Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :

Sirtuin 1 (SIRT1) adalah famili  kelas III dari protein histon deasetilasi (HDAC) dan reaksinya bergantung  dengan  NAD⁺. Aktivator SIRT1 menyerupai pembatasan kalori merupakan pendekatan terapi untuk diabetes mellitus tipe 2. Pencarian obat dapat dilakukan dengan metode  in silico untuk mempercepat dan memfasilitasi identifikasi kandidat senyawa terbaik dan karakteristik fisikokimia dan pemilihan hit-to-lead.

Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi dan mengidentifikasi senyawa tanaman obat yang menyerupai CR (calorie restriction mimetic) dari Basis Data Herbal Indonesia (HerbalDB) http://herbaldb.farmasi.ui.ac.id yang berpotensi sebagai kandidat untuk aktivator SIRT1  melalui kombinasi metode in silico dan in vitro. Pemodelan farmakofor diperoleh dengan dua cara yaitu  menggunakan ko-kristal yang terikat pada daerah allosterik SIRT1 dan senyawa-senyawa yang digunakan sebagai aktivator SIRT1. Kemudian, model ini digunakan untuk penapisan virtual dengan HerbalDB. Senyawa yang diperoleh diidentifikasi menggunakan penambatan molekul dengan program AutoDock4Zn dan simulasi dinamika molekul 50-ns menggunakan program Amber. Simulasi dinamika molekuler dianalisis menggunakan metode MM-GB(PB) SA. Senyawa yang terpilih diuji secara in vitro menggunakan uji luminesensi SIRT-Glo^TM.

Analisis interaksi ikatan antara ligan dan reseptor SIRT1 (PDB ID 4zzj dan 5btr) menunjukkan selektivitas ligan adanya interaksi hidrofobik pada Leu206, Ile223, Ile227. Interaksi ikatan hidrogen antara [Glu230 dengan Arg446] dan Arg234 (daerah allosterik) dengan Arg446, Val459, His473, Asp475 (daerah katalitik), karena adanya interaksi ini menjadi dekat ke arah daerah substrat. Hasil penapisan virtual menggunakan model farmakofor berbasis struktur adalah mulberrin dan model farmakofor berbasis ligan adalah gartanin, kuinidin dan kuinina sebagai prediksi terbaik aktivator SIRT1. Analisis In silico, perhitungan MM-GB(PB)SA mengkonfirmasi bahwa mulberrin, gartanin, kuinidin, kuinina menunjukkan interaksi ikatan pada daerah allosterik dan uji in vitro nilai EC₅₀ masing-masing adalah 2,10; 1,79; 1,71; 1,14μM. Jadi, dari studi in silico dan in vitro senyawa mulberrin, gartanin. kuinidin, dan kuinina, menjadi kandidat potensial untuk aktivator SIRT1.

 

---

Sirtuin 1 (SIRT1) is a class III family of protein histone deacetylases involved in NAD⁺-dependent deacetylation reactions. It has been suggested that SIRT1 activators, in a therapeutic approach for type 2 diabetes mellitus. Drug design can be performed in silico using molecular dynamic approaches to accelerate and facilitate identification of the best compound candidates and their physicochemical characteristics and hit-to-lead selection.

This study aimed to explore and identify medicinal plant compounds calorie restriction mimetic from Indonesian Herbal Database (HerbalDB) that might potentially become a candidate for SIRT1 activators through a combination of in silico and in vitro methods. Two pharmacophore models were developed using co-crystalized ligands that allosterically bind with SIRT1 similar to the putative ligands used by SIRT1 activators. Then, these were used for the virtual screening of HerbalDB. The identified compounds were subjected to molecular docking with the AutoDock4Zn program and 50-ns molecular dynamics simulation using the Amber program. Molecular dynamics simulation was analyzed using MM-GB(PB)SA methods.  The compounds identified by these methods were tested in an in vitro study using a SIRT-Glo^TM luminescence assay. Interaction analysis between activator ligand and the SIRT1 receptor (PDB IDs 4zzj and 5btr) revealed the ligand’s selectivity for hydrophobic interaction at Leu206, Ile223, Ile227. Hydrogen bond interactions between [Glu230 with Arg446] and Arg234 (allosteric region) with Val459, His473, and Asp475 (catalytic region) brought them close to the bounding substrate area. Virtual screening using structure-based pharmacophores predicted that mulberrin as the best candidate SIRT1 activator. Virtual screening using ligand-based pharmacophores predicted that gartanin, quinidine and quinine to be the best candidates as SIRT1 activators. The molecular docking studies showed the important residues involved were Ile223 and Ile227 at the allosteric region. The MM-GB(PB)SA calculations confirmed that mulberrin, gartanin, quinidine, quinine showed activity at allosteric region and their EC₅₀ in vitro values are 2.10; 1.79; 1.71; 1.14µM, respectively. Thus, mulberrin, gartanin, quinidine, and quinine, to be a potential candidate for SIRT1 activators.

 

Abstrak :
Buah kepel Stelechocarpus burahol secara tradisional digunakan sebagai penghilang bau mulut oleh putri kerajaan Yogyakarta.Tujuan penelitian ini untuk mengetahui aktivitas, mengidentifikasi dan memprediksi mekanisme senyawa dari ekstrak buah kepel sebagai penghilang bau mulut. Ekstrak etanol dipartisi dengan pelarut heksan, etil asetat, butanol, air dan metanol. Ekstrak dan fraksi buah kepel diujikan aktivitas penyerapan bau volatile sulfur compounds VSCs dan antibakteri penyebab bau mulut. Hasil skrining fitokimia dan penentuan kadar kandungan kimia, diketahui buah kepel mengandung saponin yang terdapat pada semua fraksi kecuali metanol, juga semua fraksi mengandung flavonoid, polifenol dan tanin. Kadar total polifenol menunjukkan kadar tertinggi ditemukan pada fraksi air. Semua ekstrak dan fraksi dapat menyerap bau metil merkaptan dan dimetilsulfida, dan dapat menghambat pertumbuhan bakteri Porphyromonas gingivalis dan Fusobacterium nucleatum.Fraksi butanol FB1 dari fraksinasi kolom adsorben sepadeks diisolasi lebih lanjut dengan adsorben silikagel Flash menghasilkan subfraksi FB1-AM, dimurnikan dengan kloroform-metanol, dan diidentifikasi senyawanya menggunakan H-NMR dan LCMS/MS. Hasil pengkajian mekanisme aksi dengan meetode insiliko dari senyawa kandidat 5-hidroksimetilfurfural, diketahui senyawa ini dapat menghambat enzim pengkatalisis yang membantu enzim metionin gamma liase menghasilkan metil merkaptan, seperti halnya katekin sebagai pembanding.

---

Kepel fruit Stelechocarpus burahol has traditionally been used as aoral deodorizing of the Yogyakarta Princesses.The objective of this study was obtain the extract and the fraction of the kepel activity as a remover of oral malodor and to predict the mechanism of the isolate compounds as deodorizing.The ethanol extract was partitioned with hexane, ethyl acetate, butanol, water and methanol solvents. Extracts and fractions of the fruit tested for odor absorption of Volatile Sulfur Compounds VSCs and antibacterial trigger halitosis. The phytochemical screening was known that all fractions except methanol contain saponins, and all fractions contain flavonoids, polyphenols and tannins. Total of polyphenol compounds show the highest consentrations found in water fractions. All extracts and fractions can absorb methyl mercaptane and dimethylsulfide gas, and may inhibit the growth of Porphyromonas gingivalis and Fusobacterium nucleatumbacteria . The FB1 from butanol fraction was further isolated with a silica gel resulted FB1 AM subfraction, then purified by chloroform methanol, and identified using H NMR and LCMS MS. The action mechanism of 5 hydroxymethylfurfural candidate compound by in silico method, found in this compound can inhibit the enzyme catalyzing PLP which the enzyme methionine gamma lyase to produce methyl mercaptane, as well as catechins as a comparison.

Abstrak :
Latar belakang: Moringa oleifera (MO) secara luas telah dimanfaatkan oleh masyarakat Indonesia sebagai bahan makanan dan juga obat tradisional. M. oleifera telah terbukti memiliki berbagai efek farmakologi diantaranya efek neuroprotektif. Tujuan penelitian ini untuk menganalisis efek neuroprotektif dan mekanisme dasar dari ekstrak etanol 70% daun (MOE) dan minyak biji M. oleifera (MOO) pada mencit yang mengalami depresi, kecemasan dan fungsi kognitif akibat induksi stres kronik. Metode: Dalam penelitian ini kami menguji analisis fitokimia MOE dengan LC-MS dan MOO dengan GC-MS. Dua puluh empat mencit jantan dengan berat badan 25-30 g, dibagi secara acak menjadi 6 kelompok yaitu kelompok normal (mencit normal diberi 0,5% CMC), WIRS (mencit stres dengan induksi WIRS+CMC 0,5%), kelompok WIRS+MOE400 (mencit stres+ MOE 400 mg/kg BB), WIRS+MOE800 (mencit stres + MOE 800 mg/kg BB), WIRS+MOO1 (mencit stress + MOO 1 ml/kg BB), dan WIRS+MOO2 (mencit stress + MOO 2 ml/kg BB). Pemberian MOE dan MOO diberikan secara oral selama 23 hari. Induksi WIRS dilakukan pada hari 1 sampai 15 selama 2 jam, dan hari ke 16 dilakukan selama 6 jam. Selanjutnya dilakukan uji perilaku dengan open field test untuk prilaku kecemasan, forced swim test untuk perilaku depresif, dan uji memori dengan Y-maze test dan novel objective recognition test. Pada hari ke-24 mencit dikorbankan dan diambil darah serta jaringan otak untuk dianalisis lebih lanjut. Hasil: MOE mengandung 5,8% (b/b) total fenol dan 2,70% (b/b) total flavonoid, sedangkan MOO mengandung 0,04% (b/b) total fenol, tetapi flavonoid tidak terdeteksi. GC-MS menghasilkan MOO yang mengandung senyawa asam lemak, sterol, vitamin E dan senyawa aromatik, sedangkan MOE didominasi oleh senyawa flavonoid, asam lemak dan alkaloid juga ditemukan. Pemberian MOE 400 mg/kg BB dan MOO 2 mL/kg BB, kadar protein dan ekspresi BDNF meningkatkan signifikan (p<0,050) dibanding kelompok WIRS, selanjutnya MOE 800 mg/kg BB dan MOO 1 dan 2 mL/kg BB aktivitas asetilkolinesterase (AChE) menurun signifikan (p<0,05) dibandingkan kelompok WIRS. MOE 400 dan 800 mg/kg BB dan MOO 1 mL/kg BB, tingkat depresi dan kecemasan menurun signifikan serta memori meningkat signifikan dibandingkan kelompok WIRS. Sedangkan MOO 2 mL/kg BB tingkat kecemasan tidak berbeda dari kelompok WIRS. Kesimpulan: MOE dan MOO memiliki efek neuroprotektif dengan memperbaiki fungsi kognitif dan menurunkan tingkat depresi dan kecemasan melalui mekanisme penghambatan aktivitas AChE dan meningkatkan kadar protein dan ekspresi mRNA BDNF. ......Background: Moringa oleifera (MO) has been widely used by Indonesian people as a functional food and as traditional medicine. M. oleifera has been shown to have various pharmacological effects including neuroprotective effects. The aim of this study was to analyze the neuroprotective effects and the basic mechanisms of 70% ethanol extract (MOE) and seed oil of M. oleifera (MOO) in mice depression-like behavior, anxiety-like behavior, and cognitive decline due to chronic stress induction. Methods: In this study we examine the phytochemical analyze of MOE by LC-MS and MOO by GC-MS. Twenty-four male mice with a body weight of 25-30 g, were randomly divided into 6 groups. Normal group (normal mice given 0.5% CMC), WIRS (stressed mice with induced water immersion restraint stress/WIRS+CMC 0.5%) group, WIRS+MOE400 (stressed mice+ MOE 400 mg/kg BW) group, WIRS+MOE800 (stress mice + MOE 800 mg/kg BW) group, and WIRS+MOO1 (stress mice + MOO 1 ml/kg BW) group, and WIRS+MOO2 (stress mice + MOO 2 ml/kg BW) group. The MOE and MOO were orally administration for 23 days. MOE and MOO were administered orally for 23 days. WIRS induction was performed for 2 hours on days 1 to 15, and for 6 hours on day 16. The open field test for anxious behavior, the forced swim test for depressive behavior, and a memory test using the Y-maze test and the novel objective recognition test were then performed sequentially on days 17-23. On day 24th the mice were sacrificed and the blood as well as the brain tissue were collected for further analyze. Results: MOE contained 5.8% (w/w) of total phenols and 2.70% (w/w) of total flavonoids, while MOO contained 0.04% (w/w) of total phenols, but no flavonoids were detected. GC-MS produced MOO which contained fatty acid compounds, sterols, vitamin E and aromatic compounds, while MOE which was dominated by flavonoids, fatty acids, and alkaloids, were also found. Giving MOE 400 mg/kg BW and MOO 2 mL/kg BW, protein levels and expression of BDNF increased significantly (p<0.050) compared to the WIRS group, then MOE 800 mg/kg BW and MOO 1 and 2 mL/kg BW acetylcholinesterase activity (AChE) decreased significantly (p<0.05) compared to the WIRS group. MOE 400 and 800 mg/kg BW and MOO 1 mL/kg BW, the levels of depression and anxiety decreased significantly, and memory increased significantly compared to the WIRS group. Whereas MOO 2 mL/kg BW the anxiety level was not different from the WIRS group. Conclusion: MOE and MOO have neuroprotective effects by improving cognitive function and reducing levels of depression and anxiety through mechanisms of inhibiting acetylcholinesterase activity and increasing protein levels and BDNF mRNA expression.