatkan rasio kuantitas absolut dari konsentrasi protein pada setiap variabel. Hasil: Protein rekombinan Pol ID2 yang diperoleh dari HIV-1 subtipe CFR01_AE dapat diekspresikan secara optimal menggunakan media Terrific Broth dengan menggunakan 1mM Isopropil- beta-D-thiogalactopyranoside (IPTG) selama 3 jam induksi. Kesimpulan: Dapat disimpulkan bahwa plasmid pQE80L-Pol ID2 yang sebelumnya sudah dikembangkan di laboratorium PRVKP FKUI-RSCM dapat mengekspresikan protein rekombinan Pol ID2 dari HIV-1 subtipe CFR01_AR yang dikembangkan di bawah laboratorium yang sama. Protein dapat diekspresikan secara optimal dalam media kultur Terrific Broth menggunakan IPTG 1mM selama 3 jam induksi pada suhu 37oC. ......Background: Pol protein is included in the three significant genes that encode a structural protein of HIV-1. However, most HIV diagnostic tests involve only the two significant HIV products, Env or Gag protein, which means that most manufacturers use the same antigen sequence to develop these tests. This may eventually result in repetitive false-positive results if there is any cross-reacting antibody since the test is prepared only with the same common antigens. A solution to this problem is developing a different alternative diagnostic assay using a different major antigen such as Pol genes. One of the Pol gene products, viral enzyme integrase, is included in one of the immunogenic proteins of HIV, meaning that it may be used to improve the specificity of HIV diagnostic assays. Using a previously generated Pol Immunodominant 2 (Pol ID2) protein, comprised of Integrase and RNAseH, obtained from the most prominent HIV-1 subtype in Indonesia (HIV-1 CRF01_AR), this research aims to gain knowledge regarding the optimal conditions to express Pol ID2 recombinant protein in pQE-80L plasmid of Escherichia coli (E. coli) in hopes to contribute towards the development and self-reliance of HIV-1 diagnostic tests in Indonesia. Experimental, analytical study design was used for this research. The Recombinant Pol Immunodominant 2 (ID2) protein in the pQE-80L plasmid of E. coli was expressed under several variables of culture media, inducer concentration, and induction time. The expression culture was visualized using SDS PAGE and documented using ImageQuant Las 4000 machine. Although no statistical analysis was done, Image Lab 6.1 gel analysis software was used to analyze, quantify, and obtain the absolute quantity ratio of protein concentration of each variable. Result: Pol ID2 recombinant protein obtained from HIV-1 subtype CFR01_AE are optimally expressed using Terrific Broth media using 1mM Isopropyl-beta-D-hiogalactopyranoside (IPTG) for 3 hours of induction. Conclusion: It could be concluded that pQE80L-Pol ID2 plasmid previously developed in IHVCB FMUI-RSCM Laboratory can express Pol ID2 recombinant protein from HIV-1 subtype CFR01_AR that is constructed under the same laboratory. The protein expression is optimized in Terrific Broth culture media using 1mM IPTG inducer for 3 hours of induction in 37oC.

Abstrak :
Gen pol murine leukemia virus adalah gen pengkode enzim reverse transcriptase (RT) yang berfungsi untuk mentranskripsi balik genom RNA virus menjadi DNA. Enzim RT banyak digunakan sebagai komponen dalam RT-PCR untuk mensintesis cDNA dari RNA. Penelitian bertujuan mengekspresikan gen pol MLV dan mengetahui fungsi enzim RT yang dihasilkan. Gen pol MLV dalam penelitian sebelumnya, telah dikonstruksi tidak memiliki sekuen pengkode asam amino RNase H dan berhasil ditransformasi ke dalam Escherichia coli BL21. Eskpresi gen pol dilakukan menggunakan induksi IPTG 0,3 mM. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen pol MLV telah berhasil diekspresikan dan menghasilkan enzim RT tanpa RNase H dengan berat molekul ~58 kDa. Enzim RT selanjutnya dipurifikasi menggunakan resin Ni-NTA dan dilakukan pengujian fungsi enzim tersebut dengan RT-PCR. Hasil analisis menunjukkan bahwa enzim RT dalam penelitian terbukti dapat berfungsi mensintesis cDNA menggunakan cetakan RNA pada proses RT-PCR.

Abstrak :
Indonesia memiliki ketergantungan terhadap impor kit untuk Polymerase Chain Reaction (PCR). Salah satu komponen krusial dalam PCR adalah DNA polimerase termostabil. Hal ini tidak sebanding dengan Indonesia yang terletak pada Ring of Fire, dimana Indonesia memiliki potensi ekosistem geothermal yang besar sebagai habitat bakteri termofilik penghasil DNA polimerase termostabil. Gen DNA pol I lokal dari Geobacillus thermoleovorans Batu Kuwung, Banten, telah berhasil dikloning pada plasmid pET-15b dan ditransformasikan pada Escherichia coli BL21. Meskipun GBK pol memiliki peran yang sangat penting dalam amplifikasi isothermal yang menjadikannya dapat diaplikasikan dalam PCR, untuk dapat memproduksi GBK pol secara komersil masih dinilai kurang layak secara ekonomi. Penelitian yang telah dilakukan untuk GBK pol masih memiliki keterbatasan dalam optimalisasi dan produksi scale-up. Oleh karena itu, pada penelitian ini dilakukan optimasi kondisi ekspresi seperti: kecepatan agitasi, waktu inkubasi setelah induksi, volume kerja dan peningkatan skala produksi pada 7,5 L bioreaktor untuk meningkatkan efisiensi, produksi dan ekspresi. Pada penelitian ini didapatkan kondisi optimum pada kecepatan agitasi 200 rpm, waktu inkubasi setelah induksi 4 jam dan 20% volume kerja. Selain itu, pada penelitian ini berhasil dilakukan produksi GBK pol pada 7,5 L bioreaktor dan menghasilkan konsentrasi protein tertinggi sebesar 0,042 µg/µL dengan waktu optimum untuk inkubasi setelah induksi selama 3 jam. ......Indonesia relies on imported kits for Polymerase Chain Reaction (PCR). In fact, one of the crucial components in PCR is thermostable DNA polymerase. This is not comparable to Indonesia’s potential which is located on the Ring of Fire. Consequently, Indonesia holds the potential for a large geothermal ecosystem which serves as a habitat for thermophilic bacteria capable of producing thermostable DNA polymerase. The local DNA pol I gene from Geobacillus thermoleovorans Batu Kuwung, Banten, has been successfully cloned into the plasmid pET-15b and transformed into Escherichia coli K pol in isothermal amplification, making it applicable for PCR, the commercial production of GBK pol is still considered economically unfeasible. The research conducted for GBK pol still has limitations in optimization and scale-up production. Therefore, in this study optimization of expression conditions was carried out, including the speed of agitation, post-induction incubation time, working volume and scale-up production at 7,5 L bioreactor to increase efficiency, production, and expression. In this study, the optimum conditions were obtained at an agitation speed of 200 rpm, a post-induction incubation time of 4 hours and 20% working volume. Furthermore, the production of GBK pol was successfully carried out in a 7.5 L bioreactor, resulting in the highest protein concentration of 0.042 µg/µL with the optimum post-induction incubation time for 3 hours.

Abstrak :
This book presents a tutorial review of van der Pol model, a universal oscillator model for the analysis of modern RC−oscillators in weak and strong nonlinear regimes. A detailed analysis of the injection locking in van der Pol oscillators is also presented. The relation between the van der Pol parameters and several circuit implementations in CMOS nanotechnology is given, showing that this theory is very useful in the optimization of oscillator key parameters, such as: frequency, amplitude and phase relationship. The authors discuss three different examples: active coupling RC−oscillators, capacitive coupling RC−oscillators, and two-integrator oscillator working in the sinusoidal regime. · Provides a detailed tutorial on the van der Pol oscillator model, which can be the basis for the analysis of modern RC−oscillators in weak and strong nonlinear regimes; · Demonstrations the relationship between the van der Pol parameters and several circuit implementations in CMOS nanotechnology, showing that this theory is a powerful tool in the optimization of key oscillator parameters; · Provides three circuit prototypes implemented in modern CMOS nanotechnology in the GHz range, with applications in low area, low power, low cost, wireless sensor network (WSN) applications (e.g. IoT, BLE).