Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Fasilitas kesehatan, termasuk rumah sakit dan puskesmas, adalah suatu fasilitas penting pelayanan kesehatan perorangan yang dalam aktivitasnya menghasilkan limbah, salah satunya adalah limbah cair. Tingginya penggunaan obat-obatan di rumah sakit mendorong pertumbuhan dan persebaran gen yang resisten terhadap antibiotik, atau dapat disebut juga dengan Antibiotic Resistance Genes (ARGs). ARGs ini sangat sering diasosiasikan terhadap air limbah sehingga IPAL merupakan lokasi yang tepat untuk melakukan penelitian terkait hal tersebut. Karena hal tersebut, peneliti melakukan penelitian di dua rumah sakit besar dan enam puskesmas di Jakarta untuk mengetahui kelimpahan ARGs dan faktor-faktornya, serta melakukan perbandingan ARGs dengan logam berat dan MGEs. Dari penelitian ini, ditemukan bahwa terdapat jenis gen yang paling mendominasi pada Fasilitas Kesehatan di Jakarta adalah dari kelompok resistensi terhadap Beta-Lactam dan Aminoglycoside. Relative abundance tertinggi yang terdeteksi di lebih dari 50% lokasi pengambilan sampel adalah intI3 dari kelompok integron, yang mana menjadi dominan relative abundance di 93,75% lokasi pengambilan sampel. Disusul dengan kelompok integron juga, intI1_1 yang menjadi dominan relative abundance di 86,67% lokasi pengambilan sampel. Hal ini menunjukkan rata-rata gen yang paling mendominasi secara relative abundance di seluruh lokasi Fasilitas Kesehatan di Jakarta adalah dari kelompok integron. Terdapat ARGs yang tidak dapat disisihkan di 50% fasilitas kesehatan. Gen tersebut vanA dari kelompok Vancomycin, aadA1 dari kelompok Aminoglycoside, dan blaOXA51 dari kelompok Beta-Lactam. Di sisi lain, teradpat gen yang mampu disisihkan di lebih dari 50% fasilitas kesehatan, yaitu strB dan strA dari kelompok Aminoglycoside. Efisiensi penyisihan gen 16sRNA tertinggi dicapai oleh IPAL Puskesmas Kelurahan Keagungan, dengan nilai sebesar 99,57%. Di sisi lain, lokasi dengan efisiensi penyisihan gen 16sRNA terendah terdapat di Puskesmas Kecamatan Tebet Timur, dengan nilai -265,64%. Efisiensi penyisihan ARGs (tanpa taksonomik) tertinggi dicapai oleh IPAL Puskesmas Kelurahan Keagungan, yaitu sebesar 99,57% dan disusul dengan IPAL Puskesmas Kelurahan Manggarai, yaitu sebesar 98,28%. Di sisi lain, efisiensi penyisihan ARGs terendah terdapat pada IPAL Puskesmas RS X, yaitu sebesar -99,12%, di susul dengan IPAL Puskesmas Kecamatan Tebet Timur dengan efisiensi penyisihan sebesar -70,49%. Tidak ada korelasi kuat antara mangan dan seng terhadap kelimpahan absolut ARGs. Hal ini didasarkan atas rata-rata dari ρ yang didapat adalah sebesar 0,356 dan rata-rata p-value adalah sebesar 0,054. Di sisi lain, terdapat korelasi yang sangat kuat antara MGEs dan kelimpahan absolut ARGs. Hal ini didasarkan atas rata-rata dari ρ yang didapat adalah sebesar 0,869 dan rata-rata p-value adalah sebesar 3,82 x 10^9 ......Health facilities, including hospitals and community health centers, are important individual health service facilities which in their activities produce waste, one of which is liquid waste. The high use of drugs in hospitals encourages the growth and spread of genes that are resistant to antibiotics, or what can also be called Antibiotic Resistance Genes (ARGs). These ARGs are very often associated with wastewater so WWTP is the right location to conduct research related to this. Because of this, researchers conducted research at two large hospitals and six public health center in Jakarta to find out reports of ARGs and their factors, as well as to compare ARGs with heavy metals and MGEs. From this research, it was found that the most dominant gene type in Health Facilities in Jakarta is the resistance group to Beta-Lactam and Aminoglycoside. The highest relative abundance detected in more than 50% of sampling locations was intI3 from the integron group, which was the dominant relative abundance in 93.75% of sampling locations. Followed by the integron group, intI1_1 which was the dominant relative abundance in 86.67% of sampling locations. This shows that on average the gene that dominates in relative abundance in all Health Facility locations in Jakarta is from the integron group. There are ARGs that cannot be set aside in 50% of health facilities. The genes are vanA from the Vancomycin group, aadA1 from the Aminoglycoside group, and blaOXA51 from the Beta-Lactam group. On the other hand, there are genes that can be removed in more than 50% of health facilities, namely strB and strA from the Aminoglycoside group. The highest efficiency of 16sRNA gene removal was achieved by the WWTP Keagungan Public Health Center, with a value of 99.57%. On the other hand, the location with the worst 16sRNA gene removal efficiency was the WWTP East Tebet District Public Health Center, with a value of -265.64%. The highest ARGs removal efficiency (without taxonomy) was achieved by the WWTP Public Health Center, namely 99.57% and followed by the WWTP Manggarai Public Health Center, namely 98.28%. On the other hand, the lowest ARGs removal efficiency was found at the WWTP X Hospital, namely -99.12%, followed by the WWTP East Tebet District Public Health Center with a removal efficiency of -70.49%. There was no strong correlation between manganese and zinc on the absolute abundance of ARGs. On the other hand, there was a very strong correlation between MGEs and the absolute abundance of ARGs.

Abstrak :
Spermatogenic arrest adalah kondisi terhentinya proses maturasi sel germinal yang selama ini diagnosisnya ditegakkan melalui skoring Johnsen hasil biopsi testis. Protein yang berperan penting dalam proses transkripsi selama spermatogenesis adalah CREM yang berikatan dengan aktivatornya yaitu ACT yang diduga diregulasi oleh SPAG8 dan RANBP9. Sampai saat ini peranan kedua gen tersebut dalam proses spermatogenic arrest belum diketahui. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ekspresi relatif Spag8 dan RanBP9 pada spermatogenic arrest serta menganalisis korelasi ekspresi kedua gen. Penelitian ini merupakan studi cross sectional yang menggunakan sampel berupa hasil biopsi testis dengan skoring Johnsen 2 sampai 8. Analisis ekspresi relatif Spag8 dan RanBP9 menggunakan teknik qRT-PCR dengan perhitungan Livak. Data yang diperoleh dianalisis statistik menggunakan uji ANOVA one way untuk Spag8 dan uji Kruskal Wallis untuk RanBP9 dengan nilai kemaknaan p ...... Spermatogenic arrest is a cessation of germ cell maturation process that has been diagnosed by scoring Johnsen testicular biopsy results. Proteins that play an important role in the transcription process during spermatogenesis are CREMs that bind to their ACT activators that are suspected to be regulated by SPAG8 and RANBP9. Until now the role of both genes in the spermatogenic arrest process is not known. This study aims to determine the relative expression of Spag8 and RanBP9 on spermatogenic arrest and to analyze the correlation of expression of both genes. This study is a cross sectional study using a sample of testicular biopsy with Johnsen 2 to 8 score. Relative expression analysis of Spag8 and RanBP9 using qRT PCR technique with Livak calculation. The data obtained were analyzed statistically using ANOVA one way test for Spag8 and Kruskal Wallis test for RanBP9 with significance value p

Abstrak :
ABSTRAK
Salmonellosis, yang disebabkan oleh infeksi bakteri genus Salmonella adalah salah satu penyakit akibat makanan foodborne illnesses yang paling umum terjadi dan tersebar luas diseluruh dunia. Mengingat peran utama unggas sebagai kendaraan transmisi penting salmonellosis pada manusia, maka kajian pada berbagai faktor yang mempengaruhi prevalensi, pertumbuhan dan transmisi Salmonella pada daging ayam dan risiko penyakit pada manusia akan sangat berguna dalam identifikasi strategi intervensi yang berdampak besar dalam mengurangi infeksi pada manusia. Oleh karena itu penelitian ini dilakukan untuk memperoleh data kuantitatif Salmonella enterica menggunakan metode qPCR untuk menentukan risiko infeksi pada manusia akibat konsumsi sate ayam. Metode qPCR didesain hanya untuk mendeteksi Salmonella enterica hidup dan dibandingkan dengan metode MPN. Uji kuantitatif Salmonella enterica dengan metode qPCR dan MPN dilakukan terhadap 30 sampel sate ayam yang diperoleh dari warung sate di DKI Jakarta. Dari 30 sampel yang diuji dengan metode qPCR diperoleh 9 sampel terkontaminasi Salmonella enterica sebesar 7 CFU/g sampai 3,9x102 CFU/g dan tidak satupun sampel terdeteksi Salmonella enterica dengan metode MPN. Berdasarkan jumlah bakteri tersebut maka ditentukan peluang sakit akibat Salmonella setelah mengkonsumsi sate ayam di wilayah Jakarta adalah sebesar 78 per 1000 orang. Kata Kunci: peluang sakit, Salmonella enterica hidup, qPCR.

---

ABSTRACT
Salmonellosis caused by Salmonella infection, is one of the most common foodborne diseases and widespread throughout the world. Recognizing that the main role of poultry as an important transmission vehicle in human cases of salmonellosis, study on the various factors that affect the prevalence, growth and transmission of Salmonella in chicken meat and human disease risk will be useful in identifying intervention strategies that have a major impact on reducing human infection. Therefore, this study was conducted to obtain quantitative data of Salmonella enterica using qPCR method to determine the probability of illness in humans due to consumption of chicken satay. Salmonella enterica quantitative tests by qPCR and MPN method were conducted on 30 samples of chicken satay from satay stalls in DKI Jakarta. Of 30 samples tested, 9 samples were contaminated by Salmonella enterica with concentration from 7 CFU g to 3,9x102 CFU g using qPCR method and none of the samples were contaminated by Salmonella enterica by MPN method. Based on the result of this study, probability of illness by Salmonella enterica from consuming a chiken satay serving was 78 cases per 1000.

Abstrak :
Kanker payudara (KPD) merupakan kanker dengan jumlah insidensi dan mortalitas tertinggi pada wanita di dunia dan Indonesia pada tahun 2020. Usaha pencarian biomarka tambahan dilakukan untuk membantu deteksi dini dan evaluasi prognosis. Sebelumnya, jumlah salinan DNA Mitokondria (mtDNA-CN) dan panjang relatif telomer (RTL) dari darah perifer ditemukan berasosiasi dengan peningkatan risiko KPD. Keduanya dapat dipengaruhi oleh perubahan sistemik, seperti stres oksidatif. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis asosiasi mtDNA-CN dan RTL dengan KPD di Indonesia. Penelitian kasus-kontrol ini melibatkan 209 subjek kontrol dan 197 subjek kasus yang berasal dari rumah sakit di 5 daerah di Indonesia (Jakarta, Semarang, Pekanbaru, Makassar, Kupang). Teknik qPCR digunakan untuk mengamplifikasi gen referensi (B2M), mtDNA (MT-TL1), dan telomer. Rasio mtDNA-CN dan RTL dihitung berdasarkan hasil perbandingan terhadap B2M. Asosiasi mtDNA-CN dan RTL dengan risiko dan prognosis KPD dianalisis menggunakan uji regresi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa mtDNA-CN berasosiasi positif dengan RTL (p<0,025). MtDNA-CN yang lebih banyak dan RTL yang lebih panjang, serta kombinasi ‘tinggi-tinggi’ dari keduanya ditemukan berasosiasi signifikan dengan peningkatan risiko KPD pada kelompok usia <48 tahun (p<0,025). Selain itu, mtDNA-CN dan RTL berasosiasi signifikan dengan beberapa karakteristik klinis patologis KPD. MtDNA-CN dan RTL berpotensi digunakan sebagai biomarka risiko dan prognosis KPD. ......In 2020, breast cancer has been the leading cause of cancer incidence and mortality among women globally, including in Indonesia. Additional biomarkers discovery were required for early detection and prognostic evaluation. Previously, the peripheral blood mitochondrial DNA copy number (mtDNA-CN) and relative telomere length (RTL) had been associated with elevated breast cancer risk. Both markers might be influenced by the change in systemic condition, such as oxidative stress. We aimed to investigate the associations between mtDNA-CN and RTL with breast cancer in Indonesia. A total of 209 controls and 197 cases from several hospitals in 5 locations in Indonesia (Jakarta, Semarang, Pekanbaru, Makassar, Kupang) were enrolled. The reference gene (B2M), mtDNA (MT-TL1), and telomeres were amplified using qPCR method. The mtDNA-CN and RTL ratio were calculated by comparing them to B2M and the associations were analyzed using regression test. The results showed a significant positive association between mtDNA-CN and RTL (p<0,025). Higher mtDNA-CN, higher RTL, and a ‘high-high’ combination were significantly associated with elevated breast cancer risk in group with age <48 (p<0,025). Both markers were also associated with several clinicopathological features. Therefore, mtDNA-CN and RTL might potentially be used as biomarkers for breast cancer risk and prognosis.

Abstrak :
ABSTRAK
Penelitian dilakukan untuk menentukan nilai cut-off dalam skoring status HER-2 pada pasien kanker payudara dengan metode qPCR. DNA genom sebanyak 72 sampel yang diekstraksi dari jaringan kanker payudara dianalisis menggunakan metode 2ΔCT untuk mengetahui jumlah salinan gen HER-2 sampel secara relatif yang telah diketahui statusnya oleh IHC. Jumlah salinan gen HER-2 dinyatakan sebagai rasio gen HER-2 terhadap gen acuan yang digunakan, yaitu whn. Kurva standar dihasilkan dari pengenceran serial plasmid standar pGEM-T easy HER-2 dan pGEM-T easy whn, dikembangkan untuk kontrol kualitas pengujian. Evaluasi kualitas qPCR yang optimal ditentukan dengan nilai koefisien determinasi (R2) >0,980, persentase efisiensi dalam kisaran 90 ? 105%, dan konfirmasi produk spesifik dengan analisis melt peak dan elektroforesis gel. Nilai cut-off didapat dari perhitungan nilai kuartil untuk menetapkan batas negatif, borderline, dan positif amplifikasi HER-2 pada sampel. Hasil analisis qPCR dibandingkan kesesuaiannya terhadap status yang telah diperoleh dari evaluasi IHC sebelumnya. Kurva standar untuk kedua plasmid standar menunjukkan performa yang baik, dan konfirmasi sampel dengan analisis melt peak dan elektroforesis gel menunjukkan puncak dan pita tunggal spesifik. Nilai cut-off yang didapatkan dalam penelitian adalah ≤2,16 untuk negatif, >2,16 dan ≤4,19 untuk borderline, dan >4,19 untuk positif amplifikasi HER-2. Hasil analisis qPCR dengan nilai cut-off yang dibandingkan dengan status IHC menghasilkan kesesuaian 67%.

---

ABSTRACT
The research aimed to determine cut-off value in HER-2 scoring status on breast cancer patients by qPCR method. Total of 72 genomic DNA samples extracted from breast cancer tissues were analyzed using 2ΔCT method to measure relatively HER-2 gene copy number of samples previously identified by IHC. HER-2 gene copy number was expressed as a ratio of HER-2 gene to the reference gene used, namely whn. Standard curve was generated by serial dilution of pGEM-T easy HER-2 and pGEM-T easy whn plasmid standard, developed for quality control assay. For evaluation, optimal qPCR assay was determined by coefficient of determination value (R2) >0.980, percentage of efficiency in the range of 90 ? 105%, and specific product was confirmed by melt peak analysis and gel electrophoresis. Cut-off value was obtained from quartile calculation to establish the status of negative, borderline, and positive amplification of HER-2 in the samples. Further, result of qPCR analysis was compared with IHC status. Standard curves for both plasmid standards showed a good performance, and confirmed by melt peak and gel electrophoresis showed single peak and single band specific. For the cut-off value, this study suggested ≤2.16 for negative, >2.16 and ≤4.19 for borderline, and >4.19 for positive HER-2 amplification. The result of qPCR analysis with cut-off value was compared with IHC status has concordance 67%.

Abstrak :
Badak sumatera (Dicerorhinus sumatrensis) adalah spesies endemik Indonesia yang terancam kritis (critically endangered) yang tersebar di Taman Nasional Way Kambas, Taman Nasional Bukit Barisan Selatan, dan Taman Nasional Gunung Leuser. Perilaku badak sumatera yang soliter dan elusif menyebabkan pemantauan populasi sulit dilakukan. Environmental DNA (eDNA) dapat digunakan untuk melakukan monitoring spesies langka dan elusif dikarenakan kemampuannya untuk mendeteksi keberadaan spesies tanpa melihat spesies tersebut secara langsung. Penelitian dilakukan dengan menganalisis eDNA badak sumatera dari sampel air pada kubangan aktif dan nonaktif di Kawasan Taman Nasional Way Kambas menggunakan primer yang didesain spesifik spesies dan qPCR serta melihat pengaruh faktor lingkungan dan waktu terhadap eDNA sampel air. Hasil menunjukkan primer yang didesain dapat mendeteksi DNA badak sumatera secara spesies spesifik. Analisis qPCR menunjukkan DNA badak sumatera dapat dideteksi di 83,78% sampel air, yaitu pada 11 titik kubangan aktif dan 20 titik kubangan nonaktif. Faktor lingkungan dan waktu juga teramati tidak berpengaruh kepada konsentrasi DNA. Akan tetapi, sampel air kubangan dapat digunakan untuk mendeteksi keberadaan eDNA badak sumatera dengan primer spesies spesifik yang didesain dan analisis qPCR. ......The Sumatran rhino (Dicerorhinus sumatrensis) is a critically endangered species endemic to Indonesia. The sumatran rhinoceros can only be found on the island of Sumatra spread across Way Kambas National Park, Bukit Barisan Selatan National Park, and Gunung Leuser National Park. The solitary and elusive nature of the sumatran rhino makes monitoring this species difficult. Environmental DNA (eDNA) is considered a tool that can be used to monitor rare and elusive species because of its ability to detect the presence of species without the need to encounter the species directly. This study analyzes sumatran rhino eDNA from water samples in active and inactive wallows in the Way Kambas National Park using qPCR with species specific primer and to see the effect of environmental factors and time on the eDNA of water samples. The results obtained showed that the designed primers are species-specific to sumatran rhinoceros DNA. qPCR analysis showed that sumatran rhino DNA could be detected in 83.78% of the water samples, namely at 11 active wallow points and 20 inactive wallow points. Environmental factors and time were aso observed to have no effect on DNA concentration. Nevertheless, water from wallow can be use to detect sumatran rhino’s eDNA with species specific primer and using qPCR.

Abstrak :
Kasus kontaminasi daging haram seperti babi hutan (Sus scrofa) dan babi domestik (Sus scrofa domesticus) dalam makanan yang beredar di Indonesia menyebabkan perlu dilakukannya verifikasi halal. Pengaplikasian real-time PCR telah mempermudah proses verifikasi halal untuk mendeteksi kandungan DNA babi sebab metode tersebut memiliki tingkat sensitivitas yang tinggi. Studi analisis sekuensing gen 12S rRNA terdahulu menunjukkan bahwa gen 12S rRNA dapat membedakan spesies hewan yang berkerabat dekat sehingga gen tersebut memiliki potensi sebagai gen target dalam studi deteksi halal. Namun, adanya kekurangan pada desain primer pada studi deteksi halal sebelumnya mendorong perlu dilakukannya penelitian lebih lanjut terkait potensi primer gen 12S rRNA sebagai dasar pengembangan halal kit. International Organization of Standardization (ISO) telah menetapkan metode standar untuk deteksi babi, yaitu ISO/TS 20224-3:2020(E) menggunakan primer Porcine-97 bp sebagai primer standar yang spesifik terhadap gen ACTB pada Sus scrofa. Penelitian ini bertujuan untuk merancang primer spesifik terhadap gen 12S rRNA Sus scrofa, menganalisis sensitivitas dan spesifisitas primer rancangan dalam mendeteksi gDNA babi, serta mengevaluasi potensi primer rancangan untuk dijadikan sebagai primer alternatif dalam deteksi halal. Penelitian ini dilakukan dengan merancang primer menggunakan gen 12S rRNA sebagai gen target. Primer 12S rRNA (SS12S-120bp) divalidasi dengan menganalisis spesifisitas secara in silico dan menguji sensitivitas primer menggunakan metode real-time PCR. Analisis perbandingan kualitatif antara primer 12S rRNA dengan primer ACTB ISO juga telah dilakukan. Uji sensitivitas dan linieritas dilakukan dengan melakukan dilusi bertingkat terhadap gDNA babi pada konsentrasi 10.000, 1000, 100, 10, 5, dan 1 pg/uL sebanyak 2 replikat. Hasil validasi spesifisitas in silico menunjukkan bahwa primer 12S rRNA (forward: 5’-GGT CCT GGC CTT TCT ATT AAT TCT TAA-3’; reverse: 5’-CCG TTA TAG GTG TGC TTG ATA CC-3’; dan probe: 5’-[FAM]-CCC GGT GAG AAT GCC CTC CAG ATC-[BHQ1]-3’) bersifat spesies spesifik terhadap gen 12S rRNA Sus scrofa. Analisis qPCR menunjukkan bahwa primer 12S rRNA dapat mendeteksi gDNA babi hingga konsentrasi paling rendah, yaitu 1 pg/uL dengan suhu 56 derajat celcius sebagai suhu optimal annealing primer. Nilai efisiensi dan nilai linieritas yang diperoleh adalah 85% dan 0,995. Berdasarkan analisis perbandingan yang telah dilakukan, dapat disimpulkan bahwa primer 12S rRNA bersifat lebih sensitif dan spesies spesifik dalam mendeteksi gDNA babi dibandingkan dengan primer ACTB ISO. ......Cases of haram meat contamination such as wild boar (Sus scrofa) and domestic pig (Sus scrofa domesticus) in foods circulating in Indonesia cause the need for halal verification. The application of real-time PCR has facilitated halal verification process to detect the content of pig DNA down to the smallest concentration. The 12S rRNA gene has previously been used in several species identification studies and is known to have potential as a target gene in halal detection studies. However, some deficiencies in the primer design from the previous research prompted the need for further research regarding the potential of the 12S rRNA gene primers as the basis for halal kit development. ISO/TS 20224-3:2020(E) has established primer Porcine-97 bp as the standard primer used to detect the ACTB gene in Sus scrofa. This study aims to design a specific primer for the 12S rRNA Sus scrofa gene, analyze the sensitivity and specificity of the designed primer in detecting pig gDNA, and evaluate the potential of the designed primer to serve as an alternative primer for halal detection. This research was done by designing primers using Sus scrofa 12S rRNA gene as the target gene. Designed 12S rRNA primers (SS12S-120bp) was validated by analyzing in silico specificity and primer sensitivity test using real-time PCR method. Qualitative comparisons between 12S rRNA and ACTB ISO primers was also analyzed. Sensitivity test was carried out by conducting serial dilution of porcine gDNA at 10,000, 1000, 100, 10, 5, and 1 pg/uL in duplicates. In silico specificity results showed that the designed 12S rRNA primer (forward: 5’-GGT CCT GGC CTT TCT ATT AAT TCT TAA-3’; reverse: 5’-CCG TTA TAG GTG TGC TTG ATA CC-3’; and probe: 5’-[FAM]-CCC GGT GAG AAT GCC CTC CAG ATC- [BHQ1]-3’) was species specific to 12S rRNA Sus scrofa gene. qPCR analysis showed that 12S rRNA primer could detect pig gDNA down to the lowest concentration of 1 pg/uL at 56 degree celcius as its optimum annealing temperature. The efficiency and linearity value obtained was 85% and 0,995. Based on the conducted qualitative comparison analysis, it can be concluded that primer 12S rRNA is more sensitive and species specific in detecting pig gDNA compared to ACTB ISO primer.

Abstrak :
Perkembangan teknologi menyebabkan praktik pencampuran produk makanan menggunakan substansi non-halal. Dokumen (International Standardization Organization/ Technical Specification) ISO/TS 20224-3: 2020 digunakan sebagai prosedur standar uji deteksi kehalalan berbasis Deoxyribonucleic Acid (DNA) memanfaatkan metode Quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) yang berlaku secara internasional melalui gen Beta actin (ACTB) sebagai gen target. Namun, kemampuan gen ACTB sebagai gen target belum banyak teruji langsung melalui reaksi PCR sehingga dibutuhkan evaluasi potensi gen target alternatif lain melalui optimasi primer seperti gen Cytochrome b (Cytb) untuk mendeteksi kandungan babi domestik (Sus scrofa domesticus) dan babi hutan (Sus scrofa). Metode yang digunakan terdiri atas desain primer dan probe, optimasi suhu annealing primer dan probe, uji spesifisitas in silico, uji sensitivitas in vitro, serta pengolahan dan analisis data. Adapun sampel yang digunakan untuk uji sensitivitas in vitro adalah pig genomic DNA. Berdasarkan pengujian yang dilakukan, primer dan probe gen Cytb memiliki suhu annealing optimal pada suhu 55°C. Uji spesifisitas in silico membuktikan bahwa sekuens primer dan probe gen Cytb memiliki kemampuan deteksi pada sekuens babi domestik dan babi hutan. Uji sensitivitas menggunakan qPCR pada gen ACTB membentuk kurva standar dengan nilai y=-3,6541x +38,385 dan R2=0,9967, serta LoD sebesar 5 pg/uL. Nilai linearitas (0,9967) dan efisiensi (87,78%) yang dihasilkan masuk ke dalam rentang standar sesuai literatur karena berada ≥0,98 untuk linearitas dan rentang 80%—120% untuk efisiensi. Sementara itu, uji sensitivitas menggunakan qPCR pada gen Cytb membentuk kurva standar dengan nilai y=-2,7222x + 32,196 dan R2= 0,9867, serta LoD sebesar 1 pg/uL. Nilai linearitas (0,9867) yang dimiliki masuk ke dalam rentang standar, tetapi nilai efisiensi (132,99%) melebihi rentang persentase yang baik akibat kemungkinan konsentrasi serial dilusi yang kurang sesuai dan protokol yang belum optimal. Gen Cytb memiliki jangkauan sensitivitas yang lebih baik dibandingkan gen ACTB. Keseluruhan grafik hasil membentuk kurva sigmoid yang valid sebagai hasil uji qPCR. Oleh karena itu, berdasarkan uji spesifisitas in silico dan sensitivitas in vitro yang dilakukan dapat disimpulkan bahwa gen Cytb berpotensi dijadikan gen target altenatif sebagai pengembangan halal kit. ......Technological developments have led to the practice of mixing food products using non-halal substances. Document (International Standardization Organization/Technical Specification) ISO/TS 20224-3: 2020 is used as a standard procedure for Deoxyribonucleic Acid (DNA)-based halal detection test that is internationally applicable through the Beta actin gene (ACTB) as the target gene. However, the ability of the ACTB gene as a target gene has not been tested directly through PCR reactions, so it is required to evaluate the potential of other alternative target genes through primer optimization such as the Cytochrome b (Cytb) gene to detect domestic pig (Sus scrofa domesticus) and wild boar (Sus scrofa) containment. The method used was comprised of primer and probe design, primer and probe annealing temperature optimization, in silico specificity test, in vitro sensitivity test, and data processing and analysis. The sample used for the in vitro sensitivity test is pig genomic DNA. Based on the tests conducted, primers and probes of the Cytb gene have an optimal annealing temperature at 55°C. The in silico specificity test proved that the primer sequences and Cytb gene probes have the ability to detect domestic pig and wild boar sequences. The sensitivity test using qPCR on the ACTB gene forming a standard curve with a value of y=-3.6541x +38.385 and R2=0.9967, and LoD of 5 pg/uL. The linearity (0.9967) and efficiency (87.78%) values generated are in the standard range according to the literature because they are ≥0.98 for linearity and 80%—120% range for efficiency. Meanwhile, the sensitivity test using qPCR on the Cytb gene is forming a standard curve with a value of y= -2.7222x + 32.196 and R2= 0.9867, and LoD of 1 pg/uL. The linearity value (0.9867) is within the standard range, but the efficiency value (132.99%) exceeds the good percentage range as a result of the possibility of inappropriate serial dilution concentrations and an unoptimal protocol. The Cytb gene has a better sensitivity range than the ACTB gene. The overall result graph forms a sigmoid curve which is valid as a qPCR test result. Therefore, based on the in silico specificity and in vitro sensitivity tests, it can be concluded that the Cytb gene has the potential to be used as an alternative target gene as a halal kit development.

Abstrak :
Kanker kolorektal adalah kanker yang berlokasi dibagian kolon atau rektum dengan indikasi awal adalah keberadaan polip non-kanker. Kanker kolorektal menempati urutan ketiga sebagai kanker ganas dan urutan kedua dengan tingkat mortalitas tertinggi di tingkat dunia. Peningkatan morbiditas kanker kolorektal tercatat pada orang dewasa berusia 30-40 tahun. Prevalensi dan urgensi deteksi dini kanker kolorektal diperlukan untuk mendapatkan hasil diagnosis kanker sebagai solusi pengobatan kanker. Gen MDR1 sebagai gen penghabisan obat membentuk resistensi terhadap pengobatan yang menyebabkan kegagalan dalam kemoterapi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ekspresi gen MDR1 pada kanker kolorektal. Penelitian ini menggunakan metode qPCR yang bersifat spesifik dan sensitif pada satu target. Berdasarkan hasil qPCR diperoleh di antara 10 penderita kanker kolorektal terdapat 6 penderita yang positif terdeteksi gen MDR1 dan 4 penderita tidak mengekspresikan gen MDR1. Khususnya, ekspresi mRNA tertinggi diamati pada penderita yang telah mengalami metastasis terutama menuju hepar. Secara statistik, pengujian menggunakan Shapiro-Wilk (0,049 < 0,05) menyatakan data tidak terdistribusi normal antara kelompok jaringan normal dan kanker kolorektal. Sedangkan, pada uji Mann Whitney U (0,065 > 0,05) tidak terdapat perbedaan signifikan antara jaringan normal dan jaringan kanker kolorektal. Rekomendasi selanjutnya adalah dengan menggunakan sampel lebih banyak untuk melihat pola ekspresi gen. ......Colorectal cancer is cancer located in the colon or rectum with the initial indication is the presence of non-cancerous polyps. Colorectal cancer ranks third as a malignant cancer and ranks second with the highest mortality rate in the world. The increase in colorectal cancer recorded in adults aged 30-40 years. The prevalence and urgency of early detection of colorectal cancer is obtained to get the results of a cancer diagnosis as a cancer treatment solution. The MDR1 gene as a drug efflux forms resistance to treatment causes failure in chemotherapy. This study aims to determine the expression of the MDR1 gene in colorectal cancer. This study uses the qPCR method which is specific and sensitive to one target. Based on the qPCR results, it was found that among 10 patients with colorectal cancer, there were 6 patients who were positive for the MDR1 gene and 4 patients were negative the MDR1 gene. In particular, the highest mRNA expression was observed in patients who had metastasized mainly to the liver. Statistically, the Shapiro-Wilk test (0.049 < 0.05) stated that the data were not normally distributed between the normal tissue groups and colorectal cancer. Meanwhile, the Mann Whitney U test (0.065 > 0.05) means that there is no significant difference between normal tissue and colorectal cancer tissue. The next recommendation is to use more samples to see the pattern of gene expression.

Abstrak :
ABSTRAK Latar Belakang: Salah satu spesies bakteri pemicu penyakit periodontal adalah Treponema lecithinolyticum (T. lecithinolyticum). Pengambilan sampel mikrobiologi dapat dilakukan dengan dua metode yaitu absorption menggunakan paper point dan kerokan menggunakan kuret. Metode: Subjek penelitian terdiri dari 5 orang pasien periodontitis dengan 20 sampel mikrobiologi. Kuantitas T. lecithinolyticum dan korelasinya dengan parameter klinis (kedalaman poket, kehilangan perlekatan, pendarahan papila), masing-masing dianalisis dengan menggunakan qPCR, uji T-test independent, uji korelasi Spearman dan Pearson. Hasil: Kedua metode masing-masing menunjukan adanya korelasi positif antara kuantitas T. lechitinolyticum dan kedalaman poket maupun dengan kehilangan perlekatan, namun kedua metode menunjukan tidak terdapat korelasi yang signifikan antara kuantitas bakteri dan pendarahan papila. Kesimpulan: Kedua metode pengambilan sampel menunjukan efektifitas yang sama, namun terdapat perbedaan korelasi antara kuantitas T. lechitinolyticum dengan keparahan periodontitis berdasarkan metode pengambilan sampel mikrobiologi.

---

ABSTRACT Background: One species of bacteria that triggers periodontal disease is Treponema lecithinolyticum (T. lecithinolyticum). Microbiological sampling can be done in two methods, namely absorption using paper points and scrapings using curettes. Aim: To analyze the relationship between T. lecithinolyticum and the severity of periodontitis through two methods of taking subgingiva dental plaque. Methods: The research subjects consisted of 5 periodontitis patients with 20 microbiological sampels. Quantity of T. lecithinolyticum and its correlation with clinical parameters (pocket depth, loss of attachment, papillary bleeding), each analyzed using qPCR, independent T-test, Spearman and Pearsons correlation test. Result: Both methods showed a positive correlaton between the quantity of T. lecithinolyticum and pocket depth also loss of attachment, but the two methods showed no significant correlation between the quantity of bacteria and papillary bleeding. Conclusion: Both sampling methods showed the same effectiveness, but there were differences in the correlation between the quantity of T. lecithinolyticum and the severity of periodontitis based on the microbiological sampling method.