Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Komposisi komunitas mikrobiota usus pada neonatus prematur dapat diidentifikasi menngunakan mekonium dan feses. Akan tetapi, penelitian menggunakan sampel mekonium dan feses memiliki tantangan tersendiri karena konsistensinya serta kandungan inhibitor PCR yang tinggi pada sampel mekonium dan feses. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengoptimasi perolehan DNA mikrobiota mekonium dan feses dari neonatus yang lahir prematur di Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo. Penelitian dilakukan dengan mengambil sampel mekonium, feses 4 dan 7 hari setelah kelahiran dari neonatus prematur. Setelah itu, dilakukan optimasi proses perolehan DNA. Parameter yang dioptimasi yaitu dengan mempertimbangkan jumlah dan kondisi sampel, penggunaan kit ekstraksi yaitu Qiagen DNeasy Powersoil Kit dan MP Biomedical FastDNA Spin Kit for Soil, tahap preparasi sampel, dan tahap elusi DNA. Selanjutnya, DNA genomik hasil ekstraksi dikuantifikasi serta dikonfirmasi menggunakan Polymerase Chain Reaction sebelum tahap NGS. Hasil pada penelitian ini yaitu sampel yang dilakukan optimasi dengan replikasi jumlah sampel sebanyak 2 kali, menggunakan sampel segar, menggunakan buffer elusi dengan volume yang lebih sedikit, pelarutan sampel menggunakan ddH2O, dan diekstraksi menggunakan MP Biomedical FastDNA Spin Kit for Soil menghasilkan konsentrasi serta kemurnian yang lebih tinggi. Kesimpulannya, perlu dilakukan optimasi pada tahap ekstraksi DNA untuk menghasilkan perolehan serta kemurnian DNA yang tinggi."

"Kuantitasi DNA mitokondria antarjaringan memerlukan suatu metodeyang memiliki tingkat akurasi yang tinggi. Polymerase chain reaction (PCR)adalah suatu metode enzimatis yang dilakukan untuk memperbanyakfragmen DNA yang diinginkan. PCR dapat dimanfaatkan untuk kuantitasiDNA dan disebut teknik PCR kuantitatif. Ada dua macam metode dalamteknik PCR kuantitatif yang sering digunakan, yaitu metode regresi linier danmetode koampi ifikasi kompetitif.Pada penelitian mi telah direkayasa plasmid yang mengandungfragmen DNA mitokondria termutasi yang berasal dari penderita Leber'shereditary optic neuropathy (LHON) dan plasmid yang mengandung fragmenDNA mitokondnia normal. Plasmid-plasmid tersebut masing-masing disebutplasmid kompetitor dan plasmid target, serta dapat dipergunakan sebagaiDNA kompetitor dan DNA target pada teknik PCR kuantitatif metodekoamplifikasi kompetitif, sedangkan metode regresi tinier hanyamembutuhkan plasmid target. Dengan plasmid tersebut telah diuji tingkatakurasi antara metode regresi tinier dengan metode koamplifikasi kompetitif.Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode koamplifikasi kompetitif memiliki tingkat akurasi yang lebih tinggi dibandingkan dengan metode regresi tinier."

"This book offers an overview of state-of-the-art in non amplified DNA detection methods and provides chemists, biochemists, biotechnologists and material scientists with an introduction to these methods. In fact all these fields have dedicated resources to the problem of nucleic acid detection, each contributing with their own specific methods and concepts. This book will explain the basic principles of the different non amplified DNA detection methods available, highlighting their respective advantages and limitations. Non-amplified DNA detection can be achieved by adopting different techniques. Such techniques have allowed the commercialization of innovative platforms for DNA detection that are expected to break into the DNA diagnostics market. The enhanced sensitivity required for the detection of non amplified genomic DNA has prompted new strategies that can achieve ultrasensitivity by combining specific materials with specific detection tools. Advanced materials play multiple roles in ultrasensitive detection. Optical and electrochemical detection tools are among the most widely investigated to analyze non amplified nucleic acids. Biosensors based on piezoelectric crystal have been also used to detect unamplified genomic DNA. The main scientific topics related to DNA diagnostics are discussed by an outstanding set of authors with proven experience in this field."

"Optimasi deteksi molekuler kandungan gelatin asal porsin berbasis DNA Deoxyribonucleic Acid genomik dilakukan dengan metode duplex PCR Polymerase Chain Reaction . DNA yang diamplifikasi adalah trace DNA genomik porsin yang masih terkandung dalam gelatin asal porsin. Trace DNA yang terdapat dalam gelatin jumlahnya sangat sedikit karena telah melalui berbagai proses produksi sehingga diperlukan optimasi metode ekstraksi DNA.Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh metode yang sensitif dalam identifikasi gelatin asal porsin serta mendeteksi kandungan porsin dari gelatin cangkang kapsul. Metode yang dipilih adalah duplex PCR, yaitu PCR dengan dua target sekuens DNA, yaitu DNA cyt b dan ATP8. Untuk reaksi PCR, dipilih dua pasangan primer yang spesifik mengamplifikasi DNA genomik porsin.Metode yang dioptimasi berupa metode ekstraksi DNA genomik dan metode duplex PCR. Duplex PCR dilakukan terhadap campuran DNA reference porsin dan bovin dengan variasi konsentrasi 100 ; 50 ; 10 ; 1 ; 0,5 ; 0,1 ; 0,05 ; dan 0,01 untuk meneliti sensitivitas metode serta pada sampel cangkang kapsul gelatin.Pada sampel positif mengandung trace DNA porsin diperoleh produk hasil amplifikasi PCR yang berukuran 212 bp dan 398 bp sedangkan pada sampel negatif porsin tidak diperoleh produk amplifikasi. Metode duplex PCR dapat digunakan sebagai metode deteksi awal untuk mengidentifikasi kandungan porsin pada gelatin dari cangkang kapsul dengan sensitif.

---

Optimization of genomic DNA Deoxyribonucleic Acid based molecular detection of gelatine derived from porcine was carried out by performing duplex PCR Polymerase Chain Reaction method. Trace of porcine genomic DNA that remained in porcine derived gelatine were amplified. Optimization of DNA extraction method was carried out in consideration of the very low concentration of genomic DNA derived from gelatine capsule samples that have gone through various manufacturing conditions.

The chosen method, duplex PCR, is a PCR method where two target sequences of DNA, cyt b and ATP synthase F0 subunit 8 DNA, are amplified simultaneously. Two sets of porcine specific primers were chosen for the duplex PCR. Genomic DNA extraction method and duplex PCR method were optimized.

Duplex PCR was carried out to mixtures of porcine and bovine DNA reference in various concentration 100 50 10 1 0,5 0,1 0,05 and 0,01 to confirm sensitivity of the method and to gelatine capsule shell samples. PCR products with the length of 212 bp and 398 were obtained in porcine positive samples only. Duplex PCR method has been optimized as sensitive intial method for molecular detection of porcine in gelatin capsule shells."

"Rotavirus grup A merupakan salah satu agen penting yang paling banyak menyebabkan penyakit diare pada anak-anak dengan tingkat keparahan yang cukup tinggi. Studi menunjukkan rotavirus bertanggung jawab atas kematian kurang lebih 800.000 anak pertahunnya di dunia. Tingginya tingkat morbiditas dan mortalitas yang ditunjukkan oleh infeksi virus ini mendorong dilakukannya penelitian terhadap galur rotavirus untuk pengembangan pembuatan vaksin yang efektif sebagai salah satu upaya mencegah terjadinya wabah yang lebih besar. Pada penelitian ini 413 sampel feses dikumpulkan selama rentang waktu bulan September 2005 sampai September 2006 dan diperoleh dari pasien anak-anak dengan gejala diare di wilayah Denpasar-Bali. Sampel diuji dengan metode Enzyme Immunoassay (EIA) dan sebanyak 209 sampel memberikan hasil positif (50,60%). Analisis kemudian dilanjutkan dengan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan gen penyandi VP7 untuk serotipe G dan gen VP4 untuk serotipe P. Hasil uji dengan metode tersebut menunjukkan prevalensi dari mix serotipe G4G9 dengan P[8] adalah yang paling banyak ditemui di Denpasar (47,36%).

---

Human group A rotavirus is the most pathogenic agent which can cause diarrhea in children with a highly severity. Studies showed that rotavirus are responsible for more than 800.000 infants and children deaths annually in the worldwide. The high extremely morbidity and mortality associated with rotavirus emphasizes the need to develope an effective vaccine to reduce the disease incidence. In this study 413 stool samples are collected from September 2005 through September 2006 from children with diarrhea in Denpasar-Bali. Group A rotavirus was showed in 50,60% of the samples tested by Enzyme Immunoassay (EIA). The human rotavirus serotype were determined by using Polymerase Chain Reaction (PCR) method using VP7 gene for G serotype and VP4 gene for P serotype. The final result are 47,36% were positive tested by PCR and demonstrated the prevalence of G4G9 with P[8] types was the most commonly rotavirus strain found in Denpasar."

"ABSTRAKPCR (Polymerase Chain Reaction) adalah sebuah teknik replikasi DNA. Teknik PCR konvensional dengan sampel diam (statik) memiliki kekurangan dari segi waktu operasi yang teramat lama. Untuk mengatasi masalah tersebut, didesain PCR dengan sistem sampel dinamis (mengalir) untuk mempercepat waktu operasi. Riset ini bertujuan untuk menganalisis aliran fluida yang terjadi pada kanal mikro PCR dengan dimensi penampang 250μm×250μm. Terdapat 3 desain PCR yang memiliki variasi banyaknya siklus proses PCR. Hasil menunjukkan bahwa 2 dari 3 PCR tidak dapat memenuhi fungsi alir dimana terjadi rembesan akibat kurang melekatnya hubungan antara PDMS dan penyumbatan pada PCR akibat terjadinya penyempitan pada kanal mikro.

---

ABSTRACTPCR (Poylmerase Chain Reaction) is a DNA replication technique. Convensional PCR with static samples has limitation especially in operation time. It required a lot of time to be operated. To answer this issue, PCR that can cut operation time is designed. This study aimed to analyze fluids flow that occured within the PCR's microchannel which results of designing and realization process. There are 3 designs that vary in PCR's cycle process. Furthermore, this study reveals that 2 out of 3 PCR are not able to fulfill flow functioning which is caused by leakeage and the fluid was not flowing."

"Ruang lingkup dan cara penelitian.Pemeriksaan larva B. malayi pada nyamuk secara konvensional (mikroskopis) banyak terdapat hambatan, antara lain nyamuk yang ditangkap harus langsung dibedah, memerlukan waktu yang lama, dan tidak spesifik karena larva dalam nyamuk sukar diidentifikasi terutama bila kepadatan larva dalam nyamuk rendah. Mengingat adanya kendala tersebut dikembangkan cara pemeriksaan nyamuk yang lebih cepat dan mudah yaitu melalui pendekatan biologi molekuler dengan Polymerase-chain reaction (PCR). Cara. PCR ini belum digunakan di lapangan sebagaimana cara mikroskopis. Berdasarkan hal diatas timbul pertanyaan apakah cara PCR dapat mendeteksi larva pada nyamuk dari lapangan. Penilaian angka prevalensi dan densitas mikrofilaria pada penduduk dilakukan berdasarkan pemeriksaan darah tebal (20ml). Proporsi infeksi pada nyamuk dihitung berdasarkan pemeriksaan sebagian sampel nyamuk langsung di lapangan dan cara PCR dilakukan di laboratorium terhadap sebagian sampel nyamuk yang disimpan dalam tabung yang mengandung silika.Hasil dan KesimpulanHasil pemeriksaan mikrofilaria B. malayi darah-malam penduduk menunjukkan prevalensi 18,3% untuk Desa Rogo dan 5,8% untuk Desa Mahoni. Hasil pemeriksaan nyamuk dengan cara mikroskopis di Desa Rogo adalah 2,6% dan Desa Mahoni adalah 1,1%. Pada pemeriksaan nyamuk secara PCR di Desa Rogo adalah 11,2% dan Desa Mahoni 3,2% positif mengandung DNA larva B. malayi. Hasil uji statistik menunjukkan perbedaan sangat bermakna (X2 = 22,24; P-values=0,001) antara Desa Rogo dan Desa Mahoni untuk pemeriksaan darah-malam penduduk, dengan densitas rata-rata 15,89 untuk Desa Rogo, sedang Desa Mahoni densitas rata-ratanya adalah 6,17. Hasil pemeriksaan nyamuk secara mikroskopis antara kedua Desa tidak menunjukkan perbedaan bermakna, namun pada pemeriksaan nyamuk secara PCR menunjukkan perbedaan bermakna (X2 = 4,74; P-values= 0,029). Perbedaan bermakna ditunjukkan antara cara mikroskopis dan cara PCR (X2 = 6,35; P-values-0,01), dan cara PCR memberikan nilai proporsi positif lebih tinggi yaitu 7,62% sedang cara mikroskopis adalah 1,90%, sehingga cara PCR dapat mendeteksi larva di dalam nyamuk lebih baik dari cara mikroskopis."

"Permintaan pasar terhadap vanilin alami sebagai senyawa perisa dan pengaroma sangat tinggi padahal produksi vanilin alami sangatlah rendah sehingga dibutuhkan metode alternatif produksi vanilin secara alami. Salah satunya adalah dengan metode biokonversi dengan bantuan mikroorganisme. Pseudomonas merupakan salah satu bakteri yang dapat melakukan biokonversi vanilin dari bahan dasar eugenol. Untuk mendeteksi jenis bakteri Pseudomonas yang dapat melakukan biokonversi vanilin, diperlukan sebuah metode skrining. Metode PCR memadai untuk digunakan sebagai metode pendeteksi secara molekuler bakteri Pseudomonas yang memiliki gen-gen yang berperan dalam biokonversi vanilin dari eugenol, yaitu gen ech (enoyl coA-hydratase) dan fcs (feruloyl coA-synthetase). Gen-gen tersebut mengkode enzim yang berperan dalam tahap terminal biokonversi vanilin dari eugenol pada Pseudomonas. Gen tersebut dikembangkan untuk menjadi penanda molekuler potensi suatu bakteri Pseudomonas yang dapat melakukan biokonversi vanilin dari eugenol. Namun, proses skrining dengan PCR membutuhkan kondisi yang optimum untuk mendapatkan hasil PCR yang spesifik. Ulasan artikel ini membahas mengenai skrining molekuler bakteri tanah Pseudomonas dengan penanda gen ech dan fcs dengan metode PCR konvensional.

---

The market demand for natural vanilin, as flavour and fragrance compound, is very high even though the production of natural vanilin is very low so that alternative methods of natural vanilin production are needed, one of which is the bioconversion method with the help of microorganisms. Pseudomonas is one of the bacteria that can perform bioconversion of vanilin from the basic ingredient of eugenol. A screening method to detect Pseudomonas bacteria that is able to carry out vanilin bioconversion is needed. The PCR method is adequate to be used as a molecular detection method for Pseudomonas bacteria which carries genes that play a role in the bioconversion of vanilin from eugenol, namely the ech (enoyl coA-hydratase) and fcs (feruloyl coA-synthetase) genes, genes that encode enzymes in the terminal stage of vanilin bioconversion of eugenol in Pseudomonas. These genes were developed to be a potential molecular marker of a Pseudomonas bacteria which can perform bioconversion of vanilin from eugenol. However, the screening process with PCR requires optimum conditions to get specific PCR results. This article review discusses the molecular screening of Pseudomonas soil bacteria using the ech and fcs gene as screening parameter by conventional PCR methods.

"