Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Adanya kuman patogen di daerah nasofaring merupakan faktor risiko untuk pnemonia. Menurut badan kesehatan sedunia (WHO), di komunitas, untuk melakukan uji resistensi terhadap berbagai antimikroba, sebaiknya spesimen diambil dengan apus nasofaring. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui pola bakteri yang ada di nasofaring balita penderita pnemonia dan resistensi kuman terhadap kotrimoksasol. Penelitian ini dilaksanakan di 4 Puskesmas di Kecamatan Majalaya, Kabupaten Bandung, Jawa Barat, Indonesia. Semua anak dengan batuk dan /atau kesulitan bernafas dan diklasifikasikan sebagai pnemonia tidak berat menurut pedoman WHO, diikut sertakan pada penelitian. Apus nasofaring (sesuai pedoman CDC/WHO manual) dilakukan oleh dokter yang terlatih dan spesimen ditempatkan ke dalam media Amies transport, dan disimpan dalam termos, sebelum kemudian dibawa ke laboratorium untuk pemeriksaan selanjutnya, pada hari yang sama. Selama 9 bulan terdapat 698 anak dengan gejala klinis pnemonia tidak berat, yang diikut sertakan dalam penelitian. Sebanyak 25,4% (177/698) spesimen menunjukkan hasil isolat positif, 120 (67,8%) positif untuk S pneumoniae, masing-masing 21 untuk S epidermidis dan alpha streptococcus, 6 untuk Hafnia alvei, 5 untuk S aureus, 2 (1,13%) untuk B catarrhalis dan masing-masing 1 (0,6%) untuk H influenzae dan Klebsiella. Hasil uji resistensi S pneumonia terhadap kotrimoksasol menunjukkan 48,2% resisten penuh dan 32,7% resisten intermediate. Hasil ini hampir sama dengan penelitian lain di Asia. Tampaknya H influenzae tidak merupakan masalah, akan tetapi penelitian lebih lanjut perlu dilakukan. (Med J Indones 2002; 11: 164-8)

---

Pathogens in nasopharynx is a significant risk factor for pneumonia. According to WHO, isolates to be tested for antimicrobial resistance in the community should be obtained from nasopharyngeal (NP) swabs. The aim of this study is to know the bacterial patterns of the nasoparynx and cotrimoxazole resistance in under five-year old children with community acquired pneumonia. The study was carried out in 4 primary health clinic (Puskesmas) in Majalaya sub-district, Bandung, West Java, Indonesia. All underfive children with cough and/or difficult breathing and classified as having non-severe pneumonia (WHO guidelines) were included in the study. Nasopharyngeal swabs (CDC/WHO manual) were collected by the field doctor. The swabs were placed in Amies transport medium and stored in a sterile jar, before taken to the laboratory for further examination, in the same day. During this nine month study, 698 children with clinical signs of non-severe pneumonia were enrolled. About 25.4% (177/698) of the nasopharyngeal specimens yielded bacterial isolates; i.e. 120 (67.8%) were positive for S pneumoniae, 21 for S epidermidis and alpha streptococcus, 6 for Hafnia alvei, 5 for S aureus, 2 for B catarrhalis, and 1(0.6%) for H influenzae and Klebsiella, respectively. The antimicrobial resistance test to cotrimoxazole showed that 48.2% of S pneumoniae strain had full resistance and 32.7% showed intermediate resistance to cotrimoxazole. This result is almost similar to the other studies from Asian countries. It seems that H influenzae is not a problem in the study area, however, a further study is needed. (Med J Indones 2002; 11: 164-8)"

"ABSTRAKAntibiotik profilaksis pada tindakan biopsi prostat transrectal ultrasound (TRUS) diberikan untuk mengurangi komplikasi infeksi. Antibiotik profilaksis yang digunakan di RSUPNCM adalah fluorokuinolon tetapi terdapat tren peningkatan resistensi. Belum tersedia data mengenai profil bakteri dan antibiogram pada swab rektal biopsi prostat di RSUPNCM sebagai acuan profilaksis dan terapi infeksi pasca biopsi prostat.Penelitian ini bertujuan mendapatkan data profil bakteri dan antibiogram swab rektal pasien biopsi prostat, serta mendapatkan data jumlah pasien yang mengalami komplikasi infeksi pasca biopsi prostat di RSUPNCM.Desain penelitian adalah kohort prospektif. Menggunakan swab rektal dari 47 pasien biopsi prostat di Departemen Urologi RSUPNCM. Didapatkan bakteri Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Enterococcus faecium, Acinetobacter haemolyticus, Morganella morganii ss morganii, dan Enterococcus faecalis. Antibiotik yang memiliki sensitvitas tinggi gentamicin, amikacin, ampicillin sulbactam, amoxicillin clavulanat, ceftazidime, piperacillin tazobactam, cefepime, imipenem, doripenem, meropenem, dan ertapenem. Antibiotik yang menunjukkan resistensi tinggi cephalothin, cefotaxime, ceftriaxone, dan cefoperazone. Keluhan subyektif demam didapatkan pada 7 pasien dan tidak terdapat rawat inap ke rumah sakit. Tidak direkomendasikan pemberian fluorokuinolon sebagai antibiotik profilaksis pada tindakan biopsi prostat di RSUPNCM. Pemberian antibiotik profilaksis sebaiknya dengan profilaksis target berdasarkan hasil kultur dan resistensi swab rektal. Apabila tidak dapat dilakukan maka antibiotik profilaksis yang dapat direkomendasikan adalah amoxicillin clavulanat dan ertapenem.

---

ABSTRACT

Prophylaxis antibiotics in trans rectal ultrasound prostate biopsy is given to reduce infection complication. The recent antibiotics in Doctor Cipto Mangunkusumo hospital is fluoroquinolone that showing increasing resistance trends. Bacterial profile and antibiogram of rectal swab patient underwent prostate biopsy is not available. This data is needed as a guidance of

prophylaxis antibiotics and post biopsy infection therapy in prostate biopsy.

This research aimed to obtain those data, and number of patient with infection complication post prostate biopsy.

Research design was prospective cohort. Swab rectal is collected from 47 patients underwent prostate biopsy in Doctor Cipto Mangunkusumo Hospital. Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Enterococcus faecium, Acinetobacter haemolyticus, Morganella morganii ss morganii, and Enterococcus faecalis were found. Antibiotics with high susceptible gentamicin, amikacin, ampicillin sulbactam, amoxicillin clavulanat, ceftazidime, piperacillin tazobactam, cefepime, imipenem, doripenem, meropenem, and ertapenem. Antibiotics with high resistance cephalothin, cefotaxime, ceftriaxone, and cefoperazone. Subjective complaints of fever were found in 7 patients. Fluoroquinolone is not recommended as prophylaxis antibiotics in trans rectal ultrasound prostate biopsy. The targeted prophylaxis antibiotics based on rectal swab culture and resistance test should be done. If this test cannot be done, we suggest the use of amoxicillin clavulanat and ertapenem as recommended prophylaxis antibiotics."

"Coronavirus disease atau COVID-19 merupakan pandemi global yang mudah menular melalui droplet dan populasi yang paling berisiko adalah lansia dengan tingkat kematian akibat COVID-19 di Indonesia per 27 Juni 2020 adalah sebanyak 42,9%. Hal tersebut dapat menimbulkan kecemasan tersendiri bagi lansia, terlebih lagi secara psikologis lansia lebih mudah cemas daripada populasi lain. Kecemasan diketahui merupakan salah satu faktor penting penyebab kerentanan terinfeksi Coronavirus. Maka dari itu penulisan ini dibuat untuk menemukan gambaran ansietas pada 10 lansia sebelum tindakan swab PCR SARS CoV-2 di RSUI. Data yang dipakai adalah data umum, data skrining COVID-19, riwayat penyakit dalam, riwayat merokok, dan kuesioner kecemasan menggunakan Geriatric Anxiety Inventory Short Form (GAI-SF). Berdasarkan data yang didapatkan, terdapat banyak faktor yang mungkin mempengaruhi munculnya ansietas pada lansia seperti kecemasan terhadap hasil swab PCR. Hasil pengkajian GAI-SF juga menyatakan bahwa semua lansia mengalami ansietas dengan dua diantaranya memiliki gejala GAD. Antar pasien juga memiliki beberapa kesamaan terkait COVID-19 dan hubungannya dengan kecemasan. Sebagai kesimpulan, masalah ansietas pada lansia terkait COVID-19 sebelum tindakan swab PCR memiliki nilai yang tinggi disebabkan karena beberapa faktor sehingga perlu diberikan rekomendasi khusus. Penulis merekomendasikan penyediaan kursi prioritas untuk lansia, bilik swab khusus lansia dengan aromaterapi dan musik relaksasi jika memungkinkan, dan edukasi terkait COVID-19 oleh perawat melalui selebaran maupun follow up secara daring.

---

Coronavirus disease or called COVID-19 is a global pandemic that is easily transmitted through droplets and the population with higher risk of it are the elderly within death rate in Indonesia per June 27, 2020 is 42.9%. This problem can cause anxiety in the elderly even more as psychologically the elderly are more vulnerable to feel anxious than other populations. Whereas anxiety is one of the important factors causing decreased immunity which makes the elderly more susceptible to Coronavirus. Therefore, this paper was made to find an overview of anxiety in 10 elderly people before the swab polymerase chain reaction severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 or swab PCR SARS CoV-2 procedure at RSUI. The data used are general data, COVID-19 screening data, history disease, smoking history, and anxiety questionnaires using Geriatric Anxiety Inventory Short Form (GAI-SF). Based on the data obtained, there are many factors that might influence the emergence of anxiety in the elderly such as anxiety about the swab PCR results. The results of the GAI-SF also stated that all respondents were experiencing anxiety with two of them were having general anxiety disorder symptoms. Furthermore, inter-patients also have some similarities related to COVID-19 and anxiety. In conclusion, the anxiety problem among elderly related to COVID-19 before the swab PCR procedure has a high value due to several factors so that special recommendations for the elderly should be given. The recommendation are using priority seats for the elderly, special swab PCR’s room with aromatheraphy and music of relaxation if possible, and nurses could give COVID-19 educations through flyer or follow up them within online educations"

"Pendahuluan: COVID-19 telah dilaporkan menyebabkan berbagai gejala, termasuk gejala pernapasan dan gejala gastrointestinal seperti mual, muntah, dan diare. Standar emas untuk pengujian COVID-19 adalah RT-PCR menggunakan koleksi swab nasofaring. Namun, beberapa penelitian menunjukkan bahwa pengambilan swab nasofaring memiliki beberapa keterbatasan, terutama untuk mendeteksi gejala gastrointestinal. Salah satu variabel dalam pengujian RT-PCR adalah Nilai CT yang diketahui dapat meningkatkan spesifisitas pengujian. Namun, belum ada penelitian yang menghubungkan Nilai CT pasien dengan pengambilan sampel swab anal dengan gejala gastrointestinal terkait COVID-19. Metode: Penelitian ini menggunakan desain penelitian analitik, khususnya penelitian potong lintang. Data sekunder diperoleh dan diolah yang berisi data pribadi, pekerjaan, dan hasil CT Value. Analisis lebih lanjut dilakukan pada hubungan antara gejala gastrointestinal dan tingkat Nilai CT pada swab anal. Hasil: Distribusi tingkat Nilai CT responden berdasarkan cut off >25 untuk tinggi, dan <25 untuk rendah dan sedang. Dari 37 subjek, 1 orang (2,7%) memiliki Nilai CT rendah dan 36 pasien memiliki Nilai CT tinggi. Distribusi gejala subjek didapatkan 15 pasien (40,5%) tidak mengalami gejala gastrointestinal dan sebanyak 22 pasien (59,5%) mengalami gejala gastrointestinal. Gejala gastrointestinal umum yang dilaporkan pada pasien meliputi: mual (54,1%), muntah (18,9%), sakit perut (16,2%) dan diare (13,5%). Namun, tidak ada hubungan yang signifikan (p>0,05) antara Nilai CT pada pengambilan anal swab dengan gejala gastrointestinal pada pasien COVID-19. Kesimpulan: Hubungan antara Nilai CT pada pengambilan anal swab dengan gejala gastrointestinal pada pasien COVID-19 tidak menunjukkan hubungan yang signifikan. Penelitian lebih lanjut tentang faktor risiko yang mempengaruhi hasil nilai CT direkomendasikan.

---

Introduction: COVID-19 has been reported to cause a range of symptoms, including respiratory symptoms and gastrointestinal symptoms such as nausea, vomiting, and diarrhea. The gold standard for COVID-19 testing is RT-PCR using nasopharyngeal swab collection. However, several studies have shown that taking nasopharyngeal swabs have some limitation, particularly to detect gastrointestinal symptoms. One of the variables in RT-PCR testing is CT Value, which known can increase specifity of the test. However, there has been no study linking the CT Value of patients with anal swab sampling with COVID-19 related gastrointestinal symptoms. Methods: This study used an analytical research design, particularly a cross-sectional study. Secondary data were obtained and processed which contained personal data, work, and CT Value results. Further analysis was conducted on the relationship between gastrointestinal symptoms and the level of CT Value on anal swabs. Result: The distribution of respondents' CT Value levels were based on a cut off of >25 for high, and <25 for low and moderate. From 37 subjects, 1 person (2.7%) had a low CT Value and 36 patients had a high CT Value. The distribution of the subject's symptoms found 15 patients (40.5%) had no gastrointestinal symptoms and as many as 22 patients (59.5%) had gastrointestinal symptoms. Common gastrointestinal symptoms reported in patients include: nausea (54.1%), vomiting (18.9%), abdominal pain (16.2%) and diarrhea (13.5%). However, there was no significant relationship (p>0.05) between CT Value in anal swab taking and gastrointestinal symptoms in COVID-19 patients. Conclusion: The association between CT Value in anal swab taking and gastrointestinal symptoms in COVID-19 patients did not show a significant relationship. Further research on risk factors affecting the CT value results are recommended"

"Pendahuluan: Pemeriksaan baku emas swab nasoorofaring dengan metode Reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) merupakan prosedur diagnostik yang dilakukan pada pasien dengan suspek COVID-19. Metode lain yang digunakan yaitu dengan pemeriksaan serologi yang mulai terbentuk dalam beberapa hari hingga minggu.Tujuan: Untuk mengetahui hubungan antara hasil swab nasoorofaring dan uji serologi terhadap luaran pasien COVID-19 dalam evaluasi masa rawat 14 hariMetode: Analisis observasional kohort retrospektif terhadap pasien COVID-19 yang dirawat di RS Rujukan Respirasi Nasional Persahabatan, Jakarta, Indonesia secara total sampling diperoleh dari bulan Maret 2020 sampai Mei 2020. Kami meninjau rekam medis 132 pasien dengan diagnosis probable case dan confirmed case COVID-19 yang memenuhi kriteria inklusi.Hasil: Sebanyak 132 pasien yang termasuk dalam penelitian ini, didominasi oleh laki-laki sebanyak 51,5% dengan usia rerata 50,23 tahun. Derajat pneumonia berturut-turut yaitu derajat ringan, sedang, dan berat (17,4%, 57,6%, dan 25,0%). Proporsi pasien dengan komorbid sebanyak 71,2%. Proporsi penggunaan alat bantu napas terbanyak yaitu penggunaan kanula hidung (69,7%) diikuti berturut-turut oleh Ventilator, non rebreathing mask dan high flow nasal cannule (13,6%, 9,1% dan 7,6%).. Proporsi kematian sebesar 18,3%, dengan proporsi kematian pada confirmed case sebanyak 21,3% dan probable case sebanyak 19,3%. Tingkat kematian pada confirmed case berkorelasi terhadap jenis kelamin laki-laki (p =0,009), derajat pneumonia berat (p=0,000), penggunaan alat bantu napas bukan kanula hidung (p=0,000) dan komorbid (p=0,021). Tingkat kematian pada probable case berkorelasi dengan derajat pneumonia berat (p=0,000), penggunaan alat bantu napas bukan kanula hidung (p=0,000).Kesimpulan: Kombinasi penggunaan swab nasoorofaring dan hasil uji serologi dapat memprediksi luaran pasien COVID-19 dalam evaluasi masa rawat 14 hari. Derajat pneumonia berat dan penggunaan alat bantu napas bukan kanula hidung merupakan prediktor buruk terhadap luaran pasien COVID-19.

---

Introduction: Reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) to detect SARS- CoV-2 is a gold standard method in a patient with suspected COVID-19 and achievable by means of nasopharyngeal and oropharyngeal swab. Serological test is another method to detect the antibody which is produced in a several days or week.

Aims: To determine the association between nasooropharyngeal swab and serological test to predict the mortality of COVID-19 patient after 14-days admission.

Methods: We performed an observational retrospective cohort analysis of COVID-19 patients treated at National Respiratory Referral Hospital Persahabatan Jakarta, Indonesia. Subjects by means of total sampling were COVID-19 patients between March to May 2020. We reviewed the medical records of 132 patients categorized as probable and confirmed cases whom met the inclusion criteria. Their 14-days course of the treatment were observed.

Results: We included 132 patients, which dominated by males (51.5%) with mean age of

50.23 years old. Cases were mild pneumonia, moderate pneumonia, and severe pneumonia (17.4%, 57.6%, and 25.0%, respectively). Most patients presented with comorbidities (71,2%). Most patients required oxygen supplementation by nasal cannula (69.7%), followed by mechanical ventilator, non-rebreathing mask, and high flow nasal cannula (13.6%, 9.1%, and 7.6%, respectively). Patient deaths were 18.3%, including 21.3% among confirmed cases and 19.3% among probable cases. Mortality among confirmed case were correlated with male sex (p=0.009), severe pneumonia (p=0.000), supplemental oxygen delivery requiring device other than nasal cannula (p=0.000), and comorbidities (p=0.021). Mortality among probable cases were correlated with severe pneumonia (p=0.000), and supplemental oxygen delivery requiring device other than nasal cannula (p=0.000).

Conclusions: Combination of nasooropharyngeal swab and serological test results predicted the 14-days outcomes of COVID-19 patients. Severe pneumonia and supplemental oxygen delivery requiring device other than nasal cannula were predictors of poor COVID-19 outcomes as observed from our study."

"Latar BelakangKasus pertama di AS memperlihatkan adanya gejala saluran cerna juga dialami oleh penderita COVID-19. Penelitian di Cina didapatkan pasien dengan keluhan pernapasan yang disertai keluhan saluran cerna adalah 47% dan ada 3% pasien yang hanya dengan keluhan saluran cerna saja tanpa gejala pernapasan.Pada penelitian RT-PCR ternyata ditemukan hasil positif tidak hanya pada saluran napas namun juga pada spesimen lain termasuk feses (29-53,42%). Pada biopsi endoskopi beberapa kasus juga ditemukan adanya virus SARS CoV-2 pada lambung, duodenum, ileum, dan juga rektum. Sedangkan penelitian menggunakan spesimen anal swab didapatkan angka 52,6% hasil positif.Terdapat laporan kasus dimana hasil pemeriksaan PCR swab nasofaring negatif, namun ternyata swab anal menunjukkan hasil positif dan persisten selama 42 hari. Metode RT-PCR dengan spesimen swab anal diharapkan dapat menjadi alternatif selain spesimen dari naso-orofaring.TujuanPada penelitian ini akan menguji performa tes PCR swab anal jika dibandingkan dengan tes PCR swab naso-orofaring sebagai alat diagnosis Covid-19.MetodePopulasi target adalah adalah pasien suspek atau probable Covid-19, usia>18 tahun. Subyek dengan diare profuse, Hematokezia atau melena masif, luka di anal, tidak disertakan dalam penelitian. Pemeriksaan RT-PCR swab anal dilakukan dengan MiRXES Fortitude Kit 2.1HasilPenelitian ini berhasil mendapatkan data dari 136 subyek. Selama penelitian tidak didapatkan komplikasi dan keluhan dari pasien selama pengambilan sampel anal. Sensitivitas RT-PCR swab anal adalah 36,67% (IK 95%: 28,04 sampai 45,28%) dan spesifisitas 93,75% (IK 95%: 81,88 sampai 100%). Nilai duga positif didapatkan 97,78% (IK 95%: 93,47 sampai100%) dan nilai duga negatif sebesar 16,48% (IK 95%:8,86 sampai 24,10%).SimpulanRT-PCR Swab anal dapat menjadi uji konfirmasi yang baik pada kasus COVID 19 dengan spesifisitas 93,8% pada kasus suspek dan probable COVID 19. Swab anal juga aman untuk dikerjakan.

---

Background

The first US case of Covid 19 experiencing gastrointestinal disorders. Study in China found that patients with respiratory and gastrointestinal symptoms was 47% and there were 3% of patients with gastrointestinal symptoms only without respiratory symptoms.

It was found that positive results of RT-PCR were not only in the respiratory tract but also in other specimens including feces (29-53.42%). Endoscopic biopsy of several cases also found the SARS CoV-2 virus in the stomach, duodenum, ileum, and rectum. While the study using anal swab obtained 52.6% positive results. There was a case report that PCR examination of the nasopharyngeal swab was negative, but the anal swab was positive and persistent for 42 days. This finding certainly needs further investigation, because there may be cases of Covid-19 that were not detected by the naso-oropharygeal swab RT-PCR swab but can be detected by anal swabs. The RT-PCR method with anal swab is expected to be an alternative to the naso-oropharygeal swab.

Objective

This study test the performance of the anal PCR swab test when compared to the naso-oropharyngeal swab PCR test as a diagnostic tool for Covid-19.

Method

Subjects of this study are patients with suspected or probable Covid-19, aged> 18 years. Subjects with extensive diarrhea, massive hematoschezia or melena, and anal wounds, were not included in the study. RT-PCR anal swab examination was performed with MiRXES Fortitude Kit 2.1

Result

136 eligible subjects were analyzed. There were no complication and complaints from patients during sampling. The sensitivity of RT-PCR anal swab was 36.67% (CI: 28.04 to 45.28%) and specificity 93.75% (CI: 81.88 to 100%). The positive predictive value was 97.78% (CI: 93.47 to 100%) and the negative predictive value was 16.48% (8.86 to 24.10%).

Conclusion

RT-PCR Anal swabs can be a good confirmation tool of COVID 19 cases with a specificity of 93.8%, in suspected and probable COVID 19 cases. Anal swabs are also a safe procedure."

"Latar belakang: Endometriosis merupakan pertumbuhan jaringan mirip endometrium yang abnormal diluar uterus Studi menunjukkan peran infeksi yang memicu proses inflamasi berhubungan dengan awal mula terjadinya endometriosis. Berbagai macam mikroorganisme penyebab infeksi dari vagina dapat migrasi keatas kemudian menginfeksi dan mengkontaminasi dinding uterus. Akibatnya terjadi akumulasi endotoksin pada cairan mentruasi maupun cairan peritoneal menyebabkan inflamasi dan memicu pertumbuhan endometriosis. Tujuan: Membuktikan adanya korelasi antara mikroorganisme yang ditemukan pada hasil kultur bilasan vagina dengan mikroorganisme yang ditemukan pada cairan peritoneum hasil laparoskopi perempuan usia reproduksi yang terdiagnosis endometriosis. Metode: Penelitian ini menggunakan desain penelitian analitik poltong lintang yang bertujuan untuk melihat adanya hubungan korelasi serta mengetahui tingkat korelasi antara mikroorganisme kultur bilasan vagina dengan mikroorganisme pada cairan peritoneum pasien endometriosis. Hasil: Hasil kultur bilasan vagina dari 31 subjek penelitian yang diteliti, mikroorganisme terbanyak adalah Enterococcus faecalis (32.3%), Eschericia coli (29.1%), dengan 16.1% dengan hasil kultur negatif. Sedangkan dari hasil kultur bilasan peritoneum terdapat 3 subjek (9.6%) dengan hasil positif yaitu dengan jenis bakteri Eschericia coli, Enterococcus faecalis, dan Pseudomonas. Terdapat korelasi lemah antara hasil kultur bilasan vagina dengan kultur bilasan peritoneum (r 0.13). Terdapat korelasi sedang antara kultur positif bilasan vagina dengan nyeri pelvik kronis, korelasi lemah antara kultur positif bilasan vagina dengan nilai Ca 125, dan korelasi lemah antara kultur positif cairan peritoneum dengan tuba kiri yang non paten. Kesimpulan: Sebagian besar bakteri dari bilasan vagina dan bilasan peritoneum pada pasien endometriosis memiliki hasil bakteri dari organ pencernaan. Terdapat korelasi lemah antara hasil kultur bilasan vagina dengan kultur bilasan peritoneum pada pasien endometriosis.

---

Background: Endometriosis is an abnormal endometrial like-tissue growth outside the uterus. Studies show the role of infection that triggers the inflammatory process associated with the onset of endometriosis. Various kinds of microorganisms even normal flora causing infection of the vagina can migrate upwards then infect and contaminate the uterine wall. Due to retrogade mestruation, mestrual fluid can entered the peritoneal cavity. As a result, accumulation of endotoxin in menstrual fluid and with retrograde menstruation endotoxins in peritoneal fluid causes inflammation and triggers the growth of endometriosis.

Objective: To prove correlation between microorganisms in vaginal rinse cultures with microorganisms in peritoneal fluid culture in reproductive age women with endometriosis.

Methods: This research use consecutive sampling with 31 subjects reproductive age women with endometriosis who performed surgery procedure. Vaginal bilasan and peritoneal fluid culture were performed. Research was approved by our institutional ethics commitee for health research in 2016.

Results: Results of vaginal rinse culture of 31 subjects studied. Most of vaginal bilasan culture result in gastrointestinal bacteria. Most microorganisms were Enterococcus faecalis (32.3%), Eschericia coli (29.1%), with 16.1% with negative culture results. While the result of peritoneum rinse culture there are 3 subject (9.6%) with positive result that was with Eschericia coli bacteria type, Enterococcus faecalis, and Pseudomonas. There was weak correlation between vaginal rinse culture results and peritoneal rinse culture (r 0.13). There is a correlation between the positive culture of the vaginal rinse with chronic pelvic pain, between the positive culture of the vaginal rinse and Ca 125, and between the positive culture of the peritoneal rinse with the non-patent left tube.

Conclusion: Most of vaginal and peritoneal rinse culture in endometriosis patients result in gastrointestinal bacteria. There was weak correlation between vaginal swab and peritoneal rinse culture."

"Latar Belakang: COVID-19 merupakan penyakit yang disebabkan oleh infeksi SARS-CoV-2 yang dapat mengalami mutasi sehingga membentuk beberapa varian baru. Perubahan varian tersebut dapat menyebabkan proses transmisi virus yang cepat hingga meningkatnya mortalitas dan morbiditas pada pasien COVID-19. Adanya mikrobiota pada saluran pernafasan yang merupakan bagian dari sistem kekebalan tubuh dapat memberikan perlindungan dari infeksi dan pathogenesis SARS-CoV-2 pada tubuh manusia. Akan tetapi, patogenesis virus dari beberapa varian SARS-CoV-2 yang berbeda dapat menghambat homeostasis dari komunitas mikroba pada saluran pernafasan. Oleh sebab itu perlu dilakukan identifikasi varian SARS-CoV-2 dan profil komunitas bakteri pada sampel swab naso/orofaring pasien COVID-19, untuk mendapatkan data awal profil komunitas mikroba dan korelasinya dengan varian SARS-CoV-2.Metode: Penelitian menggunakan sampel swab naso/orofaring pasien COVID-19. Sekuensing sampel dilakukan sebanyak dua kali. Sekuensing pertama bertujuan untuk mengidentifikasi varian SARS-CoV-2 menggunakan Whole Genome Sequencing (WGS) dari Oxford Nanopore Technologies (ONT). Sekuensing kedua bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman bakteri pada naso/orofaring pasien COVID-19 menggunakan amplifikasi gen 16S rRNA. Kemudian analisis bioinformatika dilakukan untuk memperoleh profil komunitas mikroba pada beberapa varian SARS-CoV-2.Hasil: Ditemukan enam varian SARS-CoV-2 yang dideteksi pada sampel terpilih yang dikoleksi selama bulan Maret-Juni 2021, dengan hasil varian yang mendominasi adalah varian Delta, Alpha, dan Lokal. Pada varian Alpha dan Delta didominasi oleh genus bakteri Streptococcus, Prevotella, dan Veillonella. Pada varian lokal, genus yang mendominasi yaitu Corynebacterium, Staphylococcus, dan Salmonella.Kesimpulan: Komunitas bakteri yang ditemukan pada sampel swab naso/orofaring pasien COVID-19 memiliki tingkat keragaman yang signifikan antar varian SARS-CoV-2. Komunitas bakteri yang ditemukan didominasi oleh genus Prevotella, Streptococcus, Corynebacterium, dan Veillonella. Persentase jumlah bakteri paling banyak yaitu genus Prevotella sebesar 27%. Genus bakteri Prevotella dan Veillonella banyak ditemukan pada varian SARS-COV-2 Alpha dan Delta, yang memiliki potensi meningkatkan inflamasi dan tingkat keparahan pada pasien COVID-19.

---

Background: COVID-19 is a disease caused by infection of a SARS-CoV-2 virus that can undergo mutations to form several new variants. These variants could lead to a more rapid transmission, which increases mortality and morbidity in COVID-19 patients. The presence of microbiota in the respiratory tract as part of the immune system provides protection from viral infections and pathogenesis in the human body. However, pathogenesis of different SARS-CoV-2 variants plays a role in inhibiting the homeostasis of the microbial community in the respiratory tract. Therefore, it is necessary to identify the SARS-CoV-2 variants and profile the bacterial community profile in naso/oropharynx using swab samples of COVID-19 patients, to obtain initial data regarding the microbial community profile of COVID-19 patients and potential correlation with the SARS-CoV-2 variants.

Methods: This study used naso/oropharyngeal swab samples from COVID-19 patients. Sample sequencing was performed twice. The first sequencing aims to identify variants of SARS-CoV-2 using Whole Genome Sequencing (WGS) with Oxford Nanopore Technologies (ONT) platform. The second sequencing aims to identify bacterial diversity in the naso/oropharynx of COVID-19 patients using 16S rRNA gene amplification followed by profiling of the microbial community using bioinformatic analysis.

Results: Six variants of SARS-CoV-2 were identified in the selected samples collected during March-June 2021, with the dominant variants being Delta, Alpha, and Local variants. The microbial community of samples belonging to the Alpha and Delta variants was dominated by the bacterial genera Streptococcus, Prevotella, and Veillonella. Meanwhile, in the samples identified as having local variant, the dominant genera were Corynebacterium, Staphylococcus, and Salmonella.

Conclusion: The bacterial diversity in the swab samples naso/oropharyngeal of COVID-19 patients varied significantly among SARS-CoV-2 variants. The bacterial community was dominated by the genera Prevotella, Streptococcus, Corynebacterium, and Veillonella. The highest percentage of genus was Prevotella by 27%. The genera Prevotella and Veillonella were found in the SARS-CoV-2 Alpha and Delta variants, which have the potential to increase inflammation and severity in COVID-19 patients."

"Swab stick adalah alat pengambilan sampel virus melalui penyapuan jaringan lunak pada bagian hidung. Alat ini yang masih import, menjadi kristis saat kekurangan ketersediaan dalam negri Indonesia saat pandemik Covid-19 lalu. Oleh karena itu, Universitas Indonesia melalui Research Center for Biomedical Engineering, FTUI melakukan kolaborasi dengan empat industri lokal, dalam pengembangan dan produksi swab stick dalam negri, dengan mengacu ISO 13485:2016, peralatan kesehatan sistim manajemen kualitas – persyaratan untuk tujuan regulasi. Industri yang dilibatkan, telah memiliki pengalaman panjang dalam produksi bahan baku polimer, pemrosesan plastik, teknologi flocking dan pengemasan medis, untuk keyakinan pencapaian jaminan kualitas swab stick yang sesuai dengan produk yang ada. Laporan ini mendeskripsikan jaminan kualitas desain, purwarupa dan produksi swab stick. Rangkaian pengujian berupa uji geometri, tarik, kelekatan penyapu, permukaan, penyerapan sapuan dan residu paska produksi. Kerja pengembangan menghasilkan produk swab stick dengan kekakuan 400 MPa, lengkungan pada 15 N, kerapatan 1,5-2,5 Dtex, sudut kontak air 78 derajat dan penyerapan air 25-35 mikro Liter. Lebih lanjut, tidak ditemukan residu bahan beracun pada produk. Produk swab stick yang berkualitas tersebut diharapkan sebagai produk nasional yang mendekati 100% TKDN dalam rangka meningkatkan ketersediaan peralatan kesehatan, terutama menghadapi COVID-19 di Indonesia. Produk ini secara formal didaftarkan dengan nama dagang Sterilized Nasopharynx Swab Stick HS 19

---

Swab sticks are a means of sampling a person by swabbing the nasopharyngeal pathway. This tool is at a critical point, where domestic availability in Indonesia is lacking because it is purely dependent on foreign supplies during the coronavirus disease 2019 pandemic. Therefore, a collaboration of national companies and the Research Center for Biomedical Engineering, Universitas Indonesia, addressed this scarcity by producing a national swab stick. Since there was no swab stick manufacturer in Indonesia, the production referred to ISO 13485:2016. The companies contributing have strong experience in resin production, plastic processing, flocking technology, and medical packaging to ensure the product quality. We propose a series of measurements, and have conclude that the product has stiffness around 400 MPa, deflected at 15N, a density of 1.5–2.5 Dtex, water contact angle at 78 degrees, and adsorbsivity around 25–35L of liquid water. Moreover, there was no any residual toxic substance around the flocked swab. These qualities shall be developed further into a national product with nearly 100% local content in order to increase availability of the national medical device and fight COVID-19 in Indonesia. The product was formally registered under the trade name Sterilized Nasopharynx Swab Stick HS 19."

"Nitric Oxide (NO) merupakan molekul signaling multifungsi yang terlibat dalam menjaga proses fisiologis tubuh yang dapat ditemukan di dalam saliva dan dorsum lidah. Akan tetapi, belum terdapat penelitian yang membandingkan konsentrasi nitric oxide pada sampel saliva dan usap lidah, serta hubungannya dengan status kebersihan mulut. Tujuan: Mengetahui perbedaan konsentrasi nitric oxide pada saliva dan usap lidah serta hubungannya dengan status kebersihan rongga mulut (OHI-S). Metode: Sampel yang diteliti adalah usap lidah dan saliva unstimulated, kemudian diukur dengan Griess reagent System yang diproduksi Promega© USA. Masing-masing sampel berjumlah 9 yang berasal dari kelompok umur dewasa akhir. Status kebersihan rongga mulut (OHI-S) diukur kemudian dikategorikan menjadi baik, sedang, dan buruk. Data dianalisis dengan uji statistik Mann-Whitney U, One-way ANOVA, dan korelasi Spearman. Hasil: Konsentrasi nitric oxide saliva lebih tinggi dari usap lidah dengan adanya perbedaan bermakna (p<0.05), namun tidak terdapat perbedaan yang signifikan (p>0.05) dengan status kebersihan mulut. Tidak terdapat hubungan yang signifikan (r = 0.135, p >0.05) antara konsentrasi nitric oxide usap lidah dan status kebersihan rongga mulut, namun menunjukan tendensi positif. Sedangkan konsentrasi nitric oxide saliva dan status kebersihan rongga mulut juga tidak ada hubungan yang signifikan (r = -0.032, p >0.05), dengan tendensi negatif. Kesimpulan: Saliva merupakan sampel biologis yang potensial untuk menetapkan konsentrasi nitric oxide di rongga mulut. Konsentrasi nitric oxide tidak berhubungan dengan status klinis yaitu status kebersihan rongga mulut.

---

Background: Nitric Oxide (NO) is a multifunctional signaling molecule involved in maintaining the body's physiological processes that can be found in saliva and tongue dorsum. However, there have been no studies comparing saliva and tongue swab samples. Objective: To determine the difference in nitric oxide concentration in saliva and tongue swabs and its relationship with oral hygiene status (OHI-S). Methods: The samples studied were tongue swabs and unstimulated saliva, then measured with the Griess reagent System produced by Promega© USA. Each sample amounted to 9 people from the late adult age group. Oral hygiene status (OHI-S) was measured and then categorized into good, moderate, and poor. Data were analyzed using Mann-Whitney U, One-way ANOVA and Spearman correlation statistical tests. Results: Salivary nitric oxide concentration was higher than tongue swab with a significant difference (p<0.05), but there was no significant difference (p>0.05) with oral hygiene status. There is no significant relationship (r = 0.135, p>0.05) between tongue swab nitric oxide concentration and oral hygiene status, but shows a positive tendency. While salivary nitric oxide concentration and oral hygiene status also had no significant relationship (r = - 0.032, p>0.05), with a negative tendency. Conclusion: Saliva is a potential biological sample to determine the concentration of nitric oxide. Nitric oxide concentration is not associated with clinical status, namely oral hygiene status."