Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Mikroba endofit adalah mikroorganisme yang hidup dalam jaringan tanaman tanpa merugikan inangnya. Mereka mampu menghasilkan berbagai enzim dan metabolit bioaktif, termasuk enzim fibrinolitik yang penting untuk terapi penyakit kardiovaskular seperti trombosis. Enzim ini bekerja dengan mengaktifkan plasminogen menjadi plasmin atau langsung mendegradasi fibrin, sehingga dapat melarutkan gumpalan darah. Dibandingkan dengan sumber lain, mikroorganisme sebagai penghasil enzim fibrinolitik memiliki beberapa keunggulan seperti mudah untuk dikultivasi, produksi cepat, dan tidak tergantung musim.Penelitian ini mengidentifikasi dua bakteri endofit dari daun pepaya (Carica papaya L.), yaitu Bacillus cereus strain BFP 1 dan B. subtilis strain BFP 2, melalui analisis molekuler berbasis 16S rRNA. Kedua strain bakteri tersebut memiliki aktivitas fibrinolitik optimal pada suhu 50–60 °C dan pH 7,0–9,0. Enzim fibrinolitik ini tergolong kedalam serine protease, yang aktivitasnya dihambat oleh inhibitor seperti PMSF dan TPCK, namun aktivitasnya dapat meningkat dengan adanya penambahan ion Cu2+. Berdasarkan analisis genom, kedua menunjukkan keberadaan gen pengkode protein fibrinolitik seperti vpr, aprN, wprA, dan bpr. Gen pengkode tersebut dapat dianalisis lebih lanjut mengenai struktur proteinnya melalui rekonstruksi struktur 3D.Rekonstruksi struktur 3D gen pengkode protein memiliki resolusi belum cukup baik untuk menghasilkan model struktur yang detail, dikarenakan protein-protein tersebut belum termurnikan dengan baik, sehingga memerlukan proses pemurnian lebih lanjut. Penemuan yang didapat dari penelitian ini memberikan informasi baru tentang enzim fibrinolitik dari bakteri endofit tanaman pepaya, yang berpotensi dikembangkan sebagai agen trombolitik untuk terapi kardiovaskular.

---

Endophytic microbes live in plant tissues without harming their host. They are capable of producing various bioactive enzymes and metabolites, including fibrinolytic enzymes, which are important for the therapy of cardiovascular diseases such as thrombosis. These enzymes work by activating plasminogen into plasmin or directly degrading fibrin, thereby dissolving blood clots. Compared to other sources, microorganisms as producers of fibrinolytic enzymes have several advantages, such as being easy to cultivate, having fast production, and being independent of season.

This study identified two endophytic bacteria from papaya (Carica papaya L.) leaves, namely Bacillus cereus strain BFP 1 and B. subtilis strain BFP 2, through 16S rRNA-based molecular analysis. Both bacterial strains have optimal fibrinolytic activity at 50-60°C and pH 7.0-9.0. This fibrinolytic enzyme belongs to serine protease, whose activity is inhibited by inhibitors such as PMSF and TPCK, but its activity can be increased by the addition of Cu²⁺ ions. Based on genome analysis, both showed the presence of fibrinolytic protein-coding genes such as vpr, aprN, wprA, and bpr. These coding genes can be further analyzed regarding their protein structure through 3D structure reconstruction.

Reconstruction of the 3D structure of protein-coding genes has a resolution that is not good enough to produce a detailed structural model because these proteins have not been purified properly, so they require further purification processes. The findings obtained from this study provide new information about fibrinolytic enzymes from papaya plant endophytic bacteria, which have the potential to be developed as thrombolytic agents for cardiovascular therapy."

"Resistensi antibiotik merupakan tantangan besar yang dialami oleh sektor kesehatan. Pengembangan berbagai antibiotik baru seperti lantibiotik merupakan salah satu cara untuk mengatasi tantangan ini. Pada penelitian in vitro sebelumnya, Streptococcus macedonicus MBF10-2 diprediksi memiliki Bacteriocin Like Inhibitory Substance (BLIS) berupa lantibiotik dengan mekanisme aksi pembentukan pori. Bacteriocin Like Inhibitory Substance yang dihasilkan belum diketahui secara spesifik jenisnya sehingga pada penelitian kali ini dilakukan identifikasi jenis lantibiotik dan mekanisme aksinya pada tingkat molekuler secara in silico. Identifikasi dilakukan dengan cara menyejajarkan sekuens dengan berbagai pustaka lantibiotik. Setelah teridentifikasi, dilakukan sekuensing dari hasil ekstraksi DNA lantibiotik yang telah diamplifikasi untuk mendeteksi keberadaan mutasi pada sekuens. Penelitian mengenai mekanisme aksi tingkat molekuler dari lantibiotik ini dilakukan dengan pembuatan model struktur tiga dimensi menggunakan metode template-based dan de novo. Hasil model kemudian dievaluasi dan ditambatkan dengan lipid II yang merupakan molekul prekursor pada sintesis dinding sel bakteri untuk melihat potensi interaksinya. Hasil identifikasi menunjukkan bahwa lantibiotik yang dihasilkan oleh Streptococcus macedonicus MBF10-2 adalah salivaricin 9. Terdapat 4 model salivaricin 9 dengan hasil evaluasi terbaik diantara model lainnya yang digunakan dalam penambatan molekuler, yaitu Sal9.3, Sal9.5, Sal9.6, dan Sal9.7. Hasil penambatan menunjukkan bahwa model salivaricin 9 memiliki potensi interaksi dengan lipid II, terutama pada cincin A dan C nya. Hasil penambatan ini kemudian dibandingkan dengan hasil penambatan lipid II dengan nisin sebagai referensi. Untuk mengonfirmasi potensi yang dihasilkan oleh salivaricin 9 terhadap lipid II, maka diperlukan uji in vitro lebih lanjut.

---

Antibiotic resistance is a major challenge faced by health sector. Development of various new antibiotics such as lantibiotics is one method to overcome the issue. In recent in vitro studies, Streptococcus macedonicus MBF10-2 was predicted to have unknown Bacteriocin Like Inhibitory Substance (BLIS) as lantibiotics with pore-forming mechanism of action. Therefore, this study aims to identify lantibiotic produced by Streptococcus macedonicus MBF10-2 and its molecular level of mechanism of action by in silico method. Identification was done by aligning the sequences with various lantibiotic sequences. Once identified, sequencing of the amplified DNA extraction was carried out to detect the presence of mutations before continuing the study. Research on the molecular mechanism of action begins with template-based and de novo protein structure modelling. Models then evaluated and docked with lipid II which is a precursor molecule in bacterial cell wall synthesis to see its potential interactions. Salivaricin 9 was identified as lantibiotic produced by Streptococcus macedonicus MBF10-2. There are 4 models of salivaricin 9 with the best evaluation results among the others used in molecular docking, namely Sal9.3, Sal9.5, Sal9.6, and Sal9 .7. Docking results showed salivaricin 9 models has the potential for interaction with lipid II, especially in ring A and C. Results of these docking then compared with another lantibiotic target such as nisin. To confirm the potency of salivaricin 9 against lipid II, further in vitro tests are needed."