Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Akhir-akhir ini, perhatian telah diberikan untuk meneliti bahan alam laut yang berpotensi sebagai antikanker khususnya untuk kanker payudara, yaitu teripang atau sea cucumber. Triterpen glikosida merupakan senyawa bioaktif yang menunjukkan aktivitas antikanker atau aktivitas sitotoksik yang jumlahnya paling banyak terkandung dalam Teripang, seperti frondoside A, okhotosid B1-B3, intercedenside A-C, holothurin A, dan 24-dehydroechinoside. Pada penelitian ini, dilakukan penambatan molekul pada senyawa bioaktif teripang terhadap target reseptor ER-α, FGFR1, VEGFR2, PR, dan IGF-1R yang berperan dalam penyakit kanker payudara untuk diamati interaksi yang situs aktifnya mempunyai potensial sebagai antikanker payudara. Dari hasil penambatan hanya ER-α dan IGF-1R yang menunjukkan hasil energi bebas ikatan paling rendah dengan menggunakan parameter Vina. Dari hasil penambatan dan visualisasi interaksi senyawa bioaktif teripang dengan ER- α, senyawa 24-dehidroechinoside, holothurin A, intercedenside A, intercedenside B, okhotoside B1, dan okhotoside B2 memiliki kemiripan posing dengan kontrol positif (inhibitor). Adapun pada IGF-1R hanya senyawa 24-dehidroechinoside yang ditemukan memiliki kemiripan posing dengan kontrol positif. ...... Recently, attention has been given to examine the potential of marine natural products as anticancer, especially for breast cancer, which is Teripang or sea cucumber. Triterpene glycosides are bioactive compounds mostly found in sea cucumber that show anticancer activity or citotoxic activity, such as frondoside A, okhotosides B1-B3, intercedensides A-C, holothurin A, and 24- dehydroechinoside. Molecular docking of sea cucumber bioactive compounds was conducted towards five receptor target which have role in breast cancer, such as estrogen receptor alpha, fibroblast growth factor receptor 1 (FGFR1), vascular endothelial growth factor receptor 2 (VEGFR2), progesterone receptor (PR), insulin-like growth factor 1 receptor (IGFR1) to observed the interaction which active site has the potential as anti-breast cancer. The results shows that ER-α and IGF-1R gives the lowest binding energy by using Vina parameter. Compounds that showed similar posing of positive control (inhibitor) in ER- α are 24-dehidroechinoside, holothurin A, intercedenside A, intercedenside B, okhotoside B1, and okhotoside B2. While in IGF-1R, 24-dehidroechinoside is the only compound who showed similar posing to the positive control.

Abstrak :
ABSTRAK
Kanker paru-paru merupakan salah satu jenis kanker yang paling banyak diderita, terutama di negara dengan jumlah perokok dan tingkat polusi yang tinggi seperti Indonesia. Dalam beberapa tahun belakangan, perkembangan obat kanker paru jenis karsinoma bukan sel kecil diarahkan pada pengobatan multitarget karena pada pengobatan target tunggal sering kali proliferasi sel tumor dapat diaktifkan kembali melalui jalur yang lain seperti angiogenesis. Eksplorasi senyawa bioaktif dari bahan laut, termasuk fungi laut, telah mendapat perhatian khusus akhir-akhir ini sebagai pengobatan antikanker. Pada penelitian ini dilakukan pembuatan pangkalan data dan penapisan secara in silico untuk memperoleh senyawa aktif fungi laut yang berpotensi sebagai inhibitor EGFR-TK dan VEGFR2 kinase, yang masing-masing berperan sebagai agen antiproliferatif dan antiangiogenesis, menggunakan AutoDock dan Vina. Berdasarkan hasil penapisan, didapatkan tiga senyawa aktif sebagai inhibitor EGFR-TK (FU0015, FU0051, dan FU0202), satu senyawa aktif sebagai inhibitor VEGFR-2 kinase (FU0033), serta 17 senyawa potensi inhibitor multitarget (FU0018, FU0019, FU0028, FU0034, FU0037, FU0038, FU0029, FU0043, FU0079, FU0105, FU0127, FU0155, FU0156, FU0158, FU0248, FU0254, FU0261). Seluruh senyawa aktif tersebut berasal dari filum Ascomycota sehingga diharapkan dapat dilakukan eksplorasi lebih lanjut fungi laut dari filum Ascomycota.

---

ABSTRACT
Lung cancer is one of the most common type of cancer, especially in countries with high numbers of smokers and high levels of pollution such as Indonesia. In the past few years, drug development of non-small cell lung cancer has been directed to a multitarget treatment as oftentimes on a single-targeted treatment proliferation of tumor cells can be reactivated via other pathways such as angiogenesis. Exploration of bioactive compounds from marine materials, including marine fungi, for anticancer treatment has become a major concern lately. In this research, database was created and in silico screening was conducted to obtain potential marine fungi active compounds as EGFR-TK and VEGFR2 kinase inhibitor, for each act as antiproliferative and antiangiogenesis agents, by using AutoDock and Vina. Based on these screening results have been identified three active compounds as the inhibitor of EGFR-TK (FU0015, FU0051, and FU0202), one active compound as the inhibitor of VEGFR-2 kinase (FU0033), and 17 compounds that potentially become a multitarget inhibitor (FU0018, FU0019, FU0028, FU0034, FU0037, FU0038, FU0029, FU0043, FU0079, FU0105, FU0127, FU0155, FU0156, FU0158, FU0248, FU0254, FU0261). All of these active compounds are from Ascomycota phylum so that further marine fungi exploration can be conducted from Ascomycota phylum.

Abstrak :
Kanker adalah suatu penyakit dimana sel tubuh bersifat abnormal dan tumbuh secara tidak terkontrol yang bisa meluas dan menyebar ke setiap bagian di tubuh manusia. Ditemukan ekspresi berlebih procaspase-3 pada beberapa kanker yang harus diaktivasi menjadi Caspase-3 agar dapat menginduksi apotosis pada sel. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai aktivator Procaspase-3 menggunakan peranti lunak Autodock dan Autodock Vina. Penelitian ini divalidasi menggunakan parameter Enrichment Factor EF, Receiver Operating Characteristics ROC gunakan Autodock diperoleh sepuluh senyawa terbaik dengan energi ikatan-8,28 -9,31 kkal/mol dan menggunakan Autodock Vina diperoleh sepuluh senyawa terbaik dengan energi ikatan -8,1 -8,8 kkal/mol. Didapatkan dua senyawa yang beririsan pada kedua peranti lunak, yaitu Betulinic acid dan Maslinic acid. Betulinic acid berinteraksi dengan residu dengan Leu136A, Lys137A, Tyr195A, dan Pro201 pada Autodock dan Autodock Vina. Sedangkan Maslinic acid berinteraksi pada residu Leu136A, Lys137A, dan Pro201 pada Autodock dan Autodock Vina. ......Cancer is a disease where body cell being abnormal and grow uncontrolled which can spread to every part of human body. Previous research found excessive expression of Procaspase 3 on cancer that must be activated to Caspase 3 in order to induce apoptotic in cells. In this research, virtual screening of Indonesian Herbal Database as Procaspase 3 activator was performed using Autodock and Autodock Vina software. This research was validated using Enrichment Factor EF , Receiver Operating Characteristics ROC, and Area Under Curve AUC parameters. Results of virtual screening using Autodock obtained the best ten compounds with binding energy 8,28 9,31 kcal mol and Autodock Vina obtained the best ten compounds with binding energy 8,1 8,8 kcal mol. Both virtual screening software showed two compounds in common, which is Betulinic Acid, and Maslinic acid. Betulinic acid interacts with residue Leu136A, Lys137A, Tyr195A, and Pro201 in Autodock and Autodock Vina. While Maslinic acid interacts with residue Leu136A, Lys137A, and Pro201 in Autodock and Autodock Vina.

Abstrak :
Beberapa penelitian menunjukkan bahwa antagonis Adenosin A2A mengurangi fluktuasi motorik, diskinesia, melindungi dari kelainan neurodegeneratif pada penyakit Parkinson di dalam otak manusia yang bersifat progresif kronis dengan hilangnya neuron dopaminergik. Tujuan dari penelitian ini adalah menemukan senyawa herbal Indonesia sebagai inhibitor Adenosin A2A dengan menggunakan metode penapisan virtual. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai antagonis Adenosin A2A menggunakan AutoDock dan AutoDock Vina yang divalidasi menggunakan basis data Directory of Useful Decoys: Enhanced DUD-E. Metode ini divalidasi dengan menggunakan parameter Enrichment Factor EF dan Area Under Curve AUC dengan kurva Receiver Operating Characteristics ROC. Berdasarkan hasil validasi, grid box yang digunakan untuk penapisan menggunakan AutoDock adalah grid box 60 x 60 x 60 dengan nilai EF1 sebesar 16,5869 dan AUC 0,8406. Terdapat dua senyawa Chitranone dan 3-O-Methylcalopocarpin dengan energi ikatan ndash;10,19 dan -9,55 kkal/mol, masing-masing menunjukkan interaksi dengan situs aktif Adenosin A2A pada residu ALA63, ILE66, ALA81, LEU85, PHE168, GLU169, MET177, TRP246, LEU249, ASN253, dan ILE274. Penelitian ini menyimpulkan bahwa Chitranone dan 3-O-Methylcalopocarpin dapat diusulkan untuk dikembangkan sebagai antagonis Adenosin A2A. ......Previous research found that Adenosine A2A antagonist allows to reduce motor fluctuations, dyskinesia, protect from neurodegenerative disorder in Parkinsons disease in the human brain which is chronic progressive of losing dopaminergic neurons. The aim of this study is to explore Indonesian herbal compounds as Adenosine A2A inhibitor using virtual screening method. In this study, virtual screening of Indonesian herbal database as Adenosine A2A inhibitor was done by AutoDock and AutoDock Vina and was validated by database from A Directory of Useful Decoys Enhanced DUD E. The method was validated by Enrichment Factor EF and Area Under Curve AUC of Receiver Operating Characteristics ROC curve. Based on the validation results, grid box that was used in virtual screening using AutoDock is 60 x 60 x 60 with EF1 16.5869 and AUC 0.8406. The two compounds Chitranone and 3 O Methylcalopocarpin with binding energy 10.19 and 9.55 kcal mol, respectively showing interaction with Adenosine A2A active site at residues ALA63, ILE66, ALA81, LEU85, PHE168, GLU169, MET177, TRP246, LEU249, ASN253, and ILE274. This study conclude that Chitranone and 3.O Methylcalopocarpin could be proposed to be developed as Adenosine A2A antagonist.