Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
DNA Sequencing by Hybridization (DNA SBH) adalah suatu proses pembentukan barisan nukleotida suatu rantai DNA dari kumpulan fragmen yang disebut spektrum. Spektrum tersebut diperoleh dari proses biokimia yang disebut hibridisasi. DNA SBH dapat dipandang sebagai masalah optimisasi yang dapat diselesaikan dengan menggunakan algoritma genetik. Prinsip kerja algoritma genetik berdasarkan pada teori evolusi Charles Darwin. Pada skripsi ini akan dibahas penerapan kinerja algoritma genetik pada DNA SBH. Terdapat tiga tahapan penting dalam algoritma genetik, yakni proses seleksi, crossover, dan mutasi. Jenis metode yang digunakan pada proses seleksi, crossover, dan mutasi secara berturut-turut adalah metode yang merupakan kombinasi antara roulette wheel dan deterministic, structured crossover, dan swap mutation. Kinerja algoritma genetik akan diuji dengan menggunakan data dari Gen Bank dan masalah DNA SBH yang dibuat secara acak. Selain itu juga akan dilihat pengaruh perubahan nilai probabilitas crossover (c) dan probabilitas mutasi (m) terhadap kinerja algoritma genetik untuk DNA SBH. Berdasarkan hasil percobaan diperoleh bahwa algoritma genetik cukup baik digunakan pada DNA SBH. Selain itu, perubahan nilai probabilitas crossover (c) dan probabilitas mutasi (m) ternyata mempengaruhi kinerja algoritma genetik dalam memperoleh solusi.

Abstrak :
ABSTRAK
Hiperbilirubinemia tidak terkonjugasi merupakan kondisi dimana kadar total serum bilirubin (TSB) lebih dari sama dengan 5 mg per dL dan biasanya terjadi pada 60% bayi sehat lahir cukup bulan dan 80% bayi lahir kurang bulan. Kadar TSB yang meningkat hingga 20-25 mg per dL dapat menyebabkan gangguan neurologis (kernikterus) karena fraksi bebas bilirubin tidak terkonjugasi dapat melewati sawar darah otak. Peningkatan kadar bilirubin tidak terkonjugasi dapat disebabkan oleh peningkatan sirkulasi enterohepatik. Mikrobiota pencernaan memiliki peran penting dalam menurunkan sirkulasi enterohepatik dengan mereduksi bilirubin tidak terkonjugasi menjadi urobilinogen yang selanjutnya akan dimetabolisme tubuh. Profil mikrobiota pencernaan neonatus memiliki asosiasi dengan risiko perkembangan hiperbilirubinemia. Informasi mengenai profil mikrobiota pencernaan neonatus dengan hiperbilirubinemia tidak terkonjugasi pada populasi di Indonesia masih langka. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan gambaran awal profil mikrobiota pencernaan dari mekonium neonatus dengan hiperbilirubinemia tidak terkonjugasi di Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo (RSCM). Penelitian observasional dengan pendekatan cross sectional dilakukan dengan memilih sebanyak masing-masing 3 sampel neonatus dengan total serum bilirubin ³ 5 mg/dL dan < 5 mg/dL serta dilahirkan pada periode Februari-Maret 2019. Mekonium neonatus dikultur secara mikrobiologi pada medium selektif dan nonselektif kemudian dilakukan identifikasi media selektif, morfologi koloni, mikroskopik, dan molekuler dengan Polymerase Chain Reaction-16s rRNA Sanger Sequencing (PCR-sequencing). Data klinis neonatus diperoleh dengan pencatatan rekam medik di RSCM. Profil mikrobiota terkulturkan dari mekonium neonatus dengan hiperbilirubinemia tidak terkonjugasi di Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo terdiri dari filum Firmicutes yang didominasi oleh genus Staphylococcus (50%) diikuti oleh Bacillus (37,5%) dan Enterococcus (12,5%) sedangkan neonatus normal terdiri dari filum Firmicutes yang didominasi oleh genus Staphylococcus (58,34%) diikuti oleh Bacillus (25%), Streptococcus (8,33%), dan Enterococcus (8,33%). Profil mikrobiota mekonium neonatus dengan hiperbilirubinemia tidak terkonjugasi dan normal didominasi oleh genus Staphylococcus (anaerob fakultatif) yang berpotensi sebagai patogen. Profil mikrobiota mekonium neonatus dengan hiperbilirubinemia tidak terkonjugasi (TSB ³ 5 mg/dL) memiliki keberagaman lebih rendah dibandingkan neonatus normal (TSB < 5 mg/dL) khususnya neonatus dengan metode persalinan caesar.

---

ABSTRACT
Unconjugated hyperbilirubinemia is a condition where total serum bilirubin (TSB) levels are greater than or equal to 5 mg per dL and usually affects up to 60% healthy term neonates and 80% preterm neonates. Increased TSB levels up to 20-25 mg per dL can cause neurological disorders (kernicterus) because the free fraction of unconjugated bilirubin can cross the blood-brain barrier. Increased unconjugated bilirubin concentration is due to increased enterohepatic circulation. Gut microbiota has an important role in reducing the enterohepatic circulation by transforming unconjugated bilirubin to urobilinogen which will be metabolized by the body. The neonates gut microbiota profile is associated with the risk of hyperbilirubinemia. Information regarding gut microbiota profile of neonates with unconjugated hyperbilirubinemia in Indonesian population is scarce. The purpose of this study was to get a preliminary description of gut microbiota profile from neonates meconium with unconjugated hyperbilirubinemia at Cipto Mangunkusumo Hospital (RSCM). Observational study with the cross-sectional design was conducted by selecting 3 samples each from neonates with TSB ³ 5 mg/dL and < 5 mg/dL and born in February-March 2019. Neonates meconium was cultured microbiologically on selective and nonselective media and identified based on selective media, morphology, microscopy, and molecular by Polymerase Chain Reaction-16s rRNA Sanger Sequencing (PCR-sequencing). Clinical data of neonates were obtained from the medical record at RSCM. Cultured microbiota profiles from neonates meconium with unconjugated hyperbilirubinemia consisted of Firmicutes which was dominated by Staphylococcus (50%) followed by Bacillus (37,5%) and Enterococcus (12,5%) whereas normal neonates meconium consisted of Firmicutes which was dominated by Staphylococcus (58,34%) followed by Bacillus (25%), Streptococcus (8,33%), and Enterococcus (8,33%). Microbiota profiles from neonates meconium with and without unconjugated hyperbilirubinemia were dominated by Staphylococcus (facultative anaerobe) with pathogenic potential. The meconium microbiota profile of neonates with unconjugated hyperbilirubinemia (TSB ³ 5 mg/dL) had lower diversity than normal neonates (TSB < 5 mg/dL), especially cesarean-born infants.

Abstrak :
ABSTRAK
Gen Maturase-K (matK) merupakan gen yang terdapat pada kloroplas. matK digunakan sebagai penanda untuk melihat variasi genetik kakao Trinitario dan Forastero asal Indonesia dan introduksi. Sampel kakao yang digunakan dalam penelitian adalah Sul-1, MCC-01, dan Pa-191 yang merupakan varietas Forastero serta HJ-5 dan PB-1 yang merupakan Trinitario. Hasil penelitian menunjukkan urutan basa nukleotida daerah matK pada kelima sampel berhasil diketahui dan terdapat perbedaan basa nukleotida daerah matK yang diamplifikasi dengan primer mac02 pada sampel Sul-1 dan Pa-191 dan dengan primer mac09 pada sampel PB-1. Data yang diperoleh dibentuk menjadi dendogram yang menunjukkan bahwa terjadi pengelompokkan antara kakao varietas Trinitario dan Forastero.

---

ABSTRACT
Maturase-K gene (matK) is a gene found in chloroplast. The matK used as a marker to determine genetic variation of Indonesian’s Trinitario and Forastero cacao and cacao’s introduced from England. Samples of cacao used in the study are Sul-1, MCC-01, and Pa-191 grouped as Forastero and HJ-5 and PB-1 grouped as Trinitario. The results of research showed that matK’s sequence of the five samples has successfully identified and there were variations in nucleotides sequence of matK which were amplified by mac02 primer on Sul-1 and Pa-191 and by mac09 primer on PB-1. Subsequently, the data obtained were formed into dendogram grouped between Trinitario and Forastero.

Abstrak :
Suhu permukaan bumi umumnya berbeda sesuai lokasi geografis, salah satunya dipengaruhi oleh ketinggian wilayah. Wilayah Universitas Indonesia UI terletak pada ketinggian 50--140 m dpl dengan suhu rata-rata 28,6 C, sementara wilayah Kebun Raya Cibodas KRC terletak pada ketinggian 1.300--1.425 m dpl dengan suhu rata-rata 20,06oC. Perbedaan suhu diduga dapat memengaruhi respons tumbuhan seperti ekspresi gen heat shock protein Hsp 70. Penelitian bertujuan untuk mengetahui ekspresi gen Hsp70 pada Emilia sonchifolia dan Sphagneticola trilobata yang berasal dari UI dan KRC. Penelitian dilakukan dengan mengisolasi RNA dari daun muda Emilia sonchifolia dan Sphagneticola trilobata UI dan KRC, diubah menjadi complementary DNA cDNA dengan tektik reverse transcription, dan diamplifikasi dengan teknik polymerase chain reaction PCR menggunakan primer Hsp70 Arabidopsis thaliana. Hasil amplifikasi kemudian di-sequencing dan dianalisis dengan teknik in-silico. Hasil amplifikasi menunjukkan bahwa terdapat produk parsial gen Hsp70. Penyejajaran urutan basa nukleotida antara keempat sampel yang diteliti dengan gen Hsp70 dari spesies referensi Arabidopsis thaliana menunjukkan adanya kesamaan secara parsial, dan perbedaan satu basa nukleotida posisi ke-65 yang tidak berpengaruh pada perubahan asam amino. Hasil penelitian mengindikasikan bahwa gen Hsp70 terekspresi pada Emilia sonchifolia dan Sphagneticola trilobata yang tumbuh di UI dan KRC. ......The temperature of earth surface is generally different according to geographical location, one of which is influenced by the altitude. Universitas Indonesia UI is located at an altitude of 50 140 m amsl with an average temperature of 28.6 C, while Kebun Raya Cibodas KRC located at an altitude of 1.300 1.425 m amsl with an average temperature of 20,06 C. Temperature differences are thought to affect plant responses, such as the expression of heat shock protein Hsp 70 genes. The research aims to find out the expression of Hsp70 genes on Emilia sonchifolia and Sphagneticola trilobata derived from UI and KRC. The study was conducted by isolating RNA from young leaves of Emilia sonchifolia and Sphagneticola trilobata collected from UI and KRC, then converted into complementary DNA cDNA. The cDNA product was further amplified by polymerase chain reaction PCR using Hsp70 Arabidopsis thaliana primer. The amplification products then sequenced and analyzed by in silico techniques. The results of amplification show that there is partial product of the Hsp70 gene. The sequencing results show a nucleotide variation in the 65th base which has no effect on amino acid changes. The results indicate Hsp70 gene is expressed in Emilia sonchifolia and Sphagneticola trilobata grown in UI and KRC.

Abstrak :
Kanker kolorektal merupakan salah satu kanker yang paling umum terjadi di Indonesia. Mutasi gen KRAS banyak terjadi pada kanker kolorektal dan diduga berkaitan dengan berkembangnya kanker tersebut. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui jenis mutasi gen KRAS pada ekson 2 kodon 12 dan 13 pada spesimen jaringan kanker kolorektal menggunakan metode Sanger sequencing. Sampel jaringan segar dari 50 pasien di Rumah Sakit Kanker Dharmais yang sudah terkonfirmasi kanker kolorektal oleh dokter patologi anatomi dikumpulkan di Laboratorium Biobank Rumah Sakit Kanker Dharmais. Sampel dikoleksi dari tahun 2018-2020. Hasil penelitian menunjukkan terdapat 13 sampel terdeteksi positif mutasi titik pada ekson 2 kodon 12 (9) dan kodon 13 (4). Mutasi pada kodon 12 ditemukan 2 jenis yaitu GGT>GAT dan GGT>GCT. Mutasi pada kodon 13 ditemukan 2 jenis yaitu GGC>GAC dan GGC>GCC. Berdasarkan hasil yang didapatkan, dapat disimpulkan bahwa terdapat 4 jenis mutasi yang ditemukan pada penelitian ini ......Colorectal cancer is one of the most occurred cancers in Indonesia. KRAS gene mutation often occurred in colorectal cancer and has been presumed to be related to development of this cancer. The aim of this study is to discover the mutation types of the KRAS gene exon 2 codon 12 and 13 in colorectal cancer tissue specimens in Dharmais Cancer Hospital. The fresh tissue from fifty patients in Dharmais Cancer Hospital confirmed colorectal cancer by pathology anatomy doctor were collected in Biobank Laboratory Dharmais Cancer Hospital. KRAS gene mutations were analyzed from fresh tissue using the Sanger Sequencing method. The result shows that 13 samples detected positive on KRAS gene mutation on exon 2 codon 12 (9) and codon 13 (4). Two types of KRAS gene mutation detected in codon 12 are GGT>GAT and GGT>GCT. Two types of KRAS gene mutation also detected in codon 13 are GGC>GAC and GGC>GCC. The conclusion of this study is four types of mutation has been discovered in this study.

Abstrak :
Latar Belakang : Multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) adalah masalah kesehatan masyarakat yang utama di dunia, termasuk di Indonesia. Analisis menggunakan whole-genome sequencing (WGS) masih jarang digunakan untuk investigasi penyakit TB dan MDR-TB di Indonesia. Tujuan: Mengevaluasi potensi penggunaan WGS untuk melakukan drug susceptibility testing (DST) dan mengetahui strain Mycobacterium tuberculosis resisten obat antituberkulosis di Jawa, Indonesia. Metode: Tiga puluh isolat MDR-TB dilakukan DST menggunakan Mycobacteria Growth Indicator Tube 960 (MGIT) dan WGS. Analisis filogenetika dilakukan menggunakan data dari WGS. Hasil DST yang didapatkan dengan menggunakan MGIT dan WGS dibandingkan. Hasil:. Kesesuaian antara WGS dan MGIT adalah 93,33% untuk rifampicin, 83,33% untuk isoniazid, dan 76,67% untuk streptomycin tetapi hanya 63,33% untuk ethambutol. Kesesuaian yang moderat ditemukan pada obat antituberkulosis lini kedua termasuk amikacin, kanamycin, dan fluoroquinolone (73,33%-76,67%). MDR-TB lebih sering ditemukan pada isolat yang berasal East Asian Lineage (63,33%). Kesimpulan: Penelitian ini menunjukkan penerapan dari WGS untuk DST dan epidemiologi molekular dari TB resisten obat di Jawa, Indonesia. ......Background: Multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) is a major public health problem globally, including in Indonesia. Whole-genome sequencing (WGS) analysis has rarely been used for the study of TB and MDR-TB in Indonesia. Aim: We evaluated the use of WGS for drug susceptibility testing (DST) and to investigate population structure of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis in Java, Indonesia. Method: Thirty suspected MDR-TB isolates were subjected to MGIT-960 system (MGIT)-based DST and WGS. Phylogenetic analysis was done using the WGS data. Results obtained using MGIT-based DST and WGS-based DST were compared. Result: Agreement between WGS and MGIT was 93.33% for rifampicin, 83.33% for isoniazid and 76.67% for streptomycin but only 63.33% for ethambutol. Moderate WGS-MGIT agreement was found for second-line drugs including amikacin, kanamycin, and fluoroquinolone (73.33-76.67%). MDR-TB was more common in isolates of the East Asian Lineage (63.33%). Conclusion: This study demonstrated the applicability of WGS for DST and molecular epidemiology of DR-TB in Java, Indonesia.

Abstrak :
A rapid and simple to amplify genomic DNA sequences nanking mini-Tn5 transposon insertion was developed.....