Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Latar Belakang : Multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) adalah masalah kesehatan masyarakat yang utama di dunia, termasuk di Indonesia. Analisis menggunakan whole-genome sequencing (WGS) masih jarang digunakan untuk investigasi penyakit TB dan MDR-TB di Indonesia.Tujuan: Mengevaluasi potensi penggunaan WGS untuk melakukan drug susceptibility testing (DST) dan mengetahui strain Mycobacterium tuberculosis resisten obat antituberkulosis di Jawa, Indonesia.Metode: Tiga puluh isolat MDR-TB dilakukan DST menggunakan Mycobacteria Growth Indicator Tube 960 (MGIT) dan WGS. Analisis filogenetika dilakukan menggunakan data dari WGS. Hasil DST yang didapatkan dengan menggunakan MGIT dan WGS dibandingkan.Hasil:. Kesesuaian antara WGS dan MGIT adalah 93,33% untuk rifampicin, 83,33% untuk isoniazid, dan 76,67% untuk streptomycin tetapi hanya 63,33% untuk ethambutol. Kesesuaian yang moderat ditemukan pada obat antituberkulosis lini kedua termasuk amikacin, kanamycin, dan fluoroquinolone (73,33%-76,67%). MDR-TB lebih sering ditemukan pada isolat yang berasal East Asian Lineage (63,33%).Kesimpulan: Penelitian ini menunjukkan penerapan dari WGS untuk DST dan epidemiologi molekular dari TB resisten obat di Jawa, Indonesia.

---

Background: Multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) is a major public health problem globally, including in Indonesia. Whole-genome sequencing (WGS) analysis has rarely been used for the study of TB and MDR-TB in Indonesia.

Aim: We evaluated the use of WGS for drug susceptibility testing (DST) and to investigate population structure of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis in Java, Indonesia.

Method: Thirty suspected MDR-TB isolates were subjected to MGIT-960 system (MGIT)-based DST and WGS. Phylogenetic analysis was done using the WGS data. Results obtained using MGIT-based DST and WGS-based DST were compared.

Result: Agreement between WGS and MGIT was 93.33% for rifampicin, 83.33% for isoniazid and 76.67% for streptomycin but only 63.33% for ethambutol. Moderate WGS-MGIT agreement was found for second-line drugs including amikacin, kanamycin, and fluoroquinolone (73.33-76.67%). MDR-TB was more common in isolates of the East Asian Lineage (63.33%).

Conclusion: This study demonstrated the applicability of WGS for DST and molecular epidemiology of DR-TB in Java, Indonesia."

"Kandidiasis invasif yang disebabkan oleh Candida krusei merupakan salah satu penyebab kematian dengan angka kematian yang tinggi. Terjadinya resistansi terhadap flukonazol dilaporkan terkait dengan gen penanda resistansi intrinsik. Data epidemiologi molekular dengan Whole Genome Sequencing (WGS) yang mengidentifikasi gen dan varian yang terkait virulensi dan resistansi obat Candida krusei belum pernah dilaporkan di Jakarta, maupun di Indonesia. Berdasarkan permasalahan di atas, dilakukan penelitian lebih lanjut untuk menentukan profil gen resistansi dengan metode Whole Genome Sequencing. Hasil pemetaan MLST diperoleh ada 6 housekeeping gen yaitu ADE2, HIS3, LEU2, LYS2D, NMT1 dan TRP1. Berdasarkan hasil variant calling ditemukan beberapa gen yang berperan dalam resistansi yaitu ERG11 dan FKS1. Mutasi yang ditemukan meliputi missense, synonymous, stop gain dan indel. Sebagian besar adalah varian mutasi missense dan synonymous. Pola kepekaan Candida krusei dengan metode difusi cakram sebagian besar terdiri dari isolat yang resisten dan sensitif terhadap beberapa antijamur seperti flukonazol, itrakonazol, ketonazol, amfoterisin B, nistatin, vorikonazol dan mikonazol.

---

Invasive candidiasis caused by Candida krusei is one of the causes of death with a high mortality rate. The occurrence of resistance to fluconazole is reported to be related to intrinsic resistance marker genes. Molecular epidemiological data related to Whole Genome Sequencing (WGS) that identify genes and variants associated with Candida krusei virulence and drug resistance have never been reported in Jakarta, nor in Indonesia. Based on the problems above, further research was carried out to determine the resistance gene profile using the Whole Genome Sequencing method. The results of the MLST mapping showed that there were 6 housekeeping genes namely ADE2, HIS3, LEU2, LYS2D, NMT1, and TRP1. Based on the results of variant calling, several genes that play a role in resistance were found, namely ERG11 and FKS1. The mutations found include missense, synonymous, stop gain, and indel. Most are missense and synonymous mutation variants. The sensitivity pattern of Candida krusei by disc diffusion method mostly consisted of isolates that were resistant and sensitive to several antifungals such as fluconazole, itraconazole, ketoconazole, amphotericin B, nystatin, voriconazole, and miconazole."

"MRSA merupakan penyebab infeksi nosokomial yang menjadi masalah kesehatan utama dibanyak rumah sakit di dunia, termasuk Indonesia. Patogen ini memiliki banyak faktor virulensiserta dapat mengembangkan resistensi terhadap berbagai kelas antibiotik, sehingga membuatinfeksi MRSA menjadi lebih sulit untuk diobati. Informasi terkait data genomik dari strainMRSA di Indonesia saat ini masih sangat terbatas. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuanuntuk memberikan informasi mengenai karakteristik genomik beserta profil virulensi danresistensi antibiotik dari 17 isolat tersimpan MRSA yang diisolasi dari pasien di rumah sakitrujukan. Dilakukan whole genome sequencing menggunakan platform Illumina NovaSeq 6000,kemudian dilanjutkan dengan analisis bioinformatika menggunakan pipeline ASA3P danBacannot. Hasil analisis menunjukkan bahwa ST239-SCCmec III-t37 (CC8) adalah yangpaling dominan ditemukan diantara semua isolat (41%). Selain itu, ditemukan ST baru (ST4abd) yang memiliki kemiripan yang tinggi dengan ST6. ST lain yang ditemukan adalahST772, ST97, ST8, dan ST118, yang termasuk dalam CC1, CC5, CC8, CC97. Semua isolatMRSA memiliki faktor virulensi yang tinggi, terutamaditemukan isolat MDR sebanyak 83,2% dengan resistensi paling tinggi ditunjukkan olehST 8, ST 6, dan ST 4abd. Selain itu,ST239. Hasil penelitian ini menunjukkan adanya strain HA-MRSA dan CA-MRSA pada isolattersimpan dari rumah sakit rujukan dengan profil virulensi dan resistensi yang tinggi.

---

Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a major cause of nosocomial infections

in many healthcare settings worldwide, including Indonesia. This pathogen exhibits multiple

virulence factors and can develop resistance to multiple classes of antibiotics, causing MRSA

infections become difficult to treat. However, the genomic data of MRSA in Indonesia is still

limited. Therefore, this study aims to provide information regarding genomic characteristics,

virulence and antibiotic resistance profiles of 17 archived MRSA isolates from patients in

referral hospital. Whole genome sequencing was conducted using the Illumina NovaSeq 6000

platform, followed by bioinformatic analysis employing the ASA3P and Bacannot pipelines.

Analysis revealed that the ST239-SCCmec III-t37 (CC8) lineage predominated among all

isolates (41%). Additionally, a novel ST (ST 4abd) closely related to ST6 was identified. Other

STs found included ST772, ST97, ST8, and ST118, belonging to CC1, CC5, CC8, and CC97,

respectively. All MRSA isolates possess numerous virulence factors, notably prominent in ST

8, ST 6, and ST 4abd. Furthermore, 83.2% of isolates exhibited multidrug resistance (MDR),

with highest resistance observed in the ST239 lineage. This research emphasized the presence

of HA-MRSA and CA-MRSA in referral hospital with high virulence and antibiotic resistance

trait."

"Latar Belakang: Kanker nasofaring (KNF) merupakan keganasan yang memiliki distribusi geografis dan etnis yang khas, serta sering dikaitkan dengan mutasi genetik dan faktor lingkungan. Pada penelitian ini dilakukan whole genome dan sekuensing metilasi KNF menggunakan teknologi sekuensing Nanopore untuk mengeksplorasi perubahan genetik dan epigenetik yang signifikan secara klinis yang berkontribusi pada karsinogenesis KNF.Metode: Tujuh sampel biopsi KNF dianalisis menggunakan teknologi Nanopore, mencakup ekstraksi DNA, library preparation, dan analisis bioinformatika seperti basecalling, alignment, dan variant calling. Penelitian ini mengevaluasi small nucleotide variants (SNVs), copy number variations (CNVs), structural variants (SVs), short tandem repeat (STR), serta pola metilasi. Data kelangsungan hidup, respons pengobatan, dan karakteristik klinis juga dianalisis.Hasil: Studi ini mengidentifikasi berbagai varian genetik yang diprediksi memberikan dampak fungsional tinggi pada semua sampel. Onkogen potensial juga teridentifikasi di studi ini. Varian struktural ditemukan lebih sering pada sampel S1, dengan banyak kelainan pada gen DNA repair tetapi tidak ditemukan di sample lain, kelainan ini menunjukkan korelasi prognosis klinis yang buruk. Tumour suppressor gene, termasuk PRKCB, ITGB3, EPHA2, dan CDKN2A, juga mengalami hiper metilasi, dan menunjukkan potensi keterlibatan dalam perkembangan KNF.Kesimpulan: Studi ini menemukan mutasi pada gen DNA repair berkaitan dengan prognosis yang buruk pada KNF. Berbagai mutasi pada tumour suppressor gene dan onkogen ditemukan yang berpotensi berkaitan dengan karsinogenesis KNF.

---

Background: Nasopharyngeal carcinoma (NPC) is a malignancy with distinct geographical and ethnic distribution, often linked to genetic mutations and environmental factors. The current study focuses on the whole genome and methylation sequencing of NPC using Nanopore sequencing technology to explore clinically significant genetic and epigenetic alterations contributing to NPC carcinogenesis.

Method: Seven NPC biopsy samples were sequenced using Nanopore technology, covering DNA extraction, library preparation, and bioinformatics analysis, including basecalling, alignment, and variant calling. Small nucleotide variants (SNVs), copy number variations (CNVs), structural variants (SVs), short tandem repeats (STRs), and methylation patterns were assessed using bioinformatic tools. Additionally, survival data, treatment response, and clinical characteristics were analyzed.

Results: The study identified various high-impact genetic variants across all samples. Potential oncogenes were also identified. Structural variants were notably more frequent in sample S1, with aberrant multiple DNA repair genes, not found in other samples, which correlated with poor clinical prognosis. Tumour suppressor genes including PRKCB, ITGB3, EPHA2, and CDKN2A were also frequently hypermethylated in our NPC.

Conclusion: This study found aberrant DNA repair genes to be associated with poor prognosis in NPC. Furthermore, various mutation in tumour suppressor genes and oncogenes were identified which were potential driver carcinogenesis in NPC."

"Tuberkulosis merupakan penyakit yang masih menjadi masalah utama kesehatan bagi masyarakat di Indonesia. Berdasarkan Global TB Report 2021, Asia Tenggara merupakan wilayah dengan beban Tb paling tinggi dan Indonesia menyumbang sekitar 8% dari keseluruhan beban Tb didunia. Namun pasien Tb yang berhasil ditemukan, diobati dan dilaporkan kedalam sistem informasi nasional hanya sekitar 48%. Tb yang resisten terhadap obat terus menjadi ancaman kesehatan manusia. Resistensi terhadap obat anti tuberkulosis bisa terjadi akibat infeksi primer dengan bakteri Tb resisten atau bisa disebabkan oleh pengobatan yang tidak adekuat, sehingga muncul strain yang resisten akibat adanya perubahan atau mutasi pada gen-gen tertentu dalam genom Mycobacterium tuberculosis. Saat ini sudah banyak teknologi dan metode yang digunakan untuk mendeteksi resistensi terhadap obat anti tuberculosis. Salah satunya adalah Next Generation Sequencing. Next Generation Sequencing merupakan teknologi sekuensing akurat, hemat biaya dan throughput tinggi yang memungkinkan penyelidikan genom termasuk Whole Genome Sequencing untuk studi epidemiologi dan untuk mendeteksi penanda resistensi obat dan keragaman strain. Analisis Whole Genome Sequencing dapat digunakan untuk mendeteksi resistensi terhadap obat anti tuberkulosis lini pertama y a n g sangat menjanjikan sebagai pengganti uji kepekaan obat konvensional. Hasil dari analisis Whole Genome Sequencing pada Mycobacterium tuberculosis yang resisten rifampisin menunjukkan adanya mutasi-mutasi yang ada pada wilayah operon Rpo terutama pada gen RpoB dan RpoC. Mutasi yang paling dominan pada gen RpoB adalah perubahan S450L (36,45%) dan pada gen RpoC adalah G594E (30,95%). Dan analisis whole genome sequencing juga menunjukkan adanya mutasi baru yang berbeda dengan mutasi-mutasi yang ada berdasarkan penelitian sebelumnya.

---

Tuberculosis is a disease that is still a major health problem for people in Indonesia. Based on the Global TB Report 2021, Southeast Asia is the region with the highest burden of TB and Indonesia produces around 8% of the total burden of TB in the world. However, only about 48% of TB patients who have been found, treated and reported to the national information system. Drugresistant TB continues to be a threat to human health. Resistance to anti-tuberculosis drugs can occur as a result of primary infection with resistant TB bacteria or can be caused by inadequate treatment, resulting in the emergence of resistant strains due to the presence or mutations in certain genes in the genome of Mycobacterium tuberculosis. Currently there are many technologies and methods used to detect resistance to anti-tuberculosis drugs. One of them is Next Generation Sequencing. Next Generation Sequencing is an accurate, cost-effective and highthroughput sequencing technology that enables genomic investigations including Whole Genome Sequencing to study epidemiology and to detect markers of drug resistance and strain diversity. Whole Genome Sequencing analysis can be used to detect resistance to first-line anti-tuberculosis drugs which are very promising as a substitute for conventional drug sensitivity tests. The results of Whole Genome Sequencing analysis on rifampicin-resistant Mycobacterium tuberculosis showed that there were mutations in the Rpo operon region, especially in the RpoB and RpoC genes. The most dominant mutation in the RpoB gene was the change in S450L (36.45%) and in the RpoC gene was G594E (30.95%)."

"Latar belakang: Clinically significant prostate cancer (csPCa) merupakan kanker prostat yang mempunyai kemungkinan progresi lokal, metastasis, rekurensi, dan kematian yang sedang hingga tinggi, serta tata laksana yang lebih agresif. Penelitian ini bertujuan untuk membantu diagnosis antara csPCa dan bukan csPCa menggunakan rasio apparent diffusion coefficient (rADC) lesi prostat dengan urine. Metode: Penelitian dilakukan pada lesi prostat kategori 3-5 prostate imaging-reporting and data system yang telah dibiopsi prostat transperineal tertarget magnetic resonance imaging (MRI) dengan ultrasound/MRI fusion software di Rumah Sakit Umum Pusat Nasional Dokter Cipto Mangunkusumo pada Juni 2019 hingga Maret 2021. rADC lesi prostat dengan urine merupakan perbandingan rerata nilai apparent diffusion coefficient (ADC) lesi prostat dan urine di vesica urinaria pada MRI prostat peta ADC potongan aksial multi-institusi. rADC lesi prostat dengan urine antara csPCa (adenokarsinoma asinar prostat dengan skor Gleason ≥7) dan bukan csPCa (jaringan prostat nonneoplastik atau adenokarsinoma asinar prostat dengan skor Gleason 6) dibandingkan dan ditentukan nilai titik potongnya menggunakan receiver operating curve. Hasil: Terdapat perbedaan rADC lesi prostat dengan urine yang bermakna antara 19 lesi prostat yang merupakan csPCa dan 35 lesi prostat yang bukan merupakan csPCa, dengan nilai tengah rADC lesi prostat dengan urine pada csPCa 0,21 (0,11-0,33), nilai tengah rADC lesi prostat dengan urine pada bukan csPCa 0,43 (0,30-0,61), dan nilai p <0,001. Nilai titik potong rADC lesi prostat dengan urine dalam membedakan csPCa dan bukan csPCa adalah 0,30 dengan sensitivitas 94,73% dan spesifisitas 100%, area under curve 0,998 (IK95% 0,994-1,000), serta nilai p <0,001. Kesimpulan: rADC lesi prostat dengan urine dapat membantu diagnosis csPCa dan bukan csPCa pada lesi prostat sebelum biopsi prostat yang tidak invasif, mudah dikerjakan, serta tidak membutuhkan persiapan dan pemeriksaan tambahan.

---

Background: Clinically significant prostate cancer (csPCa) is prostate cancer with moderate to high probability of local progression, metastasis, recurrence, and death, as well as more aggressive management. This study aims to aid diagnose between csPCa and non-csPCa using apparent diffusion coefficient ratio (rADC) of prostate-lesion-to-urine.

Methods: This study analyze prostate lesions with prostate imaging-reporting and data system category 3-5 that underwent magnetic resonance imaging (MRI)-targeted transperineal prostate biopsy using ultrasound/MRI fusion software at Rumah Sakit Umum Pusat Nasional Dokter Cipto Mangunkusumo from June 2019 to March 2021. rADC of prostate-lesion-to-urine is defined as comparison between mean apparent diffusion coefficient (ADC) value of prostate lesion and urine in urinary bladder from axial section of ADC map of multi-institutional prostate MRI. rADC of prostate-lesion-to-urine between csPCa (acinar adenocarcinoma of the prostate with Gleason score ≥7) and non-csPCa (non-neoplastic prostate tissue or acinar adenocarcinoma of the prostate with Gleason score 6) is compared and the cutoff point is determined using receiver operating curve.

Results: There is significance rADC of prostate-lesion-to-urine difference between 19 prostate lesions with csPCa and 35 prostate lesions with non-csPCa, with mean rADC of prostate-lesion-to-urine in csPCa is 0.21 (0.11-0.33), mean rADC of prostate-lesion-to-urine in non-csPCa is 0.43 (0.30-0.61), and p value is <0.001. The cut-off value of rADC of prostate-lesion-to-urine to differentiate between csPCa and non-csPCa is 0.30, with 94.73% sensitivity and 100% specificity, area under curve is 0.998 (CI95% 0.994-1.000), and p value is <0.001.

Conclusion: rADC of prostate-lesion-to-urine may help diagnose between csPCa and non-csPCa in prostate lesions before prostate biopsy, which is non-invasive, easy to perform, does not require additional preparation and examination."